刘福通领导的北方红巾军与元军战斗达12年之久，经历了大小数百次战争，杀伤元军无数，虽然起义最终被镇压下去，但是帝国的元气大伤，元朝的反动统治已经到了崩溃的边缘。
元顺帝至正十二年（公元1352年）的一天，南方红巾军将领郭子兴的帅府，押来了一个被士兵称为奸细的青年僧人。一经审问，原来是慕名前来投军的。郭子兴见他慷慨陈词，气度不凡，便让他留在军中。这个和尚是谁呢？他就是17年后灭了元朝，做了明朝开国皇帝的朱元璋。
朱元璋于元致和元年（公元1328年）出生在濠州（今安徽凤阳）钟离乡一户贫苦农民家里。17岁那年，家乡发生天旱、蝗灾，加上瘟疫流行，父母兄长相继去世。为了糊口，他到皇觉寺当了和尚。不到两个月，庙内也闹粮荒，无法栖身，只得手持钵盂，沿途化缘，乞食于淮西、河南一带。这时，农民大起义的烽火已经燃遍了大江南北。
朱元璋也想造反，就脱去袈裟，参加郭子兴的红巾军，当上了一名“九夫长”。后因作战勇敢，屡建战功，很快取得了郭子兴的信任，郭子兴还把义女马氏许配他为妻。
这年秋天，朱元璋回乡招募了7 00名士兵，与徐达、汤和等南取定远；接着又招降了几支地主武装，拉起了一支两万多人的队伍，于元顺帝至正十五年（公元1355年）攻下和州（今安徽和县）。郭子兴任他为总兵，成为镇守一方的大将。
朱元璋英气焕发，机智勇敢，因自己没有读多少书，在发展中特意吸收知识分子参加，作为他的智囊，为他出谋划策。
一次，定远人冯国用、冯国胜兄弟向他献策：“集庆（今南京市）龙盘虎踞，自古为帝王建都之地，如果能攻占它，并以此为中心，推行德政，笼络民心，伺机进取，何愁天下不定？”李善长还劝他向汉高祖学习，用五年时间削平群雄，统一天下。
这些建议，都说到了他的心坎上，因为他早就有独立发展、另立山头的计划，只是时机尚未成熟罢了。
至正十五年三月，郭子兴病逝。这时，刘福通已经在亳州拥戴韩林儿做皇帝，国号大宋。韩林儿任命郭子兴的儿子郭天叙为元帅，张天（郭子兴的妻弟）、朱元璋分别为右副元帅和左副元帅。郭天叙年轻，在军中没有威信，张天有勇无谋，临事寡断，只有朱元璋智勇双全，加上手握重兵，便成了实际上的主帅。
第二年，朱元璋调集大军，水陆并进，一举攻下了集庆。在攻打集庆时，郭天叙、张天被阴险狡诈、表面投降义军、心里却向着元朝的地主武装首领陈（yě）先暗害。朱元璋便收编了他们的部队，将集庆更名应天府，作为自己的根据地。
他又趁刘福通北伐之机，击溃了在江南地区被义军分割隔绝、孤立无援的元军主力，占据了江苏、安徽、浙江等省的大部分州县，成了江南地区反元的重要武装力量。
这时，在长江中下游地区还有两个重要的武装集团，即据有湖广、江西地区的陈友谅和据有江南沿海一带的张士诚，从东西两面威胁朱元璋的安全。如何在群雄并立的夹缝中求得生存和发展，最后夺取天下，是他念念不忘的大事。
至正十八年，朱元璋攻克徽州，邓愈向他推荐休宁人朱升。朱升从军事、经济和政治方面向他建议“高筑墙、广积粮、缓称王”，建立巩固的根据地，发展生产及缩小目标，减轻阻力，不务虚名，谋取实效。朱元璋采纳了他的意见，注重应天的建设：军队一边打仗，一边种田，减轻人民的负担。他头上的职衔，从江南行省平章到吴国公，都是韩林儿任命和封赠的，就连斗争的口号也没有改变。
朱元璋打着大宋政权的旗号治理江南，使自己的势力得到迅速发展，避免了许多麻烦。后来，他又采纳了胡大海的建议，把浙江著名的“四先生”，即青田人刘基、浦江人宋濂、龙泉人章溢、丽水人叶琛请到应天（今南京），待遇优厚，让他们住在“礼贤馆”里以备随时顾问，因而得到了江南地主阶级的合作和支持，势力越来越大。刘基，又叫刘伯温，学识渊博，足智多谋。他向朱元璋分析了当前的形势：“张士诚胸无大志，贪图安逸，不足为惧。陈友谅占据上游，野心勃勃。统一天下，当从他开始。陈友谅一灭，张士诚势单力薄，很快便可收拾。到那时，再出兵北伐，天下可定。”朱元璋就按照刘伯温说的行事。
至正二十年，陈友谅率军东下攻占太平，并在军前杀了徐寿辉自即帝位，国号汉。他与张士诚相约，合攻应天，夹击朱元璋。张士诚为了“守境观变”，没有出兵，朱元璋因此能集中兵力反击陈友谅。陈友谅虽然兵力雄厚，但自从杀了徐寿辉后，将士离心离德，号令不能贯彻。这时，他中了朱元璋设下的诱敌之计，在江东桥一带被朱军袭击，损兵折将，死伤不计其数，仅被俘的就有两万多人。陈友谅不甘心失败，又在至正二十三年发动了鄱阳湖水战。徐寿辉的许多部属，率众投到朱元璋麾下；明玉珍也不服调遣，于至正二十二年称帝，国号夏。
当时，陈友谅拥兵六十余万，有战舰数百艘；朱元璋仅有二十万兵力，船都是小的。陈舰虽大，因用铁链锁在一起，转动不便；朱船虽小，机动灵活，进退自如。两军在鄱阳湖康郎山相遇。朱元璋命令士兵乘小船放火。霎时间浓烟蔽日，火光冲天，陈舰被焚，士兵落水溺死、烧死者不计其数，几十里的湖面上漂满了战船的残片、器械以及陈军的尸体。这次共激战36天。
陈军的主力被击败后，余兵冒死从禁江口突围，又被朱元璋用火船、火筏团团围困。陈友谅中流矢身亡，其子善儿被俘，另一个儿子陈理在武昌继位。第二年，朱元璋出兵武昌，陈理出降，汉亡。
至正二十四年，朱元璋自称吴王。翌年十月，朱元璋颁布“平周榜”，公开指斥白莲教是“妖言”、“妖术”，污蔑起义军“焚荡城郭，杀戮士夫，荼毒生灵，无端万状”，表明他已完全背叛了农民起义军的立场。
至正二十六年底，朱元璋借口从滁州迎接韩林儿来应天，在瓜洲凿船，沉韩林儿于江中。同年底，徐达、常遇春等攻下湖州、杭州等地。至正二十七年，进围张士诚于苏州。城陷，张士诚被俘，在应天被乱棒打死。
至正二十七年冬，朱元璋利用人民要求推翻元朝反动统治的强烈愿望，以“驱除鞑虏，恢复中华”相号召，传檄四方，派大将徐达、常遇春率精兵25万北伐。那时，元政府在北方的统治早已名存实亡，靠镇压红巾军起家的几支反动地主武装，如李思齐、张思道之流，也因争权夺利，相互厮杀，斗得精疲力竭，这就使朱元璋能胜利进军。
至正二十八年，北伐军按原定计划先取山东，朱元璋认为时机成熟，便在应天即皇帝位，国号大明，建元洪武。这年八月二日，以元顺帝妥欢帖睦尔为首的蒙古贵族集团，仓皇逃往上都，元亡。朱元璋在派兵北伐的同时，又进攻庆元（今浙江宁波）的方国珍、福建的陈友定、四川的明升，完成了对全国的重新统一。
