俗话说：“纸是包不住火的”。陈独秀、彭述之等秘密组织中国托派第二个小组织，中央很快有了觉察，采取措施，及时解散了被他们拉过去的《时事新报》党支部，开除了支部书记屠仰之。同时对陈独秀等人这种非组织的派别活动提出了警告。其实，早在1929年6月从，陈独秀等人与托派接触初期，党的六届二中全会就指出托派活动侵入党的严重性，要求全党提高警惕：“党必须站在正确的路线上，坚决地斗争，以克服目前党内正在发展的这一特别危险的倾向。”
8月13日，中央专门发出第四十四号通告《关于中国党内反对派问题》，指出中央发现反对派“在党内与党外有他的秘密组织，有他的秘密出版刊物……反对现时党的正确路线，企图掩盖过去的机会主义错误。”号召各级党部及全党同志“严重注意”，“开会讨论，并须有决议回答”，“绝不容许”反对派破坏党的统一；对反对派的宣传和小组织秘密活动，除给以严重驳斥外，并须“将其活动的领袖毫不留恋地开除出去”。
陈独秀在“八·五”信中，向党要求民主自由，由于党不接受他的错误主张和在党报上公布他的信件，他就竭力攻击党内没有民主，“官僚集权制”。为此，8月28日，共产国际代表和党中央代表约陈独秀谈话，严肃地批评他不应发表和中央不同的意见，同时提出“中央政治路线没有原则上的错误，加之时局紧张中央不能在党报上公布他8月5日的信件。”，陈独秀听了十分恼火，指责道：
“这是用专横来排斥错误！……真如反对派所指责国际领导机关在政治上组织上官僚化之一证。”于是他宣布：
“我不应再为寻常组织纪律所拘囚，更不必阻止同志们传观我的信稿！”这样，他进一步将小组织活动升级，进而树立旗帜，成立托派组织。
在陈独秀与中央闹分裂剑拔弩张之际，也有人出来做劝解工作，但对性格倔犟、固执的陈独秀无一点作用。
1929年9月的一天，陈独秀特托高语罕送三本托洛茨基言论集给同乡好友朱蕴山，并望朱加入托派。他原以为朱蕴山一定会听他的话参加托派。因他二人同乡加革命友情，关系一直很深。从辛亥革命、五·四运动、建立共产党到国共合作时期，朱蕴山一直受陈独秀的指导。可是，当高语罕说明受陈所托之意后，朱蕴山很是不高兴，当即表示：
“我不参加那个什么托派。请你把书还给仲甫。”然后，他又再三嘱咐高语罕转告陈独秀：
“语罕，请你转告仲甫，不要搞托派这个名堂，他是中国共产党的‘开山书记’，宜慎重；苏联和国际的事，我们弄不清，冒然卷入是非漩涡，很难拔出。”
高语罕临别时，朱蕴山又一再叮嘱道：
“语罕，请你务必转告我对仲甫的吃惊望，慎重、慎重、再慎重。”
高语罕向陈独秀转告了朱蕴山的所劝，陈独秀很是不高兴，对高语罕说：
“朱蕴山竟然也教训起我来了。”
从此，二人之间从不谈政治，只有私交了。
此外，时任中央组织部长兼军委主任的周恩来，“从教育上做功夫”，为挽救陈独秀等人的堕落，做了大量工作，但都没有丝毫的效果。
陈独秀不听劝，一意孤行，背离党越来越远，在托派的泥坑里越陷越深，大有不可自拔之势。然而，党还是努力挽救他们，希望他们快悬崖勒马，回头是岸。10月6日，中央再次致函陈独秀，向他发出书面警告：
“在党的组织原则上不容许有两个路线同时存在，尤其不允许有少数同志与党对立，破坏党的组织系统。……你以及和你意见相同的人，在上海党的下层组织中有超越组织的活动；……必须站在党的利益上停止这种活动。……中央决定你在党的政治路线之下，在中央担任编辑工作，限你在一周内做篇反对反对派的文章。”同时决定将他编入中央直属支部参加党的生活。
陈独秀接到中央书面警告，心焦不安，推开窗户，伫立窗前，深沉地思索。他知道，共产党的纪律是铁的纪律，当初在党成立时，他在广州为“一大”写的四点意见，其中就有执行民主集中制的组织原则和注重纪律的两条。于是，他感到中央“书面警告”的严重性，要慎重对待。在中央担任编辑工作是他所愿。然而，他又一想，要他写反对反对派的文章，不就是要他写检查，公开承认自己一切都错了吗？难道我真的错了吗？不写，万万不能写……
于是，他来了个“反其道而行之”。10月10日复信中央，却向中央“作了次最后的警告”。他指责中央“固执掩护错误的政治路线……已到无可挽救的地步”；说共产国际与中央代表的谈话是“政治上组织上官僚之一证”；“要我做文章”是“发狂闹笑语”。宣称：
“我现在正式告诉你们：在你们，绝对没有理由可以开除发表政治意见的任何同志；在我，只知道为马克思列宁主义的真理，为无产阶级的革命利益，结合下层的革命群众和机会主义的上层领导机关奋斗，而不计其他……因此造成党的分裂，是应该由你们负责的！”
陈独秀这封凌驾于党中央之上的信，使党中央感到问题的严重性，立即于10月15日召开中央政治局会议，通过《关于反对党内机会主义与托洛茨基主义反对派的决议》，批判陈独秀8月5日的信“完全推翻共产国际指导中国革命一贯的列宁主义的路线；完全推翻六次大会与中央对于目前的根本策略而走到了可耻的取消主义！”决议逐条批判陈独秀观点后指出：“这是很明显的公开的反对共产国际、反六次大会、反中央、反党的路线。”
党把陈独秀在组织上的分裂活动看得更为严重。因此会议决定：各级党部如发现这样的小组织必须马上解散，从组织上制裁参与者，如坚持错误，则开除出党；“独秀同志必须立即有从中央决议，接受中央的警告”，“在党的路线下工作，停止一切反党的宣传与活动。”
陈独秀等面对中央如此严重警告，不思悔改，一意孤行，一刻也没有停止过反党的宣传和活动，走进了取消主义的泥坑。为了维护党的纪律的严肃性，为了在当时严重的白色恐怖之下，坚持革命斗争，中共中央不得不开始采取组织措施。10天之后，江苏省委最先作出决定，将彭述之、江泽楷、马玉夫、蔡振德开除出党，并要求开除陈独秀，但这个决定最后由中央批准才能生效。这显然，是对陈独秀等人的最后警告了。他们若是悬崖勒马，还有回头是岸之可能。可是，他们显然觉得自己有国内外托派势力的背景而有恃无恐。
彭述之被江苏省委开除出党的当天，惊魂未定，便急匆匆地来到陈独秀寓所，欲从陈独秀这里捞到一根救命稻草。他有气无力地对陈独秀说：
“他们终于采取组织行动了，我及江泽楷、马玉夫、蔡振德已被他们开除了，他们说我们是反对派。”
陈独秀听了，先是一怔：“他们果然下手了！”后又不假思索地说：
“好，反对派就反对派，现在我们党内正需要这种反对派。”
“那我们就以反对派名义写封信回击。”彭述之愁眉不展地说。
陈独秀从木椅上站起来，一边吸着烟，一边在房内踱起步来，紧锁愁眉，沉思了片刻说：
“可以写封信，表明我们的立场和态度，决不与其妥协。以我们两人名义写，不要扯上他人。”
“好！这就写。”彭述之赞同道。
陈独秀又坐回那张木椅上，呷了呷茶，两人交头接耳，你一言，我一语，就写起联名致中央的信，又对中央进行了一系列的攻击，宣称：
“托洛茨基同志在一年前，已经预见到你们不正确的政治路线之发展和你们真正的政治面目。”信的最后，竟然公开打出“反对派”的旗帜，向党示威，并宣告：
“你们说我们是反对派，不错，我们是反对派，我们的党此时正需要反对派，而且正需要勇敢的对革命对党负责的反对派，坚决的不和机会主义冒险主义威吓手段腐败官僚的领导机关同流合污。”
陈、彭这封10月26日信，充分表明他们与党的关系已发展到政治上、组织上的全面对抗，矛盾已不可调和了。但此时，陈独秀手中还玩着“一张王牌”——他是共产党的鼻祖，开除他怕不那么容易。
但是恰在陈、彭10月26日联名致信中央的当天，共产国际指示中共中央：
“在一切斗争生活中，首先要反对取消主义陈独秀派及托洛茨基派，他们现在已经成为一个反革命的联盟向党进攻了，尤其重要的是肃清自己队伍里暗藏的陈独秀托洛茨基派。”
共产国际的指示，犹如对陈独秀政治上、组织上的“判决书”——开除他出党已成了定局。
鉴于此，11月5日，中共中央政治局终于通过《关于开除陈独秀党籍并批准江苏省委开除彭述之、汪泽楷、马玉夫、蔡振德四人决议案》，并提出：
“陈独秀、彭述之等已决心离开革命，离开无产阶级，客观上已经开始转变他们的历史行程走向反革命方面去了。”
中央考虑有人要替陈独秀讲话，在决议中强调拥护决议及铁的纪律一条。然而，党内还是有人表示异议和反对。郑超麟在党支部会议上抗议开除陈独秀出党。最为典型的是1920年中共筹备初期担任共产国际代表维金斯基翻译的杨明斋，他因不满苏联当局对托洛茨基派的指责，1928年辞去莫斯科中山大学副校长的职务，回国在平津地区工作，公开的职业是中学教员。当他听说陈独秀与党中央闹矛盾时，曾表示要到上海来进行“调解”，为党组织所阻止。但他认为共产党同志是一家人，意见不同不能分家，以减弱自身的力量，给敌人可乘之机，尤其不能随便开除像陈独秀这样的共产党创始人。他的意见，被中央斥为“调和主义”。待中央开除陈独秀以后，他便辞去中学教员，只身偷越国境，进入西伯利亚，想到莫斯科找共产国际，为陈独秀说情。他以为共产国际经验学识丰富，许多人也认识陈独秀，不会采取极端的态度。他到伯力后，人被留住，报告递到了共产国际。
这时，共产国际执委会也接到了中共中央的报告，立即作出答复，1930年2月8日，经中共中央转给陈独秀一封电报，说：
“决定予你以机会来参加本政治局审查中国共产党开除你的党籍决定的会议，如果你对此提议置之不理，……这一问题将提到共产国际主席团的会议日程中去讨论。”这是共产国际给陈独秀的特殊待遇，也是最后一个机会。
然而，陈独秀对此并不抱任何幻想。2月17日，陈独秀复函共产国际，他在全面猛烈抨击共产国际和中共中央的路线后，宣称：
“关于这些根本问题，我和你们实有不可调和的不同意见。……这些根本问题决不是调我个人到莫斯科便可解决的，而且这是官僚的办法。”
这样，陈独秀拒绝一次又一次的机会，最终无可挽回地被开除了。
陈独秀被开除党籍，这是他所没想到的结局。他精神恍惚，坐卧不安，闭门谢客，足不出户，差不多一个月时间没回过神来，但又苦苦构思他12月10日发表的《告全党同志书》。他不仅没有悔改反思，反而逐条对中央开除他的理由辩解，否定中央对他的处理；同时攻击中央“至今还没有一点政治自觉，而且日益倒行逆施”，“无可救药了”；煽动全党起来“毫不隐讳的、不可调和的、不中途妥协的和国际的及中共中央的机会主义而奋斗到底。”
陈独秀创建中国共产党功不可没，其名永垂青史。然而，他分裂党而被党开除，取消革命而被革命取消，离开人民而被人民抛弃，这正是陈独秀的历史悲剧——“开山书记”却被他亲自创建的党开除，这在世界政党史上也是罕见的。
