冬十月初七日（辛酉），谕军机大臣等：『据崔应阶等奏到：台湾窃贼黄教纠众竖旗，拒捕滋事；随经官兵追拏，贼众四散逃窜，首匪尚未弋获等语。奸徒纠众不法，情罪可恶；一经拏获，本应立即刑诛。况台湾远隔重洋，更非内地可比；尤不当羁禁延缓，致有疏虞。至鄂宁所称令解赴厦门质审，未免拘泥成例。此等匪恶渡海，管解防范稍有未周，或恐疏脱滋事；着派余文仪前往台湾，将就获各犯随时审明，即在该处正法示众。惟首犯黄教于获到后，多派妥干员弁，沿途小心押解；交鄂宁严行审讯，照例凌迟处死。至现据奏到情节，不但黄教未经弋获，余党之窜者尚多。着传谕鄂宁等即速严饬该处文武官弁，于番界海口加紧防守，无使兔脱远扬；务将各犯尽数就擒，无使一人漏网。又所称台湾内山系生番地面，贼匪不能窜入；揆度事理，亦未甚尝。此等亡命匪恶，避罪偷生，铤而走险，急何暇择；设或冒死逃往，潜匿山箐，亦未可知。即当设法晓谕生番，令其擒献；或酌量悬赏，以励番众。总期尽绝根株，毋使稍留余孽。现在崔应阶巡查浙江兼署抚篆，不必回闽；此案即着鄂宁就近办理，仍将曾否弋获首伙几犯之处，速行据实具奏。并将此传谕崔应阶、吴必达知之』。
十二日（丙寅），军机大臣等议奏：『据闽浙总督崔应阶议覆大学士陈宏谋条奏巡查海口船只各事宜：一、闽、浙二省沿海商渔船，成造时报地方官给执照；请仿江省定限，一年一换。应行查报出入口岸，大口五日、小口十日；由汛员汇送地方官注册备考。一、向例：船只闽省用黑篷、白字，浙省用白篷、黑字。但不得专恃篷色为别，应仍令该管州、县及各口汛弁随时查察。一、商船成造后租别人管驾，令先报地方官，再赴汛口取具互结。倘在洋滋事为匪，船主、租户问罪；租户远扬，船主是问。一、闽、浙海洋口岸甚多，倘守备等官不敷差遣，应择船只出入较多处所委守备以上一员按月轮替，其余小口仍委千、把防守；责成该处镇、道稽查』。从之。
——以上见「大清高宗纯皇帝实录」卷八百二十。
十一月初八日（壬辰），谕：『昨据崔应阶、鄂宁奏：台湾冈山地方有匪犯黄教纠伙拒捕之事，并声明该犯从前因行窃拟徒，援赦安插等语。因令刑部检查原案，则黄教因伙窃牛只，闻捕潜逃，及马快朱进等往拏，辄敢执刀拒捕，架格伤人；情罪实为凶恶。当日审转各员，仅照寻常拒捕例，拟以杖徒；刑部亦不复加驳改：均属非是！此等咨行案件，偶一查询，即有不能允协之处。可见外省办理审案，全不认真；而刑部之复核咨文，亦不过依样葫芦，漫无可否。若以事隔多年置之不究，则内外问刑衙门将复何所警畏乎！着将审拟此案之县、府、道、司、据详咨结之该抚及原办之刑部堂司各官，俱着交部查明议处』。
——见「大清高宗纯皇帝实录」卷八百二十二。
十七日（辛丑），谕军机大臣等：『鄂宁奏「台湾贼匪黄教聚众」一案，地方遇有逆匪纠众不法之案，文武大员果能办理得宜，立时擒治，自断不致蔓延猖獗。今据称贼匪等于十月十七等日尚有在北路一带焚烧营房、拒伤官兵之事，则前此所报贼已四散窜匿及匪伙止有百余之说俱非确情。此实系地方官意在化大为小，禀报多有粉饰；外省积习如此，实可痛恨！至王巍虽在台湾，于统兵调度之事未必能悉合机宜；且其人原本平常，殊不足恃。今吴必达现已带兵前往，人尚历练能事；自可克期剿捕，早绝根株。至擒获各犯，前已谕余文仪迅往台湾随时审明，即于该处正法；谅已遵旨办理。惟是漳、泉诸郡地近海滨，人情亦多犷悍；尤宜示以镇静，毋致稍涉惊疑，最为要务。其王巍办理不善情形，昨已谕吴必达前往确查覆奏。所有台郡文武员弁禀报不实之处，俟事竣后查明参处数人，以示警戒。目今情形，随便速奏。将此传谕鄂宁知之』。
二十一日（乙巳），谕军机大臣等：『台湾贼匪聚众不法一案，前据该督、抚等奏到各情形，王巍等办理不善之处，大略可见；节经谕令吴必达妥协经理。今日崔应阶奏「据镇、道等禀报情节」一折，是此事初发时，该镇、道尚意在弥缝，则平日之姑息养奸，不问可知；而通核种种缘由，措置尤为失当。如原报十月初二日一闻黄教纠众竖旗，即统率官兵剿捕；今折内称初三日在城盘获贼犯刘恭等二名，又续获洪答等二十余名。镇、府既领兵前往，则城内获犯者何人？城内既获如许贼犯，可见匪徒结聚已久，不止冈山一处。且称黄教等竖旗聚众，原想抢夺村庄，并无谋为不轨之意；此语更为大谬！试问贼众抢夺村庄，非不轨而何？即此足见伊等欲化大为小、化有为无矣。又前折内称王巍于初三日带兵前赴冈山，知府邹应元随往协办，该道张珽留郡弹压防护；是镇、道并不在一处。今折内何以称连据镇、道具禀！伊等既行守相隔，何以会合禀报？或王巍往冈山后，旋即回至台湾，并未亲身督剿耶？再折内有「第八名正犯方髓、第九名正犯韩笔」之语；贼匪并未有散札、传帖等事，何由知其次序？殊不可解！此语得之何人？又称「贼首虽未就擒，而贼众惊惶；他处贼匪，难以会合」。此语益为荒诞！昨据鄂宁等奏，贼匪蔓延北路，有焚烧、拒捕之事；可见其并未解散。今惊惶瓦解之语，得自何来？前后矛盾殊甚！至称挑选年力精壮、熟识山径之人改装进山，探听贼踪等语；更非情理所有。带兵原为剿贼，况兵丁皆台湾土著，何至不识路径，另待挑人！若云窜入生番，兵即不能追捕；尤觉可怪！台地与生番壤接，平时尚当慑以声威；至贼匪窜入其境，何难一面谕令擒献、一面统兵直入，晓以「剿缉内地逸匪，并不滋扰番地」，方为正理。乃因番境相隔，即生退阻；设使生番稍有不靖，竟将置之不办乎？又王巍初二日差人赍奏雨水情形一折，今日亦已递到。计其拜折日期，即系黄教事发之时；该镇何难具折由驿速奏，可以早为指示！且总兵等准其奏事，原为地方要务起见；而紧要事件，并许驿函飞递。今贼匪滋事之案，地方公务孰有要于此者？并非前此吴士胜驰折谢恩可比。王巍又何拘泥若此，竟不飞章渡海告之抚臣速赴邮传耶？看来该镇、道专欲消弭隐讳，故从未奏闻；而节次禀揭，措词亦多粉饰。殊不知盗贼窃发，原不能保其必无，如漳浦县逆犯卢茂等一案，文武各官上紧办理妥贴，朕即加恩奖叙其出力员弁，并予升赏；王巍等岂无见闻！若黄教之事一有端倪，即迅速掩捕，何至贼众逸出生事！乃不此之务，妄思以诡词塞责，其取戾更甚；又何如先事之据实直陈耶！王巍等俟此案办结后，再降谕旨。吴必达现已领兵赴台，一切剿贼、缉犯，自能合宜。所有已获各犯，并着交吴必达会同余文仪迅速严审，仍遵前旨即行在彼正法；如镇、道及在事员弁有乖方贻误应行究讯者，即一面令其解任、一面奏闻，亦无不可。仍即将日来查办情形，星速具奏。并将此传谕崔应阶、鄂宁等知之』。
二十六日（庚戌），谕军机大臣等：『据鄂宁等奏到「现在办理逆匪黄教情形并吴必达带领官兵船只前往剿捕」一折，所办甚好。奸徒纠众拒捕不法，实为罪大恶极；应即严行搜捕，务净根株，以彰显戮。至该镇王巍本系驻札台湾之员，自匪徒窃发以来，虽即督兵往剿，但首伙各犯尚多未获，且自初八日具报以后，相隔两旬未据将曾否获犯续报抚、提诸臣。该镇前后作何筹办？是否妥协？吴必达到彼，自可得其实在情形；着即悉心查奏。其匪案起事缘由，应即确切根究，悉力擒拏，毋使一名漏网；获犯之日，即于台地正法宣示，俾众人共知儆惕。又前据鄂宁等奏报：台湾道张珽留驻郡城、知府邹应元赶往参酌办理；其事殊不可解！道员官阶在知府之上，且兼辖兵备；办贼乃其专责，自应随营调度。知府身任地方，留郡弹压，应为合宜。何以行守倒置若此！着传谕鄂宁，即行查明据实具奏。将此一并谕吴必达知之』。
二十九日（癸丑），谕：『前据崔应阶、鄂宁等节次奏报「台湾匪犯黄教纠众不法」一案，朕核其情节，即料及必系王巍在彼办理不善与该道、府因循贻误所致，业已谕令吴必达查办。今阅王巍奏折，则该镇于九月初一日抵台湾地方，已知有积匪黄教纠伙滋扰之事；自应即行督兵亲往上紧查拏，务期尽获奸匪，以靖海疆。乃仅委守备一员、把总一员会同文员入山搜缉，致奸徒无所畏忌，酿成事端。至十月初二日，闻贼匪在山顶竖旗，纠集百有余人，始带兵往剿；而所获各犯，又属寥寥。计其时距该镇初闻此事，已及一月；是王巍等玩视贼情、稽延误事，果不出朕所料。此次折内尚称该处山岭重迭，路径崎岖；是其怯懦观望情形，更觉自难掩覆。看来此番贼匪蔓延，总由该镇及道、府等始而意在弥缝，希图了事；继复由王巍心存畏意，不能奋往督剿，以致贼益鸱张。王巍实罪无可逭；着传谕吴必达就近查明，据实严参。并将此谕崔应阶、鄂宁知之』。
——以上见「大清高宗纯皇帝实录」卷八百二十三。
十二月乙卯朔，谕：『贼匪黄教纠众不法一案，该镇王巍于九月初一日抵台湾，即据地方官报知其事；自应刻即亲往剿捕，尽获匪党，以净根株。乃仅派守备、把总入山搜拏，迁延一月，致贼匪得以肆行无忌；直至十月初二日，闻匪众竖旗之事，始带兵亲往。昨阅伊奏折，其观望畏葸情形毕露；即此一节，已难胜总兵大员之任！王巍着革职；俟督、提等查参到日，再降谕旨』。
调福建漳州镇总兵叶相德为台湾镇总兵。……以福建澎湖水师副将许德为黄岩镇总兵。
初四日（戊午），谕军机大臣等：『崔应阶奏「盘获汀州傅元禧带有旗信逆词，随即拏获逆犯十一名」一折，总兵眉绶及府、县各官办理此事，尚属妥协。此等奸匪敢于结盟散札，情甚可恶！务须上紧查拏，毋任一人漏网；从重处治，庶足以示惩儆。闽省现有台湾匪犯尚未办结，今复有此案即须查审，崔应阶应速回闽省办理。前已令永德回浙，如此时已到浙江，崔应阶即将巡抚印务交代起程；若尚未回任，即将抚篆交刘纯炜暂行护理。崔应阶迅速前往汀州，就近查办。其应拏广东逆犯，已谕令李侍尧一体严拏；如有续经究出应拏之犯，该督可即飞咨粤省严缉务获。至汀州府知府宋丰绥及该处文武各员内所有实力妥办之人，着崔应阶查明，据实具奏；有应送部引见者，亦并列名奏闻。再，阅该犯等逆词，内多隐语，且开有药方；其踪迹甚为诡秘。或于此中究出造意割辫首犯，亦未可知。崔应阶查审时，着一并留心根究』。
初六日（庚申），谕军机大臣等：『据吴必达奏「督剿贼匪黄教」一折，内有「贼众东突西扰，官兵疲于奔走，未易克期竣事」等语；所奏未免心存畏难。吴必达平日尚属能事，昨一闻逆匪蔓延之信，即带兵渡海督办，颇觉勇往；何以甫至台湾，辄尔张皇顾虑！此等么囗〈麻上骨下〉鼠窃，原属不成事体；纵使避匿山洞，官兵奋力合剿，何难克期就获！前据鄂宁等奏称分调水师前往，合之台湾本地之兵，已不为少。今该提督称现兵不敷派拨，已飞咨督、抚添调；鄂宁现在厦门，自即派兵接应。吴必达应即上紧督兵，设法搜剿；迅速擒获，以靖海疆。不得复以兵少为词，致奸宄久稽显戮。至此案初起时，不过匪徒偶聚深山，潜行滋扰，本非难办之事。地方文武若即督率掩捕，原可立就扑灭；皆由总兵王巍畏葸观望，迁延一月，致贼匪鸱张不法，实为贻误！已降旨将伊革职。至伊统兵以来，尚容贼众肆行窜突、焚掠拒捕，则其漫无调度更可想见矣；吴必达何以不即参奏？着再传谕吴必达遵照前旨，将王巍懦怯乖方之处，据实严参究治；仍将现在剿贼情形，迅由六百里具奏。并谕崔应阶、鄂宁知之』。
又谕：『据钱琦奏「现赴建宁查办傅元禧等逆案」一折，该犯等于造作逆词、结盟纠众，情罪甚为可恶！自当彻底严究，务将首伙各犯迅即擒获，重加惩治；不得因其茹供不吐，致令狡卸，稍有轻纵！钱琦闻信，即行亲赴查办，固属分所应为；但省会重地，不可无大员弹压。昨据崔应阶奏至，已谕令迅回闽省督办；崔应阶一到瓯宁，钱琦即应先回省城。俟傅元禧等一案办毕之后，崔应阶即赴厦门筹办台湾一切事宜，鄂宁即可回省办理地方事务。可将此传谕崔应阶、鄂宁并钱琦知之』。
十四日（戊辰），谕：『据鄂宁奏：「台湾道张珽于办理逆匪黄教一案，平日既不能率属稽查奸宄，及贼匪蔓延，又复安坐郡城，并不亲往督捕；且一味存心讳饰，捏混欺朦。请旨革职」等语。张珽着革职；仍留台湾，令其自备资斧协拏逆匪，俟事竣之日另行降旨。所有台湾道员缺紧要，必须熟谙强干之员，方足以资整饬；孙孝愉着以按察使衔，管理台湾道事务。其四川按察使员缺，着刘益补授』。
——以上见「大清高宗纯皇帝实录」卷八百二十四。
十六日（庚午），谕军机大臣等：『昨因台湾道员缺紧要，必须明干之员方克胜任；已降旨令孙孝愉以按察使衔管理台湾道事。今该督以蒋允焄熟悉该处情形，奏请调补；朕观孙孝愉尚属明白勇往，于现在整饬诸务似属相宜。着该督再行酌量，如台湾地方必须蒋允焄办理，即据实奏闻，将蒋允焄调补台湾道；孙孝愉即以升衔管理汀漳道事，亦无不可。将此传谕知之』。
