史可法明白，此城即将被清兵攻陷，于是他抽出宝剑，准备以死殉国。当剑锋刚及颈项之时，被几个军官夺下。军官们搀扶着史可法向小东门遁去，准备从那里突围逃走。
可未等他们走多远，就被一群清兵包围。
史可法神色自若，对清兵说：“我是督师史可法。告诉豫王，请他来杀我好了！”
史可法被带到多铎面前。
多铎用一把腰刀指着五花大绑的史可法说：
“就因为你史可法顽抗，使我大清死了不少将士！今日被俘，你还有何话说？”
史可法面不改色，声如洪钟，说道：
“城存与存，城亡与亡。我头可断，而志不可屈！请杀我头好了！”
史可法这副大义凛然、视死如归的英雄气概，使多铎与清军兵将油然而生钦敬之情。多铎沉思有顷，感慨系之道：
“阁下是我所见明朝第一忠臣也！我大清正需要你这样的忠烈之士。你只要投降，我可保你高官厚禄……”
“你不是说了么，我既然为‘明朝第一忠臣’，当然不会降清；降清，也就不是‘明朝第一忠臣’，我史可法，临终能有‘第一忠臣’头衔，其愿已足矣！”
史可法多铎深知无法说动这个铁骨铮铮的汉子，遂一刀向史可法头颅挥去……民族英雄史可法英勇就义。
军民在史可法精神鼓舞下继续巷战，据说无一兵一卒投降。
清兵入城以后，烧杀十日，有八十万军民被屠杀，遍地尸体，血流成渠，惨不忍睹！
扬州失陷，南明小朝廷也随之灭亡了。
豫亲王多铎事后在其腰刀柄上，镌刻了八个大字：“此刀曾杀第一忠臣。”
清军攻陷南京后，又分兵向江南、东南、西南围剿反清复明义军。
清军入关后，在北方圈地引发了无数次反清斗争，清军所颁发的剃头令“留头不留发，留发不留头”又在江南激起万民愤怒，反清复明的斗争，此起彼伏。
在江州，以阎应元、陈明遇为首反清义军与清军血战81天，杀死清军3名王爷、18名大将、六七万士兵，重创南下的清军，最后城破，青壮年全部战死，余者又遭清军屠杀，全城仅剩老少53口。
侯峒曾、黄淳耀领导的嘉定抗清义军，声势更大，给前去攻打的清军迎头痛击，使清军一败罗店，再败仓桥，损兵折将，狼狈逃回。降清明将李成栋，在六月底、七月初再次纠集大批清军卷土重来，把嘉定围得水泄不通，七月四日清军趁滂沱大雨，攻破嘉定城，侯峒曾及全体将士全部殉国。
继侯峒曾之后，嘉定又欣起朱英、吴之蕃的反清斗争，沉重打击了南下的清军，使清军十分恼火，攻下一次屠杀一次，嘉定被清军屠城三次，造成历史有名的“嘉定三屠”。
当权误国的马士英
马士英，贵阳人。万历四十四年，与怀宁人阮大铖一同通过会试。又过了三年，马士英成了进士，授官南京户部主事。天启年间，迁官郎中，历任严州、河南、大同的知府。崇祯三年（1630年），迁官山西阳和道副使。五年，擢升为右佥都御史，巡抚宣化府。到任只有一个月，他便用公文提取公款数千两黄金，赠送给朝中显费，结果为镇守宣化的太监王坤所揭发，坐罪流放戍边。不久，他就流寓南京。当时阮大铖列名于逆案之中，丢官后一直未被起用，因为逃避起义军而来到南京，与马士英相交，甚是投合。
阮大铖机敏奸猾，有文才。天启初年，由行人升为给事中，因居丧而告归。同县的左光斗提任御史，有名声，阮大铖倚为靠山。天启四年（1631年）春，吏科都给事中空缺，阮大铖按次序该迁此官，左光斗就招他回朝。而赵南星、高攀龙、杨涟等认为，阮大铖轻狂浮躁，不可信任，想任用魏大中。阮大铖到京，让他补工科。阮大铖心中恼恨，便暗自勾结太监把推荐魏大中的奏疏压下。吏部不得已，只好改上阮大铖的名字，很快得到批准。从此阮大铖就依附魏忠贤，与霍维华、杨维垣、倪文焕为生死之交，造《百官图》，通过倪文焕呈交给魏忠贤。但他害怕东林党人攻击自己，未过一月，突然请假急忙告归。于是魏大中又掌管了吏科给事中。阮大铖气坏了，私下对亲近的人说：“我还能安然归乡，不知他姓左的要怎么样呢！”不久，杨涟、左光斗诸人都下狱而死，阮大铖对客人还诩诩然自夸先知。不久，他被召为太常少卿，来至都城，奉事魏忠贤极为恭谨，但又暗自盘算他不足以仗恃，每次进谒魏忠贤，都贿赂看门人不少钱，把自己投进的各刺要回来。过了几个月，他又请求归家。魏忠贤既已被诛死，阮大铖写好两篇奏疏，装上函套，驰马寄送杨维垣。其一专门弹劾崔呈秀和魏忠贤，其一以“七年合算”为根据，说天启四年以后乱政的是魏忠贤，而以崔呈秀为辅，天启四年以前乱政的是王安，而以东林党为辅。他传话给杨维垣：如果时局大变，就呈上弹劾崔魏的奏疏，倘若时局未定，就呈上“七年合算”的奏疏。恰好杨维垣正在把东林与崔魏同指为邪党，与编修倪元璐相攻诋，收到阮大铖的奏疏，喜出望外，便呈上“合算”疏以自助。崇祯元年，起用阮大铖为光禄卿。御史毛羽健弹劾他党同奸邪，罢免。明年定逆党之案，判徒刑，赎为民，整个崇祯这一代，他被废斥了17年，郁郁不得志。
起义军逼近皖省，阮大铖避居于南京，极力招纳游侠之客为他谈兵说剑，希图能以边帅之才被招用。无锡人顾杲、吴县人杨廷枢、芜湖人沈士柱、余姚人黄宗义、鄞县人万泰，都是复社中的名士，正在南京聚会讲学。他们恨透了阮大铖，便写下《留都防乱揭》驱逐他。阮大铖害怕了，便闭门谢客，只与马士英深相勾结。周延儒被朝廷召用为相，阮大铖用车辇送金钱，拦邀于扬州，请求甄清自己的罪名而起用。周延儒道：“我这次进京，是东林党推举的，你的名字在逆案之中，我能办到吗？”阮大铖沉吟了好久，道：“马瑶草可以吧？”瑶草，是马士英的别字，周延儒答应了。崇祯十五年六月，凤阳总督高斗光因丢失五城而被捕治罪，礼部侍郎王锡衮荐举马士英有才干，周延儒从中作主，于是起用马士英为兵部右侍郎兼右佥都御史，总督庐州、凤阳等处军务。
顶子永城人刘超，天启年间以征讨安邦彦之功，累官至四川遵义总兵官，因犯罪而免职，屡次营求恢复官职而未成。李自成包围开封，刘超请求招募土寇协助讨击，便被起用为保定总兵官。命他率兵赴开封救援。刘超畏惮不敢启行，留宿在家中，因私仇而杀死御史魏景琦等三家，于是占领县城而造反。巡抚王汉征讨他，结果被杀。崇祯便命马士英偕同太监卢九德、河南总兵官陈永福进讨。次年四月，包围永城，接连交战，屡次挫败贼兵，便修筑长围来封锁。刘超任官贵州时，与马士英相识，便凭借旧交情求降。马士英假装应许。刘超出城相见，不肯解去佩刀。马士英笑道：“你既然归顺朝廷，还用它干什么？”亲手解下他的佩刀。然后悄悄疏散了刘超的亲信，刘超于是被擒。献俘于朝廷，碎磔而死。当时起义军充斥各地，马士英捍御起义军，屡次建功。
崇祯十七年三月，京师沦陷，起义军自杀。南京诸大臣闻知事变，急忙议论确立君主。而福王朱由崧、潞王朱常淓都因为避起义军到了淮安，按照亲属顺序，应该立福王。诸大臣顾虑如果福王为帝，可能要追怨“妖书”、“梃击”、“移宫”等案明神宗宠幸郑贵妃，屡次要废掉太子，立郑贵妃之子福王朱常洵为继嗣，于是当时朝廷与皇帝、郑氏之间发生所谓“争国本”的争议，其间出现了几件“大案”，都是与太子、福王有关的。万历三十一年十一月，北京一夜之间洒遍一篇叫《续忧危议》的短文，大意是神宗虽然立了太子，但官属不备，其实准备日后更换，而朝廷中不少大臣则准备在福王登极后靖难勤王。这就是所谓“妖书”。神宗大怒，借机成狱，逮治支持太子的朝臣。万历四十三年，有张差者持棍闯入太子宫，打伤太监，当时人怀疑出于郑贵妃指使，意图谋杀太子。后以处死张差为结。此为“梃击案”。万历四十八年，神宗死，太子即位，为光宗，即位一月，因病服鸿胪寺丞李可灼所进红丸，遂死。时人疑为郑贵妃指使下毒。此为“红丸案”。廷臣担心光宗的选侍李民操纵国政，迫令迁出正宫。此为“移宫案”。“争国本”斗争的结果是福王朱常洵回到封地，始终未能做成皇帝，而于崇祯十四年李自成攻破洛阳时被杀。福王朱由崧即朱常洵之子；如果立潞王为帝，则没有后患，而且可以邀功。暗自主张这种意见的，是已被废免的礼部侍郎钱谦益，极力坚持此议的，是兵部侍郎吕大器，而右都御史张慎言、詹事姜曰广都赞成。前山东按察使佥事雷纟寅祚、礼部员外部周镳，则往来游说。当时马士英督师于庐州、凤阳，独独表示不同意，暗自与操江都督诚意伯刘孔昭，总兵高杰、刘泽清、黄得功、刘良佐等人勾结，而公开写信给参赞机务兵部尚书史可法，说按照伦常次序，论亲论贤，都不如福王。史可法主意未定。及至廷臣集议，吏科给事中李沾揣摸马士英的意图，当面反对吕大器。马士英也从庐、凤拥兵迎接福王于长江之上，诸大臣这才不敢说话。福王的被立，是靠马士英的力量。
福王监国，廷议推举入阁大臣，刘孔昭攘臂而争，想要入阁。史可法驳斥他，说没有勋臣入阁的先例。刘孔昭便争道：“我不可以，马士英有什么不可以？”于是提升马士英为东阁大学士兼兵部尚书、都察院右副都御史，与史可法及户部尚书高弘图同为阁臣，但他仍督师于凤阳。马士英大怒，命高杰、刘泽清等上疏促使史可法督师淮扬，而让马士英留在南京辅政，仍然掌管兵部，权震中外。不久，论定策立福王之功，加马士英太子太师，荫子锦衣卫指挥佥事。九月，叙马士英历年在江北的战功，加少傅兼太子太师、建极殿大学士，荫子如前。十二月，位进少师。次年，进太保。在那个时候，中原的郡县全部丢失，高杰死于睢州，诸镇军帅权力相侔，无有统帅。左良玉拥兵于长江上流，跋扈飞扬有不轨之志。而马士英为人贪鄙，没有远略，再加上引用阮大铖，每日只搞报复，招权纳贿，直到灭亡。
开初，史可法、高弘图及姜曰广、张慎言等，都以德望资历在相位，准备逐次引用海内名士，而马士英偏要起用阮大铖不可。有诏令广泛搜罗人材，特别提到不可再轻易提起魏忠贤逆案的事。马士英命刘孔昭及侯爵汤国祚、伯爵赵之龙等攻讦张慎言，逼他去朝，而举荐阮大铖懂军事。开初，阮大铖在南京，与守备太监韩赞周亲昵。京师陷落，太监们全往南逃，阮大铖通过韩赞周与他们广泛结交，对这些阉人们讲当年东林党如何反对郑贵妃与福王朱常洵，让他们详细地说给福王朱由崧，以此来倾覆史可法等人。群阉更是对福王极口称赞阮大铖的才能，马士英也说阮大铖从山中给他写信，拥立福王有他一份功劳，还为他辩白说依附魏忠贤的事查无实据。于是便命阮大铖冠带陛见。阮大铖便呈上守卫长江的方略，陈述“三要、两合、十四隙”的奏疏，并辩解自己孤忠被陷害，痛诋孙慎行、魏大中、左光斗，并指斥魏大中为大逆不道。正当此时，大尝士姜曰广、侍郎吕大器、怀远侯常延龄等一起上疏说阮大铖为叛逆案的罪魁，不可招用。马士英为阮大铖上奏辩白，极力攻讦姜曰广、吕大器，极力网罗宗室朱统钅类、建安王朱统镂之辈，接连上疏攻讦。但他认为高弘图担任御史时曾诋斥过东林党，所以必然站在自己一边，便说“弘图一向是了解臣的”。高弘图则正言先帝钦定逆案一书，不可擅自更改。马士英与他争论，高弘图便请求罢官。马士英的图谋稍受挫折，迟回一个多月，用安远侯柳祚昌之荐，由福王颁旨起用阮大铖为兵部添注右侍郎。左都御史刘宗周上言：“杀害魏大中的是逆魏忠贤，阮大铖则是其主使者。即使他的才能果然可用，臣仍然顾虑他的党邪害正之才，终究要危害世道。阮大铖的进退，确实关系着江左的兴亡，请求放弃成命。”福王降旨切责刘宗周。未过多久，阮大铖兼右佥都御史，巡阅江防。不久又转兵部左侍郎。明年二月，进兵部尚书兼右副都御史，仍巡阅江防。
青釉印花四系壶吕大器、姜曰广、刘宗周、高弘图、徐石麒都与马士英龃龉不合，先后罢官而归。马士英独揽大权，内倚宦官田成等辈，外结勋臣刘孔昭、朱国弼、柳祚昌，镇将刘泽清、刘良佐等，而一切全听阮大铖的主意。逆案中的杨维垣、虞廷陛、郭如、周昌晋、虞大复、徐复阳、陈以瑞、吴孔嘉全部被起用；已经死的全部予以赠恤，而与张捷、唐世济等同样对待；象张孙振、袁弘勋、刘光斗这些得罪于先朝的，又把他们安排为言官以做爪牙。朝政浊乱，贿赂公行。四方的警报接连而至，马士英身掌中枢，毫无筹画，每日专以诛锄正士、拉拢凶党为要务。
