从1796年3月11日出征意大利起，拿破仑已经离开巴黎差不多两年的时间了，如今他衣锦荣归。1797年12月7日，拿破仑带着胜利的无上光荣回到巴黎。
12月10日，懦弱的督政府慑（she）于公众强大压力，不得不在卢森堡为栽誉归来的征服者举行豪华的欢迎仪式。卢森堡宫内筑起了花台，上面放置着象征和平与自由的神像，牌楼上挂满了拿破仑从意大利虏获的敌方旗帜。无数人们来到这里，只为一睹英雄的风采。
11点钟，拿破仑到了，他穿着佩有绿色棕榈勋章的法兰西学院礼服，约瑟芬挽着他的胳膊，身穿希腊式的宽大长裙，浑身珠光宝气。塔列朗退着走路，为他开道。国家各大团体竞相向拿破仑致敬，法兰西学院已封他为学院院士。
几天之后，元老院和五百人院在卢浮宫画廊中摆设了更加盛大的欢迎筵席款待司令。盛宴多达1000人，上层的名流绅士争相结交这位政坛新秀，贵妇们和少女们则在宴会上对拿破仑频送秋波。
一个月过去了。波拿巴的门庭渐渐冷落下来。
其实，在坎波一福米奥和约签订后没几天，督政府就任命拿破仑为新的英吉利军团司令，征讨劲敌英国。由参谋长贝尔蒂埃接替意大利军团司令。这几日，拿破仑一边督促兵工厂制造火炮，一边起身巡视英吉利海峡，察看地形，可最后，他却发现这个计划是不可取的，因为法军不仅渡海的船只少，而且也没有充分的制海权。于是，2月23日，他向督政府如实汇报了。
此时，塔列朗向督政府提出远征马耳他和埃及。这样，可以打击英国在其附属地印度的势力，并切断其交通线，这正合拿破仑的心思。
拿破仑立即投入远征的各项准备工作中，他视察舰艇，巡视海岸。其实，督政府也非常赞同这个计划，他们甚至希望野心勃勃的拿破仑走得越远越好，在外面呆得越久越好。他几乎是一个一个地挑选那些同他在意大利作战过的士兵。他的记忆力惊人，认识很多士兵，他知道哪个士兵勇敢，知道哪个士兵聪明、机敏，知道哪个士兵坚强，他还挑选了一批得力的指挥官。
与此同时还要积极筹备各种物资和装备，并且时刻观察国际政治局势的变化和英国纳尔逊舰队的动态。另外，此次作战队伍中，除了将士外，还有一群特殊的人。他们是由167位科学、技术和文化专家组成的考察团。他们的任务就是调查、研究埃及的自然与人文资源，而到埃及后，无论何时，拿破仑都让他们走在队伍的中间。值得一提的是，拿破仑对科学与文史有着极大的兴趣，而他本人也是一名出色的数学家。
1798年3月5日，督政府任命拿破仑为埃及远征军总司令。1798年5月19日，拿破仑率领着3万军队、近350艘舰艇的舰队，载着大炮，从土伦出发，沿着地中海海岸秘密向前推进。
6月9日，拿破仑到达马耳他岛后，几乎没费周折就使马耳他缴械投降，宣布其为法兰西共和国的属国；19日，在留下4000人镇守马耳他后，舰队继续顺风前进。30日，舰队到达了埃及亚历山大港附近。
拿破仑非常迅速地组织了在距亚历山大几公里的马拉布特渔村的登陆行动，然后向亚历山大港推进。
这样，法军钻了英国舰队的空子，踏上了非洲的土地。这样的奇迹几乎超越了当时古罗马统帅恺撒在埃及的壮举。
当时的亚历山大仅有1.6万人，是一个破旧的小镇，法军登陆的时候，该镇守军还毫不知觉。而因为滩头水浅，又刮北风，火炮、骡马、给养全都无法带上，拿破仑的部队只登陆了4000人。他们艰难地沿着沙丘向亚力山大进发，结果，几乎没遇到大的阻碍，只以伤亡300人的代价便占领了这个港口。
7月2日，拿破仑为了打消埃及人的疑虑，以避免造成传统的征服者的表象，他一面告诫部队不许掳掠，一面用阿拉伯文向当地居民发布了一份不寻常的告示。告示声明，法国人不是来打埃及人，而只是来打压他们的马穆鲁克。
六天后，所有的将士和补给都登岸了。为了打马穆鲁克一个措手不及，拿破仑立刻作出了如下安排：克莱贝尔镇守亚历山大；梅努受命攻下罗塞塔；其余部队分为五个师，杜高师沿尼罗河的西面支流溯（su）河而上，保护由船只运送的辎重、弹药和文职人员；佩里上校的炮舰负责护航。拿破仑自己则率德塞、雷尼埃、邦和维埃的4个师抄近路，走沙漠，向尼罗河上的拉曼尼亚进军。
屋漏偏逢连夜雨，本来部队经过长期海上航行，没有得到很好的休息，拿破仑却偏偏又犯了一个致命的错误。在从亚历山大到拉曼尼亚大概有一百多里的路程，此时又是炎热的夏季，拿破仑不仅没有为将士们提供热带服装，就连基本的水壶也没有，一路上只能吃干硬的饼干，而且，还不时遭到马穆鲁克的偷袭，许多掉队者被杀害和肢解。在经过尼罗河时，又因暴食西瓜而导致普遍腹泻，全军士气泄入低迷。一直坚持到拉马尼亚时，这支沙漠纵队才与杜高的海上行进师汇合。
这时，拿破仑又获悉马穆鲁克的前卫在穆拉德的带领下已经到了离此地十几里的舒卜拉基特，还有炮舰的支援，于是，他不容将士片刻的停息，直接向舒卜拉基特连夜进发。7月12日凌晨，法军到达目的地不久，便排出梯次配置的方阵，还奏起了马赛曲。日出时分，穆拉德率领着一万多骑兵轮番地攻来，但却始终无法攻破拿破仑的方阵。其实，方阵战术只是拿破仑临时想起的，在此前的战役中他从未用过，不过，对抗马穆鲁克的骑兵团的效果真是让众人大为惊喜。与此同时，另一条路上由佩里负责的三艘护送文职人员的船只遇上了麻烦，他们被七艘马穆鲁克的旗舰围攻着，大约伤亡了三十人。幸运的是，法军的炮舰有一炮直接射到了对方装弹药的舰上，不仅使其弹药全毁，而且船上的人也全都被炸死。其余的炮舰瞬时一片慌乱，不战自退。
7月20日，法军乘胜追击溃军，到达了离开罗只有二十多里地的尼罗河分叉处，远远望去，金字塔赫然耸立。不过，这里是马穆鲁克的重兵防守区：河左岸是被打退下来的穆拉德把守的因巴拜，河右岸是一个叫易卜拉欣把守的布拉克，而中间还有一支船队守卫在海上。
第二天，约2.5万的法军毫无畏惧地向开罗进军，走了不久，就遇上了穆拉德率领的约1.7万敌兵，拿破仑再次将五个师摆成了方阵。穆拉德的部队以令人难以置信的勇敢和毅力轮番攻击，但在法军霰弹和排枪的射杀下，最终以伤亡约800人的代价撤逃而去；闻讯的易卜拉欣则朝东北方向的沙漠地带逃去。在这一战中，法军伤亡约400百人，最终，占领开罗。
拿破仑在开罗这座城市掠夺了大量的食物和用品。不同的是，他同时建立了管理国家的严密制度，消灭了封建生产关系，从立法的角度保护私有财产和工商业者的利益，规定了税收体制，建立了警察制度。他对阿拉伯人的信仰极尽保护，对回教给予了充分的尊重，宣布清真寺和僧侣神圣不可侵犯。可以说，拿破仑在对埃及实行军事独裁统治时利用了宗教的作用。拿破仑口口声声说要把阿拉伯人从近卫骑兵的暴政下解放出来，但阿拉伯人并没有对这种解放产生兴趣，相反他们以沉默表示了自己的抵制态度。
很快，拿破仑的好运已尽，厄运降临。首先是1797年8月1日，英国海军上将纳尔逊一直率领14艘战舰，栽着1000门火炮在东地中海搜索，终于发现了法军战舰。拿破仑在离开亚历山大时，将舰队交给布律埃斯将军指挥，但他走时未对下一步行动路线做明确指示。
英国舰队和法国舰队发生了这场海战史上极其惨烈的大拼杀。法国海军的骄傲——布律埃斯所在的旗舰“东方号”爆炸，全舰将士阵亡。至此，拿破仑与法国的联系被切断，只剩几艘传递公文的船只也有时刻被歼灭的危险。
接着在9月2日，又发生一件对拿破仑极为不利的事情——奥斯曼土耳其帝国向法国宣战。这就意味着拿破仑可能要面对更为强硬和广泛的抗法运动，并且还有土耳其和英国海军的联合进攻。虽然，拿破仑很久以后才知道这个消息，但他就算知道也会表现出视而不见的态度。他只是一味地巩固其在埃及的权力。
同时，拿破仑个人也有些烦恼需要整理。他得知约瑟芬对自己不忠，勾搭上了一位年轻军官，所以脾气变得越来越暴躁。而他自己，为了寻求安慰，看上了一个骑兵的妻子，她是偷偷地登上船跟着丈夫一起来的。
而在开罗，1798年10月末，爆发了大规模的起义，一石激起千层浪，紧跟着在乡村也发起了数次反对法军的起义。拿破仑命令军队残酷地镇压起义军，包围村庄，实施了惨无人道的屠戮——连续数天，每天都有十几个起义者被绞死；在村庄，他们烧毁房屋，把男子全部杀死，虐待妇女和儿童。
据后来的一些记载，当时在开罗的几个主要广场，每天都会看见一些驮着麻袋的毛驴，麻袋打开，头颅就会在广场上滚来滚去。
坐等挨打从来就不是拿破仑的性格，当他得知叙利亚的土耳其总督杰查正在阿克附近集结一支土耳其军队准备入侵埃及时，他决定主动出击，并对自己在陆上的决胜有强烈的信心。1799年2月，拿破仑留下杜高镇守开罗，德赛将军继续讨伐穆拉德，自己亲率1.2万人向叙利亚进军。一路还算顺利。2月17日法军占领阿里什堡，接着，又占领了加沙。3月7日突袭雅法，并占领了该城。而就在这里，留下了拿破仑人格中最大的一个污点。他不仅允许法军进行大肆奸淫掳掠，还下令把投降的2500名土耳其士兵全部杀死。而他的理由却是他没有足够的粮食养活他们，也没有足够的军队押送他们。
3月17日，拿破仑到达海法，并在卡梅尔山设立司令部。与杰查的老巢阿克要塞隔海相望。负责把守要塞的是一位土耳其人，他得到了英国海军的支援——卓越的指挥官西德尼·史密斯海军准将和另一位同样卓越的炮兵军官菲力普斯。巧的是，菲力普斯不仅使拿破仑在巴黎军校时的同班同学，两人还同时取得的军官证。至于关系嘛，已糟糕到相互憎恶的地步。
再看看拿破仑，当他到达卡梅尔山的时候，运载其攻城炮的船只也到了阿克尔港外，不幸由于雾大，正好落入英国舰队的怀抱。因此拿破仑攻城时不仅没用上这些重炮，反而却遭到这些重炮的轰击，但他并不气馁（nei），经过十余天的布置，3月28日，发动了第一次强攻，此次没有成功。4月1日又一次实施进攻，结果也伤亡惨重没有成功。此时，英军又派800名陆战队员增援土耳其守军，法军更是难以攻克。而菲力普斯在此后的一周，由于过度劳累和瘟疫的影响，病死了。
就在拿破仑久攻不下时，大马士革的帕夏又派出了一支土耳其大军从后方攻击围城的法军。4月16日，克莱贝尔率领一个2000人的部队在阿克东南方塔波尔山遭到了攻击。经过了长达10小时的英勇抗击，法军眼看支撑不住了，千钓一发之际，拿破仑亲率邦师赶到，及时击退了这股土耳其人。当晚，拿破仑在一个修道院过夜，后来的5周，拿破仑不顾伤亡，仍然组织部队向要塞强攻，结果都没成功，而且总工程师加法雷利将军也战死了。眼看无法攻克，伤亡又越来越大，5月10日，拿破仑只得放弃了攻城计划。
5月24日，士气低迷的法军撤回到雅法。6月14日，回到开罗。
7月25日，一支1.5万人的土耳其军队从阿布基尔附近登陆，拿破仑集结了一万多人后，对其发起猛攻，最终全歼了这支土耳其大军。这一事实说明，尽管英国控制了地中海的制海权，挫败了拿破仑建立“东方帝国”的计划，但埃及大陆的控制权仍牢固地掌握在法军手中。
此战后，双方交换俘虏时，拿破仑从西德尼·史密斯送给他的欧洲报纸中得知，法国国内局势正急转直下，处于风雨飘摇之际：第二次反法联盟正在建立；法国丢失意大利；法军在莱茵区一败再败；法国国内四分五裂，全国上下一片混乱。这不仅为拿破仑离开埃及，回到法国提供了借口，也为其更大的野心提供了契机。8月11日，拿破仑精心挑选了几个骨干，像他到来时那样悄无声息地离开了，抛弃了他的部队，他的情妇，只留下克莱贝尔继任东方军团司令。
拿破仑远征埃及虽然没有结果，但在这16个月零20天的时间里，他占领了马尔他岛，征服了上、下埃及，消灭了两支土耳其军队，生擒了土军总司令，洗劫了巴勒斯坦和加利利，建立了一大片殖民地，他把西方技术嫁接到东方的枯枝上，创造了崭新的混合文明，搞成了埃及的“文艺复兴”。同时，他不仅展示了自己高远的志向，坚韧不拔的精神，也让我们看到了其残忍、自私、卑鄙、奸诈的秉性。不过，法国人民还是把拿破仑当做征服埃及的英雄来欢迎。拿破仑演出了世界近代史上著名的一幕。
