二月十二日，水师提督吴鸿源接到诸路军报。盖诸军次第攻破上树头庄、马稠后庄，各杀贼数百级。戴逆自率悍贼围攻嘉义已阅数月，其间互有胜败；然贼存必得之心，故猛扑不休，外救依然不至。吴帅遂使洪金升分扎白沙墩，通判杨兴邦、同知张启煃进扎水堀头街，自以吴志高为乡导引兵下茄苳，先定鼎足之势。自将游击周逢时、守备苏吉良等统镇标诸军攻破后寮仔庄，生获伪元帅、将军等十八人。贼渠王禄拔据守马稠后庄，与官兵力战。洪金升与杨兴邦各分兵蹑其左右，王三面受敌，始慌乱，请救于陈弄；弄令书记陈吉生覆书，嘱拔坚守，约三更救兵决到。陈吉生本从林镇随营人员，林覆没，陈被执，陈弄惜其才，与认宗谊，劝之降，使掌文报书类之职。至是，吉生改其词，谓「彰化三更已失，大众四处逃散」等语；又阴令人诈报彰化已失之讯。王禄拔接书大惊，弃军而走。陈弄闻拔败，又闻彰化失守，亦狼狈退归；所遗辎重器械无数，皆为官兵所有。官兵既得马稠后庄之要隘，军威大振；集合诸军，自店仔口长驱抵嘉义。城中而九月被困至此，兵穷粮尽；虽绅富倾赀助饷，总不能济。许山最好义，自以龙眼核杵粉和米麦混食，倾囊济军，民皆感泣。守将汤得升昼夜督战，衣不解带、目不交睫，勉励军士皆以至情至理之言，闻者无不感奋忘死，故得抗守不失。贼于城外筑土堡，高与城齐；日夜嬲战，架云梯以登。官兵初运巨石碎之，登者尽死；后贼由土堡缘攀登城，官兵以利矛俟近刺之令坠。贼来林晟处召藤牌兵薄城址，城上以糖煮油泼之，烧者皆烂。数月之间，穷竭心力。比闻吴帅救至，如大旱得雨，军声欢呼，开城夹击；阵获逆叔戴老见，嘉义解围。从前义首林义、总理林维铭、林大约、林荣贵等均以解围阵亡，乡勇死者四十四人；吴提督皆亲祭奠拜，奏旨请奖，予建祠宇，春秋二祭。
海外散人曰：前次林镇解围，已备尝辛苦；比闻林帅覆没，斗六沦陷，人心徨骇，风声鹤唳。况戴逆锐志而来，声势十倍；粮道既尽、外援又绝，而能坚守五阅月余者，则参府汤得升与士卒同甘苦、绅士许山等又复向义相勉劝，竟能转败图功，皆缘君上无穷之仁恩沦肌浃髓，非一朝一夕之故也。非然者，则内地发逆方张之际、兵单饷竭之秋，纵有颇、牧，未必为功。倘嘉垣有失，则贼得长驱直进，郡城亦难保守；则不独台地未易收回，黎民不知若何涂炭矣！语云：『百姓足，君孰与不足』；信哉，斯言也。执政者一隅亦知三反焉。
陈吉生之依陈弄也，本非诚意；初思逃走，后见陈弄颇见信，遂思乘机图贼立功。及陈弄困嘉义日久未拔，檄召贼众，吉生司文檄，一依陈弄所命，照数檄召；而于科派粮食，则暗中减少。群贼见粮食不充，逐渐散归。吉生又作箭书射入城中，细告减粮散众之故，嘱城中务必坚守；及王禄拔讨救，又故改军报，且云彰垣已失，贼心离涣。陈弄败归小埔心，查知吉生所为，召而诘之；吉生面不改色，大言曰：『吾世受国恩，肯从汝作贼耶！所以暂栖止者，盖欲寻机会为林镇报仇也。事之不成，天也！纵死，亦为忠义之鬼。汝等草木腐鼠，何足以知哉』！陈弄大怒，以铜铁烧烙之；弄妻亦以女鞋击其头。吉生始终自承，不供一人，竟以殉节；哀哉！时六（？）月二十日事也。
同月，朝命以曾玉明署台湾挂印总兵。时曾扎秀水，与贼对垒数月。贼首黄阿起踞后港仔庄，所处贼巢岸高如墙，竹围密箐编排如城；且遍埋竹签，掘陷坑。围内再筑高墙，四方各架筑铳楼，晓夜瞭望。莿竹之坚硬如铁，刀斫不断、火烧不透，比城尤坚固；是以不能猝攻。官兵以草把卷立竹签，肉薄过之；贼于铳楼发射，旋以大钉补钉之。玉明造孔明车，上蒙湿水绵绩于车上，壮士伏其下，迫攻之；贼用铜铳子以油炒之，且制如两头尖，射透绵绩及孔明车兵士死三十余人。玉明又造土堡高四丈余，以安大烦击之，奈准头不能中的；贼又挖土坑以避之。是以蕞尔之地，致攻三年之久。当道有谓曾之拥兵不进，盖未知其中事实耳。惟叶虎鞭、黄炳荣克乌瓦厝以攻湳尾庄。
按陈吉生之事实，或有传是海帆者；殊未知孰是？抑同时有王、陈两人共谋者？惜无确知可考。姑两存之，以志忠义之士姓名可以长存也。
同年四月孟夏，鹿港海防分府兴廉（字宜泉，满洲人），以曾玉明累攻不克，详请闽浙总督耆龄，请添兵。督委游击萧瑞芳、守备陈启祥解运大炮十余尊，由冲西抵鹿；再命记名副将北路协曾元福（泉州晋江人）带兵千人由鹿港登岸。旋进兵白沙坑，驻扎观音山前敌，距城只四里许；贼扎大岸头及湳尾以拒。元福分二路进兵，一令五品蓝翎梁征辰率把总林逢照、林清辉与贼酣战，一由虎山岩后圹底以攻待人坑，一由乌瓦厝以攻大岸头；又约曾玉明进攻后港仔及湳尾，以分其势。时军中主兵者两曾姓，故人以玉明为「大曾」、元福为「小曾」以相分别。二十四庄绅士陈捷魁、李华文、陈宗文等各引庄兵助战，计十余阵不能取胜。大曾令陈大戆、叶虎鞭进扎水返桥，令萧瑞芳、游绍芳、胡松龄攻湳尾；贼坚守，瑞芳以大烦轰之。奈竹围甚密，虽弹丸所中，祗折其半；而竹尾蒙葺，仍倒垂覆敌，转以护铳楼之墙壁，佥为障护难倒。故猛攻数阵，亦不可拔。
四月二十八日，彰化举人陈肇兴（字伯康）、邱位南（字石庄）、沙连举人林凤池（字文翰）、生员陈上治（字熙朝）、永春生员廖秉均、南投堡义首陈云龙、吴联辉、牛牯岭义首陈捷三（字月三）、北投堡举人简成化、义首林锡爵、沙仔仑廪生陈贞元等皆会同联盟，约六庄同日树白旗以应官兵。集集义首陈再裕招屯番力战，家眷在城内，贼目陈永明、陈辉、黄丁目杀入其家，再裕之妾吴信娘、子陈番、陈天成、陈祥、婢菊花及庄丁计二十八人，俱被杀。再裕闻讯，痛切心髓，急欲报仇；孤军深入，被困不脱。贼掳之到斗六献功，不屈，仰药死。许厝寮义首陈耀及生员廖秉均，本在沙连办局；贼致之，廖、陈战败，皆被执。戴逆欲使之跪拜，皆不屈，大骂；遇害。武东堡背约，贼渠萧金泉率众攻许厝寮。义首陈耀山拒之，连战数日；救不至，贼乘风纵火，耀山兵溃被执，贼刮面爬背而寸磔之，死状最惨（陈耀、陈耀山是一是二？俟再考之）。陈贞元兵败；在沙仔仑之家宅楼阁连云，亦被贼所毁。时民军迭败，贼锋愈炽，所到人心惶骇；沙连陈上治把守不住，孤身逃脱，家产一无所有。林克柳惊悸而死。北投堡水道被贼堵断，五谷无收；林锡爵以忠义抚循乡兵，仅足自守，然家资已罄于军火矣。陈云龙（后至斗六都司）、陈捷三（后至鹿港水师游击）引兵恶战经旬，贼始稍戢其锋，而武东山顶及沙仔仑、沙连、南北投等处方能支持，引领日望官军之来矣。陈肇兴、邱石庄因避乱逃居南北投堡，该庄人颇尊崇之；军事提调，大都二人指挥。贼恨之次骨，数命刺客杀之，每不能遂意。一日，邱议事夕归，傍路有大树，忽见树杪火光闪闪；邱疑之，以询从者，佥云不见。命搜之，发见二怪汉，各有利刃短铳；讯所欲为，不答。缚而遍示村中人，竟无识者；知为刺客，遂活埋于溪洲之荒坪。
吴鸿源既解嘉义之围，遣苏吉良、徐荣生进攻刘厝庄、小定厝、上涂沟、下涂沟等处。贼渠吕仔梓、罗彭胡拒战，官兵小却；蓝翎都司陈康泰陷阵战殁。忽曾元福救兵到，苏、徐之兵回头力战。吕仔梓之妻素亲临阵鏖战，勇悍过男子；见阵势小挫，欲率亲兵略阵。忽一炮飞来，碎其头而死；贼大震。官兵乘势奋进，连战二昼夜，阵捉伪元帅叶新妇、伪大将军何钱鼠。严辨见势急，逃匿新港；吕仔梓投降，导引官兵攻破大仑庄。时吴帅诸部将惟苏吉良、徐荣生功绩最多，前后三百余战，生获贼酋二十余名。乃清庄通道，嘉义一带之路途始通行无阻。
吴帅惩林镇之败，欲先清道，搜剿余匪，然后出师；乃洪道轻信蜚语，迫令出军。吴往返辩论不已，洪道愈忌，竟责以「拥兵滞逗」之罪；谓二重溪吕仔梓一竹围之地，何以连攻两月之久尚不能下？吴帅接到公（？），即日班师而回。时曾元福扎白沙坑，军士多染时疫；忽接到督宪檄文令代统吴鸿源之众，乃纡海道至麦寮港登岸，接篆军事。
洪道自戴逆乱起，以知府坐升兵备道，即以平贼为己任；每日集群僚、绅士讨论剿贼之计，至深宵乃罢。时内地发逆未平，财政困难，巡抚徐宗干许洪就地筹饷；计捐有十余万元，不足需用。乃尽出其玩器、首饰珍品，售以赡军；再不足，权用钞票：牵萝补屋，日坐愁城。每论时政痛切，辄泣下沾襟。坐是抱疾不起，六月卒于任；弥留之际，手书示群僚，皆剿贼事宜。台郡进士施琼芳、福州赞善赵新，佥联名疏请「洪毓琛毁家纾难，保障全台；请于郡治建专祠，在官事迹宣示史馆」。巡抚徐宗干亦奏请从优议恤。后旨赠太常寺正卿，荫一子入监读书；并饬地方官将灵柩妥为照料，运回原籍安葬。
时贼渠杨目丁引贼党各处蹂躏乡村，凶无人理。陈捷三合义民数千扎沙仔仑，与贼大战。六月十六日，战于浊水溪，炮弹冲天。陈贞元引庄兵出助，未胜；幸水沙连陈上治引兵由南面包抄夹击，贼始不支。捷三乘胜冲锋，遇杨目丁于阵，举刀劈之，生擒以归；斩首摘心，以祭其兄。陈再裕斩贼首四十余级。余贼败归，犹蟠踞南投，攻打诸义庄；陈捷三与陈云龙率义兵数千人进剿，南投绅士吴联辉内应；南投收复，杀贼八十五人。捷三等遂进攻北投，林锡爵亦自北投助攻，吴联辉又引兵来会，军声大震；贼连日出战皆败，遂退屯施厝坪。其地与牛牯岭相去仅数里之远，陈捷三人地熟识，夜遣人放火攻之；贼骇溃，遂克施厝坪，与陈云龙分兵徇收附近乡村。七月二十二日，陈云龙攻克集集，斩贼百余级。时埔里社诸贼闻六堡之民树白旗，大骇；麇聚集集，图大举。陈云龙知之，与陈捷三率义民五千余人进攻之，咸死战不退；忽水沙连举人林凤池引兵来助，贼大败，退扎水社。
八月，群贼再围集集街，以图与斗六通消息。林、陈诸将各出兵与战，贼拚死而来，势颇锐；陈捷三之兄陈捷元（后任水师游击）引六堡之众来助。牛牯岭本高山，以高临下，势如骤雨。且捷元兄弟素得士心，器械精良、粮米充足，故守则无缺、战则有功；自军兴以来，大小数十战，少有败衄。是役杀贼三百六十余人，溪水尽赤。
九月，伪镇北大将军林大用诣曾玉明军营投降。因大用本居中寮，族大丁多，平昔与嘉宝潭陈耀有隙，常相攻杀；奈陈耀雄于财，恒为所侮。故红旗事起，转投贼，冀伸夙愤；诸贼甚重之，倚为北门筦钥。及是，陈耀已故，贼势又渐衰；知不能久持，始向曾军反正。群贼侦知，骇且愤，相率围攻之；大用逃匿于柑仔井。贼蹑至，大用与亲随二百人竭力拒战；曾军旋救至捒，贼方退。城中巨贼陈梓生、陈鮄、王万等知中寮归官，距城不满三里，知难久守；爰将酷敛财物潜运归四块厝，林晟亦潜守老巢，思所以抗拒官兵之计，只留江有仁、林猫等守彰城。江有仁于贼中亦狡黠异常，盖亦识朝不保暮；惟族微众寡，难逞其欲，故欲乘此机一伸其贪壑，然后别筹生路耳。
罗冠英、廖廷凤攻东大墩，守贼廖安然竭力死守；连日恶战，不克。张世英乃分兵进攻棋盘厝，适风大作，官兵纵火焚之；贼不支，败走。十九日，官兵乘胜攻破东大墩，通阿罩雾，廖安然犹作困兽之斗；忽后甲心中炮，遂死于阵中。附近之庄如石岗仔、枋寮、土牛，以次恢复。职员林文凤（字仪卿）、副将林文明率亲丁分头迎杀，新庄仔至鸟铳头、番仔寮等处之贼皆肃清。
