由毛贵率领的东路军在至正十八年攻克济南，占领山东大部分地区，并在那里立宾兴院，选用故官姬宗周等分守诸路，又于莱州立360屯田，每屯相距30里，造挽运大车百辆，凡官民田十收二分，还释放无辜被掠人员，从而使山东成为义军巩固的根据地，随后毛贵又挥师进入河北，同年三月克蓟州，前锋到达离大都不过百多里的枣林（北京通县西南）和柳林等地。在大都的蒙古贵族十分惊骇，纷纷建议北逃。但由于义军长途奔袭，孤军深入，在元朝精锐部队的阻击下，不得不撤回济南。关先生、破头潘率领的中路红巾军，进展也很迅速。他们在攻占怀庆后，派偏师出击绛州牵制元军，主力部队则直指潞州。至正十八年四月攻下辽州（山西省昔阳县），接着又攻下冀宁路。九月攻保定，为元军所阻，遂转而攻下大同、兴和等地。到十二月，攻取元上都，焚宫阙，略辽阳，入高丽，沉重打击了蒙古贵族的腐朽统治。西路军在陕西一度受阻，至正十八年进入四川，余部又攻占了甘肃、宁夏等地。但由于义军各自为政，流动性大，孤军远征，相互间派系斗争激烈，终于被元军各个击败。在北伐各路军败退的同时，元朝地主武装察罕帖木儿部攻下了汴梁，韩林儿、刘福通撤退到安丰。至正二十三年张士诚派大将吕珍乘机围安丰，刘福通派人向朱元璋求援。援军还未到，刘福通已被吕珍杀害。朱元璋解安丰围后，迎小明王韩林儿到滁州居住。至正二十六年十二月，朱元璋派大将廖永忠迎接韩林儿到应天，在瓜步（江苏六合东南）渡江时沉船，韩林儿淹死江中，以龙凤纪年的大宋政权至此结束了。
刘福通、韩林儿领导的红巾军及其所建龙凤政权虽然失败了，但在反元斗争中，前后13年，大小数百战，给予元统治者以致命的打击，而且牵制了元军对江南的镇压力量，从根本上动摇了元朝的统治，为朱元璋北伐灭元扫清了障碍，历史功绩是巨大的。
天完政权
元至正十一年（1351年）五月，刘福通在颍州发动起义成功后，南方白莲教僧人彭莹玉及其门徒受到极大的鼓舞。这年夏天，彭莹玉与其门徒赵普胜等在巢湖发动起义。八月，麻城铁工邹普胜、罗田布贩徐寿辉等也在蕲水起兵反元。他们宣扬“弥勒佛下生，当为世主”，并推徐寿辉为首领，以红巾为号。不久，红巾军政克蕲水，后又攻克黄州路，打败元威顺王宽彻不花。十月，徐寿辉称帝，邹普胜为太师，国号天完，改元治平，以蕲水为都，建立了政权，设中书省及六部。其军制分为百户、千户、万户、总管、统军元帅等职，并有管军万户符，管军总管府，统军元帅府等管军机构。天完政权建立后，南方各地的弥勒教教徒纷纷响应，接受徐寿辉、彭莹玉的领导。
元至正十二年（1352年）正月，这支红巾军分兵四出，先后攻占湖广、江西、福建的许多地区，其中彭莹玉率领的义军东去江州，至安徽，抵浙江，又折回浙西、安徽、江西，转战数千里，影响甚广。所经之地，打击官僚、豪富、赈济贫民，受到了广大贫苦农民的拥护，他们提出“摧富益贫”的口号，他们要用武力去实现要求社会平均的主张，具有很广泛的号召力。
元至正十三年（1353年）十二月，元朝政府派江浙行省平章政事卜颜帖木儿、南台御史中丞蛮子海牙及四川行省参知政事哈临秃、左丞秃失里、西宁王牙罕沙，合军讨伐徐寿辉于蕲水，寿辉兵败，被迫循入黄梅山及沔阳湖中。彭莹玉也在瑞州的战斗中牺牲。拥有百万之众的巢湖水师被迫退守巢湖。
元至正十五年（1355年）正月，南方红巾军利用元军在高邮大败的机会，乘机收降了一部分元军，壮大了自己的队伍。渔民出身的天完将领倪文俊率领红巾军重新占领汉阳，第二年正月倪文俊以汉阳为天完政权的新都，自己任丞相，改元太平。至正十七年（1357年）九月，倪文俊准备谋杀徐寿辉篡位失败以后，自汉阳逃奔黄州，被部将陈友谅杀死。陈友谅夺得军权后，把进攻重点放在东南。至正十八年（1358年）正月，与巢湖水师赵普胜攻克安庆，又连克江西、福建许多地区。陈友谅为篡夺天完帝位，于第二年九月先杀赵普胜，十二月又逼徐寿辉迁都江州。与此同时陈友谅暗伏兵马于城西门外，待徐寿辉一进入，即关上城门，门外伏兵四起，尽杀其部属。随后，以汇州为新都，奉寿辉为主，友谅自称为汉王，置官属。自此一切大权尽归陈友谅，寿辉仅居虚位而已。至正二十年（1360年）五月，陈友谅挟持着徐寿辉东下，攻克太平，以后杀害徐寿辉。陈友谅自称皇帝，国号大汉，改元大义。随后出兵集庆，企图一举消灭朱元璋，却在龙湾中伏，大败而归。
陈友谅杀害徐寿辉标志着天完政权的失败。此后，将士离心，陇蜀省右丞明玉珍出走四川，在重庆称陇蜀王，脱离陈友谅独立。至正二十一年（1361年）三月建国大夏，改元天统，自称皇帝，占据全蜀。天完政权的其他将领，有的据城自守，有的投奔了朱元璋。
陈友谅和张士诚
陈友谅是沔阳的一个渔夫的儿子，他本来姓谢，祖父招赘在陈家，因而随着姓陈。年少时念过书稍微懂些文理。有一个会看风水的人观察他家祖先的坟地，说“据风水的模式定当大贵”，陈友谅心里暗自高兴。曾经在县里当小吏，他不喜欢干。徐寿辉的军队起事，陈友谅去投奔他，在他的部将倪文俊那里当掌簿书的佐吏。
徐寿辉，罗田人，又名真一。以贩卖布匹为业。元朝末年盗贼蜂起，袁州的和尚彭莹玉用妖术和麻城的邹普胜聚众起事，以红巾为标记。他们因徐寿辉长相奇特，就推举他为首领。至正十一年（1351年）九月攻陷蕲水和黄州路，打败元朝的威顺王宽彻不花。于是就以蕲水为都城，立徐寿辉为皇帝，国号“天完”，建年号“治平”，以邹普胜为太师。没有多久，攻陷饶州、信州。次年（1352年）分兵四处出击，接连攻陷湖广、江西的诸多州县。接着又攻破昱岭关，攻下杭州。别将赵普胜等人攻破太平各路。声势大振。但是，徐寿辉没有远大的抱负，所得之地不能守住，第二年（1353年）被元军击败，徐寿辉逃脱。不久又兴盛起来，把都城迁到汉阳，被他的丞相倪文俊所控制。
至正十七年（1357年）九月，倪文俊图谋杀害徐寿辉，没成功，逃往黄州。当时陈友谅隶属于倪文俊，多次立下战功，当上了领兵元帅，就找了个机会杀死倪文俊，吞并了他的部队，自封宣慰使，不久称平章政事。次年（1358年），攻陷安庆，又攻破龙兴、瑞州，分兵攻取邵武、吉安。陈友谅本人率军攻入抚州。不久，又攻破建昌、赣州、汀州、信州、衢州。其时，长江以南只有陈友谅的兵力最强大。朱元璋攻下了太平，和陈友谅相比邻。陈友谅攻陷元朝的池州，朱元璋派遣常遇春攻取了池州，从此多次相互攻击。
有个赵普胜，本是一员猛将，绰号“双刀赵”。当初，他和俞通海等人驻扎在巢湖，一起归顺朱元璋，后又叛离归降徐寿辉。在这时为陈友谅防守安庆，多次领兵争夺池州、太平，在疆界处来回骚扰。朱元璋为此忧虑，以利引诱赵普胜的门客，让他潜入陈友谅的军中离间赵普胜。赵普胜没有发觉，见到陈友谅派来的人就夸说自己的功劳，恼怒地表露出对陈友谅有恩德的神色。陈友谅怀恨在心，怀疑他对自己有二心，以会师为名，从江州突然来到赵普胜处。赵普胜用烧羊在雁汊迎接陈友谅，刚登上船，陈友谅马上杀死赵普胜，吞并了他的部队。于是就用轻装快速的部队袭击池州，被徐达等人击败，军队全部覆没。
当初，陈友谅攻破龙兴，徐寿辉想把都城迁移到这里，陈友谅不同意。没有多久，徐寿辉突然从汉阳出发，停留在江州。江州是陈友谅驻扎的地方，他在城外埋伏下军队，迎接徐寿辉进城，随即紧闭城门，把徐寿辉带来的部队全部杀害。随即以江州为都城，事奉徐寿辉驻节在此地，而自称“汉王”，设置王府属下的官吏。于是陈友谅挟持徐寿辉东下，攻打太平，太平城坚固，攻打不下来，就率领大船停泊在太平城的西南。士兵们沿着船尾攀缘城上的矮墙登上了城，于是攻下太平。陈友谅心气更加骄纵。他进驻采石矶后，派遣部下将领表面上到徐寿辉面前禀告事情，暗中命令壮士带着铁锤击碎徐寿辉的脑袋。徐寿辉死了以后，陈友谅以采石的五通庙为行宫，即皇帝位，国号“汉”，改年号“大义”，太师邹普胜以下都继续担任原来的官职。登基时正好遇上刮大风下大雨，百官依次排列在沙岸上祝贺，未能完成规定的礼仪。
陈友谅性强劲而好猜疑，爱用权术驾驭部下。他称帝后，完全占有江西、湖广的地方，依仗自己兵力强盛，想向东取得应天。朱元璋担心陈友谅和张士诚联合，就设计叫陈友谅的老朋友康茂才写信引诱他，让他快来。陈友谅果然带领水军东下，到达江东桥，呼唤康茂才，无人答应，才知道被欺骗了。在龙湾与朱元璋的军队交战，大败。潮水下落，船只搁浅，死的人不计其数，丧失战船几百艘，陈友谅等人乘小船逃走。张德胜追击到慈湖，又打败陈友谅，烧毁了他的船。冯国胜率五翼军迫近他，陈友谅出黑旗军迎战，又大败。于是陈友谅丢弃太平，逃往江州。朱元璋的军队乘胜攻取安庆，陈友谅的部下将领于光、欧普祥都投降。第二年（1361年），陈友谅派兵再次攻陷安庆。朱元璋亲自领兵征讨他，又收复了安庆，长驱直入到达江州。陈友谅战败，夜里带着妻子儿女逃往武昌。他的将领吴宏献出饶州投降，王溥献出建昌投降，胡廷瑞献出龙兴投降。
陈友谅愤恨疆土一天比一天缩小，就大规模营造楼船几百艘，都高数丈，涂上红漆，每艘船三层，设置走马棚。上下层人说话的声音相互间都听不见，船体都用铁皮包上。船上装载着家属百官。竭其精锐进攻南昌，攻城的长梯和冲击城墙的战车，从各条路上同时前进。朱元璋的侄儿朱文正和邓愈坚守南昌，三个月没能攻下来，朱元璋亲自领兵援救南昌。陈友谅听说朱元璋来了，撤下围城的兵力，向东出鄱阳湖，在康郎山与朱元璋相遇。陈友谅把大船聚集起来，连锁在一起形成战阵，朱元璋的军队不能由下向上进攻，接连交战三天，非常危险。不久，刮起东北风，于是放火烧陈友谅的船，他的弟弟陈友仁等人全被烧死。陈友仁称五王，瞎一眼，有勇有谋，死后，陈友谅的士气低落。这一仗，朱元璋的船虽小，但是行驶轻便，陈友谅部队都是大型的战船，进退不方便，因此战败。
朱元璋所乘坐的船桅杆是白色的，陈友谅与将士们约定明天合力攻打白桅杆船。朱元璋知道这一情况，下令所有船上的桅杆全弄成白色的。明天再战，自辰时打到午时，陈友谅的军队大败。陈友谅想退守鞵山，朱元璋已先把守住湖口，拦截他的归路。相持了好几天，陈友谅和部下商量对策，右金吾将军说：“出湖困难，应当烧掉船登陆。直奔湖的南面图谋再起。”左金吾将军说：“这是显示软弱，对方以步兵骑兵追踪我们，进和退都失去依靠，大事就完了。”陈友谅拿不定主意。过了一会儿说：“右金吾将军的话是对的。”左金吾将军因为自己的意见不被采纳，率领他的部下投降朱元璋。右金吾将军知道这一情况后，也投降了。陈友谅更加窘迫。朱元璋共两次发文书给陈友谅，大意说：“我想和您相约联合，各自安抚一方，以等待上天的意旨。您失策了，对我任意加害。我以轻装的部队乘隙出击，据有您龙兴等十一个州郡，您仍不自己追悔所造成的祸害，又挑起战争事端。先是在洪都受窘，又在康郎山打得大败，骨肉兄弟和部下将士一再遭受巨大的灾难。您即使能侥幸活着回去，也应该撤销帝王称号，安分地等候真命天子出来，不然家破族灭，后悔可就来不及了！”陈友谅收到文书后又怒又恨，不给答复。时间长了，军队没有吃的，陈友谅从湖口突围出来。朱元璋的将领们从上游拦击他们，大战泾江口。汉军（陈友谅军）一边打一边逃跑，天黑了还没能摆脱追击。陈友谅从船中把头伸出来，要指挥作战，突然被流箭射中，穿透眼睛进入颅内死去。汉军大乱，太子陈善儿被俘获。太尉张定边夜里带着陈友谅的次子陈理，载着陈友谅的尸体逃回武昌。陈友谅豪华奢侈，曾经制造了一张非常精致的镂金床，宫中的器物用具都类似这样。他死后，江西行省把这张床进献给朱元璋。朱元璋感叹地说：“这和孟昶的七宝便壶有什么两样！”下令有关官吏毁了这张床。陈友谅称帝共四年。
陈友谅的次子陈理回武昌后，继承帝位，改年号为“德寿”。这年冬天，朱元璋亲自征讨武昌。第二年（1364年）二月再次亲自出征。陈理的丞相张必先从岳州前来援救陈理，驻扎在洪山。常遇春击败并活捉了他，押他在武昌城下示众。张必先是一员猛将，在军中绰号“泼张”，陈理特别倚重他。等到他被擒，城里便非常恐慌，因此想投降的人非常多。朱元璋就派遣（陈）的旧臣罗复仁进城招降陈理。陈理于是投降。他进入营门，趴在地上不敢向上看。朱元璋见陈理年幼弱小，扶他起来，握着他的手说：“我不加罪于你。”武昌官库里的财物听任陈理取用，朱元璋返回应天后，授给他归德侯的爵位。
