！大陆沉沉亦可怜，众生无语哭苍天。
今番只合殉名死，半壁江山一墓田。
——示谈善吾
！于右任在复旦公学一面做马相伯校长的书记，一面继续学习法文，还兼授一点国文课。起初，学校创办伊始，各项工作较忙，他无暇考虑其他的事。等学校工作上了轨道后，心里便感到很苦闷了。因想当初南来的目的，为的是结交一些反清志士，做一番轰轰烈烈的事业，并非埋首课桌，这样学业虽能进步，但与自己的志向不符，长此下去，岂不违背了初衷？到后来，他一有空，就乘小火车到上海，一则与一些革命志士交往，再则可以听到一些新的信息，免却了局促吴淞一隅的僻塞。因为去的次数多，老师马相伯知道后，还特意劝他：“不要到处跑，多多读书。”
于右任在协助马相伯创办复旦公学期间，有一件事促使他以后成为记者和报人，这就是在横滨《新民丛报》的第十六号到十九号上，连载了江苏人钱基博写的一篇《中国舆地大势论》的长文。文中提出所谓“长江流域民族处置大河流域民族”的两种方法，这种挑拨南北方人民感情的谬论，使于右任非常愤慨，“始而惊，继而怒，终亦不知夫涕之何从也”。他一气之下，生平第一次写政论性的长文（全文五千字），对钱基博的“处置”谬论，痛加驳斥。
于右任说：“以为吾人日日唤同胞，不料同胞刻刻谋处置我，视我如异种，而贱我若奴隶也。”于右任是钱基博所说的大河流域的北方人，他担心钱氏南方人“处置”北方人的妄说，可能在”种族之争以外，又添以省分之争，省分之争之外，又生以南北之争。今日见之于学界者，一笔一舌；他日见之于政界者，一铁一血，又岂祖国之幸福而前途之佳征哉！”在外患频仍，内祸连年的现今，“使吾同种无兴南北之战，否则无使东家笑而西家哭，否则兄弟阋于墙，外御其侮，无使渔翁得利也。”
这篇政论文论据充分，说理性强，文笔晓畅，气势如虹。梁启超等人收到后，很快作了反应，除删去一二过激语外，基本上全文刊登，还公开表示道歉，认为“于君所言，字字敬佩”，承认《新民丛报》刊载钱的文章是有失检点，不敢辞责，并代钱基博感谢于右任的匡正。梁启超由衷敬佩于右任的胆识和欣赏他的文笔，致函邀于，热情设宴款待，从此，与比自己年轻六岁的于右任订交。
这篇文章投寄《新民丛报》时，他第一次用“于右任”三字署名（原名于伯循，字诱人，取《四书》“夫子循循善诱人”之语，“右任”二字，既是“诱人”的谐音，也含反抗清廷之意，因我国古代以“左衽”为受异族统治的标志，故名“右任”，“任”从“衽”来）。文章一出，声名大噪，许多革命志士和读书人都知道陕西人于右任，本名于伯循反而鲜为人知了。此后58年间，除写文章使用关西余子、神州旧主、关中于氏、骚心、大风、剥果、于思、太平老人等笔名外，他一直使用“于右任”这个名字，直到去世。
由于有这样一次在报刊上著文的际遇和体验，于右任深感倡导舆论的重要，对关起门来读书和教学的生活颇不以为然，而在法文班里与比他小10岁左右的同学一起学习，更觉兴味索然。当时又没有人能说服他坐下来安心读书，以学报国。因而，他时时想摆脱学校生活，谋求发展革命舆论。加上《苏报》被封后，革命报刊在上海缄口结舌已二年，保皇派的《新民丛报》又不尽如人意，在这种情况下，他对报刊产生了浓厚的兴趣。
有一天，他阅读上海某报社论，该报竟诬革命为叛逆，公然为清廷张目。于右任立即写了一篇评论时政的文章投寄该报，阐述自己的见解，驳斥该报社论。文章寄出后，如石沉大海，他天天翻阅该报，总不见自己的文章刊出，他这才感到报刊如果不掌握在革命者手里，就可能“任意传递歪曲之主张与不确之报告，以蛊惑人民视听”。这时，他决心自己办一份报纸，宣传革命的主张。他把这事与复旦公学的叶仲裕、邵仲辉（力子）、叶藻庭、金怀秋等几位同学一商量，他们也赞成自己报一张报纸，并为未来的这份报纸取名为《神州日报》，以期再造神州。
要在上海办一份报纸，谈何容易，第一要有资金，第二要有办报的人，第三要有经验和设备。怎么解决这些问题呢？他想起中国留学生在日本办了许多刊物，他们也不富有，是怎么办起来的？《民报》和《新民丛报》也都在日本出版，还有，日本自明治维新后，新的报刊如雨后春笋，它们又是怎么办起来的？想到这些，他决心到日本走一趟，学习办报的经验。
这时，他又看到许多革命党人纷纷到国外活动，如蔡元培、吴稚晖、张继等去了法国，更多的革命党人去了日本。当时，孙中山领导的同盟会也是以日本作为它的重要活动基地，到日本去，兴许还能见到心仪已久的孙中山先生。他把去日本的事同复旦和中国公学的几位朋友一商量，他们都支持他到日本去募捐办报，还为他介绍一些留日学生和华侨以及他们的通讯地址，便于他开展募捐活动。
1906年9月，于右任怀着要办一张革命报纸的愿望，与邵力子等一道，从上海乘船来到日本。当他在马关登岸时，眼看海港繁忙兴旺的景象，回首《马关条约》的签订，思绪起伏，感慨万端，写了《马关》诗一首，既抒发伟大抱负，又感叹国事日非：
雨中山好青如黛，浪里开花白似绵。
活泼游鱼吞晓日，回翔饥鸟逐渔船。
舟人指点谈遗事，竖子声骄唱凯旋。
一水茫茫判天壤，神州再造更何年？
于右任在马关上岸后，坐火车到了东京，与陕西籍的同盟会会员康心孚、井勿幕见了面。那时康、井等人都在日本留学，对日本的情况很熟悉，他们带领他参观了《朝日新闻》、《每日新闻》等报社，了解了一些办报的经验，还同一些爱国华侨见了面。
康心孚（宝忠）是一位很活跃的人物，他是陕西人中最早加入同盟会的一个，和同盟会中的骨干分子胡汉民等人都过从甚密，由于康心孚的介绍，于右任与胡汉民也有了往还。是年10月9日，孙中山由越南西贡抵达东京，胡汉民、康心孚向孙中山汇报了于右任的情况。孙对于右任因宣扬革命被清廷缉捕逃到上海一事，早有所闻，通过康心孚的引荐，于右任在东京会见了神交已久的孙中山先生。孙中山非常高兴，与他做了终宵长谈，于趁机提出了一些疑惑不解的问题，如平均地权的理论与实践，请孙予以解释。11月13日，于右任即正式加入同盟会，介绍人是康心孚，主盟人是胡汉民。从此，于右任成为孙中山麾下的一名忠实信徒。
于右任加入同盟会后，孙中山希望他把陕西、甘肃、河南和山西籍的留学生组织起来，建议成立一个学生会的组织。那时留日学生中的山西、陕西、河南籍的同盟会员，已经组织了明明社，于到东京为《神州日报》募集股金，明明社的社员们也从旁赞助，为于募集到二千多元的股金。这个社团的骨干分子是山西人谷慎思、景梅九和景耀月，代表性不广泛，影响也不大，后经康心孚、井勿幕等人的奔走联络，将四省留日学生联合起来，成立了四省留日同学同乡会，推于右任为第一任会长。于右任借着四省同乡同学的力量，为《神州日报》筹募到三万多元的股金，任务已基本完成，乃准备回国。临行前，孙中山又任命他为长江大都督，要他负责中国中部的革命重任，在上海相机行事，以推动革命。
于右任回到上海，与复旦和中国公学的同学经两个多月的奔走筹备，《神州日报》终于在1907年4月2日（农历丁未年2月20日）创刊。它的社址设在四马路老巡捕房对过群益社书店楼上，报头是请南通实业巨子、清末状元张謇题写的，倒也寓意良深。报上的纪元不用清帝年号，改用干支纪年，实际上是否认清朝的统治，尤其是它的报名，就隐含有反清的思想，给读者留下了深刻的印象。“神州”是中国的古称，在旧诗文中，它往往和故国联系在一起，用它作报名，就是要唤起广大读者对灾难深重的祖国深沉的感情。于右任自己也说：“顾名思义，就是以祖宗缔造之艰难和历史遗产之丰富，唤起中华民族之祖国思想”，“激发潜伏的民族意识。”主笔政的多为复旦、中国公学两校的同学，还有就是于右任从东京请来的杨笃生（守仁）以及王无生、汪允中、李梦符等人。杨笃生是因为吴樾谋刺出洋考察五大臣后亡命日本的；王无生是扬州有名的才子，写得一手好骈文；李梦符是陕西被清廷革职的翰林。这些反清志士结合在一起，也正代表着《神州日报》的精神。所以，第一天的发刊词就是请杨、王、李三位合撰，经于右任参订润色后，用“三函”的集体笔名发表。
为了提高民族自尊心，他们在发刊词中，极力阐扬中国的历史文化，冀以振奋人心。同时，对当时新闻界的流弊，也不客气地指出了四点：一是无的放矢，黑白不分；二是传播谣言，不尚实际；三是铺张琐闻，虚占篇幅；四是党同伐异，私而忘公。给当时的上海舆论界以振聋发聩的猛喝。
自《苏报》被封后，清廷官吏与租界当局配合默契，合力取缔革命书报，故上海舆论界长期沉寂。《神州日报》为了能站稳脚跟，以旁敲侧击的方式针砭时政，不像后期《苏报》那样激烈。它以革命主张为“经”，以优美的文字为“纬”，持论公正；还开辟了学校动态与体育新闻等新的栏目，吸引着广大青年学子。发行未及一月，销路激增，与老牌的《申报》、《新闻报》同列于大报之林。
于右任在创办《神州日报》时，一无资金，二无设备，赤手空拳，居然创办了一张大报，又居然能在短期内与实力雄厚、执中国报界牛耳的《申报》、《新闻报》相颉颃，靠的是什么？靠的是群策群力，不断创新。其登报集资的办法，就很值得企业家们参考借鉴。
缘起：为消除省界，扬厉国徽起见，开办日报于上海，定名华商神州日报。
股额：仿有限公司办法，集足资金十万元。分二万股，每股银五元，非本国人之股不收。
收股期：除由发起人承认六千股外，余额有愿认者，从光绪三十二年六月朔日起，每股先收挂号金一元，七月望日起收第一期股洋二元，九月望日起全数归收。
官利：周年八厘，自收第一期股银元次日照数起算。
红利：每年进款，除应付股息及各项开支之外，盈余作为红利，分十二成算，二成作为公积，二成作为办事人员酬劳，八成照股分派。
红股：另设红股八百股，凡入股或代招至一百股以上，即酬四股，多则递加。
这份招股广告于光绪三十二年（1906年）刊出，可见100年前于右任就注意用优惠的办法吸收社会游资创办企业，并照顾到股东、企业和职工各方面的利益。这种方式虽非首创，但也因时因事灵活运用，给人以启发，故将其广告备录于此，以窥其创办《神州日报》之艰辛。
《神州日报》创刊后，销路毋远弗届，业务蒸蒸日上。正是于右任大展宏图之时，不幸的事发生了：1908年3月26日晚上，邻居广智书局突然失火，大火熊熊，很快延烧到《神州日报》，正在报社写社论的杨笃生，动作稍一迟缓，大火烧及楼梯，只得翻越晒台缘电线杆而下，始免于难。
一场大火，把报社的编辑部、营业部和印刷厂全部烧掉，因机器被毁，翌日的报纸无法送交订户，为了维护报社的信誉，由于右任和报社的另一位擅长书法的编辑合作，将新闻择要手写，用石印印制出报。
以后，报社靠保险公司所付一万元保险金维持一切，报纸由商务印书馆代印。于右任振奋精神，准备再度筹款，重振《神州日报》。不料在困难的时刻，报社又发生人事纠葛，调解不成，于右任自动求去，杨笃生亦欲随于一同退出，于说：“留下你，等于我在报社。”故于右任退出后的初期，萧规曹随，《神州日报》还能保持于右任办报时的作风。后来报社由汪寿臣负责，汪因筹款不成，又交给于的好友叶仲裕。叶因筹款事，心力交瘁，又遭到其父（时任豫省道台）的责难，加上受清廷铁路收归国有、不许民办铁路的刺激，脑病发作，于返豫途中，在镇江附近投江自尽。此后的《神州日报》，虽然维持到1916年，但已另由他人主持，与于右任无涉了。
于右任退出《神州日报》后，上海道台蔡乃煌企图笼络他，重金邀请于担任他办的《舆论日报》的总主笔，蔡也想借办报控制上海舆论。于右任以政见分歧不就，另外筹备《民呼日报》去了。
为什么取名“民呼”？他于1908年8月27日（农历八月初一）在上海各报刊登的启事说：“鄙人去岁创办神州报，因火后不支而退，未竟初志，今特发起此报，以为民请命为宗旨。大声疾呼，故曰民呼，辟淫邪而振民气，亦初创神州之志也……”
在筹备《民呼日报》的过程中，于右任有了《神州日报》的经验，工作做得更为细致周到。现将《民呼日报》在上海各大报刊登的广告转录于下，这既是一份难得的广告史料，读者又可以用它与《神州日报》的招股广告进行比较：
一、本报实行大声疾呼，为民请命之宗旨。
二、本报为纯全社会之事业，所有办法，是系完全股份公司，不受官款，不收外股。故对于内政外交，皆力持正论，无所瞻徇。
三、本报编辑总目，凡分三大部，曰言论之部，曰纪事之部，曰丛录之部。其余各子目凡二十余，如外论、佚史、吉光片羽录、陆沈小识诸门，其特色皆为本报所独有。
四、本报又欲引起国人世界观念，于世界各国各港新发生之重要事件，专电译文，登载独多。
五、本报自发起以来，组织备极艰辛，而内容益求精美，故取价不得不独高（全年九元，邮费在内，零买一分八厘）。
六、本报虽未出版而预定者已及数千份，恐赶印不及，故出版时，仅于本埠送阅一天。
七、本报除第一日送阅外，第二日特备福引券一千张，如有至本社购报三份以上者，均有赠彩。第三日除本报四大张外，附送世界社精印之六十名人画像一张。出版一月内，订阅本报全年者，特送六十名人一册（原价二元）；半年者，送书券一张（值洋一元）。外埠展限一月。
八、本报提倡商务、学务起见，特送商学界告白十日。
九、本报博征内外名人各种著作，以收集思广益之效。
十、本报每日精印图画一大张，皆系请名手所绘，庄谐各极其妙，不另加费。如同人有以画片见惠者，并择优刊登，藉广流传。
看了上面的广告，可知《民呼日报》的内容与宗旨，持论较《神州日报》更为激烈，内容较《神州日报》更为丰富，开拓业务的方法也较《神州日报》更进一步。原来只是招股采用的一些优惠办法，现在发展到对读者、长期订户、刊登广告的厂商。
正当于右任紧锣密鼓，积极筹备出版，早一天“为民请命”的时候，突然接到家中来信，说他父亲病危，在病榻上不时呼唤他的名字，希望见上最后一面。于右任已有4年未见父亲了，梦魂萦绕，时时惦记着他老人家，自己闯祸之后，害得父亲东躲西藏，最后重病缠身，才返回三原故里。想到这些，于右任再也按捺不住回陕省亲的决心，立刻收拾行装上路，虽明知清廷下的通缉令并未取消，作为人子，生不能待汤奉药，冒死见上父亲一面，纵斧钺加身，于心也甘。
从上海乘船到汉口，再搭火车到郑州，一路顺利。那时，陇海铁路虽已开始修建，但从郑州到西安这一段还没有火车，只能坐骡车，骑牲口，或步行。
于右任到达郑州，时值隆冬，天正下着大雪，他反复盘算用什么方式尽快走完这几百里路程？当时，于右任尚未蓄须，身着农民穿的黑色棉袄棉裤，加上他身板结实，用不着化装，外形活像一个卖菜的小贩。这时，小客栈天井里一棵腊梅正含苞欲放，香气四溢。旅途中孤身一人，面对此情此景，他思潮如涌，百感丛生，回首往事，愧对受累的衰亲，瞻望前程，还需师友共同奋斗。他情不自禁地援笔题诗二首，曰《郑州感旧题壁》：
一
钩党声消事已陈，余生再到话悲辛。穷途仆御为知己，客路梅花亦故人。重叠云山连梓里，零丁涕泪累衰亲。鸡鸣雪霁长征感，迟暮于郎负此身。
二
亡命重来认旧踪，人歌人哭两相逢。
曾收断骨埋殇马（昔追余时，死二马于此），更祝中原起卧龙。
岁晚关前三日雪，月明笛外一声钟。
百年事业吾谁与？师友乾坤卖菜佣。
这一段路程共有十几个驿站，沿途山川河岳雄伟，独擅地形之胜，各处都有历朝胜迹，名世辈出，功业长久。所以，于右任每留宿一处，几乎都写诗抒发情怀。在河南巩县的杜甫故里，在洛阳道中，在杜甫赋《新安吏》的新安等地，都留下了咏古论今的诗章。省亲的这一段时间虽短，但留存在于右任早年的诗词中却是最多的。
在渑池县，于右任凭吊了“秦赵会盟台”。公元前279年，秦昭襄王与赵惠文王在此会盟，他们名曰友好，实为勾心斗角，结果不欢而散。于右任联系自己旅途中的感受，写下《过渑池秦赵会盟处》一首：
游子思亲万里情，浑忘夷险重行行。
青山似我长途瘦，白发欺人壮岁生。
剽客相逢都揖让，黄河作伴不凄清。
会盟台畔萧萧月，笑汝归秦失旧盟。
由于离家渐近，在小客栈留宿时不断做梦，人未到，梦先回家。“梦中真个还乡乐，昨夜依稀扣板扉”（《过张茅》），“师友凋零心更苦，家山迢递梦先回”（《车过灵宝》）。在经过潼关时，感慨良多。这儿是一夫当关、万夫莫敌的险要关隘，多少亡命者在经过此关时丢了性命。在这世事艰难之时，自己还能生还，也算不幸中之大幸了。于是他写下《入关》诗一首，以抒情愫：
虎口余生再入关，乌头未白竟生还。
垂青无几灞桥柳，鼓掌一人太华山。
慷慨歌谣灵气在，忧愁风雨鬓毛斑。
倚闾朝暮知何似？心苦莫论世网艰。
到达三原城郊时，因天色尚早，他逡巡不前，不敢回家，一直在城外磨蹭到天将黑，方才进城。一进城门，他三步并作两步，直趋家门，走进父亲卧室，一声“大大”刚出口，视线已迷糊，跪在床前，凝视着骨瘦如柴的老人。
于宝文虽病，但神志清醒，被这突如其来的场面惊呆了！一别4年流亡在外的儿子，竟出现在自己床前，这莫非是梦？他用干瘪的手抚摸着身躯高大的于右任，理智告诉他，这不是梦，是事实。在这重病罹身的时刻，老人多么盼望儿子能留在身边。但于宝文知书识理，他知道于右任在家多呆一天，就多一分危险。他深知他的儿子不是等闲之辈，不能把父子私情置于家国之上，因此，断然对儿子说：“汝归我喜，汝住我忧，盼汝明日即去。”
第二天一早，于右任辞别老父，准备上路。在这生离死别的时刻，于宝文懂得有国才有家，公而忘私，才是他做父亲的本分，绝不能拖儿子的后腿，他深情地对于右任说：“汝所事任汝为之，我如何颠沛亦不汝责。”还指着架上的书说：“我半生往返川陕道中，步行者几二十回，足跟重茧，所为汝换来者，不过几本书，望汝作世上一个读书人。”
于右任泣别父亲，返回上海。当他行到潼关时（阴历12月12日），于宝文在三原已辞世，终年55岁。但于右任当时并不知道这一噩耗，直到第二年的年初，方知父亲已经辞世。
按照前清陕地风俗，凡有子女的老人去世，如家道尚可，灵柩一般在家停搁一段时间再入土。因此第二年（1909）的12月，在于宝文安葬的前一天晚上，于右任再度赶回三原，亲执移灵之礼。第二天一早，以孤哀子的身份扶柩到祖茔安葬。当棺木下葬时，在襁褓中就失去了母亲的于右任，想到现在又失去了一直鼓励自己奋发向上，要做世上一个读书人的父亲，不由得伤心地扑向木棺，幸被人拉住。由于他是清廷的通缉犯，安葬完毕，即将白衣孝服委于殡宫，从荒野直接启程回上海。
由于回陕省亲，《民呼日报》创刊推迟了几个月。
除了回陕耽误了一些时间外，经济问题未能解决也是一原因。报社虽然招了一些股，但不敷之数甚巨，幸得同乡、朋友之助，困难才告解除。陕西财主柏小鲁，在上海经商，获得甚丰，慨然以巨资交于右任办报；此外，庞青城、张静江也鼎力相助。雄心勃勃的于右任，把馆址设在《申报》、《新闻报》附近之望平街160号。经过一段时间的筹备，《民呼日报》终于在1909年3月26日（阳历5月15日）正式创刊。
《民呼日报》的言论，比《神州日报》更激烈，它的主笔阵容比《神州日报》更扩大，除了王无生、李梦符、范鸿仙等《神州日报》的旧人外，还增加了戴季陶、吴宗慈、朱少屏、谈善吾、杨千里、陈非卿等人。于右任的如椽大笔，更是桀骜不驯，夭矫不群，不出三个月，《民呼日报》的销路已雄踞上海各报之首。
《民呼日报》除批评时政，揭露清廷官吏昏庸颟顸外，对当时上海新闻界的同行甘心“作达宦之机关，为他人之奴隶”表示不满。一些报业同行眼见《民呼日报》后来居上，亦非常忌妒，时而造谣破坏它的声誉，时而对它革新版面进行攻讦，一时间形成某些同业对它围攻的态势。于右任不得不写文章公开应战：“今特正告天下，倘若辈再挟势相凌，使我忍无可忍，必堂堂正正作诛心之论，明雪连日之耻，使人知衅端不自我开，若辈实为祸首，我人春秋之作，不得已也。”于右任这样公开一表态，围攻之势才稍解。
《民呼日报》创刊时，适遇甘肃大旱，哀鸿遍野，民不聊生。作为西北人的于右任，事关桑梓，对此格外关切，他用大量篇幅报道甘肃旱灾所带来的惨状，并倡议开展募捐救灾工作。于右任主动邀请旅沪陕甘同乡会的头面人物刘定荣、李岳瑞等，组织甘肃赈灾公所，办公地址就设在报社内。许多读者看了报道，十分同情灾民的遭遇，纷纷解囊。在一个多月的时间里，就募集了14万龙洋的巨款，于右任迅即将这些款项交给救灾机关，请他们寄往甘肃救灾。
《民呼日报》的宗旨是为民请命，对贪官污吏自然不会放过。秦陇高原饿殍遍野，陕甘大吏却花天酒地。6月11日，《民呼日报》发表了《论升督漠视灾荒之罪》，揭露陕甘总督升允只顾个人保官，不管人民死活，三年匿灾不报，以致田赋不能豁免，灾荒无所赈济，甘肃辖境赤地千里，树皮草根挖掘殆尽，发生了人相食的惨剧。就是这个升允，5年前要把于右任置于死地，但被于逃脱，后来虽然知道于右任在上海，但因他住在租界，一时也奈何不得。这回于右任又在报纸上抨击他，他得知后怒火中烧，竟想了一条“侵吞赈款”的毒计，电告上海道台蔡乃煌，速将于右任关押查究。
于右任和报馆的另一位经办赈灾捐款事务的陈非卿被捕后，凡被《民呼日报》指责过的清吏，如安徽铁路公司候补道台朱云锦、已故上海道台蔡均的亲属蔡国桢、新军协统陈德龙等，皆趁机落井下石，群起而攻之，一时控告《民呼日报》“诽谤罪”的就多达14起，造成轰动中外的“民呼报案”。
1909年的8月4日（阴历六月十九日），于右任和陈非卿被押到租界里的会审公廨过堂，由中英官员联合审讯。主审人是上海县知县，陪审人是英国驻上海副领事。出面告于右任的是上海道台蔡乃煌，以及曾被《民呼日报》揭发过的朱云锦、蔡国桢等人。
朱、蔡等人所控“诽谤罪”只不过是蔡乃煌要给于右任制造数罪俱发，把他的“罪行”渲染得很严重的一种手段。蔡乃煌明知“侵吞赈款”纯属虚构诬陷，但为了按照升允总督定的调子行事，也只得昧着良心去做。
开庭后，朱、蔡所陈于右任的“诽谤罪”，对于一份立场公正的民营报纸来说，根本算不上什么“罪”，旁听席上的听众也了解《民呼日报》一贯为民请命的立场，对朱云锦、蔡国桢这种拙劣的伎俩，纷纷嗤之以鼻。他们唯一关心的，倒是那条“侵吞赈款”究竟是怎么回事？
于右任的辩护律师费信惇对案情的来龙去脉早已了解清楚，知道本案纯属当道蓄意诬陷，是为搞垮《民呼日报》而制造出来的莫须有事件，因而在公堂上义正词严地替于右任辩护：“被告于右任等，实与侵吞赈款丝毫无涉，纯属误拿，经调查：甘肃赈款乃刘姓道员经办，因刘与于友善，故借报社开办，刘道员有账房二人，经手出入之款，均有账目收据，与于右任无干。于右任因赈济灾民公益善事，故赈济机关借住报馆，亦不收任何费用。如有不信，现有刘道员的账房、赈款所存的林丰号经理，以及经手解款的蔚丰厚钱庄经理等人，均在堂下，可以询讯。”
上海县知县明知费信惇律师所说的都是事实，但还是装模作样地问：“既云进出皆有收条，收条可在？”林丰号和蔚丰厚号经理立即将解款账本与清单呈上。上海县知县当堂看了，无话可说。在这种情况下，费律师了解清吏通常有爱面子的积习，为了结束这场官司，给升允、蔡乃煌等清吏一个下台的台阶，就说：“上海距陕西路途遥远，赈款解往，沿途滞迟，时有发生。所以陕甘总督以为日久未到，误认为是侵吞。”
费信惇律师还在公堂上指出：这场官司，原告应是陕甘总督，他是封疆大臣，不能前来公堂对簿，乃委托上海蔡乃煌道台，蔡又未见出庭，这种做法不符合文明国家的法律（因在租界会审公廨审理，费律师也利用英领事与地方官之间的矛盾），建议改期审讯。被告于右任可交保在外，听候传迅。
升允与蔡乃煌整垮《民呼日报》和严惩于右任的目的未达到，当然不会轻易放了于右任。上海县知县与英国驻沪副领事一合议，决定放了陈非卿，于右任仍带回巡捕房关押候审。
就这样，于右任在狱中关押了25天（会审公廨的堂谕告示上写的是一个月零七天，实际上只关了25天），连续审讯了七次，案子还未了结。《民呼日报》的同仁很清楚，报社一天不关门，于总理就一天得不到释放。因此，他们集体决定：报纸自即日起停刊。虽然这样做违背了社长的意愿，但没有别的办法，救人要紧。于是，在1909年8月13日的《民呼日报》上，出现了这样一条启事：
……报纸一日不停，讼案一日不了，加以酷暑如焚，总理于右任被系于狱中，备受苦楚，同仁委屈求全，不得不重违于君之意，自行停刊。
自“民呼报案”发生后，广大读者关心《民呼日报》，支持《民呼日报》，报纸销数直线上升，使老牌的《申》、《新》两报望尘莫及。报社同仁为了营救于右任出狱，8月14日，该报发表“辞世之言”，宣布被迫自行停刊。从5月15日创刊起，到8月14日宣布停刊为止，这张报纸共计出版了92天。
《民呼日报》一停刊，会审公廨也准备放人。8月27日，于案进行第八次复审，略一讯问，便当堂宣布将于右任驱逐出英租界，一场腾笑中外的闹剧，就此结束。
《民呼日报》停刊未及一月，在上海各大报纸上，刊登了该报的启事：“呜呼，本报自停刊招盘，业经多日，近将机器生财等，过盘与《民吁日报》社承接。所有一切应收应付款项，以后概归《民吁日报》社经理，快事亦痛事也。”
从这一则启事中，读者不难看出，一份《民呼日报》的姐妹报——《民吁日报》——将要诞生了。
果然，两天以后，在上海的报刊上，用特号大字刊登的《民吁日报》广告，第一次与读者见面了。它在广告中说：“本社近将《民呼日报》机器生财等一律过盘，改名《民吁日报》。以提倡国民精神，痛陈民生利病，保存国粹，讲求实学为宗旨，仍设上海望平街160号内，即日出版。”为什么改为“民吁”？有这样一个传说：宣统元年，于创民呼报，痛斥清政府腐败，对摄政王载沣攻击尤不遗余力，载沣每读于所作评论，辄拍案大怒，曾对左右说：有朝一日拿获于，我必挖于某双目。载沣此语，辗转传入于耳，因此，当《民呼日报》停刊时，又出了《民吁日报》，于右任对编辑部的同仁说：现在“民呼”挖了双目，载沣总算出了一口恶气。
传说终究是传说，难以为据。三十年后，于右任在他写的文章中说：至“民吁”之名的由来，则以吁之与呼，字形相近，用以表示人民愁苦阴惨之声；而分析“吁”字，又适为“于某之口”，于沉痛中，尤含有幽默的意味。这便是于右任有据可查的解释。
由于会审公廨明令将于右任驱逐出英租界，于右任不便自己出面办报，乃请朱少屏担任发行人，范鸿仙为社长，执笔撰写社论者，有谈善吾、景耀月、王无生等，阵容仍非常壮大。
1909年10月3日，《民吁日报》正式发行，虽然其间于右任一度去日本，但负实际责任的仍是于右任。
这时，乌云笼罩着东亚上空，日本帝国主义侵华、侵朝更为变本加厉，在这种形势下，《民吁日报》除继续关注民生疾苦外，乃将其评论重点，逐步移到国际问题上，借以引起国人对亡国灭种危险的重视。
《民吁日报》问世不久，就发表了《论中国之危机》、《锦齐铁路与远东和平》等社论，揭露日本帝国主义欲壑难填，在中国要求种种特权。又撰写《买日货者看看》的报道，揭露日货倾销我国的害处。日本驻上海领事松冈看到这些文章，大为恼怒，但苦无机会发作，只得等待时机制造事端。
10月26日，朝鲜志士安重根在哈尔滨刺死极力主张并吞朝鲜的日本前驻朝统监，也就是当年胁迫清廷签订《马关条约》的日本前首相伊藤博文。当时，上海报纸多达数十家，但都缄默不语，唯恐刺激日本。只有《民吁日报》在于右任的“发扬蹈历见长”的主旨之下，用显著的版面刊登了这条大快人心的消息，把伊藤博文称为“土匪流氓头子”、“大浑蛋”、“可怜儿”，认为他死有余辜。《民吁日报》不但刊登了消息，还发了社论，对朝鲜志士的爱国举动表示声援，同时也正确指出，个人暗杀活动不能根本解决问题，伊藤的死不可能改变日本军国主义既定的侵略政策，“伊藤死而满洲之风云恐更急，因日本有无数伊藤盾其后也”（《伊藤流血后之满洲》），“其死亦且无缓和中国之亡，矧后起者其政策之激烈复有甚于伊藤，此我中国外交之前途所为愈危惧者也”（中国外交危机之愈迫》）。
《民吁日报》这种立场，广大读者无不称赞，而日本驻上海领事对此则暴跳如雷，立即向租界当局提出严重抗议，还向会审公廨提出诉讼，并先后向租界当局及会审公廨致函。其第一函曰：“民吁连日所登论说不妥，有伤中日两国感情。”其第二函则谓：“民吁所登《买日货者看看》，及《论中国之危机》、《锦齐铁路与远东和平》等事，任意怒骂日人，似属有意造谣，着即发封传讯。”同时，又持函向苏松太道蔡乃煌进行交涉，要求道台会同租界当局查禁《民吁日报》。
11月9日（农历十月初七），会审公廨在日本领事的胁迫和苏松太道蔡乃煌的要求下，开堂审理此案。既然日方为原告，按章则无权派陪审员公审，而日方竟派两名陪审员参与审理，并提出封闭报馆。连被称为“英帝国在远东之喉舌”的《字林西报》在会审后也著文表示不平，该报的评论说：“上星期六，本埠华字报名《民吁日报》者，该报平日言议论，颇为明达，徒以持论触怒日本人心，因而被控。……讯时，据公堂报告，虽称由英日两陪审员公审，实则英员未到，两陪审者皆为日人，故华人对此案，纷纷议论，……咸以为此案原告，既为日本政府，则日本陪审员即不应坐审此案。……况沪租界会审约章，刑事诉讼，当归英、美、德三国陪审员会讯。近已有人联名公禀各国领事及工部局，务请以此案归英国或他国陪审员讯问云。今有一精当不易之理于此，无论何国，不能无故贸然要求他国政府，封闭其报馆，或停止出版权。诚以此等办法，既不合公正之裁判，且亦中国报律之所无也。”
会审公廨完全屈从了日方的要求，立即查封了《民吁日报》。所以，《民吁日报》从问世到被封，实际只存在了48天。12月29日，会审公廨又开堂对此案作最后终审，日本领事、租界当局和苏松太道，唯恐《民吁日报》被封后又会卷土重来，故判决《民吁日报》永远不准出版，机器不准作印刷报纸之用。
当《民吁日报》被迫停刊之日，据上海《时报》11月22日的报道：“《民吁日报》自前日被封后，关心此案之人，连日多以吊词贴于该报门前。前晚九时，竟有燃香烛痛哭者。又城内及南市各大街口，昨前两日竟有人黏贴揭帖，痛言《民吁日报》被封无缘由及指导之人云云。”由于广大读者的不满，上海道蔡乃煌还专为此事发布告示，内称：“《民吁日报》被封之后，又复百出其技，鼓动多人胁制本道启封。”可见《民吁日报》为民请命，深得人心。
在这一段时间内，苏松太道蔡乃煌知道于右任仍呆在租界里，乃不断敦促租界当局搜捕他。于右任四处躲避，处境非常困难和危险。过了若干年后，他同黄季陆谈起这一时期的处境时，心情激动，不能自抑。
在民国纪元前三年，民吁报被查封后，清吏蔡乃煌正四处捉拿我，我困守在一间小旅馆里，和孔子“在陈绝粮”一样无计可施。有一位同志很同情我，但是他和我一样的穷，真是爱莫能助。当他经过马路旁一间烧饼铺，乘主人不注意时，取了几个烧饼放入怀里，拔腿便跑。不幸被店主发觉，一面大喊捉贼，一面穷追不舍，终于把那位同志捉住，路人和邻居数人将他围着饱以老拳，打得他满面是血。后来看他相貌斯文，不像是作贼的模样，又怕打得太厉害，打出岔子来，因此问他为什么要做这种犯法的事。这位同志据实以告，是为了救济在旅馆饥饿的朋友才出此下策。这位主人倒很开明，不但不再追究，而且还自动送了几个烧饼给他。当我们二人在旅馆中享受这几个烧饼时，禁不住抱头痛哭起来。
由于处境险恶，在上海实在呆不下去，在朋友们的帮助下，他第二次到了日本。在《舟入马关》的诗中，写下了“痛定行人血，羞开壮士颜。况兼亡国恨，触处泪潸潸”的诗句。
1910年年初，复旦公学高凤谦校长辞职，师生们欢迎马相伯重新担任校长。当时马相伯年已古稀，学校许多行政工作还须有人相助，特聘他的得意高足于右任担任国文教员兼兵学教员（上军事课和教兵式体操）。
每当上兵式操时，复旦学生排列整齐，精神抖擞，动作划一地进行操练，作为军事教员的于右任，看到青年学生，精神为之振奋，遐想联翩：如果一旦有事，只要发给他们枪支，不就是一支英勇善战的革命军么！所以，他在《民立报》的“上海春秋”专栏里，有感而发，曾写下这样一段话：“吾有大愿，吾愿上海三年后，所有男女学堂，悉变为武装国民！”
从上述情况看，于右任这一时期创办的《神州》、《民呼》和《民吁》三报，它们存在的时间都很短，但其影响，一个比一个大，在拥有大报小报数十家、被称为新闻中心城市的上海，它们能异军突起，名扬遐迩，这的确是中国近代报业史上的一大奇迹。论资格，《申报》创办于1872年，《新闻报》创办于1893年，都早于它们十几年乃至三十余年，具有丰富的办报经验；论名气，在三报创刊前，它们早以行销万份以上，在海外，它们被视为上海舆论界的代表，知名度很高；论资金，三报系集零星小股而创办，靠人资助而维持，因此，财力远逊于《申》、《新》两报。但曾几何时《神州》、《民呼》和《民吁》接踵问世，《申》、《新》两报的名声几为其所掩。
那么，究竟是什么原因使三报的影响超过了报坛霸主，使《申》、《新》两报黯然失色呢？于右任作为我国民主革命时期的著名报人、元老记者，他从未向人们披露过这一“秘诀”。但笔者从他有关办报的论述中，把他成功的秘诀归结为下列几点：
其一是旗帜鲜明。从对三报的命名来看，“神州”唤起读者故国之情；“民呼”是大声疾呼，为民请命；“民吁”则与民呼字形相近，“用以表示人民愁苦阴惨之声”。报头不用清帝年号，改用干支纪年，亦旗帜鲜明。
其二是物色学有专长的人才撰稿。如“担任写社评的，都是第一流作家”，有的“长于小学，熟谙国史”，有的“精研名理，兼通佛乘”，有的是“沉博绝丽的骈文学家”，有的“精研舆地，熟于国际形胜”，有的爱“谈兵”，有的具有“政治法律的专家素养”。有这么一批既有专长，又血性过人的撰稿人，无怪三报名重一时。
其三是报道人民关心的问题。当时人民普遍对清廷和贪官污吏不满，三报就从揭露清吏贪污腐败、鱼肉人民等种种事实入手，三报的任务：“一面在揭发清政府之鸩毒，唤起民众；一面在研讨实际问题，作建国准备。”所以使读者振奋，耳目一新。
1962年4月24日（农历三月二十日），是于右任84岁寿诞日，台湾“邮政总局”发行了一枚“元老记者于右任”的邮票（上面有于的亲笔题字“为万世开太平”），以示崇敬。5月23日，当“邮局”向他赠送这枚邮票时，他借致答词的机会，谈了他对早年当记者最为怀念的感受：“在我生活的历程当中，最使我难忘也最使我怀念的还是从事新闻记者时期，尤其是当时的记者同仁，他们有的是壮烈殉国，有的以劳瘁而早逝，而他们英勇奋斗的精神，则始终照耀着我们的新闻天地。”
继《福州》、《民呼》、《民吁》后创办的《民立报》，继承了三报的优秀传统，在辛亥革命中起了三报不曾有过的巨大作用。
