在太平天国浙江基地内，匪患亦很严重。清军和各地团勇的所作所为与土匪无异，甚至更为凶恶。这毋庸赘言。此外，浙北水网地区的“枪船”给当地带来的严重祸害亦丝毫不亚于清军和团勇。所谓“枪船”，是活动在苏南、浙北一种半民半匪的武装。无论对清朝，还是对太平天国，它都没有坚定的政治立场，时而归从，时而作对；而太平军和清朝当局也都按需要对它或利用，或镇压。
“枪船”的历史并不长，活动范围主要在嘉兴、湖州、苏州三府的一些乡村、市镇。这一带是着名的江南水网地区，江河港汊密布，极利于小船行驶。这里民间盛行赌博，不少人贩卖私盐。道光（1821-1850）中叶，当地一些开赌场、贩私盐的地痞，为保护赌场和贩私盐，开始制造一种两头尖的小轻舟，架枪于上，因其“舵后有木枪作标识”，故称之为“枪船”，用以对付官府的查赌缉私。至道光末年、咸丰（1851-1861）初年，当地连遭天灾，农村常发生抗粮抗租事件，一些官吏乃开始利用“枪船”对付民变，从此“枪船”渐与官府有了勾结。1853年太平天国定都天京，东南震动，上述三府一些桀骜不驯之徒，乘机以“保卫乡里”为名，大置“枪船”，结党横行，遂很快蔓延。这些“枪船”，凶顽居多，又多为土着，对谁贫谁富和当地社会情况了如指掌，其小船行驶灵活，又熟悉路径，乃大肆作奸犯科，成为一大匪患。 鉴于“枪船”严重危害地方，常对抗官府，清朝江浙两省地方政府曾于1859年联合缉捕了卜小二、吴砂锅（又名沙哥）、沈三等“枪船”头目。
次年春李秀成奇袭杭州，李世贤进攻湖州，特别是1860年夏太平军东征，席卷苏南及浙北嘉兴，清朝在江南的统治受到沉重打击，地方官府自顾不暇，不仅无力镇压，且需利用“枪船”对付太平军和民众，乃释放了各“枪船”头目，并招“枪船”作为团练。“枪船”们便立即“投桃报李”，帮助官府镇压抗粮抗租的群众，抗拒太平军。如1861年7月，郑四德等集“枪船”五六千人，欲会同官兵帮打苏州。吴砂锅则协助湖州赵景贤，多次进攻南浔太平军，“歼贼无算”。
“枪船”在获得清朝官府庇护后，一面助攻太平军，一面借机大肆劫掠、作恶。1860年9、10月间，“枪船”有四人在练市镇与当地人冲突中被杀，过了几个月后，大批“枪船”乘当地人不备，到此报复，一路搜抄，随即放火，一些村庄民房全被焚毁，最后还向当地勒索洋银3300元，始暂时罢手。1861年5、6月间，吴砂锅、沈三等“枪船”头目，以助打乌镇太平军为名，登岸后持刀放炮，先后将乌镇西、东两面村庄民居一两百家烧毁，并恣意掳掠。总之，“枪船”“时而驾小舟、挟枪炮，突然而至者不一而足”。对当地人民危害极大，人民对其痛恨至极。
太平军大队人马进占浙北后，一些“枪船”继续帮助官府，与太平军公然对抗；另一些则慑于太平军强大威势，表示投降。太平军方面鉴于“枪船”多为当地人组成，熟悉情况，又有不小武力，因而亦愿与其搞好关系，欢迎他们投诚，“于是各赌局‘枪船’，皆假长毛号令横行索诈，罗列名镇……豪富之家各造‘枪船’，与各赌魁为伍，且深相结纳”，以至有些乡镇“‘枪船’之势且更甚于长毛”。其中势力最大的“枪船”头目卜小二，还被太平天国授以青浦水师将军之职，其船队悬挂“龙记”旗号，活动于苏州、嘉兴、湖州等地。
投降太平天国的“枪船”中，有的参加太平军的“打先锋”活动，也有的协助太平军哨卡防守地方。如太平军占长兴后，将长兴的防守分为西南陆路段和东北水路段。其中东北水路段，得到当地潘顺天“枪船”之助，“凡有攻击，出力尤多，深为贼所倚重”。还有的协助太平天国催逼农民完粮纳税，如海宁花溪太平军在1861年夏，曾“用‘枪船’先追完田银，士农畏其虎势，无不输钱完纳”。
“枪船”头目和一般成员，均无明确的政治立场，如同对官府由抗拒到协助一样，他们对太平天国由抗拒到投降，亦非出于立场的变化，而只是在客观环境变化下，权衡利害关系后作出的临时应变。所以，即便投降太平天国的“枪船”，亦仍不变其打家劫舍的匪性，对太平军亦不时伺机侵犯。例如卜小二，就经常将小股“打先锋”的太平军截杀，夺其物品，并把自己这种行为称之为“剥毛皮”。至于其他各股“枪船”，还经常助清军对抗太平军。
“枪船”这种浓重的匪性，和他们即使投降仍不时作恶，使太平天国也不能真的视其为友军。太平军在利用他们时，也伺机予以打击、剿办。1861年春，太平军大队入浙北、占嘉兴，到同年夏，桐乡太平军就已开始剿办，连杀“枪匪”四五十人，8月上旬又在该县濮院镇杀枪匪三人，枭首示众。1862年，太平军已占领浙江大部，于是大规模剿办“枪船”的任务，提到了日程上。这年春，太湖四周太平军同时出动，由驻嘉兴的听王陈炳文统一指挥，兜剿“枪船”，给予“枪船”第一次沉重打击，仅卜小二在湖州新市镇的“枪船”，就被杀四五百人之多。接着，李秀成因即将调集江浙太平军大部队投入解救天京之围，为消除后顾之忧，决定给“枪船”毁灭性的打击，乃下令于这年7月9日（农历六月十三日），苏、松、嘉、湖四府太平军同时出动，分兵剿灭“枪船”。当天，桐乡境内大批“枪船”被歼灭，如庙牌杀14人、濮院杀3人、陡门杀20多人。 经太平军多次兜剿，特别是1862年的大规模兜剿和随后不断缉捕，浙北及苏南的“枪船”主力，被歼灭殆尽。桐乡人沈梓后来记述说：“自六月十三日以后，赌匪逃匿净尽，各镇各乡，无‘枪船’踪迹。余生三十余年，目不见赌，独有此时。窃叹长毛号令，清时地方官所不逮也。”
为害浙北、苏南十多年的“枪船”，终于一蹶不振。1864年太平天国失败、清朝恢复在江南的统治后，入浙湘军将领、浙江布政使蒋益澧，再次出兵缉捕各股“枪船”残余，将其“枭首示众”，最终结束了“枪船”的历史。
