二十五日（戊子），闽浙总督李侍尧奏：『据厦门同知刘嘉会禀称：「有船户林允瑞于十一日行抵厦门，据称于正月初五日在后垄妈祖庙亲见官兵将林爽文押解，装在木笼；问知官兵从内山拏获」等语。臣查此信既经该船户目击，必非妄传』。谕军机大臣曰：『林允瑞自后垄开驾，所供有拏获林爽文之处，又系得诸目睹，自必确实。前因福康安等攻破贼巢后，林爽文逃入内山，屡经降旨严饬。福康安等接奉谕旨，心怀愧惧，必将前次所赏宝石帽顶、四团龙褂敬谨收贮，不敢穿戴。今首逆业经擒获，虽为时未免稍迟，而办理尚属妥善；所有朕恩赏之顶戴自当接受。福康安等于拏获林爽文后，谅已遵照前旨带兵前赴南路擒捕庄大田，收复凤山。庄大田与林爽文同恶相济之犯，林爽文虽已就获，庄大田亦须生擒解京审办，方足以伸国宪而快人心。况林爽文已经就获，庄大田之势更孤，自易于擒捕。即使该犯逃入内山，亦无难带兵直入搜拏，并勒令生番等擒献。想福康安断不因拏获林爽文遽以为完事，舍之而回；若再能生擒庄大田、收复凤山，朕必另有恩奖。且此事亦必擒获庄大田，南北两路贼匪全行廓清，方为蒇事；福康安等务宜奋勉办理。至海口一带，已有旨交常青专司堵截。前据常青奏：「访闻庄大田在南仔坑地方潜匿，派副将林朝雄带兵驻札东港，会同广东、泉州等庄义民就近搜捕，并相机前进，恢复凤山」等语。现在福康安亲统大兵往南，若庄大田逃窜入山，福康安即可带兵直入搜捕，无虞兔脱；惟防其由海道窜逸，最为紧要关键。常青昨于徇隐柴大纪骫法营私、种种不法实属辜恩昧良，已降旨革职候讯；但此时常青带兵驻守府城，伊本无能、该处兵丁又属无多，朕意不如将丁朝雄所带之兵撤回，于各海口要隘分投巡防，勿任潜逸，较为严密。若庄大田及紧要贼犯窜入内山，尚可不再加常青之罪；倘竟由海道远扬稽诛，则常青自问当得何罪！亦不必复思来京见朕。常青接奉此旨，惟当倍加奋勉，以期立功自赎。至林爽文于初五日已押解在途，何以迄今尚未据福康安奏到？想又为风所阻，不日即当递至。除俟福康安奏到再明降谕旨外，其林爽文是否系官兵直入内山擒获？抑系生番等遵谕缚献？谅福康安折内自必明晰声叙。但现在尚未奏到，无由知悉；并着福康安查明，据实具奏』。
又谕：『前因福康安于攻克大里杙贼巢后，不即带兵搜捕逆首，致林爽文日久未获；又于覆奏恒瑞一事瞻徇亲戚，曲为袒护：节经降旨严饬，并谕令福康安于剿捕事竣后务将台湾一切善后事宜全行办竣，即在台湾多住一、二年亦所应得。原因福康安于搜捕逆首既失之迟缓，又复有心袒护恒瑞，是以令其久住台湾示罚。今据李侍尧奏，林爽文已被拏获；是福康安办理此事虽少稽时日，但逆首林爽文业已就获，大功即日完竣，福康安筹办一切尚为妥协！着于南路贼匪扫除净尽、拏获庄大田后，即将台湾逆匪滋事根由及酿成此案之文武官员并官兵散失数目，一一详悉严行查办；并将善后各事宜悉心筹划办理。如内外山地界从前设立土牛，未为周密；应重加勘定，务令界限分明，勿使日久偷越，以致滋生事端。又如改建城垣、添设官兵等事，从前该处旧有城垣俱系用莿竹等项编插，原以莿竹等物虽不若砖石工程坚固，足资防守；但失之易，复之亦易。即如康熙年间有奸民朱一贵滋事，台湾全郡被陷，七日之内即经收复；亦因该处旧无砖石城垣，贼人难以据守，故能克日奏功。雍正年间吴福生滋乱时，曾奉有「无须改建砖石城垣」谕旨，亦即易失易复之意。此次逆匪林爽文等起事之初，虽因各县旧无城垣，得以猝为占据；但现在福康安等统兵剿捕，贼人望风奔溃，攻克贼巢势如破竹，未始不因该处无城垣之固，故贼人难以守御。目今剿捕事务不日完竣，但台湾远隔重洋，又系五方杂处、游民聚集之地，难保其百年无事；自应深思远虑，计出万全。着福康安将改建城垣一事，详悉筹酌。朕意台湾郡城为根本之地，自应改建砖石城垣，与该处安平镇向有城垣互相联络，以资捍御。至嘉义一县，朕因该处民人随同官兵竭力守城，锡以新名，用示嘉奖；该处城垣，亦应一律或砖或石改建，务令坚固。此外如彰化、凤山等县及现在应行添设官弁驻札处所，不妨仍用莿桐、竹木等类栽插。惟闻各该处旧有城围，多系依傍山麓，未能据扼形势。现在虽令德成前往勘办，但德成仅谙工程做法，相度形势非其所能；着福康安务须详细履勘，或移建高阜、或因旧基跨山围筑。即旧城难以移动，亦须择附近山顶形胜之处设立砖石卡座，添设弁兵以资控制。总期占据要地，勿令有失形势，使四外得以俯瞰城中，方为妥善。福康安将应办诸要务立定章程，即可交徐嗣曾等在彼接办；福康安约于朕万寿前赶至热河瞻觐，亦不为迟。至海兰察带领巴图鲁侍卫章京等及应撤各兵，一俟剿贼完竣，即可令其陆续先回，勿须守候也』。
二十六日（己丑），谕：『据李侍尧奏「拏获漳浦县匪徒纠伙焚抢首犯张妈求等审明办理」一折，已交该部核议速奏矣。至此案据李侍尧讯据各犯供：「原订于十二月十二日夜齐赴漳浦县城外商定举事，乘势抢劫仓库，复纠伙内应。讵初三、四等日，有伙匪张从、张辖等强抢扈头地方民人陈富等家牛猪等物，经事主喊称报官；该犯张辖即声言抢取牛猪算甚么事，将来县城内仓库也俱是我们的。事主惊骇，报知营汛知会该县罗泽坤会同游击许腾蛟、王万春、岳新泰带兵截拏。署提督常泰、汀漳龙道伊辙布亦即星驰前往督捕，即将该犯等拏获」等语。该犯等纠集匪徒，乘台湾逆匪滋事之时豫谋窃发，抢劫仓库；并冒称林爽文伙党恐吓居民，不法已极！常泰等一经事主禀报，即带兵前往截拏，当将案内首伙各犯实时拏获，办理尚为迅速；不但伊等失察疏防之咎可以宽免，并应均予甄叙，用昭奖励。常泰、伊辙布、许腾蛟、王万春、岳新泰、罗泽坤，俱着交部议叙。至事主陈富、林矛、陈禄三名，一闻贼匪声言，即行禀报该地方官，得以带兵迅即擒拏，亦属可嘉！并着李侍尧酌量赏给顶带、银两，以示奖励』。
谕军机大臣等：『现在逆首林爽文已经生擒，其余伙党余孽自易歼除；台湾剿捕事宜，克日可以完竣。但该处一交三月，气候即已炎热；所有各省派调兵丁难于在彼久驻。将来福康安办理善后事宜，固须酌留官兵数千以资弹压，此外兵丁为数甚多，留于该处亦属无用；自应陆续撤回，令其各归本处。着福康安于南、北两路一律肃清大功告蒇后，除台湾应留额兵外，应将素耐炎热之贵州、湖南二省兵丁内择其强壮得力者挑择数千，留彼弹压。其余如屯练兵最不耐炎热及伤残病废者，俱应先撤回；次则各省驻防满兵及浙江、两广、福建绿营兵丁，俱应次第令其渡回内地，各归原伍。庶随征出力兵丁既不至久留受热，以致不习水土，染患疾病；而福康安办理善后，有兵数千，亦尽足敷用』。
三十日（癸巳），谕：『贼匪起事之初，柴大纪于巡察彰化时若一闻信息即亲自带兵剿捕，无难实时扑灭。乃托称派兵，回至郡城；及闻彰化失陷，柴大纪仍观望迟徊，并不速往援救。直至数日，始带兵起程，复于离城三里地方即行驻札：致贼匪得以辗转蔓延，日肆鸱张。是柴大纪不但平日贪纵营私、废弛营伍，而且怯懦迁延，酿成巨案。现经朕面询押解台湾逆匪到京之侍卫额勒登保，据称：「逆匪攻扰嘉义时，俱系义民等出力守御，并非柴大纪之功；其不肯带兵出城一节，亦系义民等不肯将伊放出，柴大纪亦畏贼不敢出城」等语。额勒登保系在台湾带兵之员，所言更属确实；则柴大纪前奏「不忍将数万生灵尽委贼手，仍忍饥固守待援」之语，竟属捏词巧诈、全不足信，守城亦非其功。柴大纪既贪纵酿变于前，又复巧诈欺罔于后；种种劣迹，难以枚举。此而不加以惩治，又何以肃军纪而整官方！朕办理庶务从不豫存适莫之见，而信赏必罚乃用人行政大柄；况现值用兵之际，赏功罚罪，尤贵严明。如柴大纪前奏不肯带兵出城一节，朕以其勤苦出力，甚有良心；览其奏折之言，自属实情。初不为逆诈、不亿不信之见，而其种种捏饰之处，彼时亦尚未有人摘发；朕焉肯泯其劳绩不加之恩赏乎！所谓「君子可欺以其方」者此也。迨柴大纪贪劣各款迹节次败露，经李侍尧等逐款查明，俱已确凿有据；是以即将柴大纪革职拏问。至常青在闽浙总督任已及年余，且渡台湾后身为将军；近在府城，岂无闻见？乃于柴大纪劣迹并无一字奏及，实属辜恩；特将常青交福康安审讯。又，李侍尧原欲俟蒇功之日，给还伊原袭伯爵。乃此事经朕节次降旨询问，李侍尧知难隐饰，始行具折陈奏，似此有心徇隐，更为辜负重恩，李侍尧不应出此也；前已晋加宫衔、赏戴双眼花翎已为侥幸，岂可复膺懋赏。并着交部严加议处。琅玕并不自行陈奏，及降旨询问，始将风闻柴大纪各款具奏，亦难辞咎；着一并交部分别严加议处。朕于臣下功罪轻重，惟视其人之自取，初不稍存成见；虽不逆诈，不亿不信，实已先觉。其李侍尧续行参奏柴大纪各款，并着交福康安一并严审定拟具奏』。
是月，闽浙总督李侍尧奏：『闽省各营兵节次派赴台湾，本营不敷差防；随经陆续召募，共新兵二万名。今首逆就擒，军务克期告蒇，征兵即可归伍；如将新兵全汰，似觉过骤。然俟出一缺、方补一兵，又未免需时过久，仍属多糜粮饷。现在通饬各营如有额兵缺出，无庸另募，即以新兵拨补。其所募较少之营分，遇有缺出，即于所募较多之附近营内移拨；其不愿赴别营就伍者，准其辞退。又，上年调派随征兵内伤亡散失约数千名，所带余丁甚少，本不敷顶补；请于新兵内酌留五千名抵补。如补额无需此数，亦即递行减退』。得旨：『周到妥协』。又奏：『查闽省及各省调赴台湾征兵不下四万有余，今军务克期告蒇，酌留弹压之外，自应分起撤回。查前鹿仔港现存船三百余号，足敷配载；惟鹿耳门仅留船七十只，应再拨六十号前往候渡』。得旨：『妥当之极』！
——以上见「大清高宗纯皇帝实录」卷一千二百九十七。
二月甲午朔，上御重华宫，召大学士及内廷翰林等茶宴，以平定台湾联句。
