清廷闻知小金川之败，遂命阿桂为定西将军，丰伸额、明亮为副将军，富德为领队大臣，富勒浑为四川总督，再调健锐、火器二营兵2000，索伦兵2000前往助战。阿桂受命后，整饬队伍，激励士气。重新集结两万大军，分兵三路直扑美诺。十月二十九日，清军各路齐进，转战五昼夜，于十一月初四攻克资里，收复鄂克什，进占美诺。收复小金川全境后，阿桂统军乘胜挺进大金川。乾隆三十九年（1774年）正月至七月，清军数路进击，连克要隘，直逼索诺木老巢勒乌围。索诺木见清军大兵压境，只得鸠杀僧格桑，献其尸及妻妾于军前，请求罢兵，阿桂不许，督兵继续进攻。乾隆四十年（1775年）八月十五日，清军直捣勒乌围大寨，四面炮轰，又以地雷炸裂塞墙，次日黎明，清军攻占勒乌围，莎罗奔、索诺木等逃往噶拉依。阿桂等兵分两路：北路自勒乌围夺大金川上游，南下主攻；西路据河西辅政。十二月，清军逼近噶拉依，明亮等克拢寨，进后独松隘口。二十二日，清军向噶拉依发起进攻。乾隆四十年（1776年），正月，索诺木之母、姑、姐妹等投降清军，而索诺木、莎罗奔等仍在官寨中冒死顽抗。阿桂督清军筑长围、断水道困之，辅以火攻、炮击，历时四十余日。二月初四日，寨中水尽粮绝，索诺木、莎罗奔只得率大小头目等二千余人跪捧印信出降。四月，押索诺木等于京师。是为第二次平定金川之役。
两次金川之役前后共五年，费银七千多万两。事后，清廷在噶拉依设总兵，勒乌围设副将，又以大金川为阿尔古厅，小金川为美诺厅，并召募大批内地汉民前往该地屯田，加强了对这一地区的控制。
乾隆帝禁书修书
清王朝统一中国后，经过康熙、雍正两朝的经营，经济有了很大发展。到雍正帝儿子清高宗弘历在位的时候，国力强盛，财政富裕。清朝初期的文治武功，在这个时期都达到鼎盛的程度。公元1757年，原来已归服清朝廷的准噶尔贵族阿睦尔撒纳发动叛乱。乾隆帝派兵两路，进攻伊犁，平定了叛乱。准噶尔平定以后，原来被准噶尔俘虏的维吾尔族首领大和卓木、小和卓木兄弟逃回新疆天山南路，起兵反清。乾隆帝又派兵征讨。大小和卓木在当地残酷压迫人民，遭到维吾尔族人民的痛恨，纷纷起来支持清军。清军顺利地平定了大小和卓木的叛乱。公元1762年清朝在新疆设置伊犁将军，加强对天山南北的管理。
乾隆皇帝的甲胄乾隆帝跟他祖父、父亲一样，除了武功之外，还十分重视文治。他一面继续开博学鸿词科，招收文人学者，编写各种书籍；一面又大兴文字狱，镇压有反清嫌疑的文人，乾隆时期文字狱之多，大大超过了康熙、雍正两朝。
但是，乾隆帝懂得，光靠文字狱来实行文化统治是不彻底的。还有成千上万的书籍，贮藏在民间。如果里面有不利他们统治的内容，该用什么办法来解决呢。
他终于想出一个办法，就是集中全国的藏书，来编辑一部规模空前巨大的丛书。这样做一来可以进一步笼络大批知识分子，显示皇帝重视文化；二来借这个机会把民间藏书统统审查一下。可说是一举两得。
公元1773年，乾隆帝正式下令开设四库全书馆。派了一些皇室亲王和大学士担任总裁，那些皇亲国戚大多是挂个名、起监督作用的。真正担任编纂官的都是当时一些有名的学者，像戴震、姚鼐、纪昀等人。那套丛书名称就叫做《四库全书》。
我国古代常把图书分成经、史、子、集四个大类：经部，包括历来儒家的经典著作（像《诗经》、《论语》、《孟子》等）和研究文字音韵的书；史部，包括各种历史、地理、传记等书；子部，包括古代诸子百家学说和科技著作，像农学、医学、天文、历法、算法、艺术等；集部，包括文学的总集和专集等。
按照四大类集中贮藏起来就叫做“四库”。
要编一套规模巨大的丛书，先得把书籍收集起来。乾隆帝下了命令，叫各省官员搜集、收购各种图书上缴，并且定出了奖励办法，要私人进献图书，进献越多，奖励越大。这道命令一下，各地图书果然源源不绝送到北京，只隔二年，就有二万多种，再加上宫廷内部原来的大量图书，数量就很可观了。
书收集起来了。乾隆帝就下令四库全书馆的编纂官员对图书认真检查。凡是有“违碍”字句的，一概销毁。一查下来，发现在明朝后期的大臣奏章里，提到清皇族的上代，不那么尊重，譬如他们的上代就接受过明朝的官职和封号，这在乾隆帝看来是很不体面的；于是就下令把这类图书一概烧毁。至于像吕留良、黄道周等抗清文人的著作，那就更不用说了。后来再一查，在宋朝人的著作中，也有许多反对辽、金、元朝的内容，这种内容很容易使人联想到反对清王朝，也该销毁，或者销毁一部分。还有一个办法，就是发现这类字句，就随时删改涂抹，这样，书虽然被保存下来，但是已经弄得面目全非。为了这件事，乾隆帝可说是绞尽脑汁。据不完全统计，在编《四库全书》的同时，被查禁烧毁的图书也有三千种之多。
但是不管乾隆帝的动机怎样，这部规模巨大的《四库全书》到底编出来了，而且保存下来了。编纂《四库全书》的学者们对大批图书进行编辑、校勘、抄写，足足花了十年工夫，到公元1782年正式完成，共收图书三千五百零三种，七万九千三百三十七卷。当时把全书抄了七部，分别贮藏在皇宫、圆明园、热河行宫、奉天、杭州、镇江、扬州。这对后代人研究我国古代的丰富的文化遗产，毕竟是一项重大的珍贵的贡献。至于查禁销毁一批书，当然对我国文化造成了损失，但是这种有禁也不可能彻底。当时就有不少爱护文物的人，冒着坐牢杀头的危险，把许多有价值的书藏了起来。到了清朝末年，就有不少被禁的书陆续出现了。
乾隆皇帝下江南
清政权经过顺治、康熙、雍正三朝近百年的休养生息，出现了政治统一、经济繁荣的稳固发展局面。乾隆帝弘历看到其祖康熙六次南巡的盛况“盛典昭垂”，也欲效法，于乾隆十六年至四十九年（1751—1784年）先后六次南巡。
第一次南巡始于乾隆十六年（1751年）正月。乾隆帝陪皇太后渡过黄河至高家堰，经淮安，三月抵杭州，渡钱塘江，祭祀禹陵后，又在杭州召见地方人士。回途中经过苏州、南京，亲往明太祖陵祭祀，并阅视兵阵。四月渡过黄河，于泰安祭祀东岳庙，五月回到京师。乾隆二十二年（1757年）举行第二次南巡，经过直隶、山东、江南等省，召见在原籍的大臣史贻直、梁诗正、钱陈群，及致仕老臣沈德潜等人。复至嘉兴石门阅兵，驻杭州十余日后返回。经苏州、南京、徐州，抵达曲阜，祭奠孔子。四月回到北京。乾隆二十七年（1762年）正月开始第三次南巡，渡过黄河视察清口、东坝、惠济闸等河工。三月到达浙江，亲赴海宁观看海塘，又于观潮楼检阅福建水师。四月返回，再渡黄河。命庄亲王胤禄奉陪皇太后仍走水路，自己登陆至徐州，查看黄河各处堤坝。五月回到京师。三年后的乾隆三十年（1765年），举行第四次南巡。二月抵达杭州，指示修筑海宁石塘。归途驻跸江宁、德州等地。第五次南巡于15年后方举行，乾隆四十五年（1780年）正月出发，三月到达海宁观潮。归途中于南京招试举人。赐内阁中书等职。五月回经涿州，遇一僧人献幼子，口称为弘历之孙，因父妾陷害流落乡野。乾隆帝令一同归京，审出系乡童所冒，将僧人处死。乾隆四十九年（1784年）正月，乾隆帝举行最后一次南巡，先后于泰安祭祀少昊陵、曲阜拜谒孔庙。三月至海宁，巡视海塘后返回。
银碗乾隆六次南巡的目的，其称为：“南巡之事，莫大于河工。”其实与康熙六次视察黄河堤坝大相径庭。自乾隆十六年至五十年，河南黄河八次决口，乾隆却一次也未到过河南。途中虽也附带查看了一些黄河工程，颁布了数次减免赋役诏令及赦免人犯、截漕平粜谕旨，起到了一定程度的关注生产、维系人心的作用，但他的主要目的，还在于游赏江南山水，正如其自称：“江南名胜甲天下，”南巡可“眺览山川之佳秀，民物之丰美”。
乾隆南巡中的奢华铺张，给沿途人民造成的沉重负担和惊扰，也远远超过了康熙南巡。南巡出行，除皇太后、皇后、嫔妃外，另有众多扈从官兵，上至王公大臣，下至太监侍卫，多达二千五百人，为康熙时的八倍以上。所到之处，要预先修建御道，地方官员督率民夫往来扫除清洒，道旁有碍观瞻的破旧民房都强令拆除，给值极微，又被官吏吞没，造成众多百姓流离失所，无家可归。在江南名胜之地，地方官员及富商巨贾为了逢迎乾隆，竞相捐资起造多处富丽堂皇行宫，达三十处之多。宫中陈设古玩、金银器皿及奇花异宝之类，争艳斗奇，堪称广华之极。这些用度所需的巨额银两，都被摊派到沿途甚至相邻省份的人民身上。乾隆南巡中，更是兴师动众，前呼后拥，陆路用马五六千匹，大车四百余辆，征调夫役不计其数；水路则用船一千多只，首尾衔接，旌旗招展，鼓乐齐鸣，遇有河道不够宽敞之处，地方官员须先行开浚，以便龙舟畅行。每到一地，地方官员于数日前即安排庞大接驾阵容，采买大量奇珍异味，美食佳肴，甚至派专差猎取麻雀野兔等物，供乾隆随行的鹰犬食用。对此，乾隆尽管每次南巡前，都要训饬属臣“各守本业，力屏浮华”，但实际上却默许甚至嘉奖地方官员的进贡和浮华接驾之风。乾隆三十年，乾隆与皇太后南巡，地方大员纷纷起造豪华行宫，靡费修饰，乾隆也欣然接受，还从公项中拨出赏银，奖赏修建行宫之处，动辄两万两。两淮盐商在南巡时都曾捐纳巨款，进献珍宝，乾隆称赞他们“踊跃急公，捐输报效”，加恩赐“职衔加顶带一级”，直接鼓励了社会靡烂之风。
由于乾隆南巡给国家财政、人民生计增加了沉重的负担，六次南巡的各项花费，总数达两千多万两。因而从朝中到野鄙，都激起了不同程度的怨愤。乾隆初次南巡后不久，全国许多省份即开始流传一份假托工部尚书孙嘉淦之名的奏折底稿，内中指斥乾隆有“五不解、十大过”罪状，南巡便为其一。清廷在查抄撰稿人时拘捕上千人，费时二年，终无下落，最后只得定江西千总卢鲁生、刘时达父子为撰稿人。卢、刘虽非实际撰稿人，但他们在供词中也承认因乾隆南巡，拆毁了家中房屋，是以广为传抄奏稿，以泄心中之愤。不仅下层士民，朝中的一些鲠直大臣也屡次劝谏，企图阻止乾隆南巡，有些官员直言道：“上两次南巡，民间疾苦，怨声载道。”湖州知州赵某，闻知乾隆将赴湖州，急无所计，只得令人暗中沉船于河中，使龙舟不得过，乾隆只好作罢。后赵某离职，湖州百姓泣送数十里。然而，刚愎自用的乾隆，当时根本对这些民间疾苦不闻不问，依然南下寻乐。直到他晚年时，才颇有悔悟之意，对近臣说：“六次南巡劳民伤财，实作无益害有益。”命臣下今后对后世之主的巡幸予以劝诫。然而，乾隆南巡所造成的经济恶果及社会奢侈靡烂之风，已无法挽回。
平定回疆
维吾尔人世居天山南路，清代称之为“缠回”。清初，统治天山南路的察合台后王日益衰败，而维吾尔族封建农奴主贵族——和卓的势力强大，众和卓互争雄长。此时正值准噶尔部首领噶尔丹崛起于天山之北，遂乘回部内乱进军南疆，把天山南路的广大地区置于自己的统治之下。回部首领阿布都什特等人被扣留伊犁作为人质。
康熙中叶，噶尔丹对清朝用兵失败，阿部都什特于是来到京师，受到清政府优遇，并派人送其回到叶尔羌，掌管回疆事务。阿部都什特死后，其子玛罕木特继为和卓，“总理回地各城”。时准噶尔策策妄阿拉布坦控制回疆，玛罕木特因欲摆脱其统治，被俘至伊犁囚禁，所生二子布拉尼敦、霍集占亦遭禁锢。乾隆二十年（1755年）清军战败准喝尔达瓦齐集团，派兵护送布拉尼敦返回叶尔羌“使统回部”，留霍集占于伊犁掌管伊斯兰教事务。后霍集占参与准部阿睦尔撒纳叛乱，失败后逃回叶尔羌，唆使其兄布拉尼敦背叛清廷。乾隆二十二年（1757年）五月，定边将军兆惠派副都统阿敏前往回疆进行招抚，霍集占兄弟杀阿敏，自称“巴图尔汗”正式据回疆发动叛乱。
