1940年八、九月间，萧红完成了长篇小说《马伯乐》的第一部。这部小说在重庆时就已经开始酝酿，写于1938年的短篇小说《逃难》中，从潼关逃往西安的何南生，即是后来马伯乐的原型。在《逃亡》的基础上，《马伯乐》的内容更丰富，背景更广阔，展现了一幅抗战期间形形色色的流民图。小说不仅有对战时生活的细致刻画，对国民性的深刻剖析，也将在萧红的其他作品中所罕见的幽默和讽刺才能发挥得淋漓尽致。
《马伯乐》脱稿后，萧红又投入到另一部长篇小说《呼兰河传》的续写中。
据蒋锡金回忆：
我想起萧红写这篇小说，大约开始于1937年的12月。
那时是在武昌的水陆前街小金龙巷，萧红每天都忙着给我们做饭，有时还叫我们把衣服脱下来给她捎带着洗。这时她说：“嗳，我要写我的《呼兰河传》了。”她就抽空子写。我读了她写的部分原稿，有点纳闷，不知她将怎样写下去，因为读了第一章，又读了第二章的开头几段，她一直在抒情，对乡土的思念是那样深切，对生活的品味是那样细腻，情意悲凉，好像写不尽似的；人物迟迟地总不登场，情节也迟迟地总不发生，我不知道她将精雕细刻出一部什么样的作品来。我喜欢她所写了的这些，认为她写得好，希望她快快地写成。
呼兰河的情思，自1937年底以来一直萦绕于怀，到了远离战火、也更加远离了家乡的南方小岛上，便如泉流一般喷涌而出，自此一发而不可收。
在这部长篇里，萧红模糊了小说和散文、自传的界限，打破了以人物为中心的传统小说模式，将呼兰小城的风貌、习俗、人们平凡而卑琐的生活如画卷般一一呈现：这里有“跳大神”、“唱秧歌”、“放河灯”，有“野台子戏”和“娘娘庙大会”；有小团圆媳妇、长工有二伯、冯歪嘴子这些善良、愚昧而悲苦的人们；还有那个天真烂漫的小女孩，和老祖父一起寂寞却快乐地生活着——她不就是萧红儿时生活的印记吗？
饱经忧患的岁月让萧红的笔触至浓而淡，在听任记忆召唤的沉潜书写中，呼兰河畔的故事已不只是对故乡一往情深的恋曲，更是一首古老的悲歌，它随着呼兰河水蔓延过悠长的历史和渺远的人世，流淌着生命终极、亘古不变的悲凉。
1940年9月1日，《呼兰河传》在《星岛日报》副刊《星座》上开始连载，直至12月27日连载完毕。这部凝聚着萧红数年来心血和深情的作品，是萧红一生的巅峰之作，亦是20世纪最伟大的华语小说之一。
茅盾在为《呼兰河传》作序时赞叹道：
也许有人会觉得《呼兰河传》不是一部小说。他们也许会这样说，没有贯串全书的线索，故事和人物都是零零碎碎，都是片段的，不是整个的有机体。也许又有人觉得《呼兰河传》好像是自传，却又不完全像自传。
但是我却觉得正因其不完全像自传，所以更好，更有意义。而且我们不也可以说：要点不在《呼兰河传》不像是一部严格意义的小说，而在于它这“不像”之外，还有些别的东西—— 一些比“像”一部小说更为“诱人”些的东西：它是一篇叙事诗，一幅多彩的风土画，一串凄婉的歌谣。有讽刺，也有幽默，开始读时有轻松之感，然而愈读下去心头就会一点一点沉重起来。可是，仍然有美，即使这美有点病态，也仍然不能不使你炫惑。
2000年，在香港《亚洲周刊》评选出的20世纪优秀中文小说100篇中，萧红的《呼兰河传》名列第九，仅次于《呐喊》（鲁迅）、《边城》（沈从文）、《骆驼祥子》（老舍）、《传奇》（张爱玲）、《围城》（钱锺书）、《子夜》（茅盾）、《台北人》（白先勇）和《家》（巴金）。
1940年是鲁迅先生诞辰五十九周年，按照中国传统的庆生习惯，正是先生的虚岁花甲冥寿。鲁迅的诞辰之日本是阴历八月初三，但鉴于国民政府已废止阴历，上海文化界人士征得许广平同意后，定在阳历8月3日举办纪念活动，随后在众多媒体上发布消息，向各地发出函约，力图发动战时全国各地文化人士举行一次普遍而隆重的纪念活动。
倡议发出后，香港文化界积极响应，策划举办一场盛大的群众纪念仪式。为丰富活动内容，当时的文协理事、香港《大公报》文艺副刊编辑杨刚找到萧红，提议由她写一部关于鲁迅生平的剧本，在纪念晚会上演出，在端木和朋友们的鼓励下，萧红接受了任务，开始写作哑剧剧本《民族魂》。
之所以要采用哑剧这种形式，当时的香港文协“戏剧研究组”负责人冯亦代指出：它（哑剧）以沉默、庄肃、表情动作的直接简单取胜，最适宜于表现伟大端严，垂为模范的人格。以它来再现鲁迅先生，似乎能于传达先生的崇高以外，更予观众一种膜拜性的吸力，使先生生活史的楷模性，更能凝定在我们后辈人的生活样式里面。
在写作《民族魂》的过程中，因端木早年在南开中学时有过话剧创作的经验，萧红采纳了端木的部分创意。很大程度上来说，这部哑剧是由萧红主笔，夫妇二人共同创作完成的。
遗憾的是，限于文协香港分会的经济状况，以及人力与时间的局促，这部剧作最终未能与观众见面。由冯亦代、丁聪、徐迟等人参照萧红的原作和指导意见，另写了一部一幕四场的哑剧，在纪念会上演出。
8月3日这一天，下午3点，由“文协香港分会”、“中华全国漫画家协会香港分会”、“青年记者协会香港分会”、“华人政府文员协会”，以及“业余联谊社”等团体联合举办的鲁迅诞辰六十周年纪念会在加路连山的孔圣堂举行。此时的香港大雨如注，而人们依旧打着伞、穿着雨衣向纪念会场走去，赴会者人数并未因恶劣的天气而减少。
萧红在会上报告了鲁迅先生的生平事迹，其中内容大部分根据的是先生的自传，并参证了先生的讲述，也结合了萧红自己的评论。
此后，为纪念鲁迅先生逝世四周年，萧红原作的哑剧剧本《民族魂鲁迅》自10月20日至31日在香港《大公报》副刊连载，作者署名萧红。
1940年11月，端木和萧红结识了在港的东北民主运动负责人、《时代批评》主编周鲸文。三人既是同乡，又都从事文艺活动，自是一见如故，倍觉亲近。此后，端木、萧红与周鲸文常相往来，有时一起喝茶，有时二人到周家做客。在周鲸文眼里，端木“身体很弱，中国文人的气质很重，说话慢腾腾的，但很聪明”；萧红则是“面貌清秀，性格爽朗”，“有人说她孤僻，我对她倒没有这种印象”。
1940年圣诞节前夕，萧红一个人拎着一盒圣诞糕去周鲸文家，因走了一段山路，又上了一段楼梯，累得呼吸急促，进屋后坐了一会儿才慢慢平复下来。周鲸文夫妇看出，萧红的身体很虚弱，进而又觉得很纳闷：“为什么端木不陪她来，让她一人跋涉走这么远的路？”
从那以后，周鲸文夫妇开始注意端木和萧红的关系，他们越来越发现，端木对萧红并不太关心：端木虽系男人，还像小孩子，没有大丈夫气。萧红虽系女人，性情坚强，倒有男人气质。所以，我们的结论是：端木与萧红的结合，也许操主动权的是萧红。但这也不是说：端木不聪明，他也有一套软中硬手法。端木与我们往来较频，但我们在精神上却同情萧红。
1941年1月，《马伯乐》（上篇）列为“大时代文艺丛书”，由重庆大时代书局初版。不久，萧红开始了《马伯乐》续篇的写作，自1941年2月1日起，在周鲸文主编的《时代批评》上连载，至11月中旬刊完前九章。
1941年6月，由周鲸文和端木蕻良共同创办的《时代文学》第一期出刊。该杂志由周鲸文出资筹办，时代书店发行，主编名义上是周鲸文和端木蕻良，实际由端木一人负责。
关于创办《时代文学》的初衷，周鲸文解释道：说来，我是把全副精神办《时代批评》，为什么又添办一个《时代文学》呢？理由很简单，因为端木和萧红是文艺作家，他们希望有这样一种刊物。同时，那时由国内到香港逃难的有大批文艺工作者，也应给他们发表文章的园地。所以，国内外知名的文艺作家都是《时代文学》的特约撰稿人。
1941年7月，萧红在《时代文学》上发表了短篇小说《小城三月》。这是萧红伏身病榻完成的最后一部小说作品，亦是萧红创作的最优秀的短篇小说。它承袭了作者一贯的写作风格，即小说的散文化，看似没有紧张的情节冲突，却行云流水般地绘出了主人公翠姨的情感历程，看似平平淡淡的叙述，读来却让人感到钝刀磨心般的隐隐疼痛。小说从故乡的春天写起，直到翠姨因爱情的压抑和婚姻的不如意而郁郁而终，笔致由清新转为忧愁，而那种唯美、感伤、委婉动人的情调却笼罩全篇，散发着东北小城春日杨花的芬芳。
从1940年1月到1941年6月，萧红在病魔的侵袭下，以惊人的毅力完成了一生之中最为成熟的长篇和短篇小说作品。这一年多的时光，无疑是她短暂的创作生涯里一段最动人的高潮。
然而，在迎来辉煌的同时，她却也接近了人生的终点。她仿佛早已预知自己已然时日无多，于是拼尽全力，在消逝以前写下了最后的绚烂。
