明崇祯十七年（1644年），李自成率领的大顺农民军攻进北京，推翻了明王朝。在这以前不久，雄踞东北的清太宗皇太极病死，大权落到努尔哈赤第14子多尔衮手里，他立皇太极第9子福临为皇帝，自己当摄政王。福临继位后，建年号为顺治，清朝习惯用年号称呼皇帝，所以历史上称他为顺治皇帝。
多尔衮立福临为帝后，决定率清军向山海关进发，准备进占中原。时任明朝山海关总兵的吴三桂降清，为清朝逐鹿中原打开了大门。占领北京的李自成深知敌我力量对比对农民军不利，再加上北京城内严重缺粮，明朝残余势力伺机而动，城外又没有援兵，于是决定退出北京，做长期抗清的准备。清顺治元年（1644年）四月二十九日，李自成在武英殿登基称帝，第二天早晨就率军撤往陕西去了。两天后，清军入据北京城。多尔衮一方面宣扬说“：我们大清是仁义之师，这次进关杀贼，是替你们报君父之仇的”。为了拉拢汉族上层，他决定按帝礼为崇祯发丧，并说地方官吏归顺者晋级，明宗室来归者不夺王爵。另一方面清军对内地广大人民包括中小地主实行高压政策，镇压所有不归顺者，圈占耕地房屋，强制汉人剃发易服。当时，汉族和其他民族各阶层群众的生命财产都受到威胁，因此清初不可避免地出现了全国规模的抗清斗争高潮。而作为这场斗争的主力，仍是明末两支农民起义军，即李自成领导的大顺军和张献忠领导的大西军及其余部。清朝则将这些农民起义军视为自己夺取政权的最大障碍，所以首先组织力量全力消灭他们。多尔衮任命英亲王阿济格为靖远大将军、豫亲王多铎为定国大将军，分别率领满洲八旗和明降将吴三桂、尚可喜、孔有德等人所部人马以及蒙古各部，分两路追剿由北京撤退到陕西的李自成农民军。由于李自成的大顺军在潼关迎战失利，最后起义军主力撤离陕西。
清军打到西北后，招降了原明朝柳沟（今甘肃安西县东七道沟）总兵、宁夏籍人刘芳名，让其留任原职，顺治二年（1645年）调任宁夏总兵。原明朝参将、宁夏镇回民马宁也归降了清政府，任凤翔协副将，隶属英亲王阿济格汉军正白旗，顺治三年调宁夏，跟随刘芳名与活动于陕甘宁的李自成余部作战。两人在镇压宁夏地区的反清斗争中发挥了重要作用。
虽然李自成农民军主力撤离陕西，但其余部在贺珍、贺弘器、李明义等人领导下，仍在陕西特别是在关中和固原一带坚持斗争。他们组织当地群众，并联合前明将士共同抗清。在宁夏地区，原投降起义军的前明固原守将白广恩和宁夏监军陈之龙投降了清军，抗清斗争的主要领导者是贺珍的部将、原明朝固原副将武大定。他在固原组织抗清，“徒党甚众”。顺治二年十二月，他们处死了清固原总兵何世元、副使吕鸣复、游击周存德和马应熊等人，一时声势大振。次年五月，为了对抗肃亲王豪格的围剿，武大定率众退入秦州（今甘肃天水）。顺治四年（1647年）六月，武大定攻克陕西紫阳县，声势复振。虽然最后寡不敌众，被清军击败，部众2000余人惨遭杀害，但武大定和贺珍的余部，仍在陕西各地坚持抗清斗争，直至顺治六年。
在武大定等大顺农民军余部的带动下，宁夏各地农民和士兵也纷纷聚众响应，展开反清斗争。顺治三年（1646年）三月，清宁夏副将王元、马德，因反对清宁夏巡抚衙门无故监禁士兵赵锐，率众起事，处死首任宁夏巡抚、满洲人焦安民。兵变发生后，准备去巩昌（今甘肃陇西县）追剿农民起义军的宁夏总兵刘芳名闻讯后立即返回宁夏。他采用分化瓦解的手段，将马德调往花马池任副将，分散王元的力量。王元势孤，决定投奔在今宁夏同心一带聚众抗清的大顺农民军部将洪大诰，不料出城时遭到刘芳名部的伏击，王元奋力杀出，后被清军副将马宁擒获。这次宁夏士兵暴动被镇压。
顺治四年春，马德乘刘芳名偕河东道马之先出兵惠安堡（今盐池县惠安堡）之机，聚集部众夺取清军武器和物资，遁入山中，并同农民军贺弘器部联络，在预旺城（今属同心县）一带抗清，一度联合攻克安定（今甘肃定西）。同时，王一林等也在今同心罗山杀死清军参将张纪，率众起义。这几支起义军在宁夏、固原、平凉、庆阳一带坚持抗清斗争。
为了镇压宁夏地区此起彼伏的抗清斗争，顺治四年五月，陕西总督孟乔芳率军屯驻固原坐镇指挥，各地起义群众先后遭残酷杀害。宁夏总兵刘芳名督率所部清军在乱麻川（在今同心县境）攻击王一林领导的起义军，王一林不敌，率众退至预旺城，刘芳名再追击至预旺进行剿杀，王一林战死。秋天，刘芳名又发兵至河儿坪（在今同心县境），屠杀了马德等起义农民1000多人，又在固原击败了贺弘器和李明义等大顺农民军余部。副将马宁则率清军于半个城（今同心旧县城）镇压了大顺农民军部将洪大诰所领导的起义群众，并杀害了洪大诰。
宁夏地区的反清斗争基本被镇压下去了。但是宁夏周边地区又爆发了多次对宁夏有影响的抗清斗争。顺治五年（1648年）四月，甘肃河西回族人民在米喇印和丁国栋的领导下，在甘州起义。他们奉戴前明延长王朱识，在“反清复明”的口号下，迅速攻下凉州，占领巩昌、岷州、兰州、临洮、渭源等城，控制了全部陇西地区，并在兰州处决了甘肃巡抚张文衡等一批清朝官吏，“关辅大震”。顺治六年（1649年）一月，山西爆发了大同总兵姜瓖（xiānɡ）倒戈反清斗争，他宣布奉南明（明亡后其残余力量先后在南方建立的政权）“永历正朔”（永历，明末桂王朱由榔年号），自称大将军，控制了晋北、内蒙古广大地区。这年三月，明宗室朱森淦在阶州（今甘肃武都县）起事，陕北王永强等聚众响应，先后攻占延安、榆林、定边、临河堡和花马池等地，杀死延安巡抚王正志和靖远道台夏畤（zh）ì芳等清朝官吏。这一年，居于河套的蒙古扎木索和多尔济等发动蒙古群众，劫持清朝派来的使臣图鲁锡奔向贺兰山，并以此为大本营，经常袭击清军。
总之，顺治年间各族群众的反清斗争，犹如燎原大火，燃遍全国。宁夏地区的抗清斗争同东南一带人民的抗清斗争遥相互应，而且延续甚久，一直到顺治十四年（1657年）三月，宁夏还发生了清军都司王一龙发动的兵变。尽管这些抗清斗争和兵变都被残酷镇压下去了，但清政府也为此付出了代价，朝廷派往宁夏等地的巡抚、道台有不少被处决，一些将领被杀死。这些当然与清初实行的残酷镇压和民族歧视政策不无关系。因此，清初各族群众反抗封建统治者的民族压迫、追求民族平等的勇敢战斗精神是值得称颂的。
