原著主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探,在目击黑衣组织的地下交易后,准备追踪时却被黑衣人琴酒袭昏,并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物后来虽然幸免于死,但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南,在好友阿笠博士的建议下,寄住在青梅竹马毛利兰的父亲-蹩脚侦探毛利小五郎家中。与本书主角一起凭着推理的天分继续秘密从事追查黑暗组织的工作,并私下探寻获得解药的管道,希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时配合阿笠博士为他发明的道具,帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。