在离开苹果后，当时SGI的首席执行官艾德·迈克拉肯和总裁汤姆·杰姆拉克双双亲自出马邀请李开复，希望他能加盟SGI。当时的SGI刚刚完成两次大的并购：1995年，SGI以5亿美元收购图形软件公司Alias Research and Wavefront Technologies；1996年，SGI更是斥资7.4亿美元收购了被称为“超级计算机之父”的西蒙·克雷创建的超级计算机公司Cray Research。SGI的业务范围与他在苹果所做的多媒体产品有着一定的相通之处：在1992年，SGI开发了知名的2D/3D图形应用程序编程接口（API）OpenGL，直到今天OpenGL标准在数字图形领域仍然有着广泛的应用，这对李开复来说无疑有着极大的吸引力。
SGI踌躇满志，李开复也有着把市场做大的雄心壮志。对于李开复来说，不是仅仅满足于为SGI卖出几千份软件，而是希望公司能和他的想法一起成长，为更多用户提供服务。于是，李开复和SGI很快就达成了协议，成为SGI的公司副总裁，显然，SGI也把公司振兴的希望寄托在了他的身上。
李开复到了SGI之后负责了一些商业的项目，卖出了两三亿美金的服务器，这在当时是一项了不起的成就。但是，SGI的商业模式却有着先天的不足，那就是SGI的机器价格昂贵，非一般人所能承受，软件只有专业人员才会有兴趣，而新购并的超级计算机业务只有NASA、统计局等需要进行超级计算的政府部门和科研机构等寥寥无几的客户，很明显，SGI的用户群过于专业化。
为了改变这种情况，李开复开始了基于OpenGL的多媒体应用的研究，想象着开创一个新的软件平台，可以在互联网上跨平台使用。他做的产品是一个三维浏览器。
虽然现在3D已经很普遍，但在当时这是一项很酷的技术。要知道，在1996年，计算机的软硬件条件都不是很好，能在浏览器里看三维的图像，这是相当不容易的。李开复每次做演示的时候，观众们都会有难以置信的感觉。他们觉得，在一个这么慢的电脑上，居然可以做三维的图像，而且能做得这么好、这么逼真、这么快，你们是不是做了一个硬件加速器啊？等检查以后他们发现这只是通过一个软件来实现的时候，那些看的人真的是下巴都掉了下来，等他们回过神来，他们的第一句话往往就是：“哇！怎么会有这么了不起的东西！”
有了这样的鼓励，李开复和他的团队就继续去改善这个产品。他们觉得一定会又一次地得到成功，因为这个东西又酷又新，竞争对手——无论是微软、苹果还是IBM——都做不出来。未来非常光明，看到这个产品的每个人都非常认可，非常支持他们做的一切。然而他们并没有意识到，这种认可对于消费者来说是没有任何成本的，也不是商业上的认可，而在这种廉价的鼓励下，他们已经慢慢偏离了原来做这个产品的初衷，想着的只是如何把这个产品做得更炫、让更多的人惊叹——这只是另一个完美主义的陷阱而已。不得不说，尽管已经历过苹果的沉浮跌宕，李开复仍然还没有意识到苹果的失败原因究竟在哪里。
李开复认为，这是一项了不起的技术，会彻底改变互联网甚至人类的生活。于是他向公司建议，“我们来做一个多媒体公司吧”。公司的首席执行官艾德·迈克拉肯对互联网和这个项目有特别的兴趣。他很慷慨地花费时间来听李开复的游说，然后便竭尽全力地支持他的计划。
1997年，SGI的总收入达到创纪录的36.6亿美元，但是，公司已经盛极而衰，开始在走下坡路；之前两次大规模的购并也使得SGI在现金流上捉襟见肘。艾德·迈克拉肯把口袋里最后一笔钱掏出来，咬咬牙告诉他的高级经理们：“李开复小组需要多少钱，就用多少，剩下的你们其他人分。”
SGI真的组建了一个叫做Cosmo Software的公司，并把这个公司交给了李开复。按照李开复的设想，一旦Cosmo做出了好的3D软件，就可以与微软谈合作，将软件移植到微软的“视窗”上。这并不是一个毫无依据的想法，SGI早就和微软有合作，在微软Windows NT中就提供了OpenGL技术，从而使一些原来必须在高档图形工作站上运行的大型3D图形处理软件，如用于制作电影《侏罗纪公园》而大名鼎鼎的Softimage 3D也可以在PC机上运用，影片的巨大成功也使SGI公司成了世界上最著名的计算机工作站制造商。正是看到了进一步合作的可能，SGI才会将更多的资源交给李开复调配。
李开复这一计划的构想很好，但实施起来却有一定的难度。1996年，微软实行了一项新计划，以支持在Windows 95上运行游戏，目标是把市场扩展到被任天堂和世嘉控制的游戏领域。出于某种考虑，微软不想用已经在Windows NT上提供的OpenGL技术，从这一点上看，李开复和SGI都有点孤注一掷的味道。
这项计划既刺激又危险。微软当时已经收购了Rendermorphics，Ltd。并得到它的被称作Reality Lab的3D API。经重新整理，微软发布了新的3D API——Direct 3D，很明显，微软想用Direct 3D替代OpenGL。但在李开复看来，Direct 3D是以COM接口形式提供的，所以较为复杂，稳定性差，另外，Direct 3D目前只在Windows平台上使用，而OpenGL是一个开放式的标准，可以在不同的平台如Windows 95、Windows NT、Unix、Linux、MacOS、OS/2之间进行移植。李开复相信，只要他们开发的软件好，就可以成为微软的伙伴。就算是竞争，他们也不见得会输给微软。
李开复所犯的正是许多技术人员都会犯的错误。技术人员的语言是，“技术自己会说话”，但他们却往往忽视了，一项技术之所以有价值，是因为这项技术可以拿来给许多不懂技术的人也可以轻松使用。因此，在很多时候技术并不是一切，技术外的东西在很多时候反而会起到决定性的作用。
果不其然，当李开复完成产品的设计，拿着它到微软去寻求合作时却碰了壁。
“不错！”微软毫不犹豫地承认SGI的东西更好些，甚至认定，几年以后会非常重要。“不过，现在用不着。我们现在买来的技术应该足够。”微软轻描淡写地对李开复说。
李开复向微软解释，他并不想从中向微软收取任何费用，只是想把这很不错的东西捆绑在微软的操作系统上。然而，微软一直在和李开复打太极，一边倾听他的陈述一边点头、微笑，但最后还是不肯接受。想想也是，孩子总是自己的好，微软当时已经有了Direct 3D，当然更希望采用自己开发的Direct 3D，以免受制于人。
