这样一个事实需要在管理系统的设计中得到反映：对生态环境的影响同时向两个方向发生着——进入某一生态系统的方向和从这一生态系统出发至其他生态系统的方向。这种影响不仅能够到达关联的生态系统和下游的生态系统，而且能够通过其他联系到达更远的地方（如通过迁徙物种相连的其他生态系统）。
案例分析：奥地利森林生态系统——“看到你家后院之外更远的地方”
位于奥地利西部的多尔本市利用生态系统方式作为其森林利用计划的制订框架。该区最关心的一个问题是生态系统之间的互动性与相关资源和土地利用方式之间可能会产生冲突。森林地区在传统上被用于狩猎、商业性林业包括木材生产、旅游业及其他娱乐用途，以及森林生态系统和相关生物多样性的保护。邻近的非森林地区则作为农业用地。在参与式森林利用计划的制订过程中，森林地区及其关联生态系统的所有利益和用途被首先确定下来，产生影响的重要方面被重点提出。在前期规划阶段，对不同的利用方式及各种方式的潜在影响进行了讨论、量化和应对。在同一阶段开展了对影响的研究，从生态系统功能的角度评估森林是否能维持规划中的利用方式。这个包含多个利益相关者全体的社区进而为不同的森林区域的土地和资源利用确定了优先顺序，同时考虑了对关联的农业区域的影响（例如，如果对猎物种群数量不进行严格控制可能会对农业收成造成损失；而另一方面，游客乐于在农业区域瞄准猎物）。森林利用的实施指南将其对关联生态系统造成的影响纳入考虑范围之类，并正在得到执行。参与式规划过程使得各利益相关者的需要和期望得以表达，但同时也让他们互相聆听且相互学习。这使得当事方将视野置于自家后院之外更广泛的范围，从而考虑规划中的利用方式对关联生态系统的影响。
实施指南：
（1）自然资源的管理者、决策者和政治家必须考虑他们的活动给关联的和下游的生态系统可能产生的影响（河流和沿海），从而决定生态系统内部以及生态系统以外的影响。
（2）在某地的某个生态系统的管理和利用对其他地方产生了影响或将要产生影响时，应组织利益相关者和专业技术人员来考虑如何使不利后果最小化。
（3）环境影响评价，包括战略环境影响评价必须把生物多样性的所有组分纳入考虑，这一评价的执行必须对实现所有的发展目标有利。
（4）建立和维护国家及地区生态监测体系以测量获选的管理行为对生态系统的影响。
（5）设立特别机制来应对与生态系统相关联的越界影响问题以及生态影响（如大气污染、水污染）的越界转移问题。
实施工具（方法）和资源：
环境影响评价、战略环境影响评估、社会环境影响评价；
政策、规划、决策系统；
更高层级的管理系统，如流域机构、中央政府规划体系；
附有必要数据的模型系统（科学的）；
与国家发展规划的整合；
不同层次的信息管理结构、研究跨界影响和加强关联生态系统管理者之间合作的国家会议、研讨会等；
生态网络框架；
国家保护区框架；
控制影响的法律制度；
综合土地利用规划。
原则之四：考虑到管理带来的潜在收益，通常需要从经济学的角度来理解和管理生态系统
本原则可理解为市场生态双赢原则，其理由是：
对于生物多样性而言，最大的威胁是被土地利用系统所取代，而这种结构经常是由市场扭曲所导致的。市场扭曲不仅低估了自然系统和人口因素的作用，还通过不正当的刺激和补贴使得土地转化为多样性程度较低的系统；
从生态系统保护中获益的人并不直接支付保护的成本，同样的，那些对环境造成污染和破坏的人也同样地逃脱责任；
动机的合并促使保护资源的人从中获益，同时也促使造成破坏的人为此付出相应的代价。
理由说明：许多生态系统都提供具有经济价值的产品和服务。因此，从经济学角度理解和管理生态系统是必要的。一般情况下经济系统考虑生态系统提供的往往是无形的价值。在这个意义上，以下几点值得注意：
（1）在经济系统中，生态系统的产品和服务通常都被低估。
（2）即使在全面的经济评价体系中，大多数环境产品和服务都因其“公共产品”的特性而难以被纳入市场体系。
（3）由于经济和社会系统固有的巨大惯性，特别是当现存的强势利益受到影响并抵制改革时，引进并使用新型的生态系统利用方式常常是十分困难的，尽管这些新的生态系统利用方式产生的影响较小。
（4）对生态系统拥有巨大利益的利益相关者由于缺乏足够的政治和经济影响力，因而在相关经济系统中被边缘化。
（5）在某些地区，由于拥有土地使用权的一方不能从维护自然生态系统过程中获得惠益，他们趋向于采取能为他们带来短期惠益的方式对土地进行不可持续的利用。为解决这个问题，应制订更为公平的惠益分配方式。
（6）国际的、本国的和地方的政策、法律、规定，包括一些补贴手段，刺激着生态系统的不可持续的管理。因此，经济系统必须重建纳入环境管理的目标。
（7）应对市场扭曲给生物多样性造成负面影响的问题需要建立与其他领域的对话和交流。
（8）获取经济利益不得与保护生物多样性和提高环境质量背道而驰， 必须恰当地合并这些刺激。
案例分析：中美洲生物走廊——“为环境产品和服务买单”
中美洲蕴藏着丰富的木材、矿产、肥沃的火山灰土壤、淡水资源，以及缤纷的陆地和海洋景观。据估计，这块相对狭小的土地蕴含的生物多样性占世界生物多样性总量的7%。中美洲自然资源如此丰富可以其独特的地理位置加以解释。它是北美洲和南美洲的桥梁，位于大西洋和太平洋两大洋之间，并且得益于由多种地理气候条件造成的生态系统多样性，包括礁湖、火山、山脉、暗礁、岛屿、平原、自然生态系统、农业生态系统等等。中部美洲的八个国家（伯里兹、危地马拉、洪都拉斯、萨尔瓦多、尼加拉瓜、哥斯达黎加、巴拿马）与墨西哥南部的四个洲正一道建立“中美洲生物走廊”。预计它将作为一个包含多个走廊之上超级走廊，或作为包括很多项目的总计划。而主要在国家一级实施，但同时与在区域级别上相连。中美洲环境与发展委员会正在实施的几个区域性工程旨在促进环境和自然资源的保护和可持续利用。人们认识到，通过利用自然资源提供的物质和服务能够带来经济惠益，并进而给农民提供收入和就业，同时也是建立和维护中美洲生物走廊主要的资金来源。基于这一点，中美洲生物走廊已开始在不同国家和地区为“为环境产品和服务的买单计划”作出贡献。这一计划旨在建立经济、法律和制度机制使由人类活动造成的环境成本内部化。该计划包括以下八个步骤：
一、确定环境问题（环境影响、利益相关者、经济活动影响和相关生态系统产品和服务）；
二、确定物理环境变量；
三、采用物理值测量这些环境变量；
四、运用经济评估方法；
五、生成环境经济指示；
六、推行经济机制以便使环境成本内部化、获取和分配环境惠益；
七、在拟推行的机制涉及的利益相关者之间展开谈判；
八、实施已由大多数利益相关者通过的机制。
在碳吸收作用方面以及推行“景观美学和生物多样性研究”相关的旅游活动中，该项目已经取得成效。但更为重要的是，在中美洲地区的PES计划中，以水资源的经济评估和从分水岭管理中获益为基础的试点项目已经展开。一些国家已经在向同意对其土地实施生态系统保护措施（例如退耕还林、退草还林等）的土地使用者提供经济刺激。尽管如此，要想取得“为环境产品和服务买单计划”在更大程度上的成功，人们还需面对和解决政治的、制度的、技术的等不同层面的挑战。
实施指南：
（1）理解环境问题的社会和经济背景，适用生态系统方式解决问题。
（2）对生态系统产品和服务（直接的、间接的和内在价值）及环境影响（效果或外部性）运用实用型经济评估方法。
（3）以减少造成生物多样性不利影响的市场扭曲为目标。
（4）合并经济和社会刺激以加强生物多样性的保护和可持续利用。
（5）将特定的生态系统成本和惠益在可行范围内内部化。
（6）评估良好的生态系统管理产生的直接和间接的经济利益，包括生物多样性保护和环境质量管理。
（7）增强生物多样性利用的惠益。
（8）确保更为公平的惠益和成本的分配方式。
（9）将生态系统产品和服务的社会和经济价值纳入国家审计、政策制定、规划、教育和资源管理决策中。
实施工具（方法）和资源：
快速农村评估和参与式农村评估，社会网络分析，可持续生计方式；
环境影响评价，工具和各种环境评估方法（包括付费的自愿性，不可遇见评估，成本效益分析，旅途费用，机会成本 ）；
外延的国内资源成本分析；
政策和规章，如污染者负责原则；
生态系统服务市场的发展，生态标签；
政策，协议，授权；
为环境 产品和服务的付费。
原则之五：为了保持生态系统服务，保护生态系统结构和功能应成为生态系统方式的一个优先管理目标
本原则可理解为系统保护优先原则，其理由是： 生态系统的功能和弹性依赖于种群之间的多样化关系， 依赖于种群和非生物环境之间的多样化关系， 也依赖于环境中的物理和化学交流， 对于生物多样性的长期保持来讲， 这些交流和过程的保护以及适当的恢复比起对种群的简单保护有着更为重要的意义。
理由说明：生物多样性的保护和人类福利的维持依靠生态系统的功能和弹性， 有以下几点应注意：
（1）生态系统服务（即人们通过利用自然资源而从生态系统中获得的惠益）、环境规制（包括对生物圈过程的支持、对文化的投入）和生态系统自身的内在价值，都取决于对特殊的生态结构和功能的保持和适当的恢复。
（2）生态系统的功能和弹性依赖于种群的内在关系、种群和其非生物环境的内在关系， 以及这些环境中的物理、化学交流。
（3）考虑此复杂性， 生态系统的管理重点应放在对生态系统的基本结构和生态过程的保持和适当恢复上 （例如：水系统，授粉系统， 生境和食物链网）， 而不仅仅是单个的种群。
（4）考虑到遗传多样性的流失使得种群和物种都濒临绝种， 对生态系统的组成和结构的保护要求对脆弱和具有极大经济价值的物种的种群大小进行监测。
（5）尽管我们对生态系统功能的知识不尽完全， 但我们必须对生态系统过程进行管理。
案例分析：为水奋斗——南非一种可以避免生态系统过程受到外来侵袭的方法
为水奋斗是1995年发起的，目的是为了解决南非大多数河流集水处出现的外来侵袭植物问题，也可提供许多工作岗位。它是由水森部，环境，旅游和农业部联合发起的一个举动。全国范围内有300项工程， 此项目目的在于提高水安全，生态完整， 恢复土地生产潜力，推动自然资源的可持续利用和南非大多数边缘化部门的投资。
在南非很多地方，外来侵袭植物是动植物生物多样性的唯一最大威胁。外来侵袭植物已侵袭了南非一千万亩之多的土地。据估计，控制外来侵袭植物要在20年内花费六亿人民币。如果不对其进行控制，在15年内问题会加倍的严重。外来侵袭植物浪费了百分之七的水资源，降低种植能力，加剧洪水火灾的发生，引起河水的破坏和侵蚀，水库和港湾的淤积，而差的水质量会导致原住动植物的大量灭绝。
为水奋斗包含一种强大的社会发展成分，它能影响整个项目，每年会为生活在这些地区的人提供一万八千个工作岗位，如关于清除外来侵袭植物工程，生态系统恢复和管理的工作或是与其相关的社会发展工程，这些工作百分之三十是提供给女性的，百分之二十是为年轻人提供的，最少的也有百分之二的工作是提供给残疾人的，并由支持行为政策约束。社会发展成分的进一步目标是确保每个工人每月至少能接受平均两天的培训，每个工程有一个功能指导委员会， 每个工人每季会接受一小时的预防艾滋病的培训，每个工程能考虑小孩看护设施。
实施指南：
（1）从以下方面加深对生态系统组成、结构及功能的内在关系的理解：
人类交流、需求和价值（包括文化方面）；
生物多样性管理的保护；
环境质量，完整性和生命力。
（2）对于可用来根据参与程序指导政策， 管理和规划的社会及经济目标的保护进行挑选和定义。
（3）对生态系统组成及结构的功能，对产品和服务的传输可达到哪种程度来满足对生态系统保护，社会及经济结果的期望平衡度作出评价。
（4）扩充关于生态系统的回应的知识， 例如由于内外因诱发的压力而导致的生态系统的组成、结构和功能的变化。这些压力有可能由以下原因引起， 如：污染， 火灾， 外来侵袭物， 疾病， 异常气候变化（干旱， 洪水）等等。
（5）发展并改进管理策略和方法从而确保生态系统服务的保护并能考虑到最小化生态系统功能和结构受到的威胁和危险。
（6）采用多种方法来保持或恢复生态系统服务。
（7）发展各种管理策略和方法来推动生态系统结构和功能（包括受到威胁的成分）， 从而产生并提高生态系统服务和生物多样性的惠益。
（8）通过管理保护区网络、生物网络及以外的网络的结合来发展、采用多种方法推动管理目标的实现， 既是短期的也是长期的要求和保护目标。
（9）脆弱并重要的种群大小监测应与确定适当反映方法和行为的管理目标相结合。
实施工具（方法）和资源：
跨学科研究如功能分析、民族植物学研究；
加强了个人和机构的多种能力， 如： 承担研究，制定国家策略、计划和项目，管理计划；
进行发明创造、评估、调查、增长状况、发展和收益研究；
鉴别并推动善行和好的方针、指南、个例研究、行动模式和风险评估；
研究各种法律的、政策的、计划的、技术的和金融的方法；
制定管理和修复计划， 土地养护策略以及生态圈保护区和其他保护区的地形计划。
原则之六：生态系统的管理必须以其自然功能为界限
本原则可理解为生态制约管理原则，其理由是：考虑到达到管理目标的可能性， 限制自然生产力、生态系统结构、功能和多样性的环境条件应予以重视。生态系统功能的限制可能会由于暂时的、不可预测的或人工保持的条件受到不同程度的影响， 所以，管理应该适当的谨慎。
理由说明：为了维护生态系统的整体性和持续提供产品与服务的能力（这种整体性和能力是人类福利和环境可持续性的基础），对生态系统的需求水平应有所限制。我们目前的理解不足以使得这些限制得以精确的定义， 所以，以下几点应注意：
