星空决战结束后，已经脱离地球政府的泰伦联邦在泰伦星系附近建立起了政权——泰伦政权。然而，就在泰伦星区刚刚享受到了片刻的安宁，一个不为人知的外星种族正在采取净化行动，要消灭这个星区中所有的外来物种。为了生存，人类奋起反抗，与此同时，腐败的泰伦联邦在私心重重的蒙斯克大帝带领下费人费力与外星种族争夺地盘。遭到抛弃的的战狼号被联邦舰队围杀，杜克上校和边缘小队乘坐逃生舱逃走并建立了起义军。外星种族也出现了内乱，一小波反动力量被驱逐。此时星系的边缘已经被战火笼罩。星系边缘成为了战争的最前线。起义军是否可以和外星种族反动势力结成联盟？他们是否可以逆转局势？
