中宗元皇帝永昌元年（公元322年）
戊辰，敦举兵于武昌，上疏罪状刘隗，称：“隗佞邪谗贼，威福自由，妄兴事役，劳扰士民，赋役烦重，怨声盈路。臣备位宰辅，不可坐视成败，辄进军致讨。隗首朝悬，诸军夕退。昔太甲颠覆厥度，幸纳伊尹之忠，殷道复昌。愿陛下深垂三思，则四海乂（yì）安，社稷永固矣。”沈充亦起兵于吴兴以应敦，敦以充为大都督，督护东吴诸军事。敦至芜湖，又上表罪状刁协。帝大怒，乙亥，诏曰：“王敦凭恃宠灵，敢肆狂逆，方朕太甲，欲见幽囚。是可忍也，孰不可忍！今亲帅六军以诛大逆，有杀敦者，封五千户侯。”敦兄光录勋含乘轻舟逃归于敦。
史书称，王敦举兵前，最忌惮两个人，一个是我们熟悉的祖逖，另一个叫周访，说只要他们俩活着一个，王敦都不敢有小动作。其实王敦忌惮的不止他们俩，继周访任梁州刺史的甘卓，被排挤到广州的陶侃，还有被司马睿特意安排到湘州（今长沙）的宗室司马承，周边有兵的州郡，都有可能奉命勤王，如果能协调行动，绝对够王敦喝一壶。
但是，甘卓首鼠两端，司马承虽然慷慨，但湘州疲弊，司马承经营的时间又短，也没有多大实力，司马睿在方镇中能靠上的，只有从合肥调回来的戴渊（任司州刺史驻合肥）和刘隗（时任青州刺史驻淮阴），在朝中可以依赖的是尚书令刁协和尚书左仆射周。
王敦举兵，居然派人邀请甘卓、司马承一起行动：“同去同去！”这是一石二鸟之计：如果能裹挟上他们最好；如果不能，主动通知他们我王敦进军建康，以“清君侧”之名扫除反抗者，也颇有震撼效果，免得两个人从侧后面进攻或骚扰。
王敦举兵犯上，最关键的是师出无名，没有清晰的战略目标。站在王敦同志的立场，从王敦同志的利益出发，我们替他想到的只能是：
一、打到建康去，建立新中国，推翻司马氏，自己做皇帝。
二、清除和压制皇帝身边的所有力量，像董卓、曹操或司马氏一样，控制朝廷，待以时机。
三、反弹皇帝的排挤行为，但继续以司马氏为核心，确保“王与马共天下”的格局不受挑战，确保王氏家族的既得利益不受侵犯。
王敦在后来临死前的政治遗嘱里，他是这么给世子王应（王敦哥哥王含的儿子）、亲信钱凤、沈充等交代的：
“非常之事，岂常人所能！且应年少，安可当大事。我死之后，莫若解众放兵，归身朝廷，保全门户，此计之上也。退还武昌，收兵自守，贡献不废，亦中计也。及吾尚存，悉众而下，万一侥幸，计之下也。”
其实，王敦潜意识里的真正目标，只是“保全门户”，这一点是他快要死了才琢磨过来的，这是人之将死，其志也明，人总到死的时候才明白什么是符合自己最大利益的上策；割据武昌，且“贡献不废”，这是和司马家撕破脸以后，既要武装独立保护自己，又想承认皇上的领导，妄想妥协共存，这种情形即使存在也难持久；“万一侥幸”在王敦看来是“计之下也”，改朝换代从一开始就没有放在战略首位。
事情调过来看，我们替王敦同志搞清楚了，他是想达到上述第三的目标，但是他的行动，不论当时还是现在，只能解读为以目标一或二的叛逆造反行为。
太子中庶子温峤问周：“王大将军此举疑似是要清除刘、刁等，不会还有别的什么活思想吧？”
周回答：“我们老板不是什么尧、舜之类的圣君，怎么能没有过失？但是作为职业经理人怎么能够稀释老板的股份，要把老板赶出公司？这样的行为，不是造反是什么？唉，王处仲同志心里没有领导，他的野心鬼知道有多大！”
司马睿既称“中兴”，又喜欢《韩非》，肯定不能长期容忍“王与马共天下”的格局，这种状态不是皇帝专制的正常状态，司马睿想有所作为，进行一些调整和改变，这是他本身利益决定的，也是秦始皇创立的帝国体制的内在要求，要坚持一帝独裁的基本原则，司马睿就必须这么做。
王敦要么做打工仔或小股东，要么造反做新公司的创始人。皇帝和大臣，即使是再牛的士族，也不可能做到半斤八两相互制约肝胆相照长期共存，就是现在的民主国家，两个政党也只是轮着上庄，不能混在一起共同掌权，我们可以想象美国的共和民主两党选出那么七八个常委长期领导美国吗？
王敦带着兵“保全门户”，想拿着刀做稳奴才，这在中国是一个深刻的历史悖论，这是一个不可能完成的任务，要想做稳奴才就只能屈膝摇尾。
吕思勉评价王敦是个“妄人”，妄人就是胆子特大但脑瓜子进水，野心特大但蒙了层地沟油，不管天高地厚，不计投入产出，为争一口闲气，置家国亲友不顾，以酿滔天之祸。
