太平军号衣复原图西征军在湖北战场获胜后，又攻入湖南，遇到曾国藩湘军的顽强抵抗。四月，太平军攻占岳州，湘军大败，太平军乘胜进入湘潭，钳制长沙。在湘潭，太平军与湘军水陆激战7天，伤亡惨重。五月湘潭攻陷。太平军突围奔走靖。这时，靖巷的太平军已几乎全歼湘军水师，曾国藩悲愤交加，欲投水自杀，被随从救起。在湘潭、岳州战斗中，太平军不幸失利。老将曾天养单骑冲入敌阵，壮烈牺牲。十月，湘军和湖北清军反扑，武昌、汉阳相继失守。第二年初，湘军进逼九江。石达开为统帅，率大军西援。驻守湖口指挥全局。用诱敌深入，以少胜多的灵活战术，在湖口、九江两次战役中痛歼湘军水师，夺获曾国藩座船，曾国藩水师溃败。与此同时，秦日纲等乘胜从太湖、宿松一带向湖北反攻，在广济大破清军。石达开从湖北移师江西，与来自广东天地会起义军响应。咸丰六年（1856年）三月，攻克吉安、樟树镇，曾国藩困守南昌。江西八府五十州县均被太平军所占。后石达开率主力援天京，未能攻下南昌。十月，石达开东援事毕，自天京进军武昌。
太平军长达三年多的西征，取得安徽、江西、湖北东部的大部分地区，控制长江中游安庆、九江、武昌三大重镇，为屏障天京奠定基础，太平军在军事上达到全盛时期。
小刀会起义
清乾隆年间，小刀会在福建漳浦云霄地区产生。它是天地会的一个支派，秘密从事反清活动。
道光三十年（1850年）夏，福建华侨陈庆真在厦门旗杆脚五祖庙内与王泉、刘标等十人重建小刀会。后来又在广州、上海、宁波等地发展组织。小刀会继承天地会的组织形式，歌诀、口号和“腰凭”等皆与天地会相同，并采用天地会在东南亚的代号“文公司”或“顺天洪英义兴公司”。会员以小刀为标志。主要成员为农民，在城市中的组织有手工业工人、水手、搬运工人、其他城市劳动人民和游民以及少数工商业主参加。
咸丰三年（1853年），上海小刀会又将秘密团体“天地会”，以及“庙帮”、“塘桥帮”和“罗汉党”等合并起来，力量日益壮大，成为会党中的新组织。内部分为“七帮”或“七党”，属于福建小刀会系统的是建帮和兴华帮，属于广东天地会系统的是广帮、潮帮和嘉应帮，属于浙江秘密团体的是宁波帮，属于当地秘密团体的则是上海帮。粤籍天地会的首领刘丽川为第一领袖，闽籍小刀会首领李咸池为第二领袖。有家长制的组织形式下，小刀会成员在社会生活上互助帮助，并在一定时期内发动武装斗争。
太平天国革命爆发不久，福建海澄一带的小刀会准备发动起义，因事机不密，江源、陈正成等相继被捕杀，会务由黄威等人所主持。咸丰三年（1853年）五月，黄威与黄德美率领会众在海澄起义，旋克漳州，击毙总兵曹三祝、汀漳龙道文秀。继而又分兵克长泰，并进克同安、厦门、漳浦等地。所到之处，人民群众纷纷响应。起义军攻克厦门后建立了政权，推举黄威为汉大明统兵大元帅。所发布的文告称“大明天德皇帝体天行仁，奉旨征厦，应天顺人”。反映了天地会“反清复明”的传统。清政府闻讯后，急忙增调重兵反扑厦门。黄威率众坚持抵抗，并派专使赶赴天京与太平天国联络，但遭清军追捕没有成功。后终因粮绝饷断，于十一月自动弃守厦门，黄威率众退居闽粤海面，坚持斗争。黄德美退至龙溪，被地主团练俘获。
同年三月，太平军攻占南京、上海及其附近各县的官僚、豪绅惊恐万状，刘丽川等便趁机积极准备武装起义。他们一方面组织小刀会民加紧练习枪棒，一方面乘苏松太道吴健彰等通过福建、广东、宁波、上海等七会馆联名捐资和招募团练之机，派会员打入团练内部，在团练武装中发展革命力量。
八月十七日，嘉定县南翔农民在该地小刀会首领徐耀领导下发动武装起义，一度占领县城，捣毁县府，驱逐知县，放出被监禁的群众。随后，徐耀与青浦县的周立春联合，并取得上海小刀会的协助，在周立春的领导下发动第二次起义，再度占领嘉定县城。同时，刘丽川等又得知吴健彰企图把四十万两白银运走，作为进攻太平军的军饷。在这种情况下，上海小刀会便毅然改变原定于冬季起义的计划，决定九月七日乘上海城内举行祭礼大典之际发动武装起义。当日清晨，小刀会起义军头包红巾，腰缠红带，手持武器、红旗，在守城卫兵的内应下，以突然行动从北门冲入城内，与城内会员会合，经过短时间战斗，即攻入县衙，杀死了知县袁祖德，活捉吴健彰。起义军占领上海后，即以文庙为总指挥部，依据天地会“反清复明”的宗旨建立了“大明国”。公开推举推刘丽川为大明国统理政教招讨大元帅，李咸池为平胡大都督，陈阿林为左元帅，林阿福为右元帅，潘起亮为飞虎将军。其他首领也封以将军、先锋等名号。随后，刘丽川等发布告示，揭露清官吏的种种罪恶，表明起义军的目的是推翻清王朝的统治。同时严明军纪，深得群众拥护。随后，刘丽川、周立春立即由上海、嘉定分兵出击，在12天内，起义军相继攻占了宝山、南汇等六座县城，声威大振。为了取得太平天国的领导与支援，刘丽川等又派专使携带给天王洪秀全的公文，分由水陆两路前往金陵，要求天京当局速派大员前往上海主持军政大事，同时宣布上海小刀会起义军是太平天王的部属，在太平王指挥下一致行动。奉行太平天王的法令，并于九月下旬改用太平天国年号，竖立太平天国旗帜，刘丽川也改称“太平天国统理政教招讨大元帅”。这时小刀会起义军总数已达万余人。
镌有“李秀成”铭文的太平天国忠王李秀成的佩剑起义军占领上海等县城后引起清廷及江苏督抚的震惊。他们急忙从各地抽调官兵、捐资募勇，由署理江苏巡抚许乃钊率领，赶赴上海镇压，企图一举消灭小刀会起义军。清军的作战方针是：首先夺取上海附近各县，最后集中力量攻占上海县城。九月二十日，丁国恩部兵勇由太仓（今太仓向嘉定进逼，潜伏在嘉定城内的地主豪绅乘机纠集武装充当内应，配合进攻。起义军与之进行激烈巷战，两天后撤离县城。一部分在嘉定以西的农村坚持斗争，一部分在徐耀、周秀英率领下，经南翔退入上海。周立春在掩护部队撤退时，力尽被俘，在苏州被杀。这时，青浦、宝山、南汇、川沙的起义军也在清军和地主武装的进攻下撤离县城，退守上海。许乃钊在清军攻占上海附近各县之后，便于十月纠集各路清军及上海附近各县的武装，夹击上海县城。另有红单船多艘扼守吴淞口，并在黄浦江游弋。这时起义军虽已由万余人减至数千人，且困守孤城，但上海城高墙厚，并储有一定数量的粮弹，因而士气高昂，决心固守待援，等待太平军到来。十月初，围城清军连日从陆上水上向上海城发炮轰击，并多次发起进攻，均被起义军击退。由于久攻不下，清军决定改用太平军常用的“穴地攻城法”，在城西秘密地挖了一条通向城脚的地道。咸丰四年（1854年）二月六日晨，清军引爆火药，轰塌西面城墙，从缺口冲入。起义军立即点燃火药袋和火罐，并用喷筒喷射火焰封锁缺口。清军一片混乱，纷纷后退。飞虎将军潘起亮率200余人乘势冲出城外追杀清军，缴获大炮12门和许多抬枪，胜利返城。五月二十五日凌晨，清军又将小南门城墙炸开一个缺口，200名尾随几名外国兵冲入城内。起义军奋起反击，将敌军逐出城外。配合清军进攻的外国战船也被击伤、击沉。以后，清军又多次挖地道攻城，均被击退。此时英美法三国在租界地位、海关控制权等问题上获得了满意的结果，随即放弃“中立”立场，公开与清军联合起来，镇压上海的起义军。清军于十月至十一月底，筑一条东起黄埔江边，中经陈家木桥直至洋泾浜北岸护界河的围墙，断绝县城与租界的交通，使起义军无法假道租界得到粮食与军火的供应。在严酷的形势下，起义军的少数将领或者出走，或者投降，而刘丽川等仍率部坚持斗争。咸丰五年（1855年）年初，法国军队同清军一部向上海北门发起进攻。法舰以及领事馆附近的大炮同时发炮，将城墙打开一个缺口。250名法军首先冲入城内，起义军在潘起亮率领下立即发起反击，使敌前进受阻。法军慌忙打开北门，数千清军蜂拥而入，同样被起义军击退。此次战役共毙伤法军数十名、清军2000余名。由于起义军长期困守孤城，内无粮弹、外无援兵，便于二月十七日夜分路突围，约定到镇江与太平军会师。出城后，刘丽川在西郊虹桥附近与敌遭遇，在战斗中牺牲，只有潘起亮和少数起义军突出重围，到达镇江参加了太平军；另一部分突围后，参加了江西天地会起义军。还有部分起义军散入南翔、浦东农村，在以后太平军进攻上海时积极配合作战。
捻军起义
咸丰三年（1853年），太平军北伐，经过安徽、河南，各地捻首纷纷聚众起事。
咸丰五年（1855年）秋，各地捻军首领齐集雉河集，推张乐行为首领，以雉河集为中心。建国号“大汉”。张乐行称大汉明命王，分五色旗统领各军。张乐行自统黄旗，龚德树领白旗，候世维领红旗，苏天福领黑旗，韩万领蓝旗。五旗以下又设五种镶边旗和其他旗号，由孙葵心等许多人分领。还制定《行军条例》十九条。河南夏邑黑旗首领王贯三，亦率部前来参加会议。人数约达十万。
咸丰七年（1857年）捻军渡淮河南征，与太平军李秀成、陈玉成部会师于霍丘与正阳关等地，并接受太平天国领导，蓄长发，受印信，使用太平天国旗帜，张乐行被封为“征北主将”，五旗各首领亦各有封号。但他们“听封而不听调”，不出境远征，并保持自己独立的组织和领导系统。
咸丰八年（1858年）张乐行等部北上占领安徽怀远、临淮和凤阳等地。次年夏，和太平军合力攻克定远。十一月，怀远失守。一年以后，临淮、凤阳也相继陷落。同时，淮北捻军三万人在张宗禹等率领下，攻占苏北重镇清江浦。咸丰十一年（1861年）三月，龚德树率军配合太平军西征武汉时，战死于罗田松子关。九月，安庆失守，张乐行率众北归颖上。于第二年春，与太平天国联合围攻颖州。不久，苗沛霖叛变，向张乐行的背后突然发动攻击，使张乐行全军溃败。英王陈玉成被俘遇害。同治二年（1863年）三月，以僧格林沁为首的清军全力猛攻皖北蒙城、亳州，捻军根据地雉河集失守，张乐行被俘遇害。
同治皇帝朝服像当天京陷落时，东援天京的西北太平军、捻军联合部队，正与清军胶着于鄂东。天京陷落后，以僧格林沁的蒙古贵族骑兵为主的清军，趁机发动突袭，联军受到很大损失，于是分二路突围。一路陈得才为首东走，另一路赖文光为首北走，两支部队时合时分。赖文光巧妙地避敌主力，在豫南罗山、光等战役中，重创清军。陈得才却仍力图东进，结果于十一月初，在安徽霍山为僧格林沁所败。马融和等趁机以十余万之众，分批叛变。陈得才见大势已去，服毒自杀。其余部邱远才、张宗禹等突围与赖文光会合。推赖文光为首领。赖文光按照太平天国的兵制、纪律，整编捻军，并逐渐易步为骑，使捻军成为十万余人的骑兵武装。捻军还吸收了败散各地的太平军战士，著名的范汝增归服。
同治四年（1865年）初，僧格林沁率骑兵，在山东对捻军大举进攻，被赖文光统率的捻军打败。随后赖文光部从信阳出兵，横扫豫中，接着，进入鲁西，穿过鲁西南，突入苏北，然后又折回鲁西，在曹州县设埋伏。僧格林沁尾追不舍，向捻军寻机决战。终于陷入捻军埋伏圈，大部被歼，僧格林沁被击毙。
清廷闻讯后大震，急忙派曾国藩督师剿捻。曾国藩针对捻军流动作战的特点，提出以静制动的方针，以点和线，来围困捻军，制止捻军的运动。他调集十万重兵，配以新式枪炮，在淮水北、运河西、沙河及贾鲁河以东，沿岸设防，想逐步收缩，把捻军消灭在包围圈中，还成立一支机动部队专供往来游击之用。但赖文光等所率捻军，以机动灵活的运动战术，多次重创清军，纵横驰骋于豫、鲁、苏、皖之间。
避署山庄烟波致爽殿同治五年（1866年）九月，赖文光部与张宗禹部在开封境内会师，一举突破曾国藩设置的沙河及贾鲁河防线，大败河南巡抚李鹤年的河防军，乘胜东进，又打破运河防线，进入山东水套地区。然后又自山东回师，再破清军河防，重入河南。曾国藩苦心经营的合围“剿捻”计划告以失败。清政府只好改调李鸿章为钦差大臣，负责“剿捻”。
