九月戊寅（初十日），谕吏部、兵部：『向来海寇窜踞台湾、出没岛屿、窥伺内地，扰害生民。虽屡经剿抚，余孽犹存；沿海地方，烽烟时警。迩者黔、滇底定、逆贼削平；惟海外一隅，尚梗王化。爰以进剿方略咨询廷议，咸谓海洋险远、风涛莫测，长驱制胜，难计万全。朕念海氛未靖，则沿海居民勿获休息；特简施琅为福建水师提督，前往相度机宜，整兵进征。该提督忠勇性成，韬钤夙裕；兼能洞悉海外形势，力任克期可奏荡平。遂训练水师、整顿战舰，扬帆冒险直抵澎湖，鏖战力攻，大战贼众，克取要地，立奏肤功。余众溃遁台湾慑服兵威，乞降请命；已经纳土登岸，听候安插。自明朝以来逋诛积寇，始克殄除。滨海远疆，自兹宁谧。此皆该提督矢心报国，大展壮猷，筹划周详，布置允当；建兹伟伐，宜沛殊恩。施琅，着加授靖海将军；封为靖海侯，世袭罔替，以示酬庸。前进剿云南官员曾各加一级，兵丁赏赉一次；顷因该提督所统官兵出海进剿，勤劳堪念，已经照云南例加级赏赉。复思官兵远抵海疆，冒险剿寇，非滇、黔陆路用兵可比；着再各加一级，兵丁赏赉一次，以示特加优渥至意』。
冬十月己亥（初二日），予澎湖阵亡平阳总兵官左都督赠太子太保朱天贵祭葬，谥「忠壮」。
丁未（初十日），九卿、詹事、科道以海寇底定，请加尊号。上曰：『加上尊号，典礼甚大。台湾属海外地方，无甚关系；因从未向化、肆行骚扰，滨海居民讫无宁日，故兴师进剿。即台湾未顺，亦不足为治道之阙。朕观古来史册，盛世无屡赦之事；此时虽颁赦加恩，小民未必均沾实惠。治天下之道，但求平易宜民而已，何用矜张粉饰！且吴三桂剿后，颁赦未久；今又以升平行赦，殊觉太烦！但愿以平治之道图久安长治，不愿烦扰多事。可将此意传谕九卿，科道、詹事知之』。寻大学士奏：『臣等遵旨传谕诸臣；诸臣言台湾虽在海外，乃海贼历年占踞，凭恃其险，侵扰沿海居民；今皇上指授庙略，剿抚兼施，海贼遂尔向化；皇上威德加于海外，自古以来未有能及。臣等非不知皇上以易简之道治天下，不尚粉饰；惟皇上功德实越古昔帝王，非加上尊号无以慰臣民仰戴之愿』。上曰：『海贼，乃癣疥之疾。台湾仅弹丸之地，得之无所加、不得无所损。若上尊号、颁恩诏，即入于矜张粉饰矣。不必行』。
乙丑（二十八日），福建提督施琅奏：『舟山等处伪总兵有兵丁船只在海岛者，俱遣人招抚；令聚集一处，以杜奸宄』。上曰：『施琅所奏招积各岛船只，筹划周详，甚为可嘉！此等见在海岛船只及伪官兵丁，着施琅严加确察，俱行收抚；务尽根株，毋贻患』！
命吏部侍郎杜臻等在闽、粤、江、浙勘沿海边界，招垦荒地，复诸迁民业。
十二月丙辰（十九日），调施维翰为福建总督（由浙江调）。
康熙二十三年甲子（一六八四）春正月丁亥（二十一日），福建提督靖海将军侯施琅奏：请设台湾镇守官弁。上问大学士等曰：『尔等之意若何』？李霨等奏曰：『据提督施琅奏云：台湾有地数千里、人民十万，弃之必为外国所踞；奸宄之徒窜匿其间，亦未可料。臣以为守之便』。上曰：『台湾弃取，所关甚大。镇守之官，三年一易，亦非至当之策。若徙其民人，又恐失所；弃而不守，尤为不可。尔等可会同议政王大臣、九卿、詹事、科道再行确议具奏』。寻议政王大臣议覆：行令福建督、抚、提、镇详议。从之。
三月辛未（初五日），浙江巡抚金鋐奏：海上乌洋舟山伪将军黄锡鹏、周云隆、伪都督阮继先率伪官百员、兵四千一百余名投诚。
壬申（初六日），以福建投诚伪将军刘国轩为直隶天津总兵官。
夏四月丁酉（初二日），天津总兵官刘国轩陛辞；上谕：『台湾地方阻声教者六十余年，尔素怀忠诚，值施琅督兵进剿，首先归命。是以特授为总兵官，以示优眷。但天津地方近在畿辅，与别省不同。尔宜加意抚辑，使兵民相安，盗贼屏迹。且尔从闽海来，并无亲知故旧，当尽职以副朕怀』。又谕：『朕嘉尔海外倡率归诚，且孤身远来；今当赴任，殊为可念！故于常例之外，赐尔白金二百两、表里二十疋、内厩鞍马一匹，以示异数』。
己酉（十四日），差往福建料理钱粮侍郎苏拜会同福建督、抚、提督等奏：『台湾地方千余里；应设一府、三县，设巡道一分辖。应设总兵官一、副将二、兵八千，分为水陆八营。澎湖应设副将一、兵二千，分为二营。每营各设游、守、千、把等官』。从之。
辛亥（十六日），九卿等议准：『工部侍郎金世鉴奏：皇上德威遐布，海外悉宁。浙江沿海地方，请照山东诸处见行例，听百姓以装载五百石以下船只往海上贸易、捕鱼；豫行禀明该地方官，登记姓名、取具保结，给发印票，船头烙号。其出入，令防守海口官员验明印票、点明人数；至收税之处，交与该道计货之贵贱、定税之重轻，按季造册报部。至海口官兵，请于温、台二府战船内各拨二十只，平定台湾所获哨船拨八十只，令其分泊，防守巡逻』。从之。
五月丙寅朔，调王国安为福建总督，裁浙江总督。
秋七月乙亥（十一日），奉差福建、广东展界内阁学士席柱复命，奏曰：『臣往海展界，福建、广东两省沿居民群集跪迎；皆云『我等离旧土二十余年，已无归乡之望。幸皇上威德，削平寇盗，海不扬波。今众民得还故土，保有家室，各安生业；仰戴皇仁于世世矣』。上曰：『百姓乐于沿海居住，原因海上可以贸易、捕鱼。尔等明知其故，前此何以不准议行』？席柱奏曰：『海上贸易，自明季以来，原未曾开，故不准行』。上曰：『先因海寇故，海禁不开为是。今海氛廓清，更何所待』？席柱奏曰：『据彼处总督、巡抚云：台湾、金门、厦门等处虽设官兵防守，但系新得之地；应俟一、二年后，相其机宜，然后再开』。上曰：『边疆大臣，当以国计民生为念。向虽严禁，其私自贸易者何尝断绝。凡议海上贸易不行者，皆总督，巡抚自图射利故也』！席柱奏曰：『皇上所谕极是』。......
丙子（十二日），召问学士席柱曰：『朕前日未曾问及提督万正色、施琅；伊等品行若何』？席柱奏曰：『陆路提督万正色为人忠厚和平，居官亦优』。上曰：『万正色前督水师时，奏台湾断不可取；朕见其不能济事，故将施琅替换，令其勉力进剿，遂一战而克。万正色、施琅二人，今相睦否』？席柱奏曰：『二人阳为和好，阴为嫉妒』。上曰：『施琅何如』？席柱奏曰：『施琅人材颇优，善于用兵；但行事微觉好胜』。上曰：『粗鲁武夫，未尝学问；度量褊浅，恃功骄纵：此理势之必然也』。
八月乙卯（二十二日），以黄桂为福建按察使（由江南驿盐道迁）。
九月甲子朔，谕大学士等：『向令开海贸易，谓于闽、粤海边生民有益。若此二省民用充阜、财货流通，各省俱有裨益。且出海贸易，非贫民所能；富商、大贾懋迁有无，薄征其税，不致累民，可充闽、粤兵饷，以免腹里省分转输协济之劳。腹里省分钱粮有余，小民又获赡养。故令开海贸易。今若照奉差郎中伊尔格图所奏，给与各关定例款项于桥道、渡口等处概行征税；何以异于原无税课之地，反增设一关科敛乎？此事恐致扰害民生。尔等传谕九卿、詹事、科道会议具奏』。
丙子（十三日），兵部题：『原任福建总督姚启圣修理兵船、兵器，浮冒钱粮四万七千余两，应行追赔』。得旨：『姚启圣攻取台湾，着有劳绩；着免其追赔』。
己丑（二十六日），兵部等衙门遵旨会议：『续顺公沈瑞，于康熙九年袭伊叔沈永兴公爵。康熙十三年，逆贼刘进忠反，沈瑞被掳台湾，虽受伪印，但其时沈瑞年纔十二，尚在幼小，且不忘国恩，协谋内应，以待我大兵至。康熙二十年十一月，为同谋伪镇朱友出首，全家被害；此公爵仍应世袭。俟查明应袭之人，具题承袭』。从之
冬十月丁巳（二十五日），弛海禁，惟不得以火药、军器出洋。
十二月甲辰（十三日），先是，侍郎苏拜等奏：『郑克塽、刘国轩、冯锡范、明裔朱桓等，俱令赴京；其武职一千六百有奇、文职四百有奇，或愿回籍、或愿授职，应听部察例议叙。兵四万余人，愿入伍、归农，各听其便』。上命郑克塽家口亲族及刘国轩、冯锡范本身家口，俱令遣发来京。其伪官并明裔朱桓等，俱于附近各省安插垦荒。余如议』。至是，郑克塽等至京。上念其纳土归诚，授郑克塽公衔，刘国轩、冯锡范伯衔，俱隶上三旗；仍令该部拨给房屋、田地。
康熙二十四年乙丑（一六八五）春二月乙未（初五日），以张汧为福建布政使（由贵州按察使迁）。
戊午（二十八日），命大学士明珠等传谕天津总兵官刘国轩曰：『朕抚御寰区，聿臻治理。止台湾余孽一线尚存，虽属小岛未平，犹虑海滨弗靖；尔刘国轩身为渠党，乃能仰识天时，劝令郑克塽纳土来归，朕心嘉悦！授尔总兵官之任。闻尔家口众多，栖息无所。京城房舍，人有定业；况价值不赀，尔安从得之。今赐尔第宅，俾有宁居，以示优眷』。
三月乙丑（初五日），正黄旗汉军公郑克塽题：请叙郑聪等投诚功；部议不准。上谕大学士等：『大兵进剿，郑聪等同郑克塽即献台湾投诚；久踞海岛之寇，尽行消灭。伊等，着准其议叙』。
丁亥（二十七日），福建提督侯施琅奏：请恤赏进剿澎湖伤亡兵丁；部覆毋庸议。
上谕大学士等：『凡军功议叙恤赏，俱关紧要。如迟延日期、往返咨查，恐奸宄之徒舞文作巧，易生弊端。朕思此等贫兵，早给一日恤赏，使得早受一日实惠。此后，着一概速行议恤』。
夏五月庚申朔，户部议准：『郎中塞楞额奏：福建设炉二十座铸钱，将明代旧钱悉行销毁』。上谕大学士等：『旧钱流布，不止福建一省，他省亦皆有之。止可听其从容销去；若骤为禁止，恐不肖之徒借端生事，贻害平民，亦未可定。所奏不准行』。
秋八月戊戌（初十日），以孔兴洪为福建按察使（由直隶口北道迁）。
雍熙二十五年丙寅（一六八六）春三月癸酉（十九日），以田庆曾为福建按察使（由河南河北道迁）。
夏四月癸巳（初九日），以张仲举为福建巡抚（由湖南布政使迁）。
冬十二月戊午（初八日），予台湾殉难续顺公沈瑞暨妻郑氏及拖沙喇哈番沈珽各祭葬。
丙寅（十六日），福建提督张云翼奏：『水师提督施琅于泉州公廨建立御书碑亭，各官不便行走』。得旨：『朕赐御书，原以裦施琅之功，荣宠其一身一家；于伊家左右，犹可立碑。今乃于公所建立，不独张云翼一人出入未便，即合省文武大僚亦皆震悚回避。此特借端招摇，该部严饬施琅不得于公所立碑』。
己巳（十九日），以张永茂为福建布政使（由广西按察使迁）。
康熙二十六年丁卯（一六八七）春三月乙酉（初七日），大学士等奏：『臣等遵旨传谕九卿等集议应行、应改事务，诸臣佥云：『皇上夙夜孜孜勤求治理。政务俱已全备、寰宇已极升平；并无应行、应革事件。前辅政大臣时，各省皆有总督；自皇上亲政以来，酌裁总督员缺，惟设江南江西一总督、广东广西一总督、云南贵州一总督、湖南湖北一总督、四川陕西一总督、福建浙江一总督。后将浙江福建总督缺，改为福建总督；然浙江、福建皆系近海地方，请仍改福建总督为浙江福建总督，似属有益』。从之。
调王新命为浙江福建总督（由江南江西总督迁）。
夏四月乙亥（二十八日），准福建台湾府乡试另编字号，额中一名；从陆路提督张云翼请也。
康熙二十七年戊辰（一六八八）春三月己丑（十六日），调王新命为河道总督（由福建浙江总督调）。
丙申（二十三日），以王隲为福建浙江总督（由江西巡抚迁）。
壬寅（二十九日），谕兵部尚书张玉书、刑部尚书图纳、左都御史马齐曰：『前李光地曾奏：「德格勒、徐元梦所学甚博、作文甚优，汉官亦不能及」。德格勒奏：「李光地用为总督、提督，令同伊母赴任，始肯就职；若用于别任，必不来也」。朕因其互相陈奏，欲辨虚实。从前将德格勒亲加考试，其文见存；今李光地已来京，尔等可将德格勒试卷宣示九卿，并以问李光地』。于是张玉书等传集九卿公阅德格勒试卷，奏称：『德格勒之文，词语粗鄙，毫无文气。诘问李光地，亦自甘妄奏之罪。请将李光地下部议处』。上曰：『李光地本应治罪；念其任学士时，凡议事不委顺从人。台湾之役，人皆谓不可取；李光地独言可取：此其所长。除此事外，别无妄奏之处；姑从宽免，令仍为学士』。
