托马斯·阿奎那在那不勒斯大学，除了补习在卡西诺山隐修院的“七艺”课程之外，主要攻读本校擅长的亚里士多德哲学。这里值得一提的是，一位名叫彼得的爱尔兰教师侧重向他介绍了亚里士多德的自然哲学著作，促使托马斯·阿奎那开始接受关于亚里士多德哲学的教育和思考。在那不勒斯学习期间，托马斯·阿奎那没有和同学们一起住在学校里，而是寄宿在学校附近的一个多米尼克修会会士的住宅里，同他在卡西诺山隐修院一样，仍然生活在极其严肃的清教徒的气氛当中。学校的新思潮和托马斯·阿奎那的居住环境，对他日后既主张革新基督教哲学又决定服务于教会是有重大影响的。
乡抉择在那不勒斯求学7年，托马斯·阿奎那已完成了学校规定的全部课程，返回家乡。这时他已经18岁了，18岁的年龄，也正是他的兄长拿起长枪加入父亲的军队的年龄。
这时的托马斯·阿奎那面临的是职业乃至整个人生道路的抉择。当时的意大利贵族有三位一体的生活义务，即生育后代、统治人民、驰骋疆场。年轻气盛的托马斯要作出什么样的选择呢？他时常久久地凝视那辽阔的大海，广袤无垠的大海以及海浪中驶向不同方向和目标的轮船、小舟，似乎都在向他招手。
如果选择军旅，那是他的家庭特别是作为老军人的父亲所赞同的，而且托马斯·阿奎那在他的兄弟们中间，身材最魁梧，体魄最强健，能够成为一个出类拔萃的保卫国家和国王的武士。
如果选择神职，那也是一个很了不起的职业，不仅会拥有显赫的社会地位、充裕的金钱收入，而且还会获得各种各样的荣誉。托马斯凭借自己的知识、能力能够成为一名主教，还可以凭借皇族血统的家族以君主的权杖换取修道院的高位。
如果效仿方济（1182～1226，中世纪基督教圣徒，圣方济会的创始人）又会怎样呢？方济虽然在托马斯刚刚2岁时就离开了人间．但是方济那瘦弱文雅的乞丐影子时常浮现在他的眼前，因为方济是保护穷人的。方济和自己一样出身于富贵家庭，但他把出身这样的家庭讥为一个小小的意外，并毅然放弃了他应得的财产做托钵僧。
关于这些职业的选择，来自家庭和亲友方面的态度或者说是压力，是让托马斯成为本尼狄克会（本尼狄克会：天主教隐修修会）的僧人甚至修院院长。在世俗人的眼里，僧人和修士都是信奉、顺从、禁欲和献身的，二者似乎没有多大区别。但到了12世纪未，贵族们对此作了明确的区分：僧人是一种固定的职业，保持着古人对上等阶层的尊敬；修士与穷人为伍，是以乞讨为生的巡回福音传教士。
1244年，托马斯·阿奎那毅然决定做修士，加入了多米尼克会（多米尼克会：天主教托钵修会），永做教会的忠诚卫士。多米尼克会，也就是我国天主教界的多明我会和方济各会。当初，创始人认为教会之所以时常同世俗社会发生对抗，主要是因为封闭的修院传教方式，远离了社会，很难适应当前社会发展的形势，于是提出要以游说、乞讨的生活方式去接近广大群众，以贫民的身份去宣传群众。尔后，当基督教思想遭受社会上各种学说的猛烈攻击和批判时，他们又大抓学问，钻研科学知识，并开始面向上层社会特别是大学这一特殊领域。多米尼克会大胆创新，随机应变，发展迅速，短短的10年，就在欧洲各地建立起了几千所修院，发展几千名会士。特别是大学里的修会影响更大，会士中出现了不少著名的哲学家、神学家和教授。多米尼克会，直接由教皇领导，会士有绝对服从教皇的义务。所以，同各地主教管辖的教区神职相比，修会会士更忠于教会，更能有效地为教会发挥作用。
托马斯·阿奎那加入多米尼克会，在这个封建贵族家庭里引起了极其强烈的反响，甚至出现了剧烈争吵和慌张的场面。因为，凭着家庭与弗烈德里二世的关系，托马斯在政界谋个一官半职并非难事。现在，一个与国王有姻亲关系的伯爵世家的子弟居然投靠了教皇，参加到了乞食的行列，成了一名修会会士、托钵僧，这简直是天方夜谭。这岂不是与国王有意作对，岂不是与家族的意愿大相径庭，岂不是对这个贵族世家的莫大的污辱！从下面托马斯和父亲的一段对话中，可以看出当时的家庭气氛。
托马斯对父亲说：“我想做一个托钵僧。”
“什么？一个衣衫褴褛、蓬头赤脚的托钵僧？”朗杜夫几乎不相信自己的耳朵，惊诧地问道。
“是的，爸爸。”
“去执行过贫困生活的誓约？放弃你的职责？去挨饿？去沿街乞讨？洛卡塞卡家族的一员？”这位父亲显然还没有从惊异中清醒过来，一连串的反问后斩钉截铁地说：“这绝对不可能！”
托马斯立刻举例说：“可是阿西西的方济已经做到了。”
“他是个疯子！”
“不，他是个圣人。”
托马斯的母亲更是心急如火，即刻给教皇写信，请求陛下把他的儿子从疯狂中拯救出来。又不辞年迈和劳苦，奔波70里路，从洛卡塞卡城堡来到那不勒斯，那不勒斯大教主应允她，要尽力阻止多米尼克会接纳托马斯。但是修院的院长颇有心计，他对此早有预料，为防不测，让托马斯连夜赶路，绕道罗马，逃往巴黎。
年轻的托马斯对家庭干涉他选择生活道路的做法十分愤慨，他很快与一群托钵僧交上了朋友，他们一起踏上了去巴黎的路程。
3.风波
托马斯·阿奎那的母亲为了阻止儿子，心急如焚地来到那不勒斯，不仅没有达到目的，反而觉得受了教会的愚弄。她怒不可遏，立即吩咐随从，将此事禀告外甥弗烈德里二世国王。这位国王本来就与教皇积仇甚深，于是他借机发泄，马上命令军队中托马斯·阿奎那的两个哥哥带兵去追捕。
这时，托马斯·阿奎那身穿道袍，同几位会友正匆匆赶路。
之所以他身穿道袍，是因为当时的神职人员，特别是修会会士，都是教会的人，不再有国籍，也不再受政府的管辖，他们身上的道袍就是豁外特权的具体标志，任何人都可以识别，任何人都不得侵犯。当他们一行走到罗马城北，在一个小河边作短暂的小憩时，被迫来的士兵们发现了，顿时如捉盗贼似的团团围住。两个兄长冲在前面，试图立刻剥去弟弟身上的道袍，押送回家。这时托马斯·阿奎那并不慌张，笔直地站着，不准任何人跨近一步。这或许是人自卫的本能，更可能是他身上的道袍在发生作用，双方犹如势均力敌，对峙着。结果还是托马斯·阿奎那先开了口。
他往后退了几步说：“以上帝的名义，你们想干什么？”
“以上帝的名义，我们要你恢复理智。跟我们回去，我们要维护家族的名誉。”
“我属于一个比你们更伟大的家族。”托马斯·阿奎那反驳道。
托马斯·阿奎那力图摆脱他们的纠缠，终因寡不敌众，最后提出让他穿着道袍回家，争执才算告一段落。托马斯·阿奎那不作任何抵抗地跟着兄长和士兵返回故里，被带到洛卡塞卡的一个军营中，成了他们的囚犯。
此后，家人们开始轮流做他的转化工作。一向脾气暴躁的父亲，也镇静下来，恳请儿子改变主意，儿子却无动于衷，只是反复地要求：“把头巾还给我。”
“头巾我给你保存着，”父亲疲惫地说，“只要你愿意，你可以去过修道院的生活。看在我的面上，我求你接受卡西诺修道院院长的职务。”
托马斯·阿奎那十分固执地回答说：“我不想当什么院长，我只希望终生做上帝的一名卑微的追随者。”
费尽唇舌的父亲看无计可施，又搬来了托马斯·阿奎那的母亲。
这位母亲深爱着自己的幼子，含着眼泪劝道：“记住，我的孩子，你是王族的后裔，西西里国王是你的堂兄。”
“不，他是一个异教徒！”
这一消息传到教廷，教皇英诺森四世不惜亲自出马，进行调解。他采用早先朗杜夫·阿奎那一样的一箭双雕的策略，既要保护自己的忠实卫士托马斯·阿奎那，又要通过他夺回卡西诺隐修院这块失地，所以他提出了一个两全其美的方案：托马斯·阿奎那既可以当多米尼克会的会士，又可以任卡西诺山本笃隐修院的院长。然而，教皇这个用心良苦的计划并未得以实现，中世纪家庭、教会、国家三股势力交织在一起的搏斗并未终止。这种搏斗，在这个貌似家庭内部的冲突中暴露得一清二楚。在托马斯·阿奎那的心目中，教会至上，服从教皇，是自然合理、天经地义的事。他主意已定，誓死不改，任何人也不能夺去他的道袍，使之还俗。
这样，托马斯·阿奎那只好被软禁在家里，不准出门，长达一年之久。
家里人出于对他的怜悯，不忍心看着他过分受苦，给他送来一些书。然而，在托马斯·阿奎那的心目中，任何书都不会取代亚里士多德的《形而上学》在他心目中的位置。
禁闭室里虽然缺少自由，但对于生性好静、不爱活动、酷爱思索的托马斯·阿奎那来说，却获得了充裕的学习和思考时间。他不失良机地阅读《新旧约全书》、彼得·伦巴德的《箴言录》和其他哲学书籍。这为他以后的著书立说积累了可贵的资料。
在这期间，托马斯·阿奎那根据在大学里的学习体会，写了两篇关于形式逻辑的短文，一是献给“学艺的贵族”的小册子《论谬误》，讨论在标准的推理形式中容易出现的谬误；二是论模态命题（关于必然性可能性的句子）的残篇《论模态命题》。
本来囚禁的目的是想让托马斯·阿奎那回心转意，放弃初衷，继承父业，光宗耀祖，使不久前去世的父亲能够安睡黄泉。
但是，他却无动于衷，要安下心来开始学习和写作了。于是，两个兄长又想出了绝招：把一个打扮妖艳的女子塞进禁闭室，试图用美人计，用女人漂亮的脸蛋唤起弟弟常人的情感，以达到引诱其屈从的目的。
在一个寒冷的日子，一位年轻貌美的女子突然闯进托马斯·阿奎那的屋子里，这女人在房间里扭来扭去，故作姿态。
正在用火棍拨火的他，感到蒙受了极大污辱。他火冒三丈，暴跳如雷，本来笨重的身体也一下子变得敏捷了，从火炉里抽出炽热的拨火棍，向那妖女直捅过去，吓得那姑娘慌忙逃跑了，门也“砰”地一声关上了。可是托马斯·阿奎那却余怒未消，他觉得连基本道德标准都不允许的事竞横加在一个宣誓终生贞洁的人身上，这实在是一桩最卑劣的伎俩。他紧紧握住拨火棍，朝门上狠狠打去，给门上留下了几道深深的黑印。据传说，他在当天晚上做了一个梦，梦见天使用一根燃烧着的绳子捆住了他的腰，他疼痛难忍，大声呼喊。天使却和颜悦色地说：“我是奉了上帝之命，来给你系上这条圣洁腰带，以免以后你遭受妖魔鬼怪的侵害。”从这时起，托马斯·阿奎那总是像避开毒蛇一样躲避女人，除非是出于某种必要或公务。
为迫使托马斯·阿奎那改变初衷，可以说，家里人甚至教皇都用尽了招数，结果不仅托马斯·阿奎那本人没有丝毫改变，反而，他的行为和坚强毅力却感染了姐姐，他的姐姐不久也离开了家庭，进隐修院成为一名修女。
一天，另一位女子来看望托马斯·阿奎那，这是他的妹妹玛丽塔。她说：“我很钦佩你的勇气，我已经说服了哥哥们，我要帮助你从这里逃出去。”
在一个漆黑的夜里，一伙人用绳子和箩筐把托马斯·阿奎那从楼上放下来，并祝他一路平安。他的母亲得知后，毕竟不乏慈母心肠的天性，也不忍心儿子长期被监禁而贻误终身，最终的态度还是恢复其自由，成全其志愿。
1245年底，托马斯.阿奎那带着祈祷书，带着装有面包、奶酪和水果等的包裹，再次踏上通往巴黎的路程。一路上，他目睹一群群的香客在沉思中默默地、缓缓地走过；一队队骑马的贵族傲慢显赫，策马狂奔；一个个乞丐坐在路边伸出双手向过客们讨一点残汤和剩饭。这位抛弃财富和地位的托钵僧，走过伦巴第平原，走疼了双脚，白天与那些饥饿的穷苦人一起分享他的面包，夜晚睡在谷仓房里。经过1500公里的长途跋涉，他终于到达巴黎。
