明代宦官人数之众多、机构之庞大、职能之全面，在中国历史上堪称之最。它不仅继承了隋、唐时期内侍省的特点，将宦官机构尽数囊括其中，而且将以前制造宫廷用具的非宦官机构以及本属外朝官员所辖位于北京昌平天寿山的明长陵幕碑的诸多事务也一并归入了宦官组织系统，进而导致了明代宦官势力的极度膨胀。
明代的宦官机构统称为内府衙门。它以包括十二监、四司、八局在内的所谓“二十四衙门”为主体，同时含容二十四衙门之外的数十个诸如内府供用库、司钥库、内承运库之类的机构。
司礼监是明代宦官二十四衙门中的首席衙门，也是整个宦官系统中权势地位最高者。但它在明初，地位与职掌并无特别之处。洪武二十八年所定内廷十一监中，司礼监仅排名第八。后来因相权的衰落而扶摇直上，不仅成了事实上的内廷事务总管，而且职权还涉及外廷朝政，司礼监的首领太监因而号称“无宰相之外，有宰相之实。”明代历朝擅政的权阉，如王振、刘瑾、魏忠贤等都是司礼监的首领太监。司礼监的职权主要有三项：
批答奏章，传宣谕旨
这是司礼监最主要的职权。明代各类奏章的批答照例先由内阁用小票草拟，称“票拟”，然后由皇上朱笔批出，称“朱批”。但每天的奏章文书众多，除了御笔亲批数本外，实际上全数由司礼监掌印太监率同秉笔，随堂诸太监代为批阅。按照朝廷的规定，司礼监太监必须遵照内阁拟定的票拟，用朱笔楷书写出，有时内阁“票拟”中偶有偏旁缺误的字，也“不妨略为改正”。如此一来，皇帝就轻松多了。也正是由于有了司礼监，明代有好几位皇帝长年不临朝听政，而将朱批主权悉数交付司礼监代办，结果明代大太监层出不穷，势倾朝野。究其实际，问题就出在“不妨略为更正”一语。这不仅为宦官擅自改动内阁的票拟留下了余地，而且为其勾结朝臣提供了便利条件。
皇帝玉玺批答内外奏章、传宣谕旨及御前勘合之事例由司礼监中掌印太监掌理，因而掌印太监秩位最尊，视同元辅。另有秉笔太监、随堂太监随同照阁票批朱，但例无定员，多则八九人，少则四五人。司礼监中设有文书房。掌印太监在司礼监的大堂正房中批阅文书，秉笔、随堂太监则在文书房办差。其中设象牙小牌一面，长约寸余，每天申时交接，轮流值班。文书房职近机密，管理严格。批答奏章、文书之人都是单身入室，闲杂人等一概不得进入。比较特殊的例子是明末权阉魏忠贤。在他专权之时，曾公然离开本衙，到乾清宫的大殿上批改文书。他大字不识一个，但记忆力惊人，批答奏章时，让人在一旁高声诵读，随听随答。监中秉笔、随堂一般皆有相当的学识，明代诸帝也很重视这一点。末帝崇祯选任秉笔太监时就曾像考进士一样在阉宫中进行考试，择优录取。有一次他出题：事君能致自身，结果郑惠与曹化谆考中。
总管内廷宦官事务
司礼监设提督太监一员，负责督理皇城内一应仪礼刑名及钤束长随、当差、听事各役，同时还负责关防门禁、催督光禄供应等事。这实际上总揽了内廷宦官的督责事宜，位重势大。宫中二十四衙门及山陵等处宦官的姓名、职级、履历、执掌均属其管辖范围，若宦官有违禁之事，也例由其处置。因而宫中宦官见了皆须叩头称“上司”，绝不敢稍有懈怠。这实际上已使司礼监处于总管或统领其他宦官机构的地位。
兼领东厂及其他重要职位
东厂始置于永乐十八年。《明史·刑法志）载：“成祖即位后专倚宦官，立东厂于东安门北，令嬖昵者提督之，缉访谋逆妖言大奸恶等。”东厂设提督太监一员，全称为“钦差总督东厂官校办事太监”，简称“提督东厂”，也可尊称为“督主”或“厂公”。东厂的职掌大致限定为“刺缉刑狱主事”，但事实上东厂缉察侦访的范围相当广泛。京城、皇城各门关防出入，都需定时向东厂奏报。地方失火、雷击以至京内的粮、米、油价，每月三十日也需定期汇报给东厂。所以时人称京城中“事无大小，天子皆得闻之。”东厂的关防也敕谕隆重，文曰：“钦差总督东厂官校办事太监关防”，并有钦赐密封牙章一枚。东厂衙署中高悬御书匾额，上书四个大字：朝廷心腹。
提督东厂的太监起初并非专出于司礼监，后来则专用司礼监秉笔太监之第二或第三人充任。秉笔太监由此也变得位尊权重，炙手可热，通常被视为总宪兼次辅。间或也有司礼监掌印太监兼任的情形，但这无疑将会大大加强其权势。万历年间的大宦官冯保“既掌司礼，又督东厂，兼总内外，势益张。”臭名昭著的权阉魏忠贤也是以司礼监掌印太监兼掌东厂，权倾朝野，威福一时。
除了东厂外，明代还有西厂、内厂的设置，掌理其事者也是太监，但并非司礼监。成化年间，京城盛传“妖狐”夜出，人心惶惶，更有人哄传“妖人”用妖术进入皇宫大内。宪宗皇帝密令御马监太监汪直出宫伺察，随即设置西厂，由汪直任提督太监，但不久即罢撤。武宗正德年间，权阉刘瑾复置西厂，提督太监谷大用也出自御马监。刘瑾还曾在荣府旧仓地设内办事厂，京城人称“内行厂”。刘瑾被诛后，西厂、内行厂俱被罢废。
孔子退修诗书图司礼监还有内书堂的设置。明初裁抑宦官势力，严禁宦官读书识字。永乐年间这一禁令已渐松弛，至宣德年间，设立内书堂，作为专门的内廷宦官学校。据刘若愚《酌中志》的记载，司礼监位于地安门内吉安所南。进大门向西稍偏南有一处院落，院内有松树十余棵，这里便是内书堂。先师孔子的牌位面南而放，两边是一副楹联：
学未到孔孟门墙，须努力趱行几步；
做不尽家庭事业，且开怀丢在一边。
宫中凡是奉旨收入的太监，选择其中十岁左右的二三百人，集中内书堂读书，堂中教习一般由翰林院官员担任。司礼监提督总理堂中事务，掌司、学长具体负责。内书堂中的米肉菜蔬都是由光禄寺供应。届时选择吉日，拜见圣人孔子，拜见词林老师。最初入堂学生从长安右门入，从北安门出，后来则统由北安门出入。
在内书堂中就学的太监，每人各有白蜡、手帕、龙卦香等进呈先生，以为束脩。所读书目，多是《百家姓》、《千字文》、《孝经》、《大学》、《中庸》、《论语》、《孟子》、《千家诗》、《神童诗》等寻常读物。堂中凡是心志自高的太监，往往另备书籍自修。堂中派年长又有势力的太监作为学长，学长八人或六人。选能书善书的人为司房。就学的太监如果背书不会、写仿不堪，又损污书仿，犯规有过，则词林老师批以数目，并予以施惩。小过则由学长用戒尺打手，稍重者令在圣人前罚跪，再重的则“扳着”。“扳着”是一种体刑，是向圣人前直立弯腰，用两手扳着两脚，不许体曲，曲则用戒尺乱打。半炷香或一炷香时，往往头昏眼花，再重的便是昏死僵仆，直至呕吐成疾。
除司礼监外，还有十一监：
御用监负责造办御前所用的围屏、摆设、桌柜、床榻诸木器以及象牙、檀木、雕漆、棋子、骨牌等玩器。御用监还掌管武英殿中书承旨所写书籍、画扇，奏进御前。
内官监负责宫廷营作，下辖十作：木作、石作、瓦作、搭材作、土作、东作、西作、油漆作、婚礼作、火药作。另有米盐库、营造库、皇坛库等一应营造材料库。凡营造宫室、陵墓以及御前所用器具，概由该监掌理，因而外厂其多，各有提督、掌厂等官负责。
御马监设置的时间最晚，掌管御厩兵符之事，责权较重。提督西厂的汪直、谷大用都出自御马监。
司设监专责管理卤簿、仪仗、围幕、垫褥以及各宫冬夏帘帏、凉席、帐幔、雨具、大伞等事。这是内府衙门中事情繁杂且较为辛苦的一个衙门，无权无势，地位卑微，也不似御用监和内官监那般有油水可捞。
尚宝监在南北长街西西苑门正东，职掌御用宝玺、敕符、将军印信。皇帝的宝玺平日是由宫内女官保管的，遇到用宝时，由尚宝监请旨，按手续领取。
明朝万历年间宫廷中的药柜神宫监位于端门左边，靠近宗庙，职掌太庙祭祀、洒扫及香烛之事。其掌印太监一般由司礼监监官和文书官员升擢。
尚膳监负责御膳及宫内食用并筵宴之事。宫中每天的早、中、晚御膳以及奉先殿供奉膳品皆由其掌理。但据刘若愚《酌中志》记载，明宫中的御膳大多是由司礼监掌印、秉笔及掌东厂太监轮流置办的。
尚衣监负责御用冠冕、袍服、靴、袜等事。
印绶监职掌古今通集库，铁券诰敕、贴黄、印信、图书、勘合、符验、信符诸事。凡追夺诰命，皆须交纳本监后销毁。
直殿监负责皇极殿、建极殿、中极殿、武英殿、文华殿等殿廷楼阁廊庑的洒扫事务。在十二监中，此监算得上是劳苦冷清，既无大厅也无公署。
都知监负责皇帝车驾外出时，在前面警跸清道。这是个冬寒夏热的苦差使，监中太监又难以升转，号称是十二监中的下下衙门。
明制，宫中十二监各设正四品掌印太监一员，从四品左、右少监各一员，正五品左、右监丞各一员，正六品典簿一员，从六品长随、奉御无定员。
四司为惜薪司、钟鼓司、宝钞司、混堂司。各司设正五品司正一员，从五品左、右司副各一员。
惜薪司专管宫中所用柴炭和二十四衙门、山陵等处内臣柴炭以及负责疏浚宫中沟渠、抬运粪便。每月四、十四、二十四三日，开玄武门，将宫中粪便抬运出去。春暖时，领夫役入宫掏浚宫中沟渠。冬日供炭时还负责防冰冻、防失火。
宝钞司负责用商人提供的稻草制造草纸，晒干以后入库，供宫中使用。皇帝所用的草纸由内官监制作，呈淡黄色，细密绵软，由伺候皇帝大、小便的管净近侍保管。司中所造的草纸，一般竖不足二尺，阔不足三尺，以独轮车运送平地晒干，然后入库。
钟鼓司的首要职责是出朝钟鼓。凡圣驾朝圣母回宫以及万寿节、冬至节和年节升殿回宫之时，也在圣驾前演奏乐曲，迎导宫中升座承应。另外钟鼓司还负责宫内乐舞、演戏、杂耍等事。
明宪宗游乐图（部分）明思宗殉国处混堂司职掌宫中沐浴之事。由惜薪司供给柴草，内官监拨给夫役。但宫中的太监一般都在皇城外的堂子洗澡，那些无缘入宫的“无名白”多在那里替宦官擦澡讨赏。
明宫中的八局各设正五品大使一员，从五品左、右副使各一员。其中兵仗局掌造刀、枪、剑、戟、鞭、斧、盔、甲、弓、矢等军用器械和宫中零用的铁锁、针剪以及做法事所用的钟鼓铙钹等。巾帽局负责内官、内使所用平巾官帽以及驸马、藩王所用旗尉帽靴。针工局负责宦官的冬、夏衣物，发放铺盖银。内织染局掌理染造御用和宫内应用缎匹绢帛之类。酒醋面局负责制造宫眷、宦官食用的酒、醋、面、糖等物。司苑局负责宫苑中种植的蔬菜和瓜果。浣衣局位于德胜门迤西浆家房一带，是唯一不在皇城内的一个内府机构。浣衣局是收容年老、有罪宫女的地方，静待自毙，以防泄露大内之事。银作局负责制造宫中所用的金银器饰。该局制作的金银豆、金银叶，重皆不足一钱，是供皇帝赏赐时抛赏下人之用。
明代在二十四衙门之外，还有许多专职的宦官机构，粗略统计即达四十有余。尤其值得提及的是，宫中太监还有御前近侍一类。其中有掌理御用的乾清宫管事；有专职打卯牌子和随朝捧剑的；另有御前牌子、暖殿、赞礼、答应、长随、尚冠、尚衣、尚履等诸多杂役。大致说来，太监中身材高大强壮的多委派抬轿、持伞。每当皇帝车驾出行，都有答应、长随等抬着弓箭、赏赐等御用之物紧随其后。这些得以朝夕在皇帝身边服侍的御前牌子，都由皇帝亲自挑选，不但要年轻俊美而且要善解人意。
