1926年，北京中国学术协会和瑞典学者组成西北科学考察团，到内蒙古、甘肃、新疆、宁夏等地，进行天文、地理、文物、古迹、风土、民情等综合考察，了解了居延汉简的一些情况，在汉代长城居延地段的甲渠侯官的城堡、甲渠第四燧的了望台和肩水金关的关城等三个不同等级的军事设施和建筑物发现了汉代木简。
1930年4月20日至5月8日，考察团成员瑞典学者贝格曼在居延长城烽燧遗址发掘出汉代木简。随着考察、挖掘的深入，最后共计出土了一万多枚汉简。
考察团将这批汉简运到北平后，贝格曼要求带回瑞典。但刘半农、沈兼士、周养庵，以及故宫博物院院长马衡等众多学者坚决反对，因在考察团出发之际，双方的协议中就对发掘的文物归属作了明确的规定，凡是有文字的资料都要留在中国。
在众多学者的据理力争下，这批汉简被留在了西北科学考察团理事会，但是仍有三千多件文物被贝格曼带走。20世纪50年代中瑞建交的时候，这批文物才回到中国。西北科学考察团理事会按照中瑞协定，将这批汉简送到北平图书馆保存，理事会推马衡和北大教授刘半农整理研究，后来又将汉简转存到北大图书馆。
1937年“七·七”卢沟桥事变爆发前，大批人南迁，北大师生及部分图书也转移到各地，由于时间仓促，居延汉简和同样存放在这儿的汲冢汉简等文物已经无人顾及了。
汲冢汉简是晋武帝太康二年（281年），汲郡人不凖偷盗魏襄王的陵墓而发现的，共有竹简十几万枚。晋武帝下诏将竹简发掘出来后立即运往京师，并下旨当时著名学者苟勖、和峤、束晰、杜预、卫恒等对这十几万枚竹简进行整理和考证。这几个学者整理出七十五篇共十六部典籍，后人称为“汲冢汉简”。它和西汉孔子旧宅壁中发现的《古文尚书》及殷墟甲骨文同被誉为我国文化史上的三大瑰宝。
沈仲章是刘半农先生的弟子，当时是西北科学考察团理事会干事，他十分清楚这批居延汉简的史学价值。
1934年6月，刘半农率领助手白涤洲、沈仲章、周殿福等人，赴西北地区进行田野考察，同时也为自己的《四声新谱》和《中国方言地图》收集资料。7月5日刘半农一行到达大同，调查了雁北十三县的方言，并收录当地歌谣。由于一路上工作特别劳累，且受到当地毒虱的叮咬，7月7日到达张家口时，刘半农已开始发烧，当夜回京，被误诊为感冒，到14 日才确诊为回归热。
胡适在7月14日的日记中写道：“早起得半农夫人电话，说半农从绥远回来，发热不退，昨日下午方石珊来诊，说是黄疸病，劝他进协和医院。半农最恨协和，没有去。今天病似更重了，所以她要我去看看……”
下午三点钟，胡适接到医院电话，得知刘半农已逝。
胡适挽联：“守常惨死，独秀幽囚，新青年旧日同伙又少一个。拼命精神，打油风趣，老朋友当中无人不念半农。”
守常就是李大钊，独秀当然就是陈独秀了，李大钊早在1927年4月已经被害，陈独秀1934年还被囚在国民党狱中。
斯人已逝。对于刘半农等人力争才得以留在中国的这批居延汉简，作为弟子的沈仲章当然知道其重要和意义，他决心把这批汉简安全转移出去。几个北大的滞留人员和刘半农的另一位弟子周殿福也参与进来，他们先后分四次把居延汉简偷运出来，转移到北长街的一个小庙里。
1937年8月，日军进攻上海，沈仲章本打算将这批汉简转移去沪的念头落空。他想起了当时不在北平的故宫博物院古物馆馆长徐森玉，便设法与他取得联系。经反复筹划之后，决定先将汉简运往天津，然后再转运香港。
徐森玉后来在1938年押运故宫文物大迁移，途经贵州安顺时发生车祸，足部致残。国民党退往台湾之前，行政院下令故宫博物院把珍贵文物造册上报、装运台湾，遭马衡、徐森玉等人反对。国民党五个部门联合聘请徐森玉赴台湾主持文物工作，被拒绝。
沈仲章为了安全，走之前将汉简存放到德华银行保管。坐了一天半的火车深夜才到达天津，沈仲章在火车站提心吊胆等着天亮，因为汉简收据就藏在他头上戴的一顶破草帽里。
沈仲章将汉简交给中立国瑞士的伯利洋行代办托运，居延汉简运抵天津后，还是寄存在伯利洋行。
木简到津后，一晃半年，无法安全启运香港。沈仲章三天两头在租界调换住处，生怕出现意外。心急如焚的沈仲章最后冒险买票，想迅速离津去港。
沈仲章事前买通检查员和搬运工，躲过了日本兵的检查，将汉简运上轮船。轮船到青岛后，由于临时装运另外一批货物，在青岛还要停泊十几个小时，沈仲章便下船寻找在青岛的其他教授，并顺便给长沙发电报，告知汉简已南下请派人到香港接收。谁知电报发完回来时，轮船已经开走了。沈仲章赶忙给船长发电报，请他帮忙把箱子交给船上的吴景祯先生，让到香港后交给香港大学校长蒋梦麟。
汉简运到香港后，徐森玉特地从香港给在长沙的傅斯年发了一封电报：“本简已全运港。拟用公（傅斯年）及仲章、鸿宝三人名义存香港大学。务希电允。排比影印亦拟进行，并盼指示。回电由许地山转。”
当时在香港大学的蒋梦麟校长、许地山教授等人协商后，决定将汉简暂时存放在香港大学，具体由沈仲章整理、照相，然后交由商务印书馆在上海制版印刷，可惜后来书版皆毁于战火。
1941年太平洋战争爆发。眼看香港也将沦陷，经众多学者商量后，当时担任国民政府驻美大使的胡适表示，“适当谨慎担负，务求安全无危险，请诸兄放心”。
在胡适的努力下，这批汉简设法运到了华盛顿，存放在美国国会图书馆。后来胡适任台湾“中央”研究院院长，将这批汉简从美国运回后，交付台北的“中央”研究院历史语言研究所保管。
20世纪60年代，台湾出版了《居延汉简图版之部》。
埋藏在地下两千来年的居延汉简，出土后经历了太多的世间变故，正因为如此，才更显出传奇与魅力。我曾想象，这批居延汉简，就像是等待着与这个世界某一天的再次相遇一样。如同有着血缘关系的亲戚，相遇了，然后把曾经的秘密述说出来——假若把这批汉简堆叠起来，是不是可以形成一座纪念碑的形状？一座有着那个时代血脉和体温的纪念碑：为了让后代倾听和纪念。
