明末李自成领导的农民起义军曾多次直接进占宁夏南北各地，使这里一度成为起义军的后方基地。
崇祯七年（1634年）闰八月二十五日，李自成领导的起义军围攻甘肃静宁，同月二十九日又攻陷隆德县城（今属宁夏）。十月，再攻下化平（今宁夏泾源县）。其间，李自成的起义军转战于六盘山地区和泾河流域，不断取得胜利。十二月，农民军由陕东出终南山，进入河南。第二年正月，起义军攻陷河南荥（xínɡ）阳，并在荥阳召开了由13家、72营起义军首领参加的大会，共同商量抵御官军的办法。大会后，李自成又率部返回陕西，起义军在流动作战中曾先后7次攻占隆德县城。后起义军从六盘山区北上，攻占了固原北边的镇戎所（今固原县七营乡境北）、海剌都（今海原县城）和西安州（今海原县西安乡）等地。
崇祯十六年（1643年）十月，李自成亲率大军攻破潼关，杀死明军主将孙传庭，消灭明军主力4万余人。起义军占领西安，并派刘宗敏、李过、田见秀等各率大军，分三路扫荡明朝官军在西北的残余势力。刘宗敏、袁宗第率领的西征义军进抵固原，固原守将白广恩献城投降，并加入起义军。这年十一月十六日，起义军发起对宁夏镇的进攻。二十二日，李自成又从西安派出增援部队，会同西征部队协力攻城。由于宁夏官兵据城死守，全力反扑，起义军伤亡数千人，未能将城池攻破。二十七日，陕北重镇榆林城被起义军攻克，这样一来，宁夏镇陷于孤立无援的境地。起义军又发出檄文，传至宁夏，要求宁夏镇明军献城投降。庆王诸宗属及缙绅会集庆王府商量对策。十一月底，束手无策的宁夏巡抚李虞夔（ku）í和庆王朱倬漼（zhuōcuǐ）最后投降，宁夏总兵官管抚民和监军陈之龙率全城官兵缴械，明王朝在宁夏的统治历史宣告结束。次年，庆王朱倬漼随起义军撤往山西，四月被杀。
起义军开进宁夏城，受到百姓的热烈欢迎。但宁夏镇人王凤水与明军指挥彭凌云等13人密谋勾结贺兰山后的蒙古鞑靼，组织武装叛乱。起义军及时查获并予以镇压，稳定了局势。李自成任命宁夏监军陈之龙为宁夏节度使，让投降总兵牛成虎镇守宁夏，又任管抚民为前先锋。
起义军消灭了陕西三边的官军后，为自己奠定了以关中为中心的西北基地。崇祯十七年（1644年）正月，李自成以西安为西京，建立大顺政权。三月十八日，起义军攻克北京城，崇祯皇帝吊死在煤山上，也就是今北京景山。由朱元璋开创的明王朝，在经历了276年之后，随着它的末代皇帝的自杀而寿终正寝了。
