自从到了爇河之后，肃顺颇受咸丰倚重，尚书头衔之外，更加了大学士及赞襄政务大臣的名义，严然就是宰辅的地位。这一次领头抗辩，还不等两宫太后裁示，便把董元醇的奏章交给军机处驳回。老好人慈安倒还罢了，眼高气傲的慈德却不肯善罢甘休。
留在北京与外国交涉的恭亲王奕诉，是咸丰的亲弟弟，很有才能，别号叫“鬼子六”，一直受咸丰排挤。现在慈德要夺权，那就凡是敌人反对的，我就拉拢。当即密诏奕诉前来爇河奔丧，在一把鼻涕，一把眼泪中，定下诛除肃顺等人的大计，慈禧然后又马上与手握兵权的情人荣禄取得联系，布置既定，下旨回銮。
一八六一年九月二十三日，由肃顺护送着咸丰的灵枢先行，第二天两宫大后偕小皇帝由载垣、端华等扈从，打从捷径日夜兼程，比肃顺先一步赶回京城。第二天就把由醇亲王奕-，也就是慈禧妹妹蓉儿的丈夫，预为拟定圣旨，洋洋洒洒地向天下臣民宣示：先帝蒙尘，崩逝行宫，肃顺等人擅权抗旨，欺膜孤儿寡妇，说是：“伊等辜负先帝厚恩，若再事姑容，何以仰对在天之灵？又何以服天下公论！”以迅雷不及掩耳之势把顾命八大臣-一逮捕治罪。紧接着任命奕诉为议政王，奕诉立即以“咆哮狂肆，目无君上，抗旨违法，离间宫帏”等罪名，赐令载垣、端华自尽，而肃顺则被斩首抄家，其他五人分别革职充军。慈禧太后以一个手无缚鸡之力的小寡妇，使满朝文武惊惶骇异，面对着仆萄满殿的文武百官，慈禧清楚地感到登上权力顶峰的快意和满足。当时慈安住在东边的绥履殿，慈禧住在西边的平安宫，因此被分别称为“东太后”和“西太后”。又把皇帝的年号由“祺祥”改为“同治”，寓有两宫太后共同治理的意思。
慈禧太后春秋正盛，权力、物欲、情欲各方面的需求部表示得相当强烈，慈安则恰好相反。原来咸丰还是大阿哥的时候，原本以太常寺少卿富泰的女儿为嫡福晋，可惜她命薄福薄，在丈夫即帝位的前一年便一病不起，咸丰即位后，便收了她身边的侍婢为贞嫔，后来就被册封为孝贞皇后，即现在的慈安。慈安生性柔顺，又未尝学问，所有奏摺不但全由慈禧太后批阅，还得唇焦舌躁地向慈安解释其中的意思，慈安觉得十分厌烦，便说；“妹子！凡事儿你就看着办吧！得空儿把大概的意思跟我说说，实在忙不过来也就算啦！”就这样名义上是两宫太后垂帘听政，实际上成了慈禧一人独揽一切朝政。
慈禧掌权后，进一步扶植自己的亲信势力，树立自己的威信。比如授予曾国藩节制四省的重责大任，赋予他征讨太平天国的一切权柄。终于在同治三年六月十六日攻克金陵，镇压了太平天国运动。
又大力支持一批新贵举办的洋务运动，于是北京同文馆、上海广方言馆、江南制造局、马尾造船厂、天津机器厂等等相继成立。一时间，开学堂、购军舰、买机器、设炮台、翻译书籍、派遣留学生等工作都次第展开，给这个已十分古老的国家，装点了一些新气象。
依依高处不胜寒，慈禧太后也有很深的寂寞孤单感。同治乙丑会试，试题是“芦笋生时柳絮飞”，慈禧也就此题拟定了一首诗：
南蒲篙三尺，东风笛一声；
笛声连夜雨，萍踪故乡情。
另外同治癸酉年会试，试题是“江南江北青山多”，慈禧也就此题拟了一首诗：
雨后螺深浅，风前雁往还；
舍连春水泛，峰杂夏云间。
这些都流露出她很深很深的对童年的追忆，追忆那时无忧无虑的生活，追忆那里的山山水水。慈禧正当壮年，守着寡，自有难言，的苦处。早在圆明园中就已经与荣禄陈仓暗渡，于今地位尊荣，反＿倒不便于常常往来，慈禧只好就地取材，把满腔欲火渲泄在太监安得海的身上。据说安得海有“-毒之术”，更服用了一种特制的村药，能够使阳道复生，于是慈禧与安得海在宫中无法无天，惹得恭亲王奕诉、慈安、小皇帝联成一气，密诏山东巡抚丁宝帧，趁安得海招摇出京，路过山东的时候，抓起来就地正法，大大地伤了慈禧的心，吃了个哑巴亏。
同治十二年同治帝大婚，在前一年选后时，慈禧所中意的察富氏只当了慧妃，而选了慈安中意的人为后，也使慈禧气恼不已，因此便对皇后阿鲁特氏处处挑剔，年轻气盛的同冶对母亲的横加干预闺房之私颇为反感，因而独宿乾清宫以示抗议，使慈禧更加烦忧。继而同治在不肖太监与无耻佞臣的引诱下微服出游妓院，染患梅毒，不治身亡。
慈禧立即意识到这是她进一步加强权力的机会。同治死后，理应由他的后辈“溥”字辈中选一人为帝，然而慈禧却决定由四岁的载-入承大统。载-是同治帝的堂弟，慈禧妹妹的儿子，一来沾亲带故，二来如果由“溥”字辈的人入承大统，慈禧就成了太皇太后，地位愈尊，与皇帝的距离就愈远，从中躁纵，多所不便。立载字辈则可仍为皇太后，可再度训政。那天慈禧召集亲贵大臣，一面吸着淡巴菰，一面慢条斯理地说；“醇亲王之子载-生性聪慧，必能继承大统，吾欲立之，卿等以为如何？”这些人都领略过她的厉害手段，一个个唯唯诺诺，四岁的载-成了光绪帝，慈禧再度垂帘。
也有传说，说载-慈禧的私生子，是她与荣禄私通的产物，生下后由妹妹帮她带大。甚至还有人说这孩子是北京京华饭店堂倌史集的种子，或者他的父亲就是戏子杨月楼。
慈禧正在为自己的这一步棋洋洋得意的时候，接下去发生的一件事情使她进一步认识到权力的重要性。
那天，慈安自作聪明地对慈禧说：“吾姐妹今已老矣！早晚归天仍会服侍先帝咸丰。吾二人相处二十年，始终同心，无一语勃-，这里有一样东西，是过去先帝咸丰交给我的。”说着从袖中怞出一纸，递给慈禧，慈湾一看，勃然变色，只见上面写着：
西宫母以子贵，不得不并尊为太后，然其人绝非可倚信者，即不有事，汝亦当专决；彼果安份无过，自当始终曲全恩礼，若其失行彰著，汝可召集近臣，将朕此旨宣示，立即赐死，以杜后患。
慈安索回遗诏，慈禧已经吓出一身冷汗，只听慈安喃喃说道：“吾今日可以向先帝复命矣！”说着将遗诏放在烛上烧掉了。
从此慈禧心存戒惧，无复过去的骄纵，同时杀机迅速升起。过了几天，慈安吃了慈禧弟媳送来的点心，就此死去。到中法战争以后，慈禧又以“因循贻误”的罪名，免除恭亲王奕诉的一切权力。于是慈禧唯我独尊的局面奠定下来。光绪皇帝大婚以后，在形式上慈禧已把政权交给了皇帝，然而皇帝的“起居服御”乃至于朝廷的“军国机宜”，仍然在慈禧的掌握之中，光绪帝很想有一番作为，于是如火如荼的维新运动便兴起了，新兴的势力与保守的势力由对立而火拼，最后是维新变法灰飞烟灭，慈禧太后第三度垂帘听政，而且这次与前两次不同，前两次都还有一个小皇帝坐在朝堂上，她是隔着帘儿在旁遥控，这次是把光绪抓起来，自己坐到朝堂上处理政事，因而这次又叫“临朝听政”，或者“亲政”。
六十开外的慈禧已经成为旧势力的核心，她先是想利用义和团运动来对抗洋人，结果在八国联军侵华过程中，自己狼狈逃到西安，一面下令清军斩杀义和团，一面派李鸿章签订《辛丑条约》，说什么“量中华之物力，结与国之欢心。”清政府完全成了帝国主义的走狗。二十世纪初，全国上下纷纷要求革新，革命浪潮风起云涌，光绪帝囚禁在瀛台，过着朝不保夕的日子，慈禧太后居然说出：“宁亡外人，不与家奴！”这种混帐透顶的话。
光绪三十四年十月十日，慈禧在宫中爇爇闹闹地度过了她七十四岁的生日，忙累了一天津神已感不支，夜里又贪看庆祝的焰火节目，初冬时节霜寒露重，上了年纪的人受了一点风寒，第二天便浑身酸疼，卧床不起，病了十来天了，病情不见好转，这时她念念不忘光绪，时刻派人打探光绪的情况，有人报告她，光绪听说她病重不起后，喜形于色，她默念着：“我不能比皇帝先死！”她身边的人也老是想着倘若大后有个三长两短，而皇帝仍然健在。他们哪里还有活命的机会，于是在十月二十一日上灯时分，紫禁城里敲起了丧钟，好端端的光绪皇帝突然驾崩。二十二个小时后，慈禧也离开了人间，弥留之际说了一句意味深长的话：“不要再让妇人当国！”
终慈禧一生，在英法联军攻北京之前，中国向以天朝自居，此后便觉得洋鬼子的枪炮不容忽视；中日甲午战争以后，海军一败涂地，开始对洋人产生一种痛恨的心理，终至割地求和；经过八国联军的一阵猛攻猛打，中国的尊严与信心已经彻底被击溃，到日俄两国作战，中国竟划出东北给他们做战区。
在慈禧七十岁生日，章太炎写下的这副对联广为流传：
今日到南苑，明日到北海，何时再到古长安？叹黎民膏血全抛，只顾一人歌庆有；
五旬割琉球，六旬割台湾，而今又割东三省！痛赤县邦圻益蹙，每逢万寿祝疆无。
据史实考证：满清的开国皇帝努尔哈赤，以“七大恨事”为借口向明朝开战，许多仍忠于明朝的藩属，便起而与努尔哈赤作战，其中尤以叶赫那拉部族奋战最力，及至被灭，青壮男丁尽被屠戮。首领杨古临刑时曾恨恨地说；“吾子孙虽存一女子，亦必覆满州！”有人说叶赫那拉兰儿，也就是慈禧的所作所为，正应证了这一句临刑时狠毒的咒语。
