此时，无论是右翼的自民党领导人日里诺夫斯基，还是左翼的共产党领袖久加诺夫都一致同情塞尔维亚人，认为在南联邦解体后爆发的多次武装冲突中，塞尔维亚人都是在自卫，绝无任何侵略扩张的企图。至于波黑内战，那绝非是“塞尔维亚人发动的侵略，而是争取民族权利的一场战争”。
正是在国内各派政治力量和社会舆论的支持下，自觉腰杆已硬的叶利钦总统遂在１９９４年２月对来访的英国首相梅杰说，没有俄罗斯，波黑问题解决不了，俄罗斯也绝不允许在没有俄罗斯参与的情况下去解决波黑冲突。
１９９４年初，持续已近两年的波黑内战面临两大难题：一是北约准备对波黑塞族阵地实施空中打击；二是美国打算取消对波黑的武器禁运。
一改以往唯唯诺诺的态度，俄罗斯和西方大国，尤其是和美国大唱反调，对这两个问题都采取了坚决反对的立场。
１９９４年２月初，发生了萨拉热窝市中心遭炮击和造成大批人员伤亡的惨案。北约在情况尚未调查清楚的情况下即于２月９日向波黑塞族发出最后通牒，要求他们在１０天期限内将所有重武器撤至萨拉热窝２０公里以外，否则将对塞族武装实施空中打击。
波黑塞族随即表示强烈反对，俄政府也对此持异议，并尖锐批评北约草率行事。叶利钦总统委任的南斯拉夫问题特使、外交部副部长丘尔金强调，如果北约空袭波黑塞族，那么定将严重影响俄罗斯与西方的关系。叶利钦还故意回避与克林顿通过“热线”交换有关波黑问题的看法，以显示俄罗斯对西方大国的冷淡。
与此同时，俄罗斯却利用其对塞尔维亚的影响，暗地里积极展开外交活动。
２月１６日，丘尔金先后访问贝尔格莱德和波黑“塞族共和国”首都帕莱，与塞尔维亚总统米洛舍维奇会谈，并秘密会晤波黑塞族领袖卡拉季奇。
次日，俄外交部即宣布，俄已与波黑塞族达成协议，后者同意按北约的要求自萨拉热窝撤走所有重武器，而俄罗斯则将驻扎在克罗地亚境内作为联合国维和部队的４００名伞兵调至萨拉热窝，以促成塞族和穆斯林之间的停火。
此消息一经传出，使北约各国都大为震惊。
在巴尔干发生政治动荡后，西方大国都认为身陷困境的俄罗斯远非昔日的苏联，无力对南斯拉夫的内战作出任何反应。最初的事态演变似乎也证实了这一看法。但１９９４年２月俄罗斯的这一惊人之举却使西方大国目瞪口呆，克林顿率先与叶利钦通电话，达成不再轰炸波黑塞族的协议。不久联合国秘书长特使明石康和北约秘书长韦尔纳都于２１日宣布轰炸波黑塞族已无必要，一场即将来临的大风波至此遂告完全化解。
西方大国对俄罗斯突然挤进波黑事务颇为不满，但也感到无可奈何，只得承认俄罗斯对塞尔维亚仍能施加影响，未来波黑冲突的解决没有俄罗斯的参与显然是不可能的。
俄罗斯则利用这一事态乘机扩大自己的影响，于４月加入美、英、德、法等国共同组成的五国联络小组。随后意大利也加入，扩展成六国联络小组。
该小组直至１９９９年３月科索沃战争爆发时始解体。
俄罗斯此后在促成克罗地亚境内克拉伊纳塞族与克族停火、开放图拉兹机场诸方面都发挥了积极的作用。
１９９４年７月，五国联络小组正式提出波黑和平计划，建议将４９％的领土划归塞族，而另有的５１％的领土仍属穆克联邦所有。
在该和平计划为波黑塞族拒绝后，战场上烽烟又起，此时俄罗斯已公开支持塞尔维亚，和西方大国周旋。俄罗斯坚决反对美国取消对波黑武器禁运的主张，同时还于１９９４年１２月在联合国否决了有关制裁波黑塞族的决议。不仅如此，俄罗斯甚至提议修改波黑和平计划，允许塞尔维亚和波黑塞族建立邦联，使塞尔维亚人有更大的活动空间。
１９９５年，波黑境内依然炮声隆隆。俄罗斯一方面继续反对西方大国对波黑塞族实施任何空中打击，另一方面又反对美国取消对波黑的武器禁运。
俄罗斯支持塞族，而美国则出于自身的利益，站在穆斯林的一边，双方常针锋相对，争论不休。
但由于波黑战场上力量对比发生变化，塞族武装逐渐失去优势，再加上俄罗斯毕竟力量有限，所以，无法对巴尔干问题长期施加影响。１９９５年８月，叶利钦曾试图邀请米洛舍维奇和图奇曼来莫斯科举行俄罗斯、塞尔维亚和克罗地亚三方会谈，以增强俄罗斯在解决波黑冲突中的地位，但却以图奇曼拒绝前来而告失败。９月中旬，北约出动空军轰炸波黑塞族阵地，俄罗斯虽表示强烈抗议，但由于仅停留在口头上而无实际行动，所以没起任何作用。
因此波黑和平的最终确立主要仍依赖西方大国，尤其是美国的努力。
不过叶利钦还是直言克林顿，西方必须尊重俄罗斯作为一个世界大国的权利，俄罗斯将参加波黑维和行动，然而却不接受北约的领导。
代顿和平协议签署后，包括北约在内的３２个国家共派兵９万人前往波黑维和，其中俄罗斯出兵２０００人，但保持其独立性，不受北约指挥。
尽管反应晚了一些，但俄罗斯仍然在波黑重建和平的过程中发挥了一定的作用，达到了自己的目的。按照某些西方政界人士的看法，俄罗斯正是通过支持塞尔维亚，得以重返世界舞台的。
二、科索沃战争时期（１９９９年）
波黑内战结束不久，科索沃地区的火药味便越来越浓。自１９８９年底那里的阿族人就展开了武装斗争。１９９０年７月，科索沃阿族宣布独立，并在１９９１年秋组成自己的政府。
自觉在波黑内战中遭到西方大国歧视的俄罗斯对科索沃事态的发展特别敏感，他们支持塞尔维亚的立场，反对外国势力干涉南联盟的内政。
１９９９年３月２４日，北约在防止人道主义灾难的旗号下开始对南联盟进行大规模空袭。自此，原来属于南联盟内部事务性质的科索沃问题顿时成为国际舞台上的一个焦点。俄罗斯再次就此和西方发生激烈冲突。
３月２５日凌晨，叶利钦总统发表声明，强调俄罗斯反对对一个主权国家动用武力的立场，指出这种空袭是“公开的侵略”，下令立即招回俄罗斯驻北约的代表，中止双方的“合作伙伴关系”。而正在访美途中的普里马科夫总理闻讯后也随即返回俄罗斯。
俄罗斯朝野都作出了同样强烈的反应，一致谴责北约的侵略行径，出现了前所未有的团结现象，对俄罗斯人说来，“在南斯拉夫后该轮到谁”已成为一个现实的问题。
俄罗斯军方所发表的声明措词更为激烈。国防部于３月３１日决定派遣７艘军舰进入地中海双方交火地区，其中名为“里曼”的侦察舰则立即启程。
但是俄罗斯领导人也很快意识到由于经济不振等诸多方面的原因，俄罗斯实无力在军事上卷入这场冲突，俄罗斯在当时唯一能做的便是在外交上进行斡旋。
３月３０日叶利钦即明确表示不会卷入这场冲突，４月８日又表示不会向南联盟提供武器。俄外长伊万诺夫则希望在巴尔干展开的军事对抗不会对俄美关系产生任何消极影响。
刚经历１９９８年金融危机冲击的俄罗斯经济尚未复苏，急需西方大国，尤其是美国的输血，怎能为南联盟而与西方世界公然对立？俄罗斯各界很快意识到了这一点，开始致力于通过外交手段来缓解这场危机。
普里马科夫总理在３月３０日亲自访问贝尔格莱德。４月１４日，前总理切尔诺梅尔金又出任叶利钦总统委派的负责解决南联盟问题的特使。
此后，俄罗斯主要通过与美国及欧盟进行三方磋商，以及和美、英、法、德、意、日、加７国外长举行８国外长会议两条外交路线来解决巴尔干的这场冲突。切尔诺梅尔金作为总统特使负责和欧盟科索沃问题调解人芬兰总统阿赫蒂萨里、美国副国务卿塔尔博特磋商，而外长伊万诺夫则专门和西方７国外长会谈。
科索沃危机期间，切尔诺梅尔金多次出国进行穿梭访问，奔走于欧洲各大国首都之间，而伊万诺夫则更不辞辛劳，频频出访。虽然这两位政治家都竭尽心力，但是终究由于国力不济，俄罗斯很快便从一个南联盟的保护者嬗变为冲突双方的调解人。当切尔诺梅尔金表示“俄国人不会公开支持塞尔维亚人反对的东西”时，便遭到美方的反驳。美国国务卿奥尔布赖特更得意洋洋地表示，她所奉行的是一种“双重磁铁战略”，即“我们吸引莫斯科朝着我们如何解决科索沃问题的立场靠拢，然后又鼓励他们去吸引贝尔格莱德朝这个方向移动”。
随着时间的过去，俄罗斯和西方打交道的调子也越来越低，而北约的态度则越来越咄咄逼人，它在南联盟境内狂轰滥炸，给南斯拉夫人民造成很大的损失。美国副国务卿塔尔博特很快摸到了俄国的底牌，很有把握地说，他知道得很清楚，俄国人私底下和他讲的话和他们公开讲的话之间有很大的差别。
