如前所述，我国基础设施领域已有的改革在思路和操作实践上是套用“两分法、一步走”的改革模式，才出现了不少问题。我国正处在转轨经济的关键阶段，一些看似达不到古典经济学最优条件的制度安排在特定背景下却是有效的。次优理论（Theory of Second Best）认为，如果一般均衡体系中存在着某些情况，而这些情况使得帕累托最优的某个条件遭到破坏，那么即使其他所有的帕累托最优条件都能得到满足，结果也未必令人满意（高鸿业，2001）。所以，我国基础设施领域国有企业的改革不能采用基于“最优理论”的“两分法、一步走”的改革路径，而应该基于“次优理论”来分步推进，即在改革的理论逻辑和思路上选择“谱系法、分步走”的改革路径。经过20多年的分步改革，国有企业的行政保护局面正逐步被打破，行政命令不断为市场调节所替代，所有者和经营者不断实现分离，企业产权正在逐步的明晰化，对经营者的激励和约束机制正在由传统的政治上、精神上向经济上转移等。但是，垄断性行业中的国企改革远不如一般性企业改革的效果显著，模糊产权依然成为“次优”的制度安排，依然成为政府控制企业产权的理由。在委托代理链中，委托人代理人的人格身份依然模糊，对企业经营者的激励与监管依然乏力，网络型基础设施领域的企业多数仍为政府所有，且以垄断形态运营（铁路等）出现，企业“内部人控制”的状况依然严重，从而为边缘性企业的孵化提供了条件。
所谓“谱系法”是基于特殊法人与私法人的分类，把基于单独立法的公企业再细分为A、B、C、D四类，并将与之相对应的不同企业组织形式，按不同维度进行排列。所谓“分步走”改革是指：第一步，通过改革把缺乏单独立法的、我国提供基础设施及其服务的政企、政资与政监合一的国有企业改造成基于单独立法的政企、政资与政监合一的A类公企业；第二步，把基于单独立法的政企、政资与政监合一的A类公企业改造成基于单独立法的，政企、政资、政监分开的B类或C类公企业；第三步，通过改革部分地把基于单独立法的B类、C类公企业再转变成D类公企业或基于私法的民有企业。从完全国有国营到完全私有私营有一个逐渐改变的谱系，每一类企业与其他企业之间都有相对清晰的界限，而改革后的国有企业是一些由单独立法加以调整和规范的特殊法人。当然，我们也可以把看作是国有企业民营化的分阶段示意图，也需要根据实际情况对有关行业按照时间顺序排出逐步实现较彻底民营化的改革安排。事实上，在推进改革实现有效竞争时，更详细的改革路径安排则。
在基础设施产业的“七寸模块”，国有企业改革的任务是：首先，推进法人制度转型，由没有单独立法转向单独立法，设立特殊法人，由国有企业转变为A类公企业；其次，实现政企、政资、政监分离，将A类公企业转变为国有全资的B类公企业；再次，推进股份制改造，将国有全资的B类公企业转变为国有控股的B类公企业。
在基础设施产业的“龙头模块”，国有企业改革的主要任务是：首先，推进法人制度的转型，由没有单独立法转向单独立法，设立特殊法人，由国有企业转变为A类公企业；其次，实现政企、政资、政监分离，由A类公企业转变为国有全资的B类公企业；再次，推进股份制改造，将国有全资的B类公企业转变为国有控股的B类公企业；最后，实现公私合作或推进上市，将B类公企业转变成C类或D类公企业；在小规模的局部市场，也可在条件成熟时进一步推进特殊法人制度向私法人制度的转变，实现B、C、D类公企业向私企业的转换。
在基础设施产业配套模块，由于已经通过改革基本上变成了国有全资或控股企业，且基本属于竞争性领域，缺乏部署特殊法人制度的必要性，所以，国有企业改革的主要任务是：首先，进一步按现代企业制度推进改革，实现公私合作或上市，将国有企业转变成C类或D类公企业；其次，推进国有股份的进一步退出，实现C、D类公企业向民营企业的转换。
在基础设施产业七寸模块、龙头模块与配套模块之间，要积极推进“横向切割 纵向分拆”的改革，充分引入竞争，使各类公企业、民营企业等企业组织形式之间形成合理的配比关系。
