七月初五，朱棣正式誓师起兵。他援引朱元璋“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君臣之恶”的训示，以周公自居，宣布齐泰、黄子澄为奸臣，起兵是为了诛杀齐、黄。但同时，他去掉了建文年号，改用洪武年号，摆出争夺天下的姿态。因朱棣称自己的军队为“靖难”之师，史书把叔侄争夺天下的这场战争称为“靖难之役”。也许是受了黄子澄等人的影响，他以为燕兵成不了大事，因而每天与翰林官方孝孺等人讨论周朝制度，试图以文治天下，并没有把军事放在心上。后来，连黄子澄都看出了形势的危机，指出，北兵素来强悍，不早作防御，怕黄河以北要保不住了，他这才匆忙任命长兴侯耿炳文为大将军，率师北伐。
与朱允相比，朱棣对这场战争的态度要认真得多。每次军事行动，他都亲自策划，亲自领兵作战，而且善于用将，使之各尽所能，北平城内稳定以后，朱棣立刻派兵攻占了通州、蓟州、密云、遵化、怀来、永平等处，并控制了北平最重要的关隘居庸关，解除了腹背受敌的不利局面。有一段小插曲：攻取怀来时，都督宋忠对守城将士说，他们在北平的家人都被燕兵杀害，尸骨积满道路，想以此激励他们死守城池。他没有料到，攻城的先锋队伍正是怀来将士的家人。这是朱棣的巧妙安排。一时间，战场上父子兄弟相呼，官军哪里还有心思厮杀，怀来很快被燕兵攻陷。由此可以看出，朱棣确实很有谋略。
官军与燕军的第一场真正大战发生在北直隶真定（今属河北）。官军主帅耿炳文，早年是一员骁将，被朱元璋列为一等功臣。但他当时已65岁，而且受到朝廷中普遍存在的以老大自居的思想熏染，不以燕军为意。朝廷召集的军队号称30万，实际只有10余万，军中缺少多谋之士和善战之将。这些因素对官军都是不利的。中秋之夜，燕军利用官军饮酒不备的机会，攻占雄县；又伏兵打援，消灭了鄚州援兵。得知两处失利的消息，耿炳文把所属军队汇合一处。两军会战于真定城外。张玉、朱能等率兵从正面进攻，朱棣亲率奇兵从背后夹击，官军大败，死者众多，耿炳文退入城内固守，不敢出战。这一仗，燕军在数量上处于劣势，但却获得全胜。朝廷大为震动，主帅易人，黄子澄推荐李景隆总领平燕大军。
李景隆是开国功臣李文忠的长子，19岁承袭曹国公，相貌出众，但并没有带兵打过仗。属下官兵有50万，与燕军相恃了10个月，互有攻守。建文二年四月，他和另外两支官军合于真定，计有60万，号称百万，准备决战。官军如此庞大，加上有几员猛将，像先锋平安、副总兵瞿能，还准备了火器，埋藏地下，杀伤力很强，所以占了上风。交战中，燕军凭借朱棣的镇定指挥，诸将的顽强抵抗，特别是朱高煦的拼命冲杀，双方相持不下。这时突然刮起大风，官军混乱，瞿能父子被杀，平安也被朱能打败。燕军乘机纵火，官军全军溃败，李景隆单骑奔走德州。燕军乘胜攻德州，他又弃城而逃，投奔济南。
从局部来看，官军不乏有才干的指挥者。守济南的山东参政铁铉和参将盛庸合力固守，竟使燕军久攻该城不下。铁铉用诈降计，朱棣受骗入城，险些被城门上的铁板轧死。他疾驰逃脱，怒不可遏，命令用炮轰城。铁铉又在城上悬挂朱元璋的神牌，使燕军投鼠忌器，不敢使用火器。就这样坚持了3个月之久，朱棣只好回师北平。朱允立即升铁铉为兵部尚书，封盛庸为历城侯，命他从李景隆手上接过指挥权。忧心忡忡的皇帝把希望寄托在这两个人身上。
盛庸、铁铉与燕军对阵，有出色的战绩。建文二年十二月，双方战于东昌。军官简选精锐，背城而战。朱棣大概为以前的胜利所陶醉，犯了轻敌的错误。他率轻骑冲入了官军左翼，被围数重，冲击不出。朱棣死里逃生，有赖于朱允的一道死命令，他怕背上杀害叔王的恶名，不许伤害朱棣。这样，朱能才可能像长坂坡救主的赵子龙一样，奋力杀开血路，保朱棣突围。张玉在此役中阵亡，燕军损失惨重。
这以后，两军互有胜负。从总的趋势看，东昌大捷不足以抵销耿炳文、李景隆两次惨败的影响。官军在数量上的优势已不那么明显，惧怕燕军的心理负担越来越重。
为瓦解燕军，朱允发动和平攻势，将齐泰、黄子澄逐出朝廷，希望在这种恣态下与燕王罢兵。这样做，既可在政治上取得主动，又可使齐、黄等坚决的保皇派官员募师勤王，备战于外。谁知效果不理想。派去的使臣说，燕王语直而意诚，连朱允也怀疑是否“曲在朝廷，齐、黄误我”，在思想上造成了混乱。后来还有割地之议，被朱棣斥为缓兵计。
建文三年十二月，燕王朱棣从北平出发，挥师南下。其军从馆陶过黄河，取徐州；渡淮河后，置淮安、凤阳于不顾，直下扬州，大战长江；第二年六月，兵临南京金川门。谷王朱橞和李景隆开城迎降。当天宫中大火，朱允不知所终。一说他在大火中烧死；一说他从事先准备好的地道出逃，跑到西南当了和尚，从永乐到正统几十年间，踪迹均有纪录，最后被迎入宫内，病老而死。朱棣则称辨认出朱允的尸骨残骸，还十分感慨地说了一番“小子无知”的话，按照天子的礼仪把他埋葬。他自己当了皇帝，改年号为永乐。明代皇帝中，只有他有两个庙号，始定太宗，后改成祖。
迁都北京
明朝初建。定都应天府，它是封建王朝在此地区建立都城的开始。此前，所有建都这里的王朝均带有偏安的性质。朱元璋之所以定都于此，主要出于经济原因。应天地近江、浙富庶之地，是全国经济重心所在；同时又有万里长江横卧其侧，是水陆交通四通八达，是全国主要的丝织品和盐业的集散地；更有吴王夫差时的宫阙基础，无须动用多少民力便可建都。同时，其部下亦多江淮子弟，地道的南方人，均热恋故土，乐于安居此地。因此在此地他有人民基础。但从对付主要敌人——蒙古贵族残余势力“北元”复辟危险来说，应天则是偏安江左，距离北方边疆太远，调兵指挥，均有鞭长莫及之虞。因此，他长期一来对定都问题犹豫不决。曾多次征询群臣意见，当时就有长安、洛阳、汴梁、平北等诸多见意和方案。朱元璋曾逐个地进行过考虑和比较，觉得都有其合理之处，但又都失之于片面：汴梁位置适中，原为北宋旧京，漕运方便，但却无险可守，易于四面受敌，其城又低于黄河水面，时有水灾威胁；长安、洛阳却曾是几代都城，但又久罹兵火，损坏惨重，要重新建城必耗资巨大，颇费百姓供亿；北平虽有元代城池宫阙，然要定都，也还须经过一番改造，尤其刚为亡元之都，也觉不大吉利。明太祖也曾想定都濠州以为中都，并在洪武二年至八年（1369—1375年）间一度动工修建了城池宫阙，但因耗费甚巨，人民苦不堪言，曾经暴发了工匠的反抗起义；加之刘基等人的坚决反对，不得不停下来。直至洪武十一年（1378年）才终于以应天府地势伏越，虎踞龙盘，有长江天堑，且地近江南财赋之源，正式定应天府为“京师”。京师虽定，但为了防御蒙古，加深北部边防，明太祖仍未放弃迁都西北的打算。洪武二十四年（1391年），他继续派太子朱标“代天子”巡视洛阳和长安。朱标回朝后，献上绘制的关、洛地图，并提出己见。可惜不久，朱标突然病逝。朱元璋极度悲伤，加之年事已高，再也无力过问迁都之事。不过，他为对付北元残余势力的威胁，还是做了一定的安排。主要是在封藩诸子时，有意地分为前方、后方两部分，以北方沿长城线为前沿，封辽王植、宁王权、燕王棣、谷王、晋王、代王桂、秦王等，分驻广宁、大宁、北平、宣化、太原、大同、长安等处，并配以重兵，广建卫所，给予制诸卫的兵权，他们凭借长城险隘，建立起了一系列的军事据点，其主要任务就是防御蒙古贵族的南下，故又称“塞王”。建文元年（1399年），经过长达四年之久的“靖难之役”，朱棣终于击败建文，攻占京师，夺取皇位，是为明成祖，年号永乐。明成祖为防止出现第二次，又大力推行削藩政策，先后对原封诸王削的削，迁的迁，废的废。比如迁宁王于南昌，迁谷王于长沙，使他们再也无力同中央抗衡。但是，削藩却使北方边防陷于空虚。为充实北部边防，真正防御蒙古贵族的南侵，解决鞭长莫及的问题，进而有力地控制北方和东北地区，维护全国的统一安定，在永乐元年（1403年），朱棣即采纳礼部尚书李至刚的建议——迁都北平。首先下诏，升北平为北京，暂称“行在”，由皇太子主持。改北平府为顺天府；相应的原京师改称南京，正式实现了明太祖主张的南、北两京之制。他所以要迁都北京，主观原因是由于此地是其亲自经营多年的根据地，是所谓“龙兴之地”；而客观上则由于北平“左环沧海，右拥太行，南襟河济，北枕居庸”，“关口不下百十”，会通漕运便利，天津又通海运”的优越环境条件。为此，于永乐四年（1406年）闰七月，命工部尚书宋礼等分各赴各地督民采木，烧砖造瓦，并征集各地工匠、军士、民丁，准备“明年五月建北京宫殿”。但由于“靖难”之役对北京的建筑破坏较重，加之对越南和蒙古瓦剌部的连年反击战，以及为徐皇后营建昌平的长陵，使北京城池宫殿的建造推迟了十几年。永乐十四年（1416年）八月，先做西宫，“为祝朝之所”。八个月后，西宫建成，为营建全部宫殿腾出了地方。十一月，经过群臣商议决定，次年六月全面施工。“凡庙社、郊祀、坛场、宫殿、门阙，规制悉如南京”。主要分为京城、皇城和宫城三重。京城也称内城，基本上取用元大都城旧址，北墙南移五里，至今德胜门、安定门一线，南墙则由今长安街南推到今前三门处，东西城墙则由元大都的土城墙包砖而成。内城共有九门：南有崇文、正阳、宣武，北有德胜、安定，东有东直、朝阳，西有西直、阜成。皇城在内城中央，共有六门，东有东安，西为西安，北为北安，广场南端为大明门，承天门左为长安左门，右为长安右门。宫城又称紫禁城，是北京城的中心。永乐四年始建，永乐十八年（1420年）基本峻工，也把元大内旧址稍往南移。城周长六里，城墙高十米，南北长960米，东西宽760米。共有四门，南为午门，北为玄武门，东为东华门，西为西华门。紫禁城内分两部门，前朝有奉天、华盖、谨身三大殿，为皇帝召见百官议事的地方。从乾清门往北为内廷三大殿，即乾清宫、交泰殿、坤宁宫，是皇帝、皇后居住的地方。两侧为东、西六宫，是妃嫔们居住的地方。整个北京城的建筑，围绕纵贯南北的一条中轴线建成。其主要建筑均在中轴线上，由南往北有正阳门、承天门、端门、午门、奉天门、奉天殿、华盖殿、谨身殿、乾清门、乾清宫、交泰殿、坤宁宫、御花园、钦安殿、玄武门；后有景山、地安门、鼓楼等。并按“左祖右社”的传统规制，在宫城左边建太庙，祭礼祖先；右边建社稷坛，祭祀土地神和五谷神。南有天坛，北有地坛，东有日坛，西有月坛，分祭天地日月。总之，其建筑特点是南北相望，东西对称。整个工程动用了数十万工匠和上百万民工，经过三年半的艰苦努力，于永乐十八年（1420年）十二月，北京宫殿终于落成。永乐十九年（1421年）正式迁都北京。南京、北京并称两直隶。从而大大加强了北方的军事力量，对于确保北部边境的安宁，巩固多民族国家的统一，具有积极的意义。
改土归流
自古以来，在我国云南、贵州、四川和两广地区，就分别聚居着苗、瑶、彝、壮等少数民族。它们之间，社会发展水平很不平衡，生产力水平都比较落后。自元朝起，政府开始在这里设立了土司制度，以进行管理。土司制度，包括土司和土官两种。土司，是属军事系统管辖的，如宣慰司、宣抚司、安抚司、招讨司和长官使司等，其长官分别为宣慰使、宣抚使、安抚使、招讨使等，这些官职均由各该少数民族的头人担任。他们名义上接受了中央皇帝的封爵；但实际上仍是割据一方的独立王国。其统治者世袭相承，统治方式极其残酷和落后。土官，则是属行政系统管辖的，是按照汉族地区的行政制度，设立府、州、县等各级政权机构。其长官则分别为土知府、土知州和土知县等，也均由中央皇帝委任各该少数民族的头人分别担任。其所做所为，实际上同土司无异。这种土司制度，是在当地经济、文化还相当落后，社会发展水平十分低下，中央皇朝在军事征服或政治臣服后，又一时无力改变其原有制度的情况下，而实行的一种权宜之策。但随着全国和当地社会经济文化的发展，这种土司土官制度，便日益暴露出其消极、保守和落后性等弊端。它既妨碍着本民族地区经济文化的继续发展，又阻碍了统一多民族国家的发展和巩固。特别是，这些世袭的土司土官有很强的独立性，不是相互争夺地盘，便是联手对抗中央，甚至不断发动战争搞割据叛乱。这直接影响了国家的统一扰乱了明王朝的统治秩序。
