1998年的春天，又有一个新的选择摆在了李开复的面前。
在离开苹果后，李开复加盟了SGI，然而这个昔日拥有图形系统和超级计算机两张王牌的公司已经在走下坡路。1998年春天，SGI新上任的总裁瑞克·布鲁斯和李开复进行了一席谈话，他给李开复下了最后通牒，让他在六个月内卖掉他负责的项目以及为这个项目专门成立的子公司Cosmo Software。而李开复也将面临新的选择：是换一家公司继续打工呢，还是自己创业？
从1990年到1998年，李开复在硅谷一呆就是八年。这八年中，李开复一直非常忙碌地在苹果和SGI工作，现在总算可以松一口气了，然而，接下来的路又该怎么走？可以说，当年李开复是抱着改变更多人的生活的愿望走出象牙塔的，但是这八年中，从苹果到SGI，李开复反而有一种路越走越窄的感觉。一方面固然是苹果和SGI都是硬件公司的原因，另外，由于苹果和SGI的产品用户群太过狭窄，只有一小部分人群购买他们的产品，所以无法形成他所希望的巨大影响力。
在经过了评估之后，李开复决定还是继续当职业经理人。按理说李开复应该首先考虑选择什么样的一家公司，但是在此时李开复却更多考虑的是这份新工作的地点——他想到中国去工作，以完成父亲的愿望。
李开复的父亲李天民感情丰富、细腻，极念旧情，凡事谨言慎行，和几个子女在一起的时间并不多，而且非常不爱讲话。虽然李开复11岁就离开台湾到美国求学，父亲的形象仍旧在他的心中潜移默化地产生着影响。这种影响在他年轻时没有体现出来，但就像绝大多数中国人家庭一样，父亲对子女，特别是对儿子的影响，是一种来自血脉的继承，时间越久，感受越深。
父亲总会成为李开复的精神依靠。在美国上中学的时候，李开复当时的想法就是想跟着父亲的路子走，因而才会在报考大学的时候选择了法律系。李开复在读博士的时候，李天民来美国看他，成了李开复当时正在开发的语音识别系统的第一批测试者。那时李天民总是问：“你这个技术中文能用吗？你会不会想把它转移到中国的公司里面去？”当时的李开复并没有过多深思父亲的提问，但是当李天民去世之后，在跟他的一些学生交流的时候，李开复才发现，父亲之所以会这么问，是因为他对祖国深深的爱。
李天民对祖国的爱超乎李开复这一代子女所能领会。李天民是一个典型的、传统的中国知识分子，他们忧国忧民，“天下兴亡，匹夫有责”，“居庙堂之高则忧其民，处江湖之远则忧其君”，“苟利国家生死以，岂因祸福避趋之”。然而对于他们那一代的中国知识分子而言，对中华民族的爱又是非常痛楚的：他们亲身经历了华夏河山的破碎、生灵涂炭的痛苦，那种对中国人不再被异族欺凌的期盼是李开复这一代人所不能体察的。
李天民于1993年在台湾病逝。病重之时他告诉李开复等几个子女，在过去的四五十年里面他都没有机会回到祖国大陆，并没有做出什么事情来真正地帮助祖国成长，因此他希望，在他的七个孩子里面，至少有一个能够为祖国做一点事情出来。最后卧床不起时李开复去照顾他，当时他正在写他的最后一本书，就跟李开复说，除了这本书，他有一个很大的遗憾，那就是真的很想再写一本书，书名叫做“中国人未来的希望”，但可惜已经没有机会了。这一幕被李开复深深地记在了心中。
儒学大师钱穆先生曾为李开复的父亲李天民手书对联一副：“有容德乃大，无求品自高。”李天民视若珍宝；在他过世之后，这副对联留给了李开复。看着家中墙上挂着的这副对联，李开复认为，父亲把他最珍爱的对联留给了自己，自然是对自己寄予了很高的希望，自己也应该去满足父亲的愿望。
这样的念头在李开复的心中一经涌现，就像开了闸的洪水一样奔腾不息。自1990年拿了联合国的资助第一次来到大陆后，李开复已经先后五次来到大陆，每来一次，他对大陆的感情就更深一分。而每次想到父亲，他到大陆去工作的希望就越强烈。
正是怀着对父亲的敬意，才使得李开复作出了去大陆工作的选择。
子曰：“父在观其志，父没观其行。”又曰：“三年无改于父之道，可谓孝矣。”前面这句话的意思是，父亲在世的时候，做儿子的要听从父亲的教诲，不能擅自行动，因而要观察儿子的志向来了解他；父亲去世后，做儿子的可以自己做决定，因而就要观察儿子的行为来了解他。为什么说“三年无改于父之道”呢？按照古代的规矩儿子要守孝三年，在这三年中如果他能遵照父亲生前的道德规范而没有改变，犹如父亲尚在的话，就可以称为孝子了。
从小接受中国传统文化教育的李开复对这几句话所表达的意思自然非常熟悉。如果说在读书的时候，李开复希望写出好的论文；工作之后，希望做出好的产品，获得更高的职位，这正是“父在观其志”的体现；现在就该是“观其行”的时候了。没有在其父亲辞世时陪伴在身边，李开复心中充满了遗憾；而能将父辈的品德、遗愿和志向抱负继承下去的行为才是中国文化中最重要的东西。正因为如此，李开复才会选择一份与中国有关的工作，而没有首先去计较薪水的多少。
如果从理智与情感上考虑，这并不是一件很明智的事。在很多人眼里，放弃美国总部的工作来到各方面还不是很发达的中国，不仅无异于流放，所获得关注的机会也更少，更不要提自己的收入可能还会降低了（李开复后来组建的微软亚洲研究院的政策一开始就是如此，回到中国之后的工资待遇，第一年是美国水平，第二年砍掉一部分，第三年和中国国内的工资拉平）。但是对李开复来说，这些都不重要，重要的是，这份工作能够让他遵从内心，让他来到中国，按父亲的遗愿，真真正正为中国做些事情。
就这样，在朋友黄华东的引荐下，李开复与负责微软基础研究工作的高级副总裁里克·雷斯特进行了一番交流，在这次交流中，李开复介绍了他对中国研究院的一些想法，而这些想法也得到了里克·雷斯特的肯定和支持。里克·雷斯特承诺，建立中国研究院的细节不仅由李开复来决定，而且微软对中国研究院的资金投入至少会达到与剑桥研究院同等的水平。感受到微软的诚意，李开复也作出了加盟微软的决定。
1998年7月9日，微软宣布了李开复的正式加盟并负责组建微软中国研究院的消息。而仅仅在一个星期之后的7月中旬，李开复就离开美国来到了北京。与李开复一同来到中国的只有另外两名同事，这也是微软中国研究院最初一批的成员。微软中国研究院日后的繁荣场景，当时或许没有一个人能想象得到。
