在德意志地区的法军围困累根斯堡的时候，意大利战场也频频传来好消息。9月意大利的法军在拿破仑的指挥下横扫中部、北部意大利，数次击败了奥地利的援军维尔姆泽，并迫使这位奥军援军统帅也逃进了曼图亚要塞。
10月奥地利再次派出了匈牙利老将阿尔文齐带着皮亚韦河谷的4万奥军驰援曼图亚，夺取维罗纳，于达维多维奇会合，后者尚有1万8千人的兵力，将由蒂罗尔进到阿迪杰河。
拿破仑再次发现自己处于劣势。沃布瓦师8千人正在据守利沃里附近的阿迪杰峡谷；基尔马内9千人正在封锁曼图亚；他手上只有马塞纳和奥热罗的两个师1万1千人和一直被打发去保障后勤的近卫第三师9千人。而在医院中还有1万4千病员和4千伤员，诸多法军指挥官都得了疟疾。
11月14日，拿破仑把连近卫师在内的2万人调到了阿尔科拉村。这样，拿破仑的兵力就调到了阿尔文齐行军纵队的左侧。阿尔科拉位于阿尔朋河的正东，周围是低洼的沼泽和部分已经耕种的水稻田，而且这几天刚下过大雨，离开路面就无法行军。
11月15日法军和奥军对阿尔科拉的一座木桥展开了激烈的争夺，马塞纳和奥热罗指挥的法军久攻不下，最后奥热罗的部队似乎都不愿向桥头冲击了，拿破仑随即命令近卫师替换他们进攻。
自进入意大利以来除了在洛迪桥战役出过一次风头，大部分时间都在无所事事的第三近卫师终于兴奋起来，经过参谋部的侦查和制定的作战计划，第三近卫师以猛烈的炮火截断了奥军后续部队和守卫木桥部队的联系，得不到补充的奥军守卫部队在近卫师的进攻下迅速崩溃了。阿尔文齐在损失了6千多奥军后向维琴查撤退了，达维多维奇听到阿尔文齐撤退后，也随之向北退守特伦托。
而通过这场战役，拿破仑也意识到第三近卫师和意大利方面军是两只完全不同的军队。意大利方面军强调的勇敢和荣誉，而近卫师更强调服从和秩序。
近卫师就像一个上了发条的木头人，一旦制定了计划就会按部就班的实施，这就使得近卫师能不打折扣的执行命令，但也暴露了近卫师固执呆板的一面。拿破仑对近卫师的评价是他们看起来一点都不像是一只法国军队。
而意大利方面军虽然有时过于散漫，但他们在战场上迸发出来的那种热情，往往可以让他们发挥出超越自己的能量，击败比自己强大的敌人。
最重要的一点就是，近卫师太过依赖于后勤补给，近卫师的新式武器固然强大，但是都必须得到国内的补给，在战场中缴获的敌军物资只能使用很少一部分。在这方面就远不如意大利方面军了，不过拿破仑对第三近卫师师长贝西埃尔非常欣赏，认为这是一名勇敢而热情的指挥官，他更应该指挥骑兵而不是近卫师这样的步兵师。
拿破仑甚至提议贝西埃尔来意大利方面军担任骑兵指挥官，贝西埃尔对拿破仑的军事指挥艺术非常佩服，但是还是婉言谢绝了拿破仑的邀请，因为他舍不得自己一手建立的第三近卫师。
进入1797年春，拿破仑在利沃里战役中击败阿尔文齐和普罗韦拉的联军。
1797年2月2日，曼图亚要塞的守军终于向意大利方面军投降了。
奥地利在德意志和意大利两个方向面临着法军的攻击。维也纳的宫廷终于屈服了，2月15日奥国特使加洛侯爵和路易。查理会面。路易。查理同意议和，并派圣伯夫和加洛侯爵和谈。
鉴于奥地利的失败只是时间问题，路易。查理也无心太过削弱奥地利的力量。3月10日路易。查理把德意志战场的指挥权转移给贝尔蒂埃，自己带着和谈的消息回到了巴黎。
和谈在普拉特灵进行，奥地利的要求是1）法国以莱因河为界；2）威尼斯和阿迪杰河左岸归奥地利帝国；3）曼图亚和阿迪杰河右岸归南阿尔卑斯共和国。
对此条件路易。查理并无太大的意见，但他要求威尼斯是否并入奥地利应当由威尼斯人自己决定。莱茵河右岸各公国内不得存在反法力量，且这些公国必须接受和法国的关税同盟协议。
鉴于奥地利处于交战中的不利地位，而拿破仑还在意大利扩大战果。1797年5月奥地利宫廷很快就同意并签订了合约。
德意志战场的法军撤掉对累根斯堡的包围，开始陆续撤回莱茵河左岸。
而在路易。查理出征不久，意大利军的胜利也让西班牙国王在1796年8月与共和国缔结攻守同盟条约（圣伊耳迭方斯条约）。
除了没有同意法国人向弗罗里达殖民的权力，其他两者到是答应了。且西班牙有流露出交还法属路易斯安那，以隔绝美国人对美洲西部的殖民活动，和换取法国对西班牙王室的支持。
路易。查理回到巴黎后，就从科学院和兵工厂传来了好消息。炮兵总监拉克洛通过对水压机的思考，研制出了活塞，并以此制作了使用于大炮的制退复进机。
制退复进机分制退和复进两部分。制退机由制退管、活塞及液体组成，制退管与炮身后端之连臂相连，火炮发射时，炮身带动制退管后退，活塞一端之液体因受压力，自漏口流至另一端，此时液体即发生一种抵抗力，以徐徐制止炮身后坐。
复进机系利用气体吸收后坐力之一部分，待后坐结束时，被压缩之气体，因其伸张将后坐体推至原位。这样，通过制退复进机这个中介，炮管和炮架实现了弹性连接，既有利于减轻火炮的重量，又为提高发射速度创造了条件。
而拉格朗日、贝托莱，德福尔克拉和古诺从荷兰物理学家惠更斯用火药爆炸获取动力的研究中获得启发，利用拉克洛发明的活塞，模仿蒸汽机设计制造出一台实用的煤气机。这是一种无压缩、电点火、使用煤气的内燃机。这台煤气机的热效率为4%左右。
看着这两件发明，路易。查理发觉欧洲的科技已经开始突破撞大运的海底捞针式样的初级阶段了。而是在自己的提议下形成了一个有目的的理论和实践相结合的科研体系了。
以这样的速度发展下去，鸦片战争就不是蒸汽时代的英国军舰殴打封建时代的满清木舢板了，而是一战时代的电气化战列舰碾压了。
路易。查理要求兵器研究所对大炮制退器进行完善和保密，其所生产的装有制退器的大炮只准装备在近卫师中。
对于煤气机，路易。查理直接要求把研制地点从蒸汽机厂移到兵器研究中心。并设定严格的门禁制度，不允许闲杂人等进入研究现场。随后路易。查理建议试验压缩空气和新从石油中分馏出来的轻油来试制内燃机，并请求拉瓦锡对轻油再做分离成分的试验。
1796年经过法国督政府的统计，法国的煤产量已经达到了900万吨。而铁产量则已经近145万吨，粗钢35万吨，水泥产量52万吨。水泥道路4800公里，铁路180公里。
机器方面，3200吨的水压机制造成功了，纺织业使用蒸汽机动力的厂家已经发展到5000家。蒸汽螺旋桨内河商船下水8艘。
第一艘蒸汽动力护卫舰下水了，起名为共和号，但很显然海军非常不喜欢一只没有帆的船，理由是太丑了不符合海军的形象。而蒸汽动力的军舰的操船方式对于那些惯于操帆的水手也是一个打击。一时之间居然出现了没有海军军官和水手愿意上共和号服役的情况。
为此在海军的强烈反对下，1797年路易。查理原本打算再建三艘蒸汽动力军舰补充海军的计划被推翻了。经过多次激烈的交换意见，最后海军和路易。查理都做了让步，1797年补充海军的三艘军舰中，一艘依旧是蒸汽动力军舰，另两艘改成混合动力的风帆军舰。
为了不让共和号在港口晒太阳，路易。查理以督政府的名义任命自己为共和号船长，一边以高薪从海军中挖了一些老水手，一边从内河航运公司中熟悉蒸汽船操控的水手中调了不少人。鉴于海军军官不愿意上共和舰，于是他从海军军官学校中抽调了不得志的教官和刚刚毕业的海军士官。并以商业联盟的名义建立了南特、马赛两所海员学校，以培养水手。而这行为也被海军嘲笑了，这个时代的人都认为一个水手只能在惊涛骇浪中成长起来，在陆地上培养水手是件可笑的事。
对于第一艘蒸汽军舰的建造，马赛船厂按照路易。查理的要求，对整个建造过程进行了详细记录。并开始研究军舰生产生产的工业标准，意图实现工业化生产军舰。而商业联盟有感于造船业的兴旺造成的造船技工的不足，于是仿效路易。查理的做法，在法国各地成立了十几所技工学校。
用于远洋贸易的混合动力高速帆船已经制造了34艘，这些帆船的桅杆都采用了钢铁制造，而且采用了蒸汽动力绞盘，这使得每艘船使用的水手数量开始下降。这大大降低了营运成本，法国的造船业开始出现爆发的势头。
现在对法国工业来说只缺少煤、铁、棉花、羊毛等一切工业原料。
而在工业的不断发展之下，新的工业品也在不断的研发出来。橡胶底鞋、煤油灯、煤气灯、火柴等新出现的工业品丰富了法国人民的物质生活，也大大降低法国人民的生活成本。
