1970年3月7日，自治区革委会发出《关于整党建党工作的安排意见》，要求各地各单位必须重视整党建党工作，遵照毛主席的建党思想、建党路线、建党原则，学习“六厂二校”的经验，一个支部一个支部地搞好整党建党工作。6月15日-7月5日，自治区革委会党的核心小组召开了自治区整党工作座谈会。10月3日，自治区革委会党的核心小组发出《关于整党建党工作中几个具体问题的暂行规定》，12月10-17日召开了第二次自治区整党建党工作座谈会。在整党运动中，强迫党员按照林彪、江青的调子进行“路线爬坡”，并结合进行“吐故纳新”。不少忠诚的老同志被“吐故”或“挂起来”；有些品质恶劣的人被当做“新鲜血液”而纳新、提拔，由于九大党章取消了预备期，所以一大批头上长角、身上长刺的造反派，混进了党的各级领导机关，造成党内和干部队伍的严重不纯。
第四次，1984年1月-1987年4月整党。1983年10月11-12日，中共十二届二中全会在北京举行。全会一致通过了《中共中央关于整党的决定》，确定从1983年冬季开始全面整党，用三年时间分期分批地对党的作风和党的组织进行一次全面整顿。按照《中共中央关于整党的决定》，自治区整党工作从1984年1月开始，自上而下分两期共六批进行，到1987年4月全部结束。
全区有56.1万多名党员参加了整党。全区共派出1.8万多名联络员、巡视员、宣讲员帮助基层整党。
整党中，各级党组织始终坚持了“既要解决问题，又不要搞乱”的方针，坚决摒弃了以往政治运动中“左”的错误做法。注重思想教育，组织党员认真学习整党文件，对党员中一些模糊思想，采取学习、疏导、批评与自我批评的方法，广泛开展谈心活动，不搞“人人过关”。对党员发表的意见，“不打棍子，不戴帽子，不抓辫子，不装袋子”，并且“允许收回，允许改正，允许申辩，允许保留”。对少数犯错误的党员，坚持实事求是的态度，在查清问题的基础上，做出正确处理。
正确处理党员信教问题，是新时期加强少数民族地区党的建设的一个重要问题。在整党中，自治区党委发出《关于在整党中正确处理党员信仰宗教问题的通知》指出，党的宗教信仰自由的政策，是对我国公民而言，并不适用于共产党员。共产党员应当是无神论者，而不应当是有神论者。要划清民族风俗习惯同宗教活动的界限。一般地能履行党员义务，但不能完全摆脱宗教影响，对问题有了认识，可予以登记；笃信宗教，热衷于宗教活动的，批准退党；担任神职人员的党员，予以除名；参加煽动宗教狂热，反对四项基本原则的，清除出党。
这次整党是有成绩的，不少地方、部门和单位的成绩还比较显着。总的来说，全党在思想、作风、纪律、组织四个方面，都比整党前有了进步，党内存在的三个严重不纯的状况，有了某些改变，积累了一些正确处理党内矛盾和问题的重要经验。整党中，全区共吸收新党员83866名，初步改变了自治区党员队伍年龄偏大、文化程度偏低的状况。这些都为新时期党的建设的加强和发展，奠定了一个比较良好的基础。但是，整党工作发展不平衡，有一部分单位包括一些党政领导机关，没有全面完成整党的四项基本任务，走了过场。
2.党的创新理论学习实践活动。20世纪90年代以来，不再搞整风整党运动，而改为学习实践党的创新理论活动，主要有三次。
第一次，“三讲”教育。1998年11月，中共中央对在县级以上党政领导班子、领导干部中深入开展以“讲学习、讲政治、讲正气”为主要内容的党性党风教育作出全面部署。1999年，按照中央的部署和要求，自治区党委把搞好“三讲”教育作为党的建设工作的重中之重，切实加强领导，有计划、有步骤地向前推进。第一季度重点做好“三讲”工作的准备工作和区直机关3个单位的试点工作；第二季度开展自治区党委、人大、政府、政协四大班子的“三讲”教育；下半年分期分批开展地市、厅局的“三讲”教育和3个县（市）的试点工作。截至2000年2月20日，全区已参加“三讲”集中教育的领导干部有4932名，有中有省级干部47名、地厅干部947名，县处级干部3938名。自治区“三讲”教育进展顺利，基本上达到中央要求。
第二次，学习十六大精神和“三个代表”重要思想，保持党的先进性教育。根据中央统一部署，从2001年1月至2002年6月，用了一年半的时间，在农村开展了“三个代表”重要思想学习教育活动，全区农村基层干部60.9万人分四批参加了学习教育活动。十六大后，为促进广大领导干部深入学习十六大精神和“三个代表”重要思想，自治区党委决定采取专题培训的办法，把全区地（厅）、县（市）、乡镇三级党政主要领导干部共1200余人，分期分批安排到自治区党校学习。2003年7月12日，《中共中央关于在全党兴起学习贯彻“三个代表”重要思想新高潮的通知》下达后，2003年至2006年，自治区共举办各类培训班11306期，共计培训各级各类干部和党员70余万人次。
第三次，学习实践科学发展观活动。根据党的十七大部署，从2008年9月开始，在全党分批开展深入学习实践科学发展观活动。自治区党委于2008年10月7日召开了深入学习实践科学发展观活动动员大会，对全区开展以“科学发展、造福人民”为主题的深入学习实践科学发展观活动进行总动员、总部署，标志着新疆学习实践活动正式启动。自治区党委在动员中指出：开展好深入学习实践科学发展观活动，对新疆来说意义重大，影响深远。当前新疆正处在全面建设小康社会、加快推进社会主义现代化的关键时期，新形势、新目标向我们提出了新要求、新任务，也呈现出更加美好的前景；但是新疆的发展还面临着一些突出困难和问题，维护新疆稳定和国家安全的形势依然十分严峻。在新形势面前，一些党员干部贯彻落实科学发展观的自觉性还不高，对科学发展观的理解还不够深入；一些影响和制约科学发展的问题还比较突出，保障科学发展的体制机制还不够健全；一些干部新形势下反分裂斗争的长期性、复杂性、尖锐性认识还不深刻；一些领导干部的思想作风、能力素质与推动科学发展、构建和谐社会的要求还不相适应，等等。因此，必须紧紧围绕自治区党委确定的“科学发展、造福人民”的主题，按照党员干部受教育、科学发展上水平、长治久安固根本、人民群众得实惠的总体要求，牢牢把握坚持解放思想、突出实践特色、贯彻群众路线、正面教育为主的原则，实现提高思想认识、解决突出问题、创新体制机制、促进科学发展的目标，要通过深入学习实践科学发展观，不断提高党的执政能力，不断保持和发展党的先进性，促使广大党员、干部不断提高推动科学发展、促进社会和谐能力，真正把科学发展体现到各级党组织和广大党员、干部的行动中，把党的政治优势和组织优势转化为推动自治区经济社会又好又快发展的强大力量。学习实践科学发展观活动分三批进行：第一批自治区各单位，高等院校；第二批地、县级单位；第三批城市街道社区及学校、医院等事业单位，乡镇、村。
2009年3月，在第二批学习实践活动中，自治区推出了叶城县经验，要求各地学习借鉴叶城县科学发展典型经验。喀什地区叶城县是一个以农业为主、农牧业结合的国家级贫困县。改革开放以来，特别是党的十六大以来，叶城县坚持从实际出发，深入贯彻落实科学发展观，依靠全县干部群众艰苦奋斗，大力发展特色林果业、设施农业，在短短10年左右时间里，在南疆这一块少数民族贫困人口最多、国家级贫困县连片的地方，率先走出一条又好又快的发展道路。2008年，叶城县完成生产总值25.58亿元，比2003年增长了2.07倍；地方财政收入比2003年增长1.7倍；农民人均纯收入由2003年的1427元增长到2008年的3190元，增长1.24倍。各项主要经济指标提前实现“十一五”翻番的目标，这是叶城历史上发展最快的时期。在维护稳定、加强基层建设方面，为了适应山区村庄分散、路途遥远、交通不便的情况，叶城创造了“4211”工作机制，做到常年有四分之二的干部坚持工作不离岗、四分之一的干部参加脱产培训、四分之一的干部轮休。具体到一名乡干部来说，每月4周中，驻村工作2周，然后回到乡里培训学习1周，剩下1周可以和家人团聚。这一机制的前提是增加乡镇干部配备，乡镇干部增加了1倍。
自治区党委在南疆373个少数民族聚居乡镇推广了叶城县“4211”工作机制，可见，中国政府为了维护新疆的稳定付出了高昂的行政成本。叶城县要求驻村干部发挥思想政治教导员、发展经济战斗员、落实制度督导员、服务群众代办员、社情民意调研员和对外协调联络员的“六大员”作用。2006年以来，叶城县采取“上级补一点、党费贴一点、包村单位帮一点、乡村集体筹一点”的办法，筹措了2512万元资金，新建了118个面积在300平方米以上的村级活动场所，配备了文化活动室、图书阅览室、远程教育设备、村级卫生室，并配齐了新建阵地的办公设备。
经过一年半的时间，新疆整个学习实践活动基本结束。全区各级党组织坚持注重实践、注重运用，把学习实践活动成果转化为应付国际金融危机冲击、平息处置乌鲁木齐“7·5”事件、战胜60年一遇持续寒潮暴雪灾害等各种困难和风险挑战的强大动力，在反分裂斗争异常复杂、各种挑战异常严峻的情况下，有力地促进了保增长、保民生、保稳定的一系列政策措施落实，保持了全区经济平稳较快发展，维护了社会大局稳定，实现了提高思想认识、解决突出问题、创新体制机制、促进科学发展、加强基层组织的目标。
2010年2月28日，自治区党委召开总结大会，总结全区学习实践活动，交流健全深入学习和实践科学发展观长效机制的经验，巩固和扩大学习实践活动成果。
（三）加强党的组织建设
加强党的组织建设，就新疆面临的问题来说，主要是干部队伍建设和党的基层组织建设。
1.干部队伍建设。新中国成立以来新疆干部队伍建设的历史发展，我们在第三章中已作了较详细的论述，不再重复。这里只讲两点，一是20世纪90年代以来，面对反对“东突”分裂势力的严峻形势，在干部考察、推荐、任用、培养、教育、监督、管理等各个环节进一步强化政治标准，把干部在反对民族分裂、维护祖国统一问题上“始终做到认识不含混，态度不暧昧，行动不动摇，始终做到旗帜十分鲜明，立场十分坚定”作为第一位的政治要求。
对综合素质较好，在思想上、言论上、行动上都旗帜鲜明地反对民族分裂、维护祖国统一，关键时刻能够站出来，敢于同“三股势力”作斗争的少数民族干部，大力进行表彰和提拔重用。
二是实践出真知，一线出干部，新疆各级党委坚持“好人好马上一线、精兵强将下基层”。自治区党委和人民政府始终坚持面向基层和反对民族分裂势力和非法宗教活动第一线选拔任用少数民族干部，将一批政治素质好、有发展潜力，但缺乏基层经历和领导经验的少数民族年轻干部下派到条件艰苦、矛盾集中的基层单位担任领导职务，可以提高他们解决实际问题、应对各种突发事件和驾驭各种复杂局面的能力。一大批经过基层艰苦环境锻炼的优秀少数民族干部也因此走上了各级领导岗位。
2.党的基层组织建设。党的基层组织、国家政权的基层组织，是我们党和国家全部工作的基础。基础不牢，地动山摇。加强基层组织建设，始终是一项重要工作。从1997年开始进行集中整治工作的六年时间里，自治区党委按照中央的要求和部署，从新疆实际出发，以农村为重点，大力加强基层组织建设。结合机构改革，按照“精简上层，充实基层”的原则，从地州、县市、乡镇党政机关和企事业单位选派政治上强、懂农业科技知识的青年干部到乡村任职，既充实了一线，又在实践中锻炼培养了一批后备领导干部；采取自愿报名、学校推荐、组织人事部门的考试考核的办法，由自治区直接选拔录用大专院校（含“五大”）毕业生到南疆四地州乡镇工作；从驻疆部队选拔一批连、排长和优秀退伍战士经过培训到基层任职；积极推行国家公务员到村任职，在村任职的国家干部达5600多人。
