特许连锁经营合同（或协议）是用来规范特许双方当事人权利义务的法律文件，可以说它是特许连锁经营关系中最重要的法律文件。根据合同标的的不同，特许连锁经营合同可以分为两类：
一类由特许总部向加盟商提供原材料、半成品和成品，总部主要通过销售实体来赚取利润。这类合同主要见于商品商标型特许连锁经营中。
另一类由总部向加盟商提供经营管理诀窍和销售支援，总部从加盟商支付的使用费和其他费用中获取利润。这类合同主要见于经营模式型特许连锁经营中。
总部可以选择第一类或第二类合同，而在许多情况下，特许连锁经营总部同时采用这两种形式，使其成为一个合同的两个部分，即既包括原材料供应又包括提供专有技术和销售支持。事实上，大多数的经营模式型特许连锁经营采用的都是这种混合形式的合同。
