二十八日（壬辰），谕军机大臣等：『鹿仔港距大里杙虽不过数十里，但沿途村庄恐有贼匪屯聚；官兵即往大里杙攻击，恐贼匪又乘间潜出，将后路拦截，则官兵难免返顾之虞，不可不虑。现在川省屯练及广西、贵州兵自可陆续前抵该处，福康安即带兵前捣贼巢并知会徐鼎士两路夹攻，而于鹿仔港至大里杙一带地方仍派巴图鲁侍卫章京等数十人酌带弁兵沿途分布堵御，截杀净尽，勿使贼人梗阻道路。台湾全图，前福康安起身时已绘出一分令其带往；今再将鹿仔港至大里杙一带经朕指示之处，另绘一图发往，并路径地名黏签注明，易于展阅。福康安接奉后，更可按图遵照办理』。
又谕：『鹿仔港至大里杙沿途地方所有村庄民人，其中帮助官军及安分良善者固多，而心怀叵测或于官军过后潜出滋扰、转为贼用者恐亦不少。福康安于经过各庄时，务须留心察看，密行体访：如系义勇良善、诚实可信者，自当妥为抚慰，令其自行守护，并可助官军声势；倘有心怀反侧、附从贼党者，一经查出，竟应于大兵经过时即将此等奸徒强悍者悉行歼戮，止留老弱听其在庄居住，庶无后顾之虞。福康安当随处留心，慎重妥办；但不可冒昧，先露风声，转坚其从贼死守之心。至柴大纪，非至万不得已，自断不肯委城而出。该处义民甚多，其中如黄奠邦等，现经柴大纪搜获贼匪伪示，有「必欲甘心」之语。若柴大纪带兵远出，义民必致受贼荼毒，朕心更为不忍；既使助义出力之人无辜受累，且恐他处义民闻而生畏，阻其踊跃投效之心，大有关系。着传谕柴大纪：如诸罗已无他虑，自应悉力固守，以待援应。万一实难守御，必须出城另图进取之时，务将城内义民及家属妥为捍卫，先行送出；然后振旅出城，俾该处义民不致被贼戕害，方为妥善』。
二十九日（癸巳），谕军机大臣等：『现在台湾剿捕贼匪，调拨广东兵已有一万数千。粤东与福建毗连，亦系海疆重地，沿海口岸甚多，在在需兵巡逻防守；而台湾剿贼事务尚未蒇功，或将来尚不无添调官兵之处。闽、粤系属邻省，遇有调拨，较为近便，自应豫为筹备。此时粤东调赴台湾之兵甚多，该省存兵较少；孙士毅此时应于附近潮州一带地方广为招募、勤加训练，不妨多多益善。既可资该省巡防之用，设遇有调拨，亦可就近派往；但须密筹妥办，不可稍涉张皇。至粤省前后调赴台湾官兵，必有子弟人等随往；该兵丁内有在台湾病故损失者，自尚悬额未补，应即于该兵丁随行子弟内拣选补额，一体充任食粮、随营效用，亦可增添兵力。着交福康安、常青即行遵照办理』。
三十日（甲午），谕军机大臣等：『前据柴大纪奏到：「搜获贼匪伪札，内有「防守海口要隘」等语。必系虑及将来穷蹙之时，希图窜逸入海。可见贼人气馁，已豫思逃窜；将来官兵四路追剿，贼匪自必由海口遁逸，不可不加意严防。着福康安、常青等务须严饬弁兵于沿海各口岸要隘处所梭织往来，巡逻稽察；毋使贼人抢占船只，得以逃往洋面，致搜捕有稽时日』。
是月，钦差协办大学士陕甘总督办理将军事务福康安奏：『臣行抵厦门，询问贼匪情形近更猖獗，自凤山至彰化要隘处所半被贼据，南、北两路声气相通；每于官军经过之地从中突出邀截，以致郡城、诸罗两处受困日久。臣一到鹿仔港，即整兵前进，务将贼匪屯聚相联之处痛加剿杀，使其首尾不能相顾』。批：『是。以彼巧计攻彼，此语得之』。又称：『臣酌量情形，或带兵直抵诸罗、或进逼大里杙贼巢。要领既得，虽贼匪众多，无难克期歼灭』。批：『仍以安民为先，解其胁从。既安之后，仍当防之』。
——以上见「大清高宗纯皇帝实录」卷一千二百八十九。
冬十月初四日（戊戌），谕：『现在台湾剿捕逆匪尚未竣事，所有军需等项动用较多；着该部于邻近福建各省分酌拨银三百万两，令各该督、抚派委妥员迅速解往闽省备用』。
又谕曰：『成都将军鄂辉现在带领四川屯练兵丁，赴台湾剿捕贼匪。鄂辉久历行阵，于军旅较为谙习；亦着授为参赞，协同福康安筹办进剿，以期迅奏肤功』。
谕军机大臣曰：『福康安由厦门配渡前赴鹿仔港，仍声言由鹿耳门前进，使贼匪猝不及防；所办甚好。其所称常青等调度失宜、官兵多有损失及南北两路贼匪处处相通，而我兵相距辽远、声势不能联络各情节，实为切中肯綮。福康安于抵鹿仔港后，振作士气、镇定人心，探视贼踪所至，沿途搜捕；实为此时要着。至贼人狡猾伎俩，往往于官兵过后阻截道路；今福康安拟将贼匪屯聚相联之处并力截断，使其首尾不能相顾，是即因贼人之巧计用以攻贼，俾官兵所过之地不致旋通旋塞，深合机宜。惟福康安折内所称「沿途搜剿」一节，贼匪到处屯聚，所过村庄民人多被迫胁，今福康安统兵进剿，其经过地方固应乘势扫除，不使于官兵过后潜出滋扰；但所过村庄若悉行歼戮，恐一处被官兵剿洗而他处闻风畏惧，转坚其助贼之心。若不留心防范，而于所过村庄听其聚处，又恐奸猾之徒于官兵过后生心梗阻，致为肘腋之患。福康安务须随时体访，加意密防，使良善得安其心而奸宄无由逞其伎俩；此为最要。所过之处，其原派驻守官兵不可轻易撤调，以免疏虞』。
钦差协办大学士陕甘总督办理将军事务福康安、护军统领参赞海兰察奏：『臣等拟赴鹿仔港，于十九日登舟后，风信靡常，现在大担门守候。若得旁面顺风，亦可折戗行走』。谕军机大臣等：『海面九月内风色不正，此原不可过于焦急，轻易冒险。但十月向系平顺易渡，此刻虽因守风，稍为稽待；然似此兵威壮盛，机宜凑合，未始非成功先兆。李侍尧派令郑国卿带往本省兵三千名亦在大担门候风，自即与福康安一同渡洋。此内一千五百名，前据李侍尧奏拟拨往常青处；此时福康安到鹿仔港后，即日相机进剿，其郑国卿所带兵三千名竟可全数俱赴鹿仔港，不必拨往南路，更为壮盛』。
初八日（壬寅），两广总督孙士毅奏：『据护南澳镇副将郑元好禀称：千总庄大进运至台湾兵丁鞋裤、账房等项，行至铜山营洋面被贼行劫，现在躧缉查拏』。谕军机大臣等：『鞋裤、账房等项俱系运送台湾军装对象，被劫至一百余篓之多；看来竟系林爽文伙匪在洋面潜出邀劫，不可不严拏究办。此案被劫系在闽省洋面，李侍尧自应饬属一体严拏。但该督驻札厦门办理军务，照料官兵配渡，事务繁多，无暇兼顾；徐嗣曾现在省城，并无经理要件，竟着责成该抚督率所属实力查拏，务期按名弋获，毋使漏网。徐嗣曾于台湾剿匪事务，初时尚知留心，随时陈奏；后见贼匪肆扰日久，一时未能办结，未免心存畏难，转似置身局外，缄默不言，若与己无干者。徐嗣曾系本省巡抚，何得漠不相关若此！着传旨严行申饬』。
十四日（戊申），福州将军恒瑞奏：『近日贼匪滋扰盐水港，惟有悉力固守』。谕军机大臣等：『该处贼势尚在猖獗，恒瑞兵力有限，未免进退掣肘；幸所带之兵又续到五百名可资接应，恒瑞此时亦不必过于焦急，惟当在盐水港悉力固守，以待福康安到。若贼匪众多，势难守御，不妨竟弃盐水港回至常青处再图进取，亦是一策。但用兵之道，以攻击为先着、堵御为后着。今官兵所到转被贼人攻扰，我兵日以抵御为事；是官兵祗办接应、着着落后，而贼人转得占先，客主之势岂不倒置！恒瑞此时既不能前抵诸罗、又不能回至府城，亦断无在彼株守之理。况恒瑞在彼，贼匪不时滋扰，仍须堵御剿杀，不得休息。与其贼来始应，何若侦探附近贼匪何处单弱、有隙可乘，即带兵直前攻剿，使贼人救应不暇，以成反客为主之势；岂不甚善。恒瑞当察看光景，酌量妥办；亦不必过于拘泥遵旨也。至福康安自九月二十四日在大担门发折后，迄今未据续有奏报。前于陛辞时，曾令到厦门后察看情形，如台湾府城及诸罗设有疏虞，福康安应俟添调官兵到齐，再行放洋前进。倘此旨到日，福康安尚在守风待渡，竟当俟川、黔等省官兵到齐，再行开驾；若已得风配渡前抵鹿仔港，不妨稍为等候，俟川、黔、粤西官兵陆续到彼，再行统领进剿。或先赴盐水港一带剿杀贼匪，援应恒瑞；或径由鹿仔港直攻大里杙贼庄，使贼人回顾巢穴，前后牵缀，则盐水港等处贼匪自必纷纷解散，其围不攻自解。福康安惟当审度机宜，总以持重为要。至福建、广西二省召募新兵未经训练，若即用以剿贼，难期得力。着传谕李侍尧、孙士毅：如遇福康安续有添调之处，先将各营练习之兵派令前往，其新募之兵留于该省巡查防守；仍一面督饬将弁上紧训练，务期精熟可用，庶于战守均为有益。就目下情形而论，如贼匪尽往南路，大里杙贼庄祗系家属老弱；则徐鼎士自应由大甲溪乘虚进捣贼巢，以分贼势。若北路贼匪屯聚尚多，徐鼎士且勿轻进；福康安到鹿仔港后距彼更近，自悉该处确信，其应如何筹办之处？即当檄知徐鼎士遵照办理』。
又谕：『前经降旨令浦霖于湖南挑选兵二千名以备檄调，自已豫为挑备。今台湾剿捕逆匪尚未蒇事，现须添兵协剿。该省兵丁从前调赴金川军营，于驰陟山险较为便捷；今调往台湾，助剿自更得力。着舒常、浦霖即将挑备兵二千名，派镇筸镇总兵尹德禧为总统，并着于副将内曾经身历行阵者酌派一、二员，随同带兵前往。至湖南凤凰厅地方系苗疆紧要，必须大员在彼驻札，以资弹压；着俞金鳌即行前往该处驻札，兼理总兵印务』。
予故福建水师提督蓝元枚祭葬如例，谥「襄毅」。
十五日（己酉），谕：『据图萨布奏：「福建委员试用知县王履吉解赴淡水备用银米、火药、军装等项于八月二十三日放洋，忽遇狂风，将桅柁折断，随风飘荡。至九月初七日，风狂浪涌，于广东新安县外洋，船遇礁石撞破；幸有渔船将该员等救起，并抢出饷银、火药、军械等物，捞获湿米九十余石，计沉失米七百二十八石零、大炮一门」等语。该员解运军饷于外洋陡遇飓风，人力难施，且飘荡至十余日之久，几遭淹溺，情殊可悯！王履吉着该督于台湾事竣后，给咨送部引见；所有沉失米石等项，自应免其赔补，以示体恤』。
谕军机大臣曰：『福康安进剿官兵多系调派劲旅，其本地兵丁屡经挫失，自不能如川、黔兵丁之得力。但现在台湾统兵大员内，如蔡攀龙等即籍隶闽省，其偏裨千把谅复不少；福康安仍当加以策勉鼓励，俾伊等各思振奋，不可因现带巴图鲁侍卫章京等皆骁勇绝伦、所调各兵俱系生力可恃，遂置闽省兵丁于不齿，致阻伊等效用之心。况现在各省调往兵力虽多，于该处路径、民情未能熟悉，亦须本省兵丁为之向导；福康安务须随时留心，于闽省将弁兵丁中视其出力者鼓励数人，以作其气而收其用，不可稍存歧视也』。
又谕：『现在剿捕台湾逆匪一切军粮、火药等项皆由海洋运送，其派往之将军大臣及随征将弁人等远涉重洋，均须风色顺利，方可扬帆径渡。因思该省向来崇祀天后，最为灵应；此次剿除逆匪，官军配渡，尤必仰藉神庥，恬波效顺。自应特隆昭报，以祈助佑而达歆禋。着交李侍尧即查明附近海口向于何处建有庙宇最称显应之处，如稍有倾圮，即另行修葺完整，以肃观瞻；并将该处应用扁额开明尺寸奏闻，候朕亲书，颁发悬挂，用昭虔敬。将此谕令知之』。
——以上见「大清高宗纯皇帝实录」卷一千二百九十。
十六日（庚戌），谕：『台湾自逆匪林爽文滋事以来，节经降旨令各省拨运米石及添调兵丁前往接应。现据各该督、抚先后奏报，运闽米石及调赴兵丁俱各妥为照料，随到随行，办理甚为妥速，甚慰朕怀。所有总督保宁、舒常、李世杰、巡抚姜晟、浦霖、何裕城、闵鹗元、琅玕、孙永清、李庆棻，俱着交部议叙。闽、广二省于此项兵米到境时，照料配渡亦为妥协；总督李侍尧、孙士毅、巡抚徐嗣曾、图萨布亦着一并交部议叙，以示奖励』。
钦差协办大学士陕甘总督办理将军事务福康安奏：『此次由鹿仔港进剿，必须南、北两路并力合攻，使贼匪分散。现咨会常青、恒瑞、柴大纪、蔡攀龙等临期合攻，一面抚谕附近被胁民人令其各保村庄，杀贼自效，道路自无虞梗塞；然后进逼大里杙，约会淡水官兵由乌日庄夹攻，并令侍卫带兵在牛骂、快官等庄杜其奔窜之路，不难一鼓歼擒。俟臣到彼，如有应行布置，再当相机妥办』。谕军机大臣曰：『福康安奏筹办剿捕事宜，与朕节次所降谕旨虽有大同小异，然已俱得要领。就此时情形而论，自先以援救诸罗为要。福康安到鹿仔港后，等候川、黔、广西兵到齐，即直抵诸罗；柴大纪、蔡攀龙在彼日久，于该处情形自为熟悉，福康安当与之悉心筹划。至台湾府城现有常青在彼，看来虽未能进取，而自守尚属有余；即使府城守御难支，或竟有疏虞之事，亦不难再为收复。福康安不必因身当重寄，不能为郡城保全，即为有负任使，心怀疑虑，以致顾此瞻彼。所带巴图鲁侍卫章京等皆系久经行阵，于行军机宜皆能熟悉；统兵进剿时，其旁路、后路或有贼匪潜出滋扰，伊等自能随时察看、豫行防范，不致堕贼狡计』。
