康熙十七年（1678年），朝廷下诏征求博学鸿儒，掌院学士叶方蔼寄诗给黄宗羲，敦促他上路就任，再次推辞得以避免。过了不久，叶方蔼奉诏同掌院学士徐元文监修《明史》，打算征召黄宗羲作为顾问，地方的督抚大员以礼去聘请他，又被推辞。朝廷议论认为黄宗羲一定不会接受征召，请求下令浙江巡抚把黄宗羲著作中有关历史的部分抄写送到北京，他的儿子黄百家可以参预修史局的事情。徐乾学侍奉皇帝轮值讲学时，康熙问到前朝还有哪些遗贤，又以黄宗羲的名字回答，并且说：“他曾经被臣的弟弟徐元文上奏疏举荐，可惜因为年纪太老不能来。”康熙说：“可以召他到北京来，朕不交给他任务，就是他要回去，当即派遣官员送他回去。”徐乾学答复说黄宗羲病重年老不会有来意，康熙听后叹息不止，认为招致人才很难。黄宗羲虽然不肯来，而修史局凡有重要的问题，一定向他征求意见。《历志》出于吴任臣之手，修史总裁从千里之外将书稿送给他，请黄宗羲审订改正而后定稿。曾经说到《宋史》另外列有《道学传》，是元朝者的鄙陋所致，《明史》不应该按照《宋史》的旧例这样做。朱彝尊正好有这种主张，得到黄宗羲的书信以后拿给大家看，便删去《明史》中的《道学传》。黄宗羲去世时，终年86岁。
黄宗羲的学说，源于刘宗周的蕺山学派，所接受的是诚意慎独的学说，严密平允实在。黄宗羲曾经认为明朝人讲学，沿袭语录的糟粕部分，不以《六经》为基础，把书束之高阁而只是从事于交游叙谈，所以请问学业的人必须先深入研究经籍，经学是用以治理世事的。如果不想成为拘泥保守的儒者，必须在读经时兼读史书。所读史书不多，无从证明事理的变化；读书多而不从思想的条理上去探求，就只能是平常的学问。所以对上下古今、各家之说要深入研究融会贯通，从天官书、地理志以及三教九流诸子百家的教义，精心研究。黄宗羲所著的有《易学象数论》六卷、《授书随笔》一卷、《律吕新义》二卷、《孟子师说》二卷。他的文集有《南雷文案》和《南雷诗案》。现存的共有《南雷文定》十一卷、《文约》四卷。他还著有《明儒学案》六十二卷，书中叙述明代所有讲学的儒学人物的源流派别间、分合得失很详细，所编著的《明文海》四百八十二卷，编纂过程中阅读了明朝人的文集二千多家，自己说它和《十朝国史》互为首尾。又著有《深衣考》一卷、《今水经》一卷、《四明山志》九卷、《历代甲子考》一卷、《二程学案》二卷，辑录《明史案》二百四十四卷，又《明夷待访录》一卷，都是有关治理世事的重大政事。顾炎武看到后感叹说：“象夏周商三代那样政治清明安定可望得到恢复了！”关于天文的著作有《大统法辨》四卷、《时宪书法解新推交食法》一卷、《割圜八线解》一卷、《授时法假如》一卷、《圜解》一卷、《西洋法假如》一卷、《回回法假如》一卷。以后梅文鼎按《周髀算经》谈到天文，当世都感到惊奇认为它是不传的秘密，而不知道实际上是黄宗羲的首创。黄宗羲在晚年时又编辑《宋元学案》，合上《明儒学案》，记录了700年间儒学人物不同学派的师承源流。宣统元年，黄宗羲被送进文庙陪祭孔子。
统一台湾
郑成功及其子郑经在收复台湾后，仍然用南明永历年号，以明朝遗臣的身分继续同清廷对抗。但是，清朝政府经过入关之后数十年的统治，已经完全巩固了其地位，国内满汉之间的民族矛盾也已趋于缓和，台湾郑氏实际上成为阻碍国家走向统一的一股割据势力。早在康熙初年，统一台湾的问题已经提到清朝统治者的议事日程上来，只是由于掌握实际权力的鳌拜集团以为“海洋险远，风涛莫测，驰驱制胜，计难万全，”才被搁置下来。
“三藩”之乱爆发后，郑经乘机率军进攻福建等地，先占领漳州、泉州，继而夺取海澄、潮州、今长汀、邵武等地。清军于康熙十六年（1677年）收复漳、泉诸州，但郑经仍据守厦门，并且连年进犯福建沿海。康熙十八年（1679年），郑经部将刘国轩等率军再次向清军发起大规模进攻，使福建清军渡于就付，遭受极大损失。尽管郑经不愿与吴三桂等明朝的叛臣为伍，不接受其号令，但郑氏所部数年煽乱于东南沿海，客观上起了侧应吴三桂叛军的作用，增加了清军平息叛乱的困难。直至康熙十九年（1680年）夏，郑经军连遭失败，才再度退归台湾。
康熙二十年（1681年）初，郑经病逝于台湾，其子郑克监国。郑经的亲信侍卫冯锡范等人为了争夺权力，诱杀了郑克，又奉郑经年幼次子郑克继位。此后台湾地方大权落入冯锡范与刘国轩二人手中。郑氏集团内部争权夺利的斗争削弱了自己的力量，岛上人心不稳。
郑成功军用过的大刀这年六月，康熙帝在确知郑经已死和台湾统治集团内乱的消息后，即谕令福建总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督诺迈、万正色等人乘机进兵台湾、澎湖。但由于当时进军准备尚不充分，水军提督万正色等人对进取台湾又存有疑议，这次军事行动没能立即实施。稍后由于内部长学士李光地的荐举，康熙帝决定任用熟悉海上情况，并曾为郑成功部将的施琅，于七月任命他为福建水师提督总兵官、加太子太保，率军进攻台湾。施琅先后从郑芝龙、郑成功父子，与郑成功的关系相当密切，后因与郑成功意见不和，遭到猜忌，于顺治八年（1651年）降清。施琅降清后，他的父亲和兄弟被郑成功杀死。在清廷诸臣中，施琅是坚定的军事统一台湾派，曾多次上疏，建议“乘便取进，以绝后患。”康熙四年曾率师出海，后受猜忌，多年在京任闲差内大臣，并没有得到重用，直到康熙二十年他再次出任福建水师提督。
康熙二十一年（1682年）正月，施琅至福建上任，即于厦门调集军队，修整船只，积极准备攻台。台湾方面得知情况，也加强了防备，以刘国轩统兵六千人镇守海上要冲澎湖。施琅本拟于五月出师，但由于与总督姚启圣意见不一致，殆误了时机，只得待机再出兵。这一次尝试进取台湾没有结果，引起朝中一些本来不同意对台湾用兵的大臣的议论。户部尚书梁清标上疏说“今天下太平，凡事不宜开端，当以安静为主。”左都御史徐元文也“请暂停台湾进剿”。同年九月，郑氏集团又派人到福建议和，请求“照琉球、高丽外国之例，称臣奉贡”，而不削发登岸。但这些情况都没有动摇康熙帝统一台湾的决心。他表示，“台湾不可与琉球、高丽外国比”，回绝了郑氏的请求，同时命施琅度时机，再度进剿。为了避免总督、提督意见不合，相互牵制，清廷还根据施琅的多次请求，特准施琅单独领兵进攻台湾。
康熙二十二年（1683年）六月，施琅率军由铜山出发，进军澎湖。这时澎湖的刘国轩部已增兵至二万，战船二百余艘，而且在岸上和外布列了大炮和炮船，防御体系相当坚固。十六日，清军发起进攻，刘国轩迎战，双方各有伤亡。施琅首战不胜，只得暂时退兵，集全军船队于八罩屿。八罩屿一带潮大流急，一遇风暴则舟船难以保全。因此刘国轩听说施琅军集于八罩屿，认为可以“饮酒以观其败”。但接连几天都是风平浪静，刘国轩等以为天数所定，人心惶惑。二十二日，施琅再次发动进攻，派总后官陈蟒、董义等分别率船攻打牛心湾、基隆屿，作为偏师和疑兵，自己则率大船五十余艘居中直冲娘妈宫。刘国轩亲率船队迎战。双方自辰时开战，炮火交攻，极其激烈。至巳时，南风忽起，施琅命乘风放火，郑军于是大溃，战船大量被击沉焚毁，一些将士阵前投降，刘国轩仅率残余的31只大小船只自吼门逃走。澎湖36岛于是全部剃发归清。
郑成功军使用的炸药瓶澎湖的失陷引起台湾郑氏当局的极大恐慌。刘国轩逃回台湾后，与冯锡范、陈绳武等人密议以后的对策，冯锡范主张撤离台湾，迁往吕宋，而刘国轩则以为人心已经背，倡议归降清朝。闰六月，郑克派人至澎湖施琅军前，表示愿削发称臣，但请求仍居台湾，承祀祖先。施琅不准所请。郑氏集团途穷势蹙，最后只得修表乞降。七月十九日，施琅所派代表抵台湾，郑克率刘国轩、冯锡范等迎接。后三日，郑克下令全岛兵民遵制剃发。二十七日，郑克正式向清军递降表，并缴明延平王册印，台湾自此统一于清朝。
清廷全部赦免了郑克和以下文武官员，并安排郑克、刘国轩、冯锡范、陈永华等进京编入旗下，明朝后裔鲁王世子朱桓、泸溪王朱慈火广等及台湾其他官员安插在直隶、河南。郑克进京后被封为公爵；刘国轩则因率先倡议投诚，任为天津总兵官。在妥善安排归降人员的同时，施琅在台湾也采取了安民措施。八月十三日，施琅率军来到台湾，颁布《谕台湾安民告示》，提出“土地既入版图，则人民皆属赤子，保义抚绥，倍常加意”。又严束部队，不许扰民。为安定民心，施琅还亲往郑成功之庙焚香祭祀，称其为“开台烈祖”。台湾全局于是安定如常。
在平定台湾郑氏之后，清廷内部对于如何处置台湾这个岛屿发生过分歧。一部分人主张彻底放弃台湾，迁其人，弃其地，而以兵力驻防澎湖。施琅则力主坚守台湾。他的数次上疏陈述利害，认为台湾“虽为外岛，实关四省之要害”，具有巨大的军事意义；再则经多年开发，岛上已“人居稠密，户口繁息”，再进行大规模移民必定造成动荡不安、而荷兰人一直在垂涎台湾，一旦被其占据，必定酿成大祸。出于这些理由，施琅建议留守台湾，设兵一万驻防，官兵三年更换。
康熙帝极重视施琅的建议，先交议正王大臣审议，又向大学士李、王熙等咨询，议政王大臣和大学士李等都赞成施琅的方案。为慎重起见，康熙帝再命大学士同议政王大臣和九卿复议，仍然得到了肯定的回答。于是清廷最后做出决定，在台湾设置台湾府，隶属福建省，设巡道一员管辖，府辖三县，台湾、凤山、诸罗。设总兵官一员、副将二员，兵8000人，分为水陆八营。澎湖设副将一员，兵2000人，分为二营。康熙二十三年（1684年）春，清朝驻台湾的第一批文武官员全部就职。
水师提督施琅
施琅，字琢公，福建晋江人。起初为明总兵郑芝龙部下的左冲锋。顺治三年（1646年），清军平定福建，施琅跟随芝龙投降。随从大军去征讨广东，平定顺德、东莞、三水、新宁各县。郑芝龙归附京师，其子郑成功逃窜并占据了海岛，成功招施琅回去，施琅不肯听从。成功拘捕了施琅，同时囚禁了他的家属。施琅用计才得以逃脱，但父亲施大宣、弟弟施显及子侄都为成功所杀。十三年（1656年），施琅随从定远大将军世子济度在福州打败郑成功，清廷授他为同安副将。十六年（1659年），成功占据台湾后，清廷提升他为同安总兵。
康熙元年，施琅升为水师提督。这时郑成功已经去世，其子郑锦率众想入犯海澄，施琅派遣守备汪明等率领水军到海门抵御，斩杀了郑军将领林维，缴获了战船、军械。不多久，靖南王耿继茂、总督李率泰等攻克厦门，敌方震惊溃败，施琅招募荷兰国水兵，用夹板船前去拦腰攻击，斩首级一千多，再乘胜攻取浯屿、金门二岛。叙录战功，施琅加右都督。三年，加为靖海将军。
康熙七年，施琅秘密向清廷奏述郑锦在海上负隅顽抗，应该迅速去进攻他们。康熙召施琅到京师，亲自向他询问计谋策略，施琅说：“贼兵不满几万，战船不过几百，郑锦智勇全无。如果先攻取澎湖来掐住他们的咽喉，贼势立即会减损；如果他们再依仗地形险固顽抗，那么就派重兵停泊在台湾港口，然后另以奇兵分路袭击南路打狗港及北路文港海翁堀。敌兵分散力量就薄弱了，聚合则势态就穷蹙，台湾数着日子就可平定了。”这事下部讨论，没有按施琅的奏章去实行。因裁减水师提督，清廷授施琅为内大臣，隶属镶黄旗汉军。
康熙二十年（1681年），郑锦死，其子郑克塽年幼，将领中由刘国轩、冯锡范管事。清内阁学士李光地奏报台湾可以攻取的情况，因此向上推荐施琅，说他熟悉海上事务，康熙再次授施琅为福建水师提督，加太子少保，嘱咐他伺机发兵前去攻取。施琅到军中，上疏说：“贼船长久停泊在澎湖，全力固守着。冬春之际，飓风时有发生，我方战船难以迅速过洋。我现在训练教习水师，又派间谍去交通我以前的部属，使他们作为内应。待到风候适宜时进攻，可以获得全胜。”二十一年（1682年），给事中孙蕙上疏说应该缓征台湾。七月，有彗星出现，户部尚书梁清标再对此事发表意见，朝廷下诏暂缓进剿。施琅上疏说：“我已挑选水师精兵二万人、战船三百艘，足以攻破消灭海贼。请求催促督抚办理粮饷事，只要遇到对我们有利的风候，就可以发兵启行，同时请调陆路官兵协助进剿。”清廷下诏表示听从他的意见。
