二月初八日，吴三桂又命夏国相率部夺取常德以北的澧州。吴兵到了澧州，兵不血刃，城内的清兵献城易旗投降了吴军，清兵将领桑峨、总兵官周邦宁率部从常德还至澧州城外时，看见吴兵的军容甚盛，自感一旅“孤军不能迎敌”，“不得不退回荆州，向清廷告急，请求“大兵星驰”赴援。
继澧州被吴军占据后，吴将张国柱又率部攻陷了衡（今湖南衡阳市），然后挥师进据长沙。原来，偏沆巡抚卢震逃走后，长沙只有副将黄正卿，参将陈武衡留下守城，当下吴军近在咫尺，全城人心惶惶，官兵已无心守城．即使康熙虽命吏兵两部传达他对长沙地区文武各官的指示：“逆贼吴三桂虚声恫吓，以致巡抚卢震弃地潜逃，已行孥究。湖南各文武官员仍能保百姓，固守地方，允称尽职，事平之日，从优加典”。但是，援军迟迟不到，当地军民无心守城，守城将领黄正卿、陈武衡不想为清廷出力，连同部属和长沙城池都献给了吴军。长沙的失守，在于清廷的援兵行动迟缓，畏缩不前。当康熙遣派都统觉罗巴尔布、护布统领伊尔度齐等率部到荆州时，常德、澧州尚未失守，如按康熙的指令，兵马稍事休息，就迅速渡江，赶赴常德、澧州，两州不致于很快的就失陷。但是他们到达荆州后，却“迟迟不前”，给吴军造成了有利时机，长沙空虚，吴军无须进攻。守将就献城投降，所属的士兵和战船统统归属了吴军。吴三桂的大将张国柱与夏国相进驻了长沙。常德、长沙“扼湖湘之险，当水陆之冲”，两城一失，“金楚之势”却转到了吴军方面。
吴三桂于二月间，“日夜兼程，突逼（辰州）城下”，守城的清兵“士卒解体，孤城无援”，辰州被吴军一攻即破。到二、三月间，吴三桂又亲自到常德、澧州等地督战，“兵锋甚锐”。
康熙十三年三月初，吴三桂命大将吴应期与张国柱以水陆大军并进，谋取洞庭湖三滨的重镇岳州。他们到达岳州后，秘密派人遣入城中策反，该城的参将李国栋“私行纳款”，把岳州献给了吴军。
从康熙十二年底，吴军首陷沆州后，到了第二年即康熙十三年三月，在3个月的时间里，吴三桂挥军长驱直入，接连攻陷沆州，常德、辰州、长沙、岳州、衡阳等战略要地，而清兵未集，“处处无备”，“5000里无只骑拦截”，所得之地，清政府的将吏非苎即降。清朝兵部惊呼：“吴三桂反叛以来，湖南绿旗官兵多附贼”。“湖南全境皆属三桂”。这是吴叛清的湖南之战。
吴军在湖南的全胜，就象一道冲击波，引起了连锁反映，那些不满清王朝统治的人们，乘时而起……。
与湖南仅一江之隔的湖北一些地方，已经或正在酝酿斗争。当吴军胜利的进入湖北省的时候，康熙十三年三月十五日，襄阳总兵官杨来嘉在谷城（今湖北省）宣布起兵、响应吴三桂。关于杨来嘉降吴，康熙早在吴军陷常德、澧州时就有所察觉，特密令大将军顺承郡王勒罕锦密切注视他的动静。康熙指出，杨氏才能平庸，所部官兵大都“藐玩”，恐有变故，要勒尔锦加强襄阳的防御，时刻提防杨氏。果不出康熙所料，在吴军攻占长沙时，他与郧阳（今郧县）副将洪福串通，在谷城密谋起兵。幸亏襄阳早有御防，他的计谋没能全部得逞。
三月十九日，继杨来嘉公开叛清后，与他合谋的郧阳副将洪福也以所部清兵叛于郧阳。在此之前康熙曾指示兵部：“郧阳地介三省（陕西、河南、湖北）中多旷土，山谷拒塞，奸民易于啸聚”，可能有与吴军相呼应的，或可能吴军乘间进犯，将提升佟国瑶为提督，驻于郧阳城内“弹压”。康熙不幸而言中，洪福一起兵，就率所属清兵千余人围攻陨阳提督佟国瑶的衙门。佟国瑶同游击杜英仅以300多名标下亲兵同多倍的叛兵激战。战斗持续20日还没有攻下，洪福怕清军来援，不敢恋战，引兵撤退，投往吴军去了。
四川兵变湖北的杨来嘉、洪福的叛变，都被清兵击退，并没引起更大的骚乱。严重的局势是发生在四川。吴三桂一起兵，康熙就十分关注四川，他认为四川与云南接壤，估计到“贼兵必犯巴蜀”，先调驻守西安的西安将军瓦尔喀火速进川，指示他凡自云南入川的险要之地，“俱行坚守”。原令副都统科尔良驻防太原，他还未及起程，又改赴西安，接替瓦尔喀守西安酌职务。康熙仍不放心，又续增都统赫叶及瑚里布、穆占、副都统廷布率京城官兵同往四川。此路军由赫叶、瑚里布统辖，西安兵由瓦尔喀指挥，两路军应尽快会合，“同心协力”，守住四川。赫叶与新任命赴荆州增援的勒尔锦同一天离京出征。临行前，康熙又亲行告祭礼，出西长安门，目送两将军出城，又派内大臣，礼兵两大臣在郊外设酒饯行。康熙的这一举动，表明了他对四川省看成如同荆州一样的重要。
正当赫叶等离京动身的时候，四川的巡抚罗森急派人到了京城，报告了全川的军心不稳，颇怀异志。康熙惟恐情况有变，紧急下令催促副将瑚里布等选轻骑先行，速赴四川。
还没有等到援兵赶到四川，已传来四川提督郑蛟麟与川北总兵官谭弘合谋叛清的消息。谭弘和郑蛟麟都是原明朝的将领，他们在满清入关前后分别投降了清廷。吴三桂反清后，于康熙十三年正月派王屏藩进兵四川，策动叛乱。谭、郑合谋响应，接受了吴三桂的官职，谭被封为“川北将军”，蛟麟被封为“总督将军”。
几乎与谭、郑投降吴三桂的同时，四川的巡抚罗，森、总兵官吴之茂也都先后投降了吴三桂，他们降吴后，也受到了重围。由于罗森、郑蛟麟、谭弘、吴之茂是四川的军政长官，他们率先叛清，所以他们属下的官兵和各府州县的官员也都随之而叛了清廷，这时全川都纳入吴三桂的控制之下。他们声言：一出汉中，一下夔州。声势确是逼人。
康熙一面催令将军瓦尔喀继续向四川进兵；一面嘱咐他向郑蛟麟招抚，派人前去传达朝意旨：“你虽反叛，朝廷仍念及你从前效力，卓有成绩，一时处于被迫胁，也是情由可原。你在京的子孙家产并没按法没收和逮扑。可将朝廷派往四川的兵部郎中托必泰尽速遣还。否则大兵压境，克复城池，后悔莫及”。康熙的这番好意，不用兵力，仅用语言是打不动他的心的。直到他兵败以后，才又投顺了清廷。
吴三桂发动的叛清战争，以迅猛之势，继续向中国的北部蔓延、发展，一直深入到畿辅、清政府的心脏——北京！密谋暴动、叛变的事件不断的发生，造成清廷的统治险象丛生。
吴三桂起兵叛乱仅3个多月，已领有云南、贵州、湖南、四川四省，事情还没有到此结束。不久，福建、江西、渐江、广东、陕西等省或地区相继叛清，超越了河南、河北，直到清廷的心脏北京，更远至长城以北，也燃起了叛乱的峰火。这次由吴三桂发动的叛乱，发展之快，来势之猛，波及之广，规模之大，都是空前的。它已远远的超出了吴三桂与清廷之间的利益之争。从广义来讲，它显示了汉民族同异民族统治者的再次大较量。各个阶层的汉民族参加了这场斗争，虽然他们各自目的不同，但是在消灭清廷这个总目标上，却是不约而同的取得了一致。所以单是吴三桂一个人的利益不致引起全国范围的大乱，也不是他个人的力量所能动员千千万万的人来参加他的叛乱。他的行动，不过反映了清朝统治下的汉族人民的普遍心理和要求，也是人们对清政权不满的总爆发。归根到底，吴三桂起兵，是代表原明朝官僚士代夫们的根本利益，反映了他们的意志和要求，而且耳是以吴三桂为首的这批人掌握着领导权，从这个意义上来说，这场战争，是清朝统治阶级中两个集团、即以满族贵族为核心主导派，与原明降官降将为非主导派的权力之争，也是中央集权与地方割据势力之争。另一方面这场战争，重新又给全国各族人民特别是广大的农民带来了无穷的灾难。故吴三桂主动发动的这场内战是不足取的。
称雄广西广西地接云南、贵州形同一体。所以一发难，康熙就想到了广西，力图固守广西，以牵制和阻止叛军北进。他毫不疑迟的任命孔有德的女婿孙延岭为“抚蛮将军”，令其坚守。他以为加恩重用，孙延岭就一定能效忠于朝廷，不会发生变故。他不时的关注广西方面的军情。康熙十三年二月二十一日，他还给孙延岭、都统钱国安、巡抚马雄镇、提督马雄等广西军政要员发出指示：“保固粤西，唯你们是赖。今大兵已抵武昌、倘贼犯武冈（今湖南武冈）、宝庆（今湖南邵阳），你们即率所部官兵，进剿叛军之后，大兵迎击于前。量此逆丑，自可克期扑天。你们身在地方，必有确见，要同心协力，谋定而后行动，以副朕倚任之至意。事平之后，自将以至率伍，朝廷都不吝重赏。凡有机密军情，可报告给宁南靖寇大将军勒尔锦”。康熙的指示，表达了清廷对他们的重托和殷切的希望。他具体指授了方略，要他们捣吴军之后，而清廷的援兵迎击于前，两下夹攻，以消灭叛军于湖、粤之间。但是吴三桂的战略出乎康熙的意料之外，吴军撤下武冈、宝庆等地，直奔沆州、常德一线，清军的增援也迟迟未到，故康熙的战略计划也随之落空。即使如此，如果孙延岭坚守住广西，对吴军的后方也将构成一重大威胁。
康熙万万没有料到，就在他发出上一指示的数日后；二月二十七日，孙延岭据桂林叛变了清廷，投向了吴三桂。二月二十八日，孙延岭诈称议事，把诸将都骗到他的府中，事先埋伏下精兵，准备下手。议事完毕，当诸将起身离座时，孙延岭布置的伏兵齐出，堵住门，并冲上前去，刺杀毫无戒备的参加议事的将官。王永年首当其冲，最先被伏兵杀死。几乎同时，副都统孟二茂、参领胡同春、李一第等30余人都被伏兵迅速地歼灭。紧接着孙延岭又派兵包围了广西巡抚马雄镇的衙署，一点也没有防备的马雄镇和家属被围在他的院内，束手无策。孙延岭出示了吴三桂的命令，要挟马雄镇投降。马雄镇料知自己很难逃脱，只能让儿子设法逃出虎口，趁孙部围守不严，其长子马世济偷偷溜出衙署，辗转到了江西赣州，江西巡抚董卫国将广西情况紧急上报清廷。康熙才知道广西发生了叛变，立即遣使到江西，护送马世济进京，当面听取了报告。
又过了数月后，吴三桂督令孙延岭尽快采取军事行动。他下令出兵攻打平乐等地。两广总督金光祖闻讯，派人火速进京报告，孙延岭起兵月余后，康熙才下令讨伐孙延岭。他对孙延皊的政策是必须予以镇压，特命广东的平南王尚可喜、两广总督金光祖、提督成雄会商，如有“可剿之势”，即速进兵广西，剿灭孙延皊；如一时不能速进，可等朝延发去大兵后，“协同剪灭”。他又传谕马雄，要固守所守地方，“相机灭贼”，倘抵御不住，可率官兵赴广东，与尚可喜等协守广东。
孙延皊叛清时，广西提督马雄没跟着从叛，他们之间素来就不和睦。当孙延皊派人前往柳州，勒令马雄从叛时，遭到拒绝，孙延岭大怒，率兵进攻，被马雄击败。但是，广西巳属孙延岭的势力，马雄独立难支，当吴三桂兵进广西时，声势正盛，他无法守住柳州。他派人前去湖南请降吴三桂。三桂大喜，立授马雄为“怀守公”。广西的都统钱国安亦步其后座降吴。
这个时候，福建的靖南王耿精忠也叛清作乱，并向江西开展了进攻；吴三桂又在湖南督战与清军相持，牵制了清朝的大批的援军，故此未能如康熙所愿进兵广西，孙延岭也才能得以维持下来，称雄广西。自称“安运大将军，向广西的平乐、梧州等地各处发布命令，起兵反清。他招收万洋山土寇，派去部分旧军，把他们组成五旗，每旗兵士2000人，纵容他们分掠附近各县邑。他又自封为“安运王”。吴三桂给广西各州府颁发印信，授其党羽傅奇栋为广西巡抚，李迎春为布下政司法，程可则为按察使。
由于孙延皊与马雄相继叛清，钱国安刚刚病死，广西“守土文武官员或望大兵赴援，或被群贼胁从，不复与延岭为敌”。但是孙延岭和马雄仍然对立，互相攻击。据来自两广总督金光祖派人哨探的可靠消息，直到康熙十三年十一月初“孙逆调兵前去征剿马提督”，结果又被杀败。
吴三桂本来就看不起孙廷岭，他很看重马雄。但是为了共同的利益，他还是力图调解两人的矛盾，可是却收效甚微。吴三桂为了夺取湖南战场上关键性的胜利，屡次命令或迫胁孙延岭出兵湖南助战，孙延岭总是“以部众不从”为借口，婉言拒绝。由此吴三桂对孙延岭很恼火，并且逐渐起了疑心，密令人时刻注视孙延岭的动向。
孙延岭叛清原不是很坚定的，起因还是从王永年等人参劾他而引起的，他不过只想借助吴三桂的势力以逞私怨、报私仇，其妻孔四贞由于他父亲在世时与清廷关系密切，也不愿落个“叛贼”的恶名。她还顾虑到孙延岭的所作所为会给父亲孔有德的一生英名带来损害，因此，她感情深处并没有跟清廷彻底决裂。孙延岭在家中俱怕孔四贞，毫无疑问孔四贞的思想对他有所影响。孙延岭起初对吴三桂俯首听命，随着他的势力增长，也不那么听从吴三桂了。这一切吴三桂都看在眼里，表面上，还是一如既往宠信他，心里却在谋划除掉他。
