清廷得到台湾事变的消息，大为震惊，因和平日久，将骄兵惰，猝遇变故，一时竟“仓惶无所措”，直到数十天后，方才组织力量进行反扑。六月，福建水师提督施世骠、南澳总兵兰廷珍等先后率军12000人、水手6000人，分乘战船六百余艘渡海赴台镇压起义军，又命台湾各地地主武装协助兵官作战，并以种种手段不解起义队伍。起义军内部在建立政权后发生分裂。杜君英早有野心，想立其子杜会三为王，故不服从朱一贵管束，破坏起义军纪律，“每事骄蹇，掠妇女七人闭营中”。朱一贵严惩了违犯军纪的戴穆、洪阵等人，并派人警告杜君英父子。杜君英命人捆缚朱一贵所派将领，公开制造分裂，朱一贵遂出兵镇压。杜君英父子被打败后，带部分起义军出走，后投降了清军，为清廷所杀。清军渡海之际，原投降起义军的清将刘得紫、秀才林皋等也反水复叛。所有这些，严重削弱了起义力量，给清军以可乘之机。六月十六日，清军进抵台湾鹿耳门，起义军连战失利，被迫于当月二十三日退出府城，清军紧追不舍。朱一贵率起义军残部败至沟尾庄，遭到当地地主武装袭击，部众四散，朱一贵被俘，压送北京，凌迟处死。各地起义军亦先后为清军镇压。
摊丁入亩
明朝末年，由于严重的土地占有和繁重的赋税负担，引起了农民大起义。清朝建立以后，对赋程制度进行了不同程度的改革。康熙五十一年（1712年）清朝廷开始实行“滋生人丁永不加赋”的政策，把丁税总数固定下来，减轻了人民的负担。但这一政策并未能解决丁役负担不均的问题，地方官绅往往利用人口流动等因素，把赋税转嫁到下层百姓身上。因此，改革赋役制度势在必行。
康熙十三年（1674年），江苏布政使慕天颜曾在苏、即松江、杭、即嘉兴四府，准备实行均田役法，即把县中土地均摊各里、各甲，由土地的多少决定赋役的多少。康熙二十年（1681年），直隶乐宁县知县于成龙也提出实行均田均丁法，以使富户增加、贫者减轻负担。其后，湖南安乡县也部分实行了“地丁随粮摊”的尝试。但最早正式提出“摊丁入亩”主张的，是康熙五十二年（1673年）御史董文燧，建议“统计丁粮，按亩均派”。虽然户部没有采纳，却允在广东、四川先作试行。康熙五十五年（1716年），广东正式将丁银在田亩中分派。稍后，四川也将“田载丁而输纳，丁随田而卖买”的办法付诸实施。
根据直隶总督李维均的奏请，雍正元年（1723年）雍正帝向全国正式颁布诏令，实行摊丁入亩制度。但各省的实际实行则先后不一，先后五十年之久。雍正二年（1724年），直隶、福建省实行；雍正三年（1725年），山东省实行；雍正四年（1726年），云南、河南、陕西、浙江、甘肃省实行；雍正五年（1727年），江办、安徽、江西省实行；雍正六年（1728年）湖南、广西省实行；雍正七年（1729年），湖北省实行，乾隆元年（1735年），山西省实行；乾隆四十二年（1777年），贵州省实行。省内各州县之间，实行时间也有较大差距。如福建省于雍正二年宣布实行，但一些州县一直迟迟未行，拖延十数年之久。
“摊丁入亩”的具体办法，就是把一县的丁役银钱总额，分别摊入到该县的每亩土地中去。从土地田赋中征收，而不再按人头征收。各省地亩摊丁平均数字，湖南省最高，一些县达到八钱六分一厘，因其是“以粮石载了”征收。其次是福建、山西等商业较发达的部分州县，丁多地少，所以每亩数较高。
“摊丁入亩”制度的实施，实际上废除了人头税，只按土地的单一标准收税。它的实行，简化了税收的原则和手续，取消了征税的双重标准，是赋程制度史上的重大改革。从而使无地少地的农民得到一定好处，也减少了地方官绅利用人口数字贪污中饱的机会。同时，废除了人口的丁役，使地方的人身依附得以松弛，为人口的流动创造了条件。但不再对人丁征役，也在客观上促进了人口的无节制增长。
摊丁入亩的实行，把农民负担的一部分赋税转摊到地主身上，因此，也遭到不少地主官僚的反对。早在正式颁行之前，康熙四十年（1701年）浙江布政使赵申乔就坚决反对过“按粮户田数之乡多寡，定人丁之等则，光丁豁除”的征税办法，主张“地丁原属两项，似不应地上加丁”。他还下令镇压了宁波府“倡照地派丁之说，与巨室相持”的百姓。雍正元年“摊丁入亩”在全国实行后，各地的反对也随之强烈。浙江“田多丁少之土棍”煽动数百人，“齐集巡抚衙门，喊叫阻挡摊丁”，巡抚法海只得令官员“暂缓均摊之议”。雍正六年，“摊丁入亩”在浙江已实行两年，钱塘、仁和两县的地主又强迫佃户交租时，“每亩米加二升，银加二分，以助产主完丁之费”。同时，直隶肃宁县的地主也借“摊丁入亩”之际，把佃户的地租每亩增加二分。直到乾隆二十二年（1757年），官员胡泽潢在奏折中还认为“丁粮摊入地亩，永不加赋”是造成户口不确定的原因，坚决反对实行这一制度。另一方面，下层人民为了维护自身利益，也同破坏这一制度的官员地主进行了坚决的斗争。雍正三年，杭州“有丁无田，情愿均摊”的农民，联合无地的工商业者，抗议巡抚法海对少数地主的退让，他们围着衙门吵闹，发动罢市，一直闹到法海被撤职，又涌入知县衙门继续斗争。
“摊丁入亩”制度的实施，废除了几千年以来压在人民头上的丁役，对于促进生产力的发展起到了一定的积极作用。
改土归流
雍正年间，清政府在西南大部地区废止当地各少数民族中普遍实行的世袭土司制度，按内地制度重新建立行政区划，委派有任期的“流官”进行直接治理，大大加强了中央政府对这些地区的控制，史称“改土归流”。
自元代以来，中央王朝一直在我国西南部云南、贵州、广西、四川、湖南等地苗、瑶、壮、白、彝、藏等少数民族聚居地区推行土司制度。土司制度是中央政府对这些地区在实现了军事征服或政治往服之后，推行“羁縻”政策所产生的一种特殊统治制度，是与当地少数民族经济落后，社会发展水平低下相适应的。根据不同地区的实际情况，土司制度又分为土司、土官两种。土司是指由当地少数民族首领组成世袭的宣慰司、宣抚司、安抚司、镇抚司、长官司等，虽然接受中央王朝封赐的官爵名号，但因其治区的土地和人民均归其所有，故实际上属于割据一方的地方政权。土官指按内地行政制度设立府、州、厅、县等地方机构，委派当地少数民族首领、头人等担任土知府、土知州等等，往往也是具土官之名，行土司之实。随着西南各少数民族地区社会经济的不断发展，与中原地区政治、经济、文化各方面联系的日益加强，土司制度越来越成为当地生产发展和社会进步的阻碍，更不利于多民族国家的统一。因此，自明代开始，中央政府即在一些条件成熟的地区推行改土归流政策，但规模很小，影响不大，未能造成整个西南少数民族地区行政制度的重大变化。一些土司辖地数百里，拥兵以万计，对治区人民取予随心，生杀任性，残酷压榨，疯狂掠夺，“一年四小派，三年一大派”，“土司一日为子娶妇，而土民三载不敢婚姻”。有些地区虽已实行了改土归流，但由于土司制度根深蒂固，仍是“土目盘踞，文武官寓省城，膏腴四百里无人敢垦”。
羯釉瓜棱壶明末清以来，中原地区与边远地方的联系进一步密切，特别是大批汉族人民进入西南少数民族地区进行屯垦，带去了先进的生产技术和生活方式，对当地落后的土司制度起了巨大的冲击作用，使越来越多的人要求脱离土司制度的束缚。但由于清初中央政府忙于国家的统一和抵抗沙俄入侵，一时无暇顾及西南地区土司制度的改革，使土司制度得以沿袭下来。雍正年间，清廷统治力量大为增强，初步解决了北方的民族叛乱和沙俄入侵问题，立刻开始对西南少数民族地区进行大规模改土归流。雍正四年（1726年），云贵总督鄂尔泰上疏请求将原属四川的东川、乌蒙、镇雄三大土府就近划归云南，实行改土归流，随即在云南、贵州、四川、广西、湖南等广大地区普通推行。据不完全统计，雍正一朝，西南区改流的土府、土州、宣抚司、安抚司、长官司、招讨司等多达六十余个，由清朝政府分别设置府、厅、州、县等行政机构，派有任期、非世袭的流官进行治理，大大加强了中央政府对该地区的控制。在推行改土归流过程中，主持其事的鄂尔泰等人针对各地的不同情况分别采取了和平招抚和武力镇压两种手法。大致看来，广西、四川、湖南等地多以招抚为主，而在云南、贵州两省，则曾大规模武力镇压。
贵州为苗族聚居地区，清王朝统治较为薄弱。特别在以古州为中心的3000里苗疆、1300多处苗寨，十多万苗民不服清廷管辖。此处土地肥沃，物产丰富，与外界极少联系。雍正四年（1726年），清军进攻广顺府长寨等地，镇压了当地苗民的反抗，强迫其剃发易服，并力行保甲，稽查户口，又乘胜招抚了广顺、今惠水、镇宁、今镇宁、永丰、安顺等地1000余处苗寨。随即，清军进兵黔东苗岭山脉和清江、都江流域苗疆，相继占领古州、台拱、清江、都江、丹江、八寨等地，讨伐了不肯降服的苗寨，设官管辖，驻兵镇守，从而开辟了通向湖南、广东的水陆交通。但是，由于清廷派驻当地的文武官员肆意欺压苗民，敲榨勒索，引起广大苗族人民的强烈不满。雍正十三年（1735年），清江、台拱地区苗民奋起反抗清王朝的残暴统治，攻陷凯里、黄平州，震动了整个苗疆。清廷派刑部尚书张照率兵前往镇压。张照一向反对鄂尔泰等人推行的改土归流政策，又不懂军事，以致旷日持久，师劳无功。刚刚即位不久的乾隆帝下令罢免张照，改派以前平苗有功的张广泗前往贵州负责苗疆事务。张广泗分兵三路，对各地生、熟苗民进行大肆屠戮，焚毁苗寨1200余处，擒斩苗民数万人，镇压了当地苗民的反抗斗争，并在贵州各地强行改土归流，加强了清王朝对该地区的统治。
云南是土司势力较强大的地区。一些顽固的土司、土官，为维护其传统的世袭统治地位和种种特权，极力反对清政府的改土归流政策，甚至不惜发动武装叛乱。雍正八年（1730年），乌蒙土司禄鼎坤利用当地彝民对镇守乌蒙的清军总兵刘起元贪污暴戾、军纪败坏的不满情绪，率其族人禄鼎新、禄万福等发动叛乱，杀死刘起元，攻陷乌蒙，周围东川、镇雄、威宁等地大小土司、土目纷纷响应。叛乱者袭杀塘兵，劫夺粮运，拆毁桥梁，阻断要隘，给正在进行的改土归流造成极大破坏。鄂尔泰调集清军一万余人，分兵三路进行镇压：总兵魏翥国攻东川，哈元生攻威宁，参将韩勋攻镇雄。鄂尔泰亲自督阵，经过激烈战斗，终于将叛乱镇压下去，保证了当地改土归流的顺利进行。在滇南，清廷革除了镇沅、沾益州、赭乐、威远、广南等地的土司、土目，派同知刘洪度暂客镇沅府事务。土目刀如珍不肯交出所占民田，煽动当地彝民杀死刘洪度，发动叛乱。清廷派兵镇压，将已革土司、土目全部徙往外省安置，然后进军澜沧江下游，连破险隘，直抵孟养，除江外车里等地土司依然保留外，其余全部改流，升普洱为府，驻兵防守。
广西为壮族聚居地区，全省有土官150余人，以今凌云知府岑映宸最为强横，经常“纵其众出掠”。清廷派兵征讨，强迫其交出敕印，迁往浙江。思明州土知府黄观珠因无力管束各寨头人，主动请求将洞郎等五十村寨改归流官管辖。柳州、思恩、今宜山等地壮族人民不堪当地土目压榨，争相向清廷请兵，迫使土官、土目交出武器印信。至雍正后期，广西全省大部分土司、土目统治地区实现了改土归流。
湖南土司统治地区因距内地较近，故并不十分闭塞，其土司、土官等不仅招纳汉民垦田纳粮，甚至还在城市中经营工商业。在改土归流的冲击下，湖南十万苗民声称对当地土司、土官的欺凌迫害难以忍受，向清廷请求入籍为民。于是清廷乘机强迫永顺、桑植、保靖、容美四大土司交出印信、土地。其他地区的土司、土官也因为无力镇压本地人民的反抗，请求改土归流。清廷遂于湘西地区设置府、州、厅、县，顺利实现了改土归流。
四川凉山为彝族聚居地区。清廷于云南、贵州改土归流的同时，也派兵进入凉山地区，在沙马、雷波、吞都、黄螂、建昌等地设置营垒，派遣流官，革除了当地部分土司、土官。
清王朝在西南少数民族地区普遍推行的改土归流制度，限制和部队消除了各地土司的割据势力和特权，加强了中央政府对西南少数民族地区的控制，有利于当地的经济发展和社会进步，密切了各族人民之间的经济、文化交流，巩固了多民族国家的统一。但是，由于清政府的民族压迫和民族歧视政策，特别是在平定土司叛乱过程中对各地人民的残酷屠戮，也给各少数民族人民带来了巨大的灾难。
平定罗卜藏丹津
