花费要多于顺产：从经济角度比较，剖宫产的住院时间、医疗费用均要比阴道分娩高许多，差不多是自然产的3~4倍。三级甲等医院分娩费用：顺产费用3000元左右，剖宫产费用8000元左右。
刀口形成疤痕，容易引起伤口愈合不良：下腹伤口影响美观，形成讨厌的疤痕，有的产妇因为手术导致盆腔子宫内膜异位，患上腹壁的子宫内膜异位症，需要进一步手术治疗。
出血较阴道分娩多：剖宫产是一个中型手术，一般出血量为200毫升左右，遇到危急情况还要更多，有时甚至需要输血来维持产妇生命体征的平稳。剖宫产时的出血量比正常分娩的出血量要多。
有麻醉意外的可能：剖宫产手术是需要麻醉的，国内以硬膜外麻醉和硬膜外／椎管内联合麻醉为主，由于怀孕后准妈妈的体型变化，进行麻醉的困难相对较大，同时需要面对一系列的麻醉合并症或并发症。
剖宫产的合并症多：非自然过程必然会带来并发症。剖宫产过程中有出现羊水栓塞的可能，在恢复的过程中，可能发生肠粘连、肠梗阻、盆腔炎、子宫内膜异位症等。如果产妇以后进行盆腹腔手术，其难度势必更大。
瘢痕子宫容易破裂：如果产妇希望在剖宫产后再次怀孕，首先需要等待至少一年，让子宫得以完全恢复和休息，再次怀孕后发生异位妊娠的可能性增加，即使顺利妊娠至足月，分娩时子宫破裂的风险也比正常产妇高，进行第二次剖宫产的概率也相应增加。
影响母乳喂养：由于手术后需要禁食，孕妇疼痛不适，卧床时间长，明显影响初乳分泌时间，母乳分泌不足，这对刚脱离母体的新生儿的发育和免疫力的健全十分不利，更不利于妈妈与新生儿的感情培养。
新生儿免疫力低：免疫球蛋白在自然分娩过程中，可由母体传给胎儿，剖宫产儿缺乏这一获得抗体的过程，因而自然分娩的新生儿具有更强的抵抗力。
身体恢复较慢：剖宫产恢复起来也没有自然产那么快，自然产一般当天就可以下床自由活动，2~3天就可出院；剖宫产伤口5~6天才能愈合。子宫的恢复也相对缓慢，恶露多，持续时间长，在产后复查时，能够看到很多剖宫产产妇发生子宫复旧不良，不利于产妇的正常恢复。
新生儿问题多：剖宫产的孩子没有经过产道的挤压，肺部发育不如顺产好。一般经过正常生理分娩过程的胎儿，由于受到产道的挤压，可将呼吸道内的羊水、分泌物充分挤压出去，有利于肺部的充分扩张和发育。近几年国外医学界提出剖宫产儿综合征概念，主要是指剖宫产呼吸系统并发症多，如窒息、湿肺、羊水吸入、肺不张和肺透明膜病等。容易在以后罹患呼吸系统疾病。此外，有研究比较了剖宫产娩出的新生儿与非剖宫产娩出的新生儿发生高胆红素血症（也称黄疸）的情况，结果剖宫产组新生儿高胆红素血症的发生率显著高于非剖宫产组，表明剖宫产可能是引起新生儿高胆红素血症的原因之一。
胎儿的智力开发就是通过触觉、视觉、味觉、听觉等来刺激大脑细胞的活跃。近年来，国内外科学家大量研究发现，剖宫产的孩子在出生时，由于没经过产道的挤压，缺少了这一道必不可少的“程序”，缺乏必要的触觉和本体感的“学习”，容易产生情绪敏感，注意力不够集中，手脚拙笨，动作不太协调等问题，长大后容易发生小儿多动症以及情绪情感障碍。
