随着国内地方叛乱的平息，路易。查理和卡尔诺达成协议，整顿军纪，裁撤一部分军纪败坏的军队。督政府随后下令奥什将军调往比利牛斯山军团，蒙日将军调往布列塔尼亚军团。在两位将军对调之际，督政府把近卫师的宪兵制度、军事法庭制度、参谋制度在两只军团中建立了起来，一大批军纪败坏的士兵和军官被强制性退役，重新补充了圣西尔军校的士官生和劳动党员。
进入96年后，督政府再次对军制进行改革，把军队分为野战军、常规部队、预备役。各方面军均划入野战军级别，待遇高于常规部队，但其后勤和兵员补充归于各军区和陆军总后勤部门、总参谋部负责。常规部队则是从野战军被淘汰下来的军队和国民自卫军改组的武警部队组成，负责守卫和保护地方治安。预备役则是负责管理退役官兵的组织，负责这些退役官兵的维持性训练，和向普通民众、学校提供基本军事训练。
陆军总参谋部和各军区参谋部开始对接，非战时任何个人不得越过参谋部指挥军队。总后勤部和军区后勤部门的建立，降低了物质的损耗，提高了军队的效率，也统一了各军区的武器、弹药、制服的规格。
多次调整军制后，政府对军队的控制大大加强了，现在革命时期军队属于国家已经不再是一句口号，而是得到了制度的保证。五大军区中，除了莱茵军区还在找借口拖延实施新军制，南方军区的意大利方面军因为意大利战役的开始中断了新军制的实施，其他部队已经开始全面推行。
当陆军开始进入正轨时，督政府又把目光放在了海军身上。被革命中断的海军改组计划再度开始，取消了一些革命时代过于强调平等的的政策，斥退了一些无能的海军军官；对一些出身贵族的海军军官进行了平反和恢复职位；在商业联盟保护下的平民海军军官学校开始提供合格士官了。但是这些空有理论和热情的士官还需要实战的考验。
1796年2月，第一艘木壳铁骨蒸汽螺旋桨船研制成功，马赛老港被修缮完毕后，商业联盟又在马赛西北面新建了一个码头工业区，采用钢筋混凝土、橡胶等新式材料的1500吨干船坞修建成功，这也是蒸汽挖掘机和蒸汽起重机的第一次使用，而随后两个3000吨的新船坞开始修建。
1796年4月第一艘蒸汽动力铁骨木壳螺旋桨护卫舰在马赛开始建造，该舰总长74米，宽14。6米，型深7。85米，排水量2350吨，航速15海里/小时（24km/h）。1台三胀式蒸气机、5座燃煤锅炉，输出功率2750匹马力，载煤：350吨。装备12门12磅后膛线膛火炮、24门24磅后膛滑膛和12门32磅后膛线膛火炮，船员480人。该舰造价139万法郎。
同年南特也开始建造适应商盟走私贸易要求的混合动力高速纵帆船以躲避英国海军。
1796年3月，督政府正式颁发法令以法律形式保护了法国农民在革命时代获得的小块土地，这让部分流亡贵族大为失望，认为王太子抛弃了他忠实的臣仆，但却赢得了法国农民的拥护，自此各地农民开始陆续加入农会。
而劳动党内一群更为激进的分子认为督政府的政策依旧过于落后，他们在巴贝夫带领下组成了党内的平等派，要求建立财产公有制为基础的原是共产主义社会，并提出了武装夺取政权的提议。
路易。查理否决了富歇和博罗提出的清洗劳动党内部的提议，而是在1796年6月组织召开了劳动党第一次全国代表大会，在大会上建立中央常委会和中央7人主席团的制度，明确规定了民主集中制度的原则。巴贝夫等平等派在党内成为边缘派系。随后路易。查理组建了劳动者国际联盟，负责发动和扶持欧洲各国劳动组织的发展，巴贝夫等平等派都被派往国外去发动人民了。路易。查理不但解决了平等派的麻烦，也给党内斗争划下了界限。
与此同时，为了解决军费和加强对莱茵河左岸等地区的经济控制，督政府下令共和国境内强制使用纸币，硬币以3个月为期逐步退出流通市场。对莱茵河左岸等新占领区，则以颁布土地政策为由，以纸币赎买田地后分割出售给当地农民。并开始对所有法国控制区实行关税同盟政策。商业联盟的橡胶制品、钢铁、服装、水泥开始在荷兰、比利时、意大利等法国控制区流行起来，并通过这些地区向普鲁士、东欧、北欧、俄国、埃及、土耳其等国家和地区开始扩散。而大量的粮食、棉花、矿产等工农业原料开始通过这些地区回流法国，形成一个新的经济循环。商业联盟的工厂开始满负荷运转，法国国库开始充盈起来，国债首次降低到20亿锂以下。
而在元老院的提议下，督政府下令赦免塔列朗的流亡罪名，在路易。查理的建议下，塔列朗被任命为驻英大使缓和法英矛盾，商谈法英和平的希望。
1796年4月商业联盟跟随杜罗瓦出行东方的三艘商船返回了，在经过好望角的时候被英国海军俘获一艘后，还有两艘商船借着夜晚的来临逃脱了英国海军的追捕，除了带回了大量的东方商品和杜罗瓦的信件之外，他们还带回了75名清国人，其中35名是10-13岁的儿童，30名17-24岁的青年，还有10名中年人。其中女性占了7名。虽然经过了近10个月的奔波，但是配备了罐头、医生和执行全新的航海条例之后，这些清国人除了几个小孩和女性有些水土不服外，其他人的情况都还不错。
路易。查理没有急着去看信件，而是和这些上辈子的同胞交流了起来。这75人中原来来自三个不同的地方，25名男性青年和7名中年人（三男四女）全部来自一个叫兰芳公司的地方，一名罗姓男性中年人是他们的长辈，而其中10名青年和6名中年人是负责照顾这些人的仆人。他们一来是想见识西方的真正面貌，另一边则是在杜罗瓦的诱惑下，想和商业联盟合作抵抗荷兰人。
27名儿童是杜罗瓦从自己收留的孤儿和购买的奴仆中挑选出来的，挑选的标准就是学习法语的速度，一对中年夫妇则是他高价聘请来照顾这些小孩子的，男的叫章汉升，女的叫林秀梅。这位章先生是一位大夫，治好了刚到清国商船上的水手水土不服症才和杜罗瓦认识的，他和杜罗瓦熟悉后，对西方的化学非常感兴趣，又对杜罗瓦招收这么多小孩感到疑惑，所以在杜罗瓦的邀请下带着照顾孩童兼游学的心态带着妻子上了船。
还有5名青年（三男两女），一名男性中年则自称海商，男性都姓蔡，两女姓吕。
在和这些华人热情的交流后，路易。查理又请他们吃了顿西方式样的美食。
路易。查理安排他们在自己的府邸住下，这是他从巴拉斯手中敲出来的财产之一。苏菲现在已经是成为路易。查理在巴黎住所的大管家了，虽然她只有16岁，不过在艾尔玛夫人的精心教育下，她干的还是头头是道的。
饭后中年人和儿童都耐不住旅途疲惫回自己的房间休息了，而青年人则似乎恢复了元气，于是路易。查理让苏菲带大家熟悉下这里的环境。而那些刚从东方来的青年人也被苏菲的美貌和异域风情给震惊了，那些原本围绕在吕小姐身边的青年，现在都悄悄跟在苏菲后面去了。在路易。查理看来，这位和苏菲差不多年纪的吕小姐也是难得一见的东方美人，但是东方的保守服饰完全被西方着力衬托身材的华丽宫裙给掩盖了。而吕小姐那种类似现代人不拘小节的性格，显然没有苏菲这种在严格的宫廷教育下养成的礼仪讨喜。这不禁让吕姓小姐主仆有些失落。
冷眼旁观的路易。查理为了不让客人感到冷落，就主动邀请这两位女士跟随自己熟悉这里的环境。在路易。查理的刻意讨好之下，吕秋菊和吕红两主仆终于又开始活泼了起来。在路易。查理给她们讲述这些油画和雕塑的背景故事，和一些希腊神话。她们除了对一些展示人体之美的作品感到不适之外，到是对其他事物看得津津有味。
而路易。查理也通过了交谈了解不少关于她们的情况，原来她是中国海盗蔡牵的妻侄女，在一次海盗的内讧中，杜罗瓦所率领的船队救了掉入水中的蔡牵部下。伤好后的蔡牵部下把和杜罗瓦交谈中的一些西方思想告诉了蔡牵，蔡牵以感谢为名带着财物拜访了杜罗瓦。
一来二去之后两人倒是熟悉了起来，蔡牵把自己的海盗身份告诉了杜罗瓦，但是杜罗瓦毫不在意，反倒向蔡牵灌输法国大革命的思想，想要鼓动蔡牵走上推翻满清皇室的革命道路。
但是杜罗瓦对大革命的书籍所知不多，只有一本当做翻译教材的社会契约论，而这本书还被蔡牵的军师说成是满篇白字，不过这位军师到也承认，这些字容易学习，书中内容殊为精思巧妙，别开一路。在这位军师的怂恿下，以就算学不到东西，在西方安个家以谋退路也好，当时军师是这么对蔡牵说的，蔡牵终于把自己的亲属派往法国学习革命的道理，而这位军师也亲自带队而来。
路易。查理陪着两位女士转了半天后，送她们回到了自己的房间休息。而他回到自己书房的时候，阿尔费雷德守在门前告诉他：“殿下从东方来的客人有一位坚持要见您，他已经在会见室等了很久了。”“让他来书房吧。”路易。查理一边走进书房一边说道。
