内部控制评价主体是内部控制评价工作中必须予以明确的问题。在分析我国内部控制现状的基础上，可以看出现在进行的注册会计师内部控制评价不太符合我国企业的实际，因而也就不太有效。而以COSO报告理论为基础，以企业内部审计为主体进行的内部控制评价比较符合我国企业的实际状况。
一、对内部控制及评价认识上的不足
我国企业内部控制普遍薄弱。目前，绝大多数企业还未意识到内部控制的重要性，对内部控制也存在很多误解，甚至有些企业对内部控制的概念非常模糊，认为内部控制即是内部监督。一些人认为内部控制就是一堆堆的手册、文件和制度；也有些企业认为内部控制就是内部成本控制、内部资产安全性控制等；有的企业甚至对内部控制还没有概念。再加上公司治理结构的先天不足以及组织结构和人员素质等方面的原因，致使我国企业内部控制普遍薄弱。在这种条件下要求注册会计师出具内部控制评价报告，存在很大困难，进行操作时也会遇到重重阻力，最后的结果往往是内部控制评价报告仅仅流于形式，不具有任何实际意义，也达不到要求注册会计师出具内部控制评价报告的最初目的。
二、忽视对内部控制经营性目标的评价
财政部发布的《内部会计控制规范——基本规范（试行）》第二条规定：“本规范所称内部会计控制是指单位为了提高会计信息质量，保护资产的安全、完整，确保有关法律法规和规章制度的贯彻执行等而制定和实施的一系列控制方法、措施和程序。”第六条规定：“内部会计控制应当达到以下基本目标：（1）规范单位会计行为，保证会计资料真实、完整。（2）堵塞漏洞、消除隐患，防止并及时发现、纠正错误及舞弊行为，保护单位资产的安全、完整。（3）确保国家有关法律法规和单位内部规章制度的贯彻执行。”缺少对内部控制经营性目标的界定。
事实上，内部控制是企业进行内部管理的需要，是管理控制系统的一部分，其根本作用在于衡量和纠正企业工作人员的活动，以保证事态的发展符合计划的要求。它要求按照目标和计划，对企业工作人员的业绩进行评价，找出消极偏差之所在，采取措施加以改进，以提高企业的经营效率和效益，防止损失，保证企业预定目标的实现。
内部控制的目标包括经营性目标、财务报告目标、遵循性目标等方面。有效的内部控制，应能合理地保证董事会及管理阶层了解该公司实现其经营目标的程度，对外公开的财务报告可靠并符合相关的法律法规，内部控制的目标有兴利与防弊两个方面，兴利是最主要的。防止会计信息失真虽然是内部控制的一项重要目标，但内部控制最本质的作用乃是提高经济效益，实现企业的目标。防止会计信息失真既不是内部控制的惟一目标，也不是最重要的目标。可见，将内部控制目标仅仅定位在减少会计信息失真，不仅不利于发挥其改善经营管理的作用，而且会使企业领导及员工产生抵触情绪。而我国会计界在进行内部控制评价时过分强调内部控制对财务报告信息真实程度的影响，很少关注内部控制在提高经济效率方面是否起到应有的作用，这与目前我国会计信息失真严重的会计环境有关。
内部控制评价是指“对照内部控制理想、合适的理论模式，对单位现行的内部控制的适当性和有效性，进行分析以及价值评定工作”。
