这时候天已经黑下来了。透过清军的炮火，可以看到一股又一股的叛军依然拼命的往上冲。萨布素情知，如果再从附近抽调大批清军过来，那整个南线防守，就会变得十分稀松，就会很容易被别的什么地方的叛军趁黑夜冲出去，但萨布素同时又深知，一切还是以保护皇上为紧要，如果康熙皇上有了什么闪失，那即使将叛军一个不漏地全歼了，也是得不偿失的，还有，萨布素已经看出，向康熙皇上这儿发动攻击的叛军，至少在三万人左右，如果把这股叛军歼灭了，再加上被索额图、明珠和费扬古围着的叛军骑兵，则叛军的主力基本上就没有了，即使漏网一些叛军，也寥寥无几。
这么想着，萨布素便以从附近调来了二万名清军官兵，分左右两路，向阿奴所率的叛军包抄过去。这样一来，阿奴和她所率的叛军，纵然插上翅膀，恐也是插翅难逃了。但同时，康熙左右两侧的清军防线，只有不到一万名清军官兵把守了。而噶尔丹身边的叛军骑兵，则还有五千多人，五千多个骑兵，加上夜色掩护，是不难冲破清军左右防线的。也就是说，阿奴以自己和近三万名叛军步兵的性命为代价，为噶尔丹脱逃，创造了充分而又必要的条件。
战至午夜，阿奴所率的三万名叛军步兵至少已死伤过半。而索额图、明珠和费扬古等人也早歼灭了叛军骑兵，开始与康熙、萨布素一起，合围阿奴。到次日黎明，除数千叛军投降外，其余叛军全部被清军所歼。
然而，噶尔丹却乘着夜色逃跑了。不过，让清军略略感到安慰的是，在一处山坡的凹地里，发现了噶尔丹的妻子阿奴的尸体。她显然是被炮弹炸死的，浑身上下血肉模糊，只一张俏丽的脸蛋似乎丝毫无损。她仰卧在地，一手握刀，一手执剑，一对水灵灵的眼睛睁得溜圆，仿佛在深情地凝望着已经逃之天天的噶尔丹。
康熙特意走到阿奴的尸体旁，先是默默地看了看她的死状，然后吩咐萨布素道：“把这个女人就地掩埋了吧……虽然她是个叛匪，但她的英勇无畏，朕却也欣赏！”
康熙又面对着索额图、明珠和费扬古道：“朕向你们保证，只要那噶尔丹还活着，朕就一定还会亲征！”
昭莫多一役，虽然噶尔丹逃跑了，但噶尔丹的叛军主力，却基本上被清军歼灭。换句话说，自昭莫多一役后，噶尔丹便再也没有力量举兵东犯或南犯了。
实际上，噶尔丹自兵败昭莫多后，已经处于一种垂死的境地。他本想逃回自己的大本营伊犁的，可据守伊犁的他的侄子策妄阿拉布坦却布下重兵，要活捉他解送清廷。原来，策妄阿拉布坦听说噶尔丹在昭莫多惨败后，马上就派人赴北京向清廷表示归顺之意，还将噶尔丹和阿奴的女儿钟齐海也押往北京、表明他与噶尔丹彻底决裂的立场。这样，噶尔丹最后的退路便被策妄阿拉布坦彻底地断了。
这里有必要补充一点的是，策妄阿拉布坦虽然当时明确地表示臣服于大清朝廷，但在康熙末年和雍正年间，当准噶尔部又逐渐强大起来之后，策妄阿拉布坦便又与大清朝廷为敌，重燃内战烽火，最终为清军所败。这里还有必要补充一点的是，策妄阿拉布坦虽然与噶尔丹一样，都曾与大清朝廷开战，但开战的性质却有着本质的不同。噶尔丹是在沙俄侵略者的支持下发动叛乱的，他的行为，是一种分裂祖国的可耻行为。而策妄阿拉布坦与清廷开战，则属于一国之间的民族矛盾和冲突。后来，沙俄侵略者乘策妄阿拉布坦与清廷交战兵败之际，竭力拉拢引诱策妄阿拉布坦，甚至劝说策妄阿拉布坦加入俄罗斯国籍，这，不仅遭到了策妄阿拉布坦的严词拒绝，而且，当沙俄侵略军对准噶尔地区发动武装入侵时，策妄阿拉布坦还率领准噶尔军民对沙俄侵略军进行了英勇的反击。当然，这些都是后话。
噶尔丹不能再回伊犁，自然对策妄阿拉布坦非常地气愤，可是，噶尔丹当时的身边，只剩下四千多个残兵败将，根本不可能远赴伊犁与策妄阿拉布坦一较长短。万般无奈之下，噶尔丹只好把最后的希望寄托在沙俄政府身上，乞求沙俄政府对他进行庇护。因为，噶尔丹深知，就他身边这几千个人，只要清朝大军一到，他就再也没有生还的机会了。然而，令噶尔丹大失所望的是，沙俄政府根本就不愿庇护他，甚至拒绝他进入俄罗斯境内。噶尔丹对沙俄政府的这种“背信弃义”的作法自然又大为愤慨，可除了“愤慨”之外，他只能又无能为力。
既不能去伊犁，又不能去沙俄，噶尔丹只能带着残兵败将流窜于塔米尔河一带，成了一股名副其实的流匪、流寇。据沙俄有关书籍记载，当时的噶尔丹，“士兵不到五千人，牲畜寥寥无几，许多人连帐篷也没有……在即将到来的严冬，他们的处境非常艰难，没有食物，没有住处，没有可靠的供应来源……”
可以这么说，当时的噶尔丹，已经是走投无路、日暮途穷了。然而，尽管如此，噶尔丹也从未想过去归降清朝政府。只时不时地，他想起自己那心爱的妻子阿奴来。一想起阿奴，他就不禁悲从心来、潸然落泪。他常常这么扪心自问：如果阿奴还在，自已的境遇又何至于如此悲惨？所以，有的时候，噶尔丹也确曾想到了死，只是，他似乎又舍不得他这条还在苟延残喘的性命，故而，他就像一条丧家之犬一般，带着他的残部，整年累月地在塔米尔河一带流窜，过着饥寒交迫、牛马不如的生活。
然而，大清康熙皇帝却不想让噶尔丹继续苟延残喘下去。在康熙的心目中，大逆不道的噶尔丹，只有当年犯上作乱的吴三桂才可以比拟，甚至，康熙以为，噶尔丹比吴三桂还要让人切齿痛恨三分。对吴三桂，康熙是不诛不快，对噶尔丹，康熙就更不会网开一面了。康熙曾对索额图和明珠等人道：“朕不愿妄杀人，更不想乱杀人，但该杀可诛之人，朕也决不会手软！”
本来，康熙对远征西北大漠还存有不少的顾虑。从北京到伊犁，路途太过遥远，且多荒漠野岭，大军出征，极为不便。现在可好了，康熙把一切都打探得清清楚楚，策妄阿拉布坦已经正式归顺朝廷，沙俄政府见噶尔丹已无利用价值明确表示放弃，噶尔丹因为平日树敌太多、无路可走，只能流窜于塔米尔河流域。此是彻底剿灭噶尔丹叛匪的最佳时机，康熙岂会轻易放过？故而，康熙决定，第三次亲征平叛。
公元一六九七年春天，康熙带着索额图、明珠并三万精锐清军，浩浩荡荡地开到了宁夏。然后，康熙领一万人驻扎在宁夏，而派索额图和明珠各率一万精兵向北，从东西两侧夹击噶尔丹残匪。以当时噶尔丹的力量，康熙带来如此大军，也真的有些杀鸡用牛刀的意味了。
在索额图和明珠出征前，康熙笑谓二人道：“你们谁能献上噶尔丹的首级，朕就重重地封赏谁！”
康熙本来也许说的是笑话，但索额图和明珠却当了真。他、们本来就是康熙的近臣、朝中的权臣，若再能得到康熙“重重地封赏”。岂不就成了一人之下、万人之上的炙手可热的人物了吗？所以，索额图和明珠别了康熙之后，就像发了疯似的迅速北上。你夜行八百里，他日走一千里，俩人就像比赛似的几乎同时赶到了塔米尔河流域，并立即向噶尔丹残匪发动了猛烈地进攻。
客观地讲，清军在塔米尔河流域并没有遇到过什么抵抗。噶尔丹身边本来是有四五千人，可闻知清军要来进剿，大部作鸟兽散，待清军开始从东西两路对塔米尔河流域进行扫荡时，噶尔丹的身边，只剩下数百名死心蹋地的亲兵了。亲兵再忠诚、再英勇，毕竟只有数百名，怎禁得二万清军的横扫竖荡？所以，清军扫荡塔米尔河流域，并不是进剿什么叛军，而是奉索额图或明珠之命，仔细搜寻那噶尔丹的下落。但不知为何，清军在塔米尔河流域整整搜寻了一天一夜，也没有发现噶尔丹的影踪。索额图和明珠都不禁大失所望地想：莫非，噶尔丹又逃跑了？或者，噶尔丹已经投河自尽？
实际上，噶尔丹并没有逃跑。他深知，他已经是上天无路、入地无门了。但他又不想让清军俘虏，因为若是被俘，他的下场肯定很惨。既不想被清军生擒又无路可逃，那噶尔丹就只有一条路可走：自己结束自己的生命。
噶尔丹确是自尽的，不过不是跳河而死，而是服毒自杀。他知道自己早晚会有这么一天，所以就早早地替自己预备了毒药。在清军打到这里之前，他就饮药自尽。他死后，他的亲兵依据他的遗嘱，将他的尸体埋在了河边的沙地里。而掩埋他尸体的那几个亲兵也的确很忠诚，在掩埋了他的尸体之后，那几个亲兵也各各自杀。这样，便无人知道噶尔丹的下落了。
但是，也许是噶尔丹的那几个亲兵太过匆草，没能将噶尔丹的尸体埋得深些，更也许，是苍天不想让噶尔丹的尸体长埋地下，所以，在清军到达塔米尔河流域的第二天上午，清军的骑兵在河边上跑来跑去的、马蹄子在沙滩上刨来刨去的，不知怎么地，就那么把噶尔丹的尸体给刨了出来。这一下子可了不得了，索额图和明珠的手下，马上飞奔过去向各自的主子报告。
可以想象得出，索额图和明珠在听到发现噶尔丹的尸体后是何等的欣喜万分。俩人就像是射出弓的箭一般，“嗖”的一声就几乎同时窜到了噶尔丹尸体的旁边。
明珠的岁数虽然比索额图大那么二三岁，但动作却似乎比索额图快捷。刚到噶尔丹的尸体旁，他就“呼”地一声跃下马来，仗剑便要去割噶尔丹的脑袋。但明珠的剑碰到的并不是噶尔丹的脑袋，而是索额图从对面伸过来的剑。显然，索额图的动作也不是很慢。
明珠似乎很是愕然地问道：“索大人，你这是何意？”
索额图冷冷地反问道：“明大人，你这又是何意？”
明珠哼道：“明某的手下发现了这判贼的尸体，明某来取他首级，天经地义！”
索额图也哼道：“分明是索某的手下发现的这具尸体，明大人又何必强词夺理？”
明珠回头冲着自己的亲信们吼道：“你们说，究竟是谁先发现的这具尸体？”
那些亲信们齐声回道：“是属下首先发现的！”
明珠笑问索额图道：“索大人，你可曾听见？”
索额图不甘示弱地也回头冲着自己的亲信们喝道：“你们说，到底是谁先发现这具尸体的？”
那些亲信们同声应道：“是属下首先发现的！”
索额图笑问明珠道：“明大人，你可曾听见？”
明珠手中的剑弹动了一下。“索大人，你今日好像诚心与我明某过不去啊！”
索额图手中的剑也弹动了一下。“明大人，不是我索某诚心跟你过不去，而是你明大人诚心跟我索某过不去！”
明珠手一挥，他身后的亲信们便“呼啦啦”地向前围拢了过来。“索大人，我就不信，你今日能在我的眼皮底下把这叛赋的首级取去！”
索额图见明珠似乎要动真格的，便赶紧摆了摆手。他的那些亲信也“呼啦啦”地冲上前来。索额图冷笑着言道：“明大人，我取不了这叛贼的首级，谅你也不能！”
两边的亲信一个个都剑拔弩张。只要索额图或明珠再挥挥手，一场流血冲突便不可避免。清军中几个将领闻讯，慌忙一起跑过来，劝索额图和明珠千万要冷静。末了，几个将领在征得了索额图和明珠的同意后决定，由他们另派人手，将噶尔丹的尸体完整地抬回去，恭请皇上圣裁。
就这样，叛乱头子噶尔丹的尸体，竟然被清军从塔米尔河畔用马一直驮到宁夏康熙的行营。一路上，索额图和明珠，居然没说一句话。
见了康熙，索额图和明珠各执一辞，互不相让，都说是自己首先发现噶尔丹的尸体的，甚至，二人还当着康熙的面，大吵大闹起来。
康熙愕然问道：“两位爱卿，你们一个是朕的左臂，一个是朕的右膀，平日里情投意合、从不计较，为何今日，为了一个叛贼的首级而争执得不可开交啊？”
康熙所问，自然在理，但康熙有所不知的是，当自身的重大利益受到损害时，即使平日里再“情投意合”的伙伴或兄弟，恐也会立即反目为仇的。更何况，索额图和明珠二人，既称不上什么真正的伙伴，更不是什么兄弟关系。他们只是两个攀援着康熙这棵大树使劲向上爬的人。过去，他们各在康熙的一侧，互不干扰，倒也可以称得上是“从不计较”，可当他们都爬到康熙的一侧时，为了自己还能够顺利地朝上爬，就难免要“争执得不可开交”了。甚至，他们爬得太过火了，还会危及康熙这棵大树的生长。这个道理，康熙在以后的日子里，应该是深有体会的。只是当时，康熙见索额图和明珠为了一个噶尔丹竟然争吵得面红耳赤，委实大感诧异。
索额图的脸上，满布委屈之色。“皇上，不是微臣想与明大人抢这份功劳，实是微臣首先发现的噶尔丹，当立头功啊！”
明珠立即言道：“皇上，索大人强抢功劳不说，还当着皇上的面冤枉微臣，微臣恳请皇上明察……”
索额图刚想说些什么，康熙制止了。“好了，两位爱卿，你们不要再争执了。叛匪噶尔丹残部已经全部剿灭，这份功劳，朕给你们一人记上一半如何？”
康熙既如此说，索额图和明珠就是心中再有不满，也不便当面说。不过，从此以后，索额图和明珠之间的关系，就再也不会像过去那般似乎非常地融融洽洽了。
而实际上，自平定了噶尔丹叛乱之后，康熙的为人，似乎也发生了一个重大的变化。通俗地讲，在这之前，康熙作为一个皇帝，还称得上是开明和英明的，可在这之后，依然作为皇帝的康熙，就变得不那么开明和英明了，甚至，康熙还走上了一条糊涂和昏庸之路。这，究竟是什么原因造成的呢？
