普加乔夫领导的农民战争是俄国农民群众反抗封建压迫的一次起义。战争席卷了大片领土，踊跃参战的起义者达10万人。这次农民战争是由于阶级矛盾的激化而引起的。
当时，俄国的封建农奴制关系行将崩溃，资本主义关系日趋形成。贵族和专制国家不断加强农奴制压迫，激起了人民群众的强烈抗议。这次农民战争的主要动力是农民，此外，哥萨克劳动阶层和矿业工人也参加了这一运动。闻风举义的还有巴什基尔人、鞑靼人、加尔梅克人及伏尔加河中下游左岸地区的其他非俄罗斯民族。在战争爆发前不久的1771年，莫斯科爆发了市民下层群众的起义。1772年，雅伊克哥萨克奋起反抗哥萨克上层分子，同年，伏尔加河和顿河哥萨克镇里也发生了骚动。叶卡捷琳娜二世政府依仗军事力量，勉强地驾驭着庞大帝国内蒙受压迫的各族人民。1768—1774年的俄土战争使国内社会矛盾更加尖锐，日益沉重的负担加深了劳苦大众的不满。
1773年9月17日，顿河哥萨克人普加乔夫冒称皇帝彼得三世，聚集起一支由80名雅伊克哥萨克组成的队伍，并且发表了一道文告，宣布将古时哥萨克人享有的优惠与特权赐给曾在雅伊克军中服役的哥萨克人、鞑靼人和加尔梅克人。9月18日，起义军抵近设防坚固的雅伊克镇，因无火炮而放弃了强攻，留下部分部队对其实施围困。普加乔夫率其余队伍向俄罗斯东南部的主要行政与军事战略中心——奥伦堡进军。农民、雅伊克哥萨克、逃亡士兵、鞑靼人、哈萨克人、加尔梅克人和乌拉尔各厂矿工人纷纷自愿参加起义军，普加乔夫的队伍很快壮大起来。在归降普加乔夫的各要塞里，起义军缴获了大批武器和粮食。
10月5日，普加乔夫的队伍开始了持续约6个月之久的奥伦堡围攻战。为了镇压农民战争并增援奥伦堡，政府派出了以卡拉少将为首的讨伐队，但在11月7—9日尤泽耶瓦村附近的战斗中，被奥夫钦尼科夫和奇卡统率的起义军击溃。11月间，由西伯利亚和辛比尔斯克派往起义地区的政府军也被击败。普加乔夫所在地别尔达庄成为农民战争的中心，来自俄国各地的自愿者云集于此。
1773年12月，普加乔夫在奥伦堡附近已拥有约2.5万人和86门火炮。农民战争席卷了甫乌拉尔、阿斯特拉罕和喀山两省的大部分地区、西西伯利亚和西哈萨克斯坦各地。以阿尔斯拉诺夫和尤拉耶夫为首的巴什基里亚人民也揭竿而起。在叶卡特琳堡、车里雅宾斯克、萨马拉、斯塔夫罗波尔、孔古尔和克拉斯诺乌菲姆斯克、雅伊克镇等地附近，出现了许多由杰出的军事首领领导的大的起义中心。普加乔夫统率的主力部队是起义者的主要军事力量。
普加乔夫作为一名旧军人，极力加强其军队的军事组织。军队由团组成，团又分成中尉或大尉指挥的连。军官由圈会选举。许多团、连是按社会特征、民族特征或乡土特征编成的。主力部队和各团都有旗帜，上面写着普加乔夫指令中的口号。起义者在别尔达庄的大本营附近学习军事：劈刺、枪炮射击、挖地道、埋雷、挖战壕，等等。普加乔夫及其统领们曾试图在各团与各支队间实施协同作战，组织过侦察，并力求加强纪律性。为了表彰作战有功者，颁发过奖章，这些奖章是用银质卢布和沙皇的勋章制成的。
1773年11月，为了领导起义，普加乔夫建立了军事委员会，该委员会在1774年8月底之前一直起作用。军事委员会的成员有：维托什诺夫、希加耶夫、特沃洛戈夫、波奇塔林、戈尔什科夫等人。军事委员会负责领导各个独立支队的行动、组织乌拉尔各工厂的武器制造、向起义军补充人员、供给粮秣和武器、同抢劫行为作斗争，等等。除担负军事组织职责外，军事委员会还执行行政司法职能。奥夫钦尼科夫是这次农民战争中颇有才干的统领之一，他领导的出征办公厅是普加乔夫的参谋部，主力部队的战斗行动由普加乔夫亲自指挥。所有作战行动都是在普加乔夫直接领导下拟订和详细制定的。主力部队有一套以哥萨克军事组织为基础建立起来的严密机构。起义军作战力量的核心是哥萨克，但哥萨克部队中有多半是未谙军事的农民和厂矿工人。起义军装备低劣，主要是冷兵器和弓箭；枪、炮较少。
这次农民战争具有地方局限性、地域分散性、自发性和无组织性的特点，也就是带有封建社会时期历次农民运动所固有的各种弱点。缺乏统一的战略计划，与独立起义地区的联系薄弱，这使普加乔夫和军事委员会不能对整个国土上的起义运动实施领导，各独立起义中心缺乏统一领导。普加乔夫只顾围攻奥伦堡和雅伊克镇，放弃了向伏尔加河流域的进军，那里的人民曾准备支持他，结果使农民战争的战略基地局限在俄罗斯帝国的东南部地区，使叶卡捷琳娜二世赢得了动员兵力的时间。
沙皇政府用地方部队镇压起义的企图落空后，遂于1773年12月派遣比比科夫上将率领讨伐军前去对付普加乔夫的起义军。由于得不到正在徒劳地围攻奥伦堡的普加乔夫主力部队的援助，一些分散的并装备低劣的起义支队在萨马拉和孔古尔附近失败受损。直到布祖卢克斯卡亚失守之后，普加乔夫才从奥伦堡附近撤出部分兵力，以图阻止沙皇军队的继续推进。但是，1774年3月22日在塔季谢瓦要塞附近，其主力部队在持续6个多小时的总决战中败于政府军，约有2000人阵亡，4000人受伤被俘，损失了全部火炮。3月24日，起义军另一支队伍在乌法附近被米赫尔松中校的讨伐军击溃，接着，奇卡和赫洛普沙被俘。普加乔夫撤离别尔达庄并放弃了对奥伦堡的围攻。
1774年4月1日，他与讨伐军在萨克马拉镇附近再次交战，但又遭失败，并失去了一些最亲密的助手，他们都被俘虏。普加乔夫率领一支500人的队伍冲出重围，在乌拉尔山中隐藏起来。到1774年4月中旬，各大起义中心虽然都被摧毁，但是，萨拉瓦特·尤拉耶夫、别洛博罗多夫、奥夫钦尼科夫的队伍均仍分别在巴什基里亚、叶卡特琳堡附近及奥伦堡边区积极活动着。
1774年4月，农民战争的第二阶段开始。普加乔夫在乌拉尔各厂矿和巴什基里亚境内招募了一支新军，遂于1774年5月5日率部5000人占领了马格尼特要塞并与别洛博罗多夫和奥夫钦尼科夫的队伍会合。起义军溯雅伊克河而上，于5月19日攻下特罗伊茨克要塞。但在5月21日起义军被击败，普加乔夫被迫撤到乌拉尔草原。政府军在追击起义者时，多次将其击溃，但是，普加乔夫巧妙地运用游击战术，终于摆脱了追击者，使部队主力免于全歼。由于农民、工人、巴什基尔人的参加，起义队伍不断得到补充。到1774年6月中旬前，普加乔夫被逐出乌拉尔厂矿地区。他率所部前出到伏尔加河，以图实现以前预定的进军莫斯科的计划。1774年7月12日，起义者经强攻占领了喀山，但未能攻克守军残部防御的设防坚固的内城。米赫尔松率部及时赶来援救内城守军，经过阿尔斯克原野的浴血鏖战后，于7月15日击溃起义军，起义军约2000人阵亡，5000人被俘。在这次战斗中，农民战争的杰出领导人之一别洛博罗多夫及其所部一起被俘。为了摆脱追击，普加乔夫带着一支小部队渡抵伏尔加河右岸。农民战争的第二阶段至此结束。在此期间，许多事件主要发生在乌拉尔境内和乌拉尔山区。
第三阶段的起义更加蓬勃高涨。它得到伏尔加河流域的农奴和各民族——鞑靼人、楚瓦什人、莫尔多瓦人、马里人、米舍尔亚克人的广泛支持。拥有成千上万名战士的农民游击队也自发地相继建立起来。起义运动席卷了伏尔加河流域大多数县并向莫斯科省边界蔓延，直接威胁着莫斯科，该市下层居民、作坊的工人和贵族的奴仆也纷纷骚动。然而，普加乔夫在这一时期犯了一个战略性的错误：他放弃了向莫斯科的进军，离开了农民运动规模最大的地区转而南进，以图在顿河得到哥萨克补充后再向俄罗斯中心地区进军。南进途中，普加乔夫的队伍到处得到平民的支持。1774年7月20日，普加乔夫占领了库尔梅什，后又于是月23、27日，8月2、4、6日分别占领了阿拉特尔、萨兰斯克、奔萨、彼得罗夫斯克、萨拉托夫。但是，这个时期农民起义运动的地方局限性和分散性表现得特别明显：起义农民在本乡本县行动时通常是积极的，但到邻县时就不再斗争了。1774年8月，叶卡捷琳娜二世为镇压农民战争派出了大批军队——骑兵团和步兵团多达20个，此外还有哥萨克部队和贵族义勇军。普加乔夫被讨伐军逼迫着退向黑崖。8月25日，在萨尔尼科夫渔站附近，展开了这次农民战争的最后一次鏖战。由于一小撮谋叛者——雅伊克哥萨克头人的背叛行为，刚一开战，起义军就失去了火炮并被击败。普加乔夫带领一支小队伍退到伏尔加河左岸草原，在那里被叛徒们捉住并交给了政府。在雅伊克镇、辛比尔斯克和莫斯科对普加乔夫及其战友进行了审讯。1775年1月10日，普加乔夫、佩尔菲利耶夫、希加耶夫、帕杜罗夫、托尔诺夫在莫斯科的博洛托广场被处死。奇卡于1775年2月在乌法被处决。数千名起义参加者或遭鞭笞或被流放到西伯利亚。
普加乔夫领导的农民战争失败了。失败的根源在于运动的自发性和分散性及其领导者缺乏明确的斗争纲领。普加乔夫及其拥护者是群众的君主专制思想意识的表达者，他们反对地主，但却拥护“好沙皇”。这是天真的君主主义思想的典型体现，形成这种思想的基础则是俄国农村的宗法制度。
统治阶级和国家以正规军队、行政和警察机构、财政、教会和管理国家的历代经验来对付人民的自发性暴动。在这次农民战争中，被压迫的人民群众表现出非凡的英勇气概和果敢精神，从中涌现出许多杰出的组织者和卓有才干的军事指挥员。
这次农民战争虽然失败了，但是在客观上对俄国的社会发展起了进步作用。普加乔夫领导的农民战争已作为沙俄时期人民群众为摆脱农奴制的压迫而进行英勇斗争的最突出的表现之一载入史册。1773—1775年的农民战争，无论在力量、团结、阶级划分、组织成分与觉悟程度方面，还是在社会口号的明确程度和阶级斗争的激烈程度方面，均超过以前的所有农民战争。人民虽然遭到失败，但却获得了进行革命斗争的经验。这次农民战争使人民对封建制度不可破除的信念产生了动摇，加速了地主专制制度的崩溃。在这次农民战争实例的影响下，18—19世纪的俄国农民阶级斗争又有了进一步的发展。
