这次共计229起骚乱和82起监狱暴动，导致150多人丧生的黑色大暴动，是由一个狱中的囚犯遥控指挥的，这个人名叫马尔科拉，是“首都第一司令部”的老大。
“第一司令部”的成员入狱时大多已是“狠角色”，身背重罪。等这些人再联合在一个组织的旗号下，能量和破坏力急剧增加。虽然最重要的几个头目都关在狱中，但他们依旧能策划实施偷运毒品军火、绑架、打劫银行、劫狱和监狱骚乱活动，比铁窗外的黑帮更厉害。
“首都第一司令部”组织十分严密，成员间互称“兄弟”。每人每月都要缴纳会费，如果本人仍在狱中服刑，会费为50雷亚尔，监狱外面的人则要缴纳500雷亚尔。如果交不起这笔钱，就得去执行一些危险的任务———如袭击警察———用来抵账。另外，首都第一司令部控制了许多吸毒窝点，那些来此吸毒的人如果没有钱，就可以用参加袭击活动来抵债。
20世纪90年代末，圣保罗警方加大了对“首都第一司令部”的打击力度。这时组织内部也发生内讧，15位“高级主管”死在自己人枪下。于是许多犯罪专家在2002年宣布：“首都第一司令部”已经灭亡。
实际情况是，“首都第一司令部”不仅没有寿终正寝，反而变得更加强大和高效。2003年，马尔科拉当上“首都第一司令部”老大，他还有一个绰号叫“花花公子”。他对“首都第一司令部”进行了重组，并与几十个独立的犯罪团伙结盟：由“首都第一司令部”向后者提供保护和日常开支，后者则要上缴不法收入中的很大一部分。这种方式还可以阻止竞争对手的产生。马尔科拉很快以一个“精明的改革者”形象赢得了黑道的尊敬。
马尔科拉出身于一个贫困家庭，以前只是个街头小打小闹的混混。1989年，马尔科拉因为抢劫银行被捕入狱，判刑39年。当“首都第一司令部”成立的时候，马尔科拉也被关在陶巴特监狱，只不过他当时因为表现更差而被单独关押，所以并未参加那场特别的足球赛。
马尔科拉在监狱中读完了基础教育课程，并声称自己读过的书超过3000本。而他时常挂在嘴边的则是中国的《孙子兵法》。这本写于2500年前的中国军事著作也成为了马尔科拉从不离手的随身物品。而马尔科拉时不时从嘴里蹦出来的兵法理论不仅令他得到了监狱中囚犯们的尊崇，同时也为他在监狱外面赢得了众多的追随者。
2002年11月，“首都第一司令部”当时的两名领导人被认为行事过于激进，从而被组织中的温和派赶下了台。此后，马尔科拉便成为了“首都第一司令部”的最大头目。
马尔科拉继续在监狱中发展势力。许多犯人是在威逼下加入该组织的，但马尔科拉也很会收买人心。他手眼通天，可以给犯人请律师、买药，还能利用关系给犯人在监狱中安排理想的工作和牢房。许多狱警被他收买，因此对马尔科拉的活动睁一只眼闭一只眼，况且黑帮还能帮助监狱维持秩序呢。在狱警的默许下，手机、毒品、电视和其他奢侈品都能顺利地进入牢房，马尔科拉在狱中也能指挥外面的行动。
圣保罗官方不清楚该州的14万囚犯中有多少人属于“首都第一司令部”，但可以肯定大部分监狱已经被它控制。
为什么关在狱中的黑帮头目能组织如此庞大的行动呢？有两个角色发挥了巨大的作用———手机和律师。
即使身在囚牢，黑帮头目仍然可以通过手机从容指挥各地的手下。他们可以通过亲属探监、律师见面，甚至直接贿赂监狱看守轻而易举地得到一部手机。2006年5月的大暴动便是由关押在监狱中的黑帮头目通过手机进行指挥的。
为此，警方曾要求电信营业商将监狱附近的手机信号塔拆除，但是，这需要联邦政府司法部门通过法律形式来授权。另外，警方也希望可以在监狱中安装手机信号屏蔽设施，然而这项工程花钱太多，政府望而却步。根据估算，单为一座监狱安装信号屏蔽设施大约就需要100万雷亚尔（约合50万美元）。而且，此类设施的更新换代远远比不上手机技术的日新月异。因此，一部小小的手机便成为了警方最为头疼的问题。
黑帮头目同外界联系的另一条途径便是与律师见面。在巴西，律师与罪犯之间的谈话受法律保护，因此，律师便成为黑帮组织传递消息的重要信差。圣保罗动乱中，就有多名律师牵扯其中。一位名叫佩雷拉的律师被巴拉那州警方逮捕，因为警方怀疑这名律师向至少三座监狱的囚犯传递了发动暴乱的消息。
“首都第一司令部”成立目的之一便是为被狱警开枪打死的111名囚犯报仇。因此，该黑帮与巴西警方的恩怨由来已久。“首都第一司令部”曾多次对警察发动袭击，袭击由狱中大佬安排。
2001年2月，当时的一个黑帮老大卡洛斯在一所监狱服刑。他命令手下在监狱下面偷偷挖了很长一条地道准备越狱，但这一阴谋被警方发现了。于是卡洛斯以“改善监狱条件，反抗粗暴待遇”为借口，用手机指挥圣保罗州的29所监狱同时发动骚乱。3万名囚犯很快控制了这些监狱，并将25000人扣为人质。警方坚决镇压，最后导致19名犯人死亡。从那之后，巴西警方曾多次采取行动，但是，每次都遭到了疯狂报复。
2003年11月，“首都第一司令部”又发动袭警潮，用机关枪、手榴弹等武器攻击了50家警察局，造成3名警察死亡和12人受伤。当时有消息称，该犯罪团伙展开如此疯狂的袭警行动是对巴西政府扫黑行动的报复。
2005年6月，“首都第一司令部”为了清理内部叛徒，在圣保罗市以西373公里的曼瑟斯洛监狱制造了一场骇人听闻的骚乱事件———他们先制伏警卫，然后把关押在“安全牢房”里、被怀疑为“叛徒”的犯人斩首，受害者头颅被抛到围墙外。
2006年9月1日，巴西警方逮捕了28名黑帮团伙成员，他们当时正准备挖掘地道进入两家银行行窃，执法部门缴获了犯罪嫌疑人使用的挖掘工具，同时缴获了205万雷亚尔。这些被逮捕的嫌疑人都是巴西犯罪集团“首都第一司令部”的成员。
为什么“首都第一司令部”的发展如此猖獗呢？这与巴西监狱管理有问题密切相关。
由于近年犯罪率居高不下，巴西各地监狱人满为患，条件恶劣，例如距离圣保罗市137公里的塔图伊监狱，本来只有11间牢房，能关押48人，但最多时竟然关押了249名囚犯。
黑帮组织于是在监狱内招揽新人，成为监狱“判官”，并通过手机在监狱内指挥监狱外的犯罪活动。正是为了打击“首都第一司令部”猖獗的犯罪行为，圣保罗当局决心切断该组织狱中头目与外界的联系，但随即遭到猛烈报复。
在巴西另一个大城市里约热内卢，警察和黑帮的战斗也异常激烈。20世纪六七十年代，在里约热内卢的贫民窟里，一个叫做“红色方阵”的有组织团伙开始形成，最终发展成为“红色司令部”组织。与此同时，警方也成立了一个叫做“死亡别动队”的分队，专门猎杀毒贩和犯罪团伙首领。这一阶段，黑帮分子使用的武器基本上是手枪加步枪。
到了80年代，“红色司令部”逐渐发展壮大，内部开始出现不同派别，一伙人另立山头，成立了“第三司令部”。1987年，在玛尔塔大妈山头爆发了首次黑帮之间的混战。一年之后，在罗西尼亚则爆发了首次大规模的黑帮和警察之间的对战。随着贩毒团伙在海洛因交易中获得大量利润，黑帮使用的武器中开始出现冲锋枪和微型机关枪。
进入90年代后，“红色司令部”继续分裂，又有一伙人脱离组织，成立了“朋友的朋友”。各个帮派之间芥蒂加深，势不两立，以至于政府方面只好在监狱中将来自不同派别的黑帮分子分开关押。
又是10年过去，由于毒品市场萎缩，各帮派只好大量地在自己控制的贫民窟中销售毒品，从而使得地盘争夺愈演愈烈。黑帮的弹药库中多了能够击落航空器的重型机关枪。
巴西并不是一个军火产业很发达的国家，黑帮分子手中的武器基本上都是从欧美进口到玻利维亚和巴拉圭等邻国，然后通过巴西漫长的陆路边境，一站站运到里约热内卢。由于武器来之不易，里约热内卢黑帮对于武器十分爱护，谁要在战斗中遗失一把冲锋枪，那就只好“提头来见”了。
为了跟上黑帮分子武器升级换代的速度，从1995年开始，警方开始购进了第一批冲锋枪。而最近几年，里约热内卢市政府每年都得花费至少275万雷亚尔为警察们更新弹药库。不过，“道高一尺魔高一丈”，以军备竞赛的方式试图剪除黑帮势力，恐怕只是一种治标不治本的做法。
2008年，一部描写里约热内卢特种警察和黑帮分子战斗的电影《精锐部队》问世，成为巴西电影史上最受欢迎的电影之一，这部电影反映出在社会问题没有得到重视和处理的情况下，光靠警察部门酷烈的“以暴制暴”是无法解决问题的。
