12月22日，傅斯年遗体大殓。自早晨7时起，前来吊唁者越来越多，殡仪馆的屋子和院子几无立足之地。在上千吊唁者中，有台湾学者，名流，国民党军政大员，傅斯年的亲友、同事及台湾大学的学生。
国民党元老于右任扶杖前来，陈诚哭得两眼红肿，王宠惠、蒋梦麟、罗家伦、王世杰、朱家骅、李济、董作宾、毛子水等人，另外加上一个刚从香港赴台、与傅斯年生前关系并不融洽的钱穆，都站立在人群中默然相送。
10时30分，傅斯年的遗体送往火葬场，上千人冒着大雨，踏着泥泞的道路，慢慢行走。热泪横流的学生们手执小旗，上面写着：“校长，回头来瞧瞧我们！”望之令人心碎。目睹此场面的台湾记者于衡在后来回忆自己采访生涯的长文中说：“傅斯年先生逝世，是我采访二十五年中，所见到的最真诚、最感人的一幕。”12月31日，亦即1950年的最后一天，治丧委员会在台湾大学法学院礼堂（当时台湾大学本部尚无大礼堂）举行傅斯年追悼会。礼堂正中，悬挂着蒋介石亲笔书写的“‘国’失师表”挽幛，国民党高级官员、名人学者的挽幛、挽联分挂两旁。蒋介石亲临致祭，各界要人亦皆前来，竟日致祭者达5000余人。据统计，当时各界致送挽联达270余副，挽诗60余首，挽词20余首，祭文6篇，唁电唁函90余封。各报章、杂志、专刊登载纪念文章110余篇。
“中央研究院”历史语言研究所同仁的挽联：廿二载远瞩高瞻，深谋长虑，学术方基，忍看一瞑；五百年名世奇才，闳中肆外，江山如此，痛切招魂。
台湾大学全体师生的挽联：
早开风气，是一代宗师，吾道非欤？浮海说三千弟子；忍看铭旌，正满天云物，斯人去也，哀鸿况百万苍生。
国民党元老于右任挽联：
是子路，是颜回，是天下强者； 为自由，为正义，为时代青年。
蒋梦麟挽联：
学府痛师道； 举“国”惜天才。
蒋介石于12月22日发唁函致傅夫人俞大彩，12月30日又颁布褒奖令，傅斯年身后可谓备极哀荣。
台湾大学为纪念傅校长开创台大一代风气的功绩，按照美国维吉尼亚大学为杰斐逊（Thomas Jefferson）专门在园内建造陵墓的成例，特例在台大实验植物园内划出一块地建造罗马式纪念亭，亭中砌长方形墓一座，同时按中国传统，墓前立无字碑一座，设纪念亭，另有喷水池搭配，形成独特的景观。
1951年12月20日，傅氏逝世一周年忌辰，举行安葬仪式。典礼由继任校长钱思亮主持，俞大彩亲手将傅斯年的骨灰安置在大理石墓椁中。现场有两千余人观礼，气氛庄严肃穆。自此，此处被称为“傅园”，墓亭定名“斯年堂”，与周围景致浑然一体，蔚为壮观。
“兵工署”特别捐赠一座纪念钟，钟上铸有傅斯年提出的“敦品、励学、爱国、爱人”八字校训。后来，这座钟架设在行政大楼前的水池和椰林大道之间，名为“傅钟”，成为台大精神的象征。
傅斯年溘然长逝，远在美国的胡适闻讯，立即给俞大彩发来唁电：“孟真的去世使中国失去了一位最有天才的爱国者，我自己则失去了最好的朋友、诤友与保护人。……”
随着媒体报道，在海峡另一边的学术界人士，也通过不同的渠道陆续得到消息并有不同的反应。已成为中国科学院副院长的竺可桢在日记中写道：“阅《参考消息》知，傅孟真于星期二下午列席台湾省参议会，报告台大状况，即患脑充血，于晚11点20余分去世，年五十五岁。”
竺可桢对他的老友并不了解，连年纪都记错，也不同情老同学随蒋赴台，反而厉声责难：“孟真为人专断，才大而私心太重，解放前将史语所全移台湾，并影响数学所，实研究院之罪人也。”
几乎与此同时，蛰居岭南的陈寅恪亦得知傅的死讯，想起与傅的交情，特别是抗战八年中傅氏给予自己的帮助与关怀，悲从中来，赋诗一首为之追念。
鉴于当时的天命、人事以及严酷的政治气氛和压力，陈寅恪不能直白地剖露心迹，只能采取历来知识分子惯用的“曲笔”手法，以《霜红龛集望海诗云“一灯续日月，不寐照烦恼。不生不死间，如何为怀抱？”感题其后》为题而作，以此表达心中的哀悼之情。诗云：不生不死最堪伤，犹说扶余海外王。
同入兴亡烦恼梦，霜红一枕已沧桑。
此乃仿明末著名学者，明亡后毁家纾难，嫠不恤纬，反清复明失败而隐居山寺，并号朱衣道人的傅山（青主）之诗而作。傅青主原诗云：关窗出海云，布被裹秋皓。
夜半潮声来，鳌抃郁州倒。
一灯续日月，不寐照烦恼。
佛事凭血性，望望田横岛。
不生不死间，云何为怀抱。
陈诗通过仿傅青主之意，隐晦地悼念“归骨于田横之岛”的亡友。——这是当时整个祖国大陆知识分子对傅斯年唯一的一份文字纪念。
2五四之子的学术之路
蟋蟀好斗，傅斯年从小就像一只蟋蟀，流露出勇于向权威挑战的勇气。
时间回到三十七年前的1913年夏天，北京大学预科来了一个魁伟而庄严的山东大汉，这个人就是傅斯年。
傅斯年经过三年的预科训练后，1916年的秋天，正式做了北大文本科的学生。到了1917年，蔡元培做了北大校长，四处招兵买马后，北京大学才成了改变中国现代命运的重镇。
胡适之是1917年的秋天开始当北京大学文科教授。他开始站在讲台上教书时，一颗心经常是七上八下的，因为他发现坐在台下听他讲课的学生中间，有几个人的学问比他这个美国哥伦比亚大学毕业的博士还要强得多，傅斯年就是让这个“中国新文学运动主将”提心吊胆的少数人之一。
五四运动的主力是学生；五四运动的精神，是一个自由主义极浓厚的社会思想运动；五四运动的人物，多半是崇尚自由主义者。自由主义的色彩便是尊重个人，发挥个人人格，注重人性，充满正义观念，这是中国文化传统与西洋基督教文明所共有的特点。
傅斯年先生便是五四运动的中坚，急进的自由主义者，扛着大旗子，冲到赵家楼，打进曹汝霖的住宅。
傅先生是山东聊城人，清光绪二十二年（1896）生于邑之北城内祖宅。他出身于一个标准士大夫的家庭，他的祖父与父亲，一为清朝拔贡，一为清朝举人。他出生时家道虽已经中落，但依然算是个书香门第。他在进大学以前，对中国的经史已极有根底，而且对中国的学术源流也有明确的认识。
他十三岁时，带他到天津进官立中学堂的侯雪舫是个清朝进士。因此在傅斯年少年时期，他举目所见的都是这些科举制度下残存的遗老。不过，他日后之所以能在北大仗着满腹经纶折服师友，根底也是在这段时间打下的。傅斯年先生天纵聪明，当时大家目为神童。他既肯用苦功，又因为和同城的杨家有亲戚关系，驰名海内的海源阁藏书，可以任他阅览。所以在未进入北京大学之前，他已经“读书破万卷”了。
进了北大文科后，他读的是中国文学系，以他的国学根底，照理在新文学革命发难后，该站在保守派的阵线，不惜替“国故”背水一战的，但这个饱读经史的士族后裔，竟然变成了打击中国旧文化、旧思想最厉害的主将之一，这种为真理而“大义灭亲”的气魄，在中国历史上也是少见的。
1916年，傅斯年卒业于北大预科。同年秋，升入北大本科中国文学系，于1919年夏毕业。同年秋，傅斯年考取了山东官费赴英留学的名额。
他在北京大学读书的时候，虽在中国文学系，但于文学、史学、哲学各方面，都有很浓厚的兴趣。他以为治科学是治哲学的基础，所以赴英以后，即进入伦敦大学研究院，师从史培曼（Spearman）教授研究实验心理学。
那时候一般人对自然科学非常倾倒，除了想从自然科学里面得到所谓可靠的知识而外，还想从那里面得到科学方法的训练，这种训练不但在某种科学内固然可以应用，而且换了方向而治另外一种学问，也可以应用。傅斯年留英期间，除了研究实验心理学以外，还研究物理学、化学及高深的数学。
1923年，他由英国转欧陆进入德国柏林大学哲学研究院从事研究。当时德国学术界有两种风气最盛，一是近代物理学如爱因斯坦的相对论、勃朗克的量子论，都是震动一时的学说；一是德国一向著名的比较语言学。
傅斯年受此风气以及在柏林的朋友，如陈寅恪、俞大维等的影响，在柏林既听相对论，又听比较语言学。他有了许多科学的方法和理论，以及极为丰富的中国历史和语文的知识，由此便可另辟新天地。这便是他后来做“中央研究院”历史语言研究所所长的由来。
株守着一个题目，矻矻孜孜地做上几年，然后博得一个学位，他是看不起的。所以他在伦敦大学，在柏林大学，都不专攻一种科目。他研究历史，研究心理学，研究物理学，研究数学，研究医学，且都有深湛的造诣。抗战期间，一位中央医院的医师在重庆和他初次晤面后，很惊讶地对人说：“我没想到校长先生对于数学也有这么深的造诣。”
傅斯年资质聪明过人，胡适之先生曾说：“孟真的天才，真是朋友之中最杰出的。”他的记忆力最强，而不妨害他的判断力之过人。他能做第一流的学术研究，同时又最能办事。
学界公认他办了四件大事，一是广州中山大学文学院（最早期），二是“中央研究院”的史语所，三是北大的复员时期，四是台大，都有很大成绩。
他领导的史语所成绩斐然，在一篇《几个基本观念及几件重要工作的回顾》中记载，“……在中国境内语言学和历史学的材料是最多的，欧洲人求知尚难得，我们却坐着看他毁坏亡失。我们着实不满这个状态，着实不服气的就是物资的原料以外，即便学问的原料也被欧洲人搬了去乃至偷了去。我们很想借几个不陈的工具，处治些新获见的材料，所以才有这历史语言研究所之设置”。
这一段文字说明了廿余年来历史语言研究所工作的方向之所在。
傅斯年做学问不媚外，但也不排外，例如他盛赞以北平为活动中心的外国学术团体所派遣的各种科学工作远征队，皆是坚强的组织，气势极盛，愈来愈猛。主持这些事业的，除地质调查外，都是外国的科学团体。
但他忧虑：“这些外国人，挟其丰富的物质配备以及纯熟的科学技巧，不但把中国境内的自然科学资料一部分一部分地搜集走了，连历史的、考古的、美术的以及一般人类学的数据也引起了他们的绝大的兴趣。他们很坚决地跑到中国来，调查我们的语言，测量我们的身体，发掘我们的地下古物，研究我们的一切风俗习惯。这些‘学问原料’真是一天一天的被欧洲人搬了去，乃至偷了去！”
他理性分析这些野心勃勃的西洋科学家，不远万里到中国来工作，不是专凭着他们的政治优势来的，“他们更有一套学术上的理由说给中国人听，使听的人亦可感觉到他们持之有故，言之成理。乱哄哄的中国能够拒绝这些学问上的访问么？残余的北洋军阀政府认识这些工作的意义么？并且他们所注意的资料，大半都是我们自己所忽视的。无论照什么标准说，我们找不出充分的理由，反对别人来检取我们自己所毁弃的数据”。
傅斯年大声疾呼：“要反对这种文化侵略，应该先从反对自己的愚蠢起。要了解自己的灵魂，应该先教育自己认识自己的知识，懂得自己的语言。”
这些大道理，是五四运动后一部分学术界人士所深知的。但直等到中央研究院成立后，才得到制度上的回应，这个功劳要归于傅斯年。
傅斯年高瞻远瞩地指出，史语所的工作旨趣，即应用近代方法研究历史学语言学的三大标准：（1）凡能直接研究材料，便进步；凡间接地研究前人所创造之系统，而不繁丰细密地参照所包含的事实，便退步。（2）凡一种学问能扩张他所研究的材料便进步，不能便退步。（3）凡一种学问能扩充他所研究时应用的工具的，则进步；不能的，则退步。
他又说：“总而言之，我们不是读书的人，我们只是上穷碧落下黄泉，动手动脚找东西！”“我们只是要把材料整理好，则事实自然显明了。一分材料出一分货，十分材料出十分货，没有材料便不出货。”
傅斯年既强调新观念，又揭橥三大口号：
（1）把一些传统的或自造的仁、义、礼智或其他主观同历史文学和语言学混在一起的人，绝对不是我们的同志！
（2）要把历史学、语言学建设得和生物学、地质学等同样，乃是我们的同志！
（3）我们要确保科学的东方学之正统在中国！
傅斯年手撰的《历史语言研究所工作旨趣》与胡适所撰的北京大学《国学季刊发刊词》，可称为近五十年中国文化史研究的两大重要文献，亦为奠定中国现代历史学之两大柱石。
傅斯年着重应用数据，力矫游谈无根的传统陋习之苦心非常明显。这样的combination世间稀有。
至于傅斯年高举“我们要确保科学的东方学之正统在中国”的大旗前进，更具有高度的鼓舞性，实唤醒了中国学人最高的民族意识，因而，历史语言研究所才得以在很短的时间内聚集许多能运用现代学术工具的中年及少年学人集体研究。陈寅恪任第一组（历史）主任，赵元任任第二组（语言）主任，李济任第三组（考古）主任，均一时之选。四十余年来早已成为全球中国历史及语言学研究之重镇，实即傅斯年最初规划宏远之功。
