建文四年（1402年）六月十七日，朱允炆的亲四叔、以“清君侧”为名起事的燕王朱棣“靖难”成功，正式登基称帝，第二年改元永乐。从此，官方记载中，少了一位温文尔雅的惠帝，多了一位雄才大略的成祖。
史载，在登基之前，朱棣的心里充满了期待和忐忑。
4年前，即建文元年七月初五日的凌晨，朱棣正式扯起了“靖难”之旗，宣布废除建文年号，改称本年为“洪武三十二年”。从这一刻起，他才真正地感觉到自己走上了一条无法回头、只能胜利的道路——虽然他喊出的口号是“奉天靖难”，但却矢口否认自己“谋逆”。
形势异常危急。北京城的四周要塞都已经被朝廷派来的亲信重兵把守，军队加起来达10万之多，而朱棣所能支配的却只有燕王府的800名亲兵，双方实力悬殊，无法武力对决。对此，朱棣的策略是阴谋加闪电出击。
前一天，即七月初四日下午，朱棣用计将领兵包围王府的张昺、谢贵骗入王府斩杀，府外守兵群龙无首。五日凌晨时分，朱棣果断起事，命手下大将张玉和、朱能迅速出动，以迅雷不及掩耳之势一夜之间占领九门，城内明军纷纷投降。第二天，北京大定。
战火终于烧了起来。从表面上看，朱棣虽旗号打得漂亮，很能蛊惑人心，但力量终究有限。对方是名正言顺的一国天子，拥有理直气壮的正义和集天下于一身的各种资源。而朱棣是叛逆之师，以数百人起事，以北京城一隅而对全国，胜负之势似乎不难判断。然而，他仍然底气十足，从一开始就端着一副异于常态的冷静。
八月十二日，洪武朝唯一一位躲过朱元璋屠杀的开国宿将耿炳文，率领30万大军北上平叛。出师一月，即兵败定城。十月，建文帝换将李景隆，代替耿炳文领兵50万，再征再败。到建文二年五月时，水陆重镇德州失守，城内百万石粮食及无数兵器尽为燕军所得，南军一败涂地。在此期间，作为一名杰出的政治家和军事家，朱棣运筹帷幄、指挥若定，对战争的判断、分析和决策水平，毫不逊于其父朱元璋。
反观南京城内的小皇帝朱允炆，虽然看似满腹经纶、韬略过人，一上台便雷厉风行地大力削藩，实际却是多谋寡断，毫无权谋之术。这在他与朱棣对决的过程中展现得尤为突出。从一开始的掩耳盗铃，放回朱棣的3个儿子，以为能使朱棣降低戒心，“示彼不疑”，实则是给燕王大送定心丸；到关键时刻，识人不明，任命朱棣的心腹张信掌北平都指挥使司，让其监视朱棣，实则是与虎谋皮；再到出征之前告诫将士“毋使朕有杀叔父名”的妇人之仁，绑自己人手脚，授敌人以盾甲……类似情形，不一而足，失败的迹象已经非常明显。
600年后，回顾整个靖难之役的历史，我们可以清晰地看出，这场叔侄二人的生死对决，抛去了道德情感上的讨伐，朱棣的胜利完全是理之必然、势之所趋，早在朱元璋“龙驭上宾”时，就已经注定了。
朱元璋独特的集权方式，造成了他死后朱允炆面对的窘迫局面。他大开杀戒，杀光一切可能会危及他或他子孙手中权力的文臣武将。无论是同起草莽、忠心耿耿的元勋，还是计定乾坤、辅国佐君的良臣，或者能征善战、勇冠三军的宿将，都一一被他除尽，丝毫不考虑第二梯队人才的培养和接替。与此同时，他还尽可能地收回一切尽权力，集中在帝王手中。因此，当他死后，等到建文帝继承大统时，除了一柄权力空前巨大的帝国权杖外，身边竟没有一个经得起考验的文武英才。以至于靖难之役发生后，当燕王朱棣听说李景隆被任命为平叛大将军，领兵50万来征时，忍不住替朱允炆担心道：“此人）智疏而谋寡，色厉而中馁，骄矜而少威，忌刻而自用。未尝习兵，不见大战。以五十万付之，是自坑之也。”这应该不是一个玩笑。
而且对朱元璋来说，这应该还不是最大的打击，最大的应该是他日夜精思、机关算尽，预防了一切外人，却唯独没有防到萧墙之祸。他精心打造的拱卫帝室的防火墙，末了却将武器对准了自己钦定的接班人。
帝权的本质就是家族统治，是唯一的一个家族统治天下所有的家族。但是往往在具体的实施过程中，为了照顾某种平衡和附带的利益分红，家族的范围可能会相当宽泛。可这些到了朱元璋这里就行不通了。朱元璋偏执地认为，只有血管里流着的是他朱家的血，而且是直系的，方可以分享权力。所以，明朝建国后，异姓的徐达们必须死，同姓的李文忠（朱元璋的外甥，曾经也姓朱）们也必须死——不管他们为自己流过多少血，同自己患过多少难。而他自己的子孙后代们无论是否出过力，都可以大大方方地被封王。
更重要的是，朱元璋对子孙的封王还不是虚封，而是实封，即亲王不仅拥有自己的领地，还有属于自己的军队，是实实在在的小国王。朱元璋不惜一切分封权力，目的是打算靠这些有枪又有炮的藩王来帮助自己“皇图永固”。打一个通俗的比方就是，朱元璋用尽一切方法打造了一个黄金庄园。为了防止别人偷钱或分钱，他干脆不用管家和下人，只允许自己一人打理，并且规定，他死后，庄园的唯一继承人也只能这样做。与此同时，为了防止盗贼，他允许其他儿子们都拿着武器来护庄。这样一来，既保证了自己的财产不外流，也保证了庄园固若金汤，无人可撼。
设计固然巧妙，但他完全忽视了一点，即诸藩王有其个人野心，那些拿着大刀长矛的其他儿子们不会永远都不眼红庄园的持有者。
现实永远是残酷的。洪武三十一年之前，有朱元璋这根定海神针在，燕王们只能老老实实地看门，世界风平浪静。可是江山易主之后，新皇帝年仅22岁，并且在朱元璋纯正的儒家教育下，他还是一个文雅、浪漫、充满理想主义的书生。这就不能不使那些在各自王国里积累了丰富政治、军事经验，雄心万丈的叔父藩王们心潮上涌了。
建文三年十二月，朱棣第四次出师南下。这一次出师，他一如既往地发挥着自己高超的战争智慧，并取得了最终胜利。
在此之前，朱棣的“靖难”策略是稳扎稳打，步步为营，即由北至南，一步步征服天下。但是在山东屡屡被南军大将铁铉和盛庸顽固纠缠后，他发现，争城争池的拉锯战远不如轻骑奇袭的效果好。于是，他决定绕道山东，逼近徐、淮，一路绝不打攻坚之战，直扑南京而去。
建文四年五月二十日，扬州城不战而降。南京危矣。20多天后，六月十三日，守金川门的谷王朱橞和李景隆开门投降，南京沦陷，朱棣胜得一塌糊涂。
取得胜利后，朱棣的日子相当难熬。《明史》载：“是日，王分命诸将守城及皇城，还驻龙江，下令抚安军民。”朱棣死后，仁宗朱高炽御制的“长陵功德碑”也记道：“皇考虑惊乘舆，驻金川门，遣人奉章，言所不得已来朝之故。奸臣苍黄，知罪不宥，闭皇城门不内，而胁建文君自焚。皇考闻之大惊，发众驰救，至已不及。皇考仰天恸哭曰：‘臣之来也，固将清君侧之恶，用宁邦家，何不寤耶？’遂备天子礼殓葬。”
南京城破后，皇城已禁闭。此时，朱棣并没有决定立即攻城，而是将燕军退驻金川门，并且递书给建文帝。他始终坚称自己是“靖难”、“清君侧”，攻克南京城，目的已经达到，此时若再继续武力攻取皇城，就无法自圆其说了。相对于武力夺权，朱棣还是更加希望朱允炆自己能主动做点儿什么，或者逊位或者自裁，这样他就可以避免背上杀侄的罪名。
朱棣愿望如此，但朱允炆的答复却完全超出了他的想象——消失。当朱棣看见皇城内的火光时，他已明白让朱允炆自动逊位是不可能的了。但是他还心存幻想，急忙派兵救火，以确定朱允炆的生死，然而，从碑文中异常地没有交代朱允炆的尸首来看，朱棣并没有找到朱允炆。
但无论如何，此时，大明王朝的国都南京为朱棣所控制已确定无疑。第二天，投降的朝中文武及诸王纷纷以个人名义上表劝进，请求朱棣即位。朱棣称自己只有周公之意，并无称帝之心。随后，燕军诸将上表劝进，仍被严词拒绝。六月十六日，前两天上表劝进的两拨人联手劝进，恳请朱棣顺应民心。朱棣考虑再三，终于“勉为其难”，答应愿为天下苍生造福。
三次反反复复程式化的推让之后，六月十七日，朱棣的登基大典如期举行。此时，在等待和煎熬中过了4年的他，虽然数夜未眠，却毫无倦容，亢奋不已。在各种彩旗仪仗的引导下，在庄严的钟鼎鼓乐声中，朱棣率众将士在文武百官的夹道拜迎下，浩浩荡荡地直向皇城而去。
但意外发生了。根据《明史》的记载，燕王朱棣进城途中，路旁拥挤的人群中突然跑出一个叫杨荣的人，拦住朱棣的马道：“殿下先谒陵乎？先即位乎？”——按照帝王即位的程序，登基之前，新君必须先祭告天地祖先，这样，他的皇位才是注过册的。朱棣兴奋过度，竟然将如此重要的事情忘之脑后。
是日，建文四年六月十七日，朱棣正式即位，成为中国历史上著名的永乐大帝。
称帝的兴奋过后，当朱棣冷静下来平静地观察周围时，才发现自己兴奋得太早了。即使没有了朱允炆，他称帝的阻碍仍在。这个阻碍不是其他，而是他没有合法性——即使在杨荣的提醒下，他已经及时向天地祖宗注册了。
或许，他的这种感觉可能还早一些。
六月十三日，李景隆将金川门打开，战争结束了。从这一刻起，朱棣就尴尬地发现，虽然自己赢得了战争，却并没有获得欢迎、拥戴和臣服。从周围人虚假夸张的表情里，他发现他们眼神里一闪而过的三个字——“不承认”。
虽然朱棣称帝后极力封杀言论，以致后人难窥当时的真实情景，但个别明人的杂文笔记以及民间的传说，仍然留下了不少蛛丝马迹。从这些点滴中，我们或许可以捕捉到以上信息。
明人顾起元记述道，直到明末崇祯年间，他的家乡仍有一个传闻：“及燕师至日，哭声震天，而诸臣或死或遁，几空朝署。”《建文帝遗迹》中也记载：“当时城破后，迎降的文武官员不过百十号人，然遁去者，达四百六十三人。”数字未必精确，但可以肯定的是，与朱棣不合作的人应该不是少数。
因此，与其说朱棣登基后成功了，倒不如说他的战斗才刚刚开始。
其实，说白了，靖难之变不过又是一次皇族内部统治者之间争权火拼的事故罢了，不论谁做皇帝都与老百姓不相关，那么，大家为何要百般抵制朱棣呢？
道理很简单，伦理纲常而已。经过儒家思想数千年的渗透，伦理纲常已成为君臣之义、宗法关系、王朝继嗣制度等人们观念中根深蒂固的一种秩序理念。它们是整个国家的根本和大体，具有超乎道德之上的地位，是不可破坏的。然而，当朱棣凭仗武力推翻合法的建文帝，拿起帝国权杖时，整个大明王朝的读书人及官员被推入了一个极为尴尬的境地。因为按照儒家社会弘扬的理念，朱棣不是胜利的英雄，而是一个不折不扣的谋权篡位者！人们怎么可能情愿放下万古长存的道义而服务于一个篡位者呢？这无疑是一种精神自杀！
另一个原因，则可能是建文帝朱允炆的“贤德”所致。
虽然在位时间很短，但朱允炆却在任内推行了一系列大受百姓欢迎的新政，如将全国的田租减免一半、取消江南重税、裁汰政府冗员等等，极大地减轻了百姓的负担。同时，他还宽刑律，一改朱元璋时期“重典治国”的策略，强调今后国家的政策是“务崇礼教，赦疑狱，嘉与万方，共享和平之福”。时人记曰：“新政后）罪至死者，多全活之。于是刑部、都察院论囚，视往岁减三之二。”这也是后人称赞朱允炆的四年之治，纷纷将其比作“阳春”的重要原因。反观朱棣上台前后的残暴，他的不被人接受可以想见。
因此，朱棣上台后，大多数忠于建文帝的官员纷纷选择了弃官、隐退、逃亡甚至殉道等方式来表达对新皇帝的不认可，这种局面一度让朱棣措手不及。
方孝孺是朱元璋开国功臣文官第一位的宋濂的得意门生，建文帝时期又是朱允炆的老师和首席顾问。因此，他在士林中的声望极高，被天下读书人视为楷模。基于此，最后一次出征前，朱棣的军师姚广孝曾深谋远虑地叮嘱朱棣：“进入南京后，方孝孺是一定不会投降的。但无论如何都不能杀他，杀了他，天下读书种子绝矣。”朱棣颔之。
南京城破后，方孝孺被捕。朱棣记着姚广孝的话，同时想借助方孝孺的名望，让他为自己草拟即位诏书，从而让整个士林对他皇帝身份的合法性予以承认。但朱棣万万没想到，要实现这一简单的想法，竟难如登天。
面对朱棣的要求，方孝孺投笔于地，且哭且骂曰：“死即死耳，诏不可草。”结果朱棣大怒，命人将其磔于市。
方孝孺的拒绝犹如一记重拳，将朱棣打回原形。从这一刻起，他彻底明白了，想让接受过正统儒家教育的士人们轻易地接受自己是根本不可能的，只有通过屠杀，才能使那些士人胆寒；只有通过屠杀，才能使那些观望的人、不满的人，迅速扑倒在他的脚下。于是，他放弃了讲理，抛出一句“此朕家事”，再一次举起了血淋淋的屠刀。
于是，整个永乐元年都在血雨腥风、毫无节制的大屠杀中度过。方孝孺的“磔”刑，灭十族、杀873人，只是一个简单的开始，朱棣要用自己的行为告诉别人：“顺我者昌，逆我者亡。”
正是这段炼狱般的经历，中华民族的骨气开始倾颓，正气开始削弱。为满足这位自命为永乐皇帝的自私欲望，中国的历史、社会和人性付出了异常惨重的代价。
