努尔哈赤统一建州女真的胜利，影响着海西女真内部相互关系，及其同建州的军政关系。这种复杂的矛盾，在运用政治、通使、联姻等手段无法解决时，便诉诸于武力，爆发了古勒山之战。
古勒山之战的爆发，并不是偶然的。建州、哈达、叶赫之间的矛盾，是导致古勒山之战发生的一个重要原因。其时，哈达贝勒孟格布禄诸兄弟俱已死，只有其长兄扈尔干之子歹商（戴善）同他角立争局，且叔侄不和，势同水火。孟格布禄亲叶赫，而歹商亲建州。叶赫贝勒布斋和纳林布禄欲图哈达，其障碍是歹商，歹商则依附建州努尔哈赤。于是，叶赫二贝勒将矛头指向努尔哈赤，企图达到一石二鸟之目的：既削弱建州，又顺服哈达。所以，叶赫贝勒布斋和纳林布禄便以弹石投向建州的努尔哈赤。
万历十九年（1591）正月，叶赫贝勒纳林布禄遣使宣尔当阿和摆斯汉至费阿拉，对努尔哈赤道：
乌喇、哈达、叶赫、辉发、满洲，言语相通，势同一国，岂有五主分建之理？今所有国土，尔多我寡，盍将额尔敏、扎库木二地，以一与我！
努尔哈赤回答道：
我乃满洲，尔乃扈伦；尔国虽大，我岂肯取？我国即广，尔岂得分？且土地非牛马比，岂可割裂分给？尔等皆执政之臣，不能各谏尔主，奈何靦颜来告耶！（《清太祖高皇帝实录》第2卷）
说毕，令叶赫使臣返回。
叶赫贝勒纳林布禄碰了钉子之后，仍不甘心，他召集叶赫、哈达、辉发三部贝勒会议，决定各部同时遣使至建州。努尔哈赤在费阿拉客厅里宴请三部使臣。酒席间，叶赫贝勒纳林布禄的使臣图尔德，同努尔哈赤展开一场激烈的舌战。
图尔德曰：“我主有言，欲相告，恐触怒见责，奈何？”
努尔哈赤曰：“尔不过述尔主之言耳！所言善，吾听之；如出恶言，吾亦遣人于汝主前，以恶言报之。吾岂尔责乎！”
图尔德曰：“我主云：‘欲分尔地，尔不与；欲令尔归附，尔又不从。倘两国兴兵，我能入尔境，尔安能蹈我地耶！’”
努尔哈赤闻听这番政治讹诈之后，勃然震怒，举刀断案，道：
尔叶赫诸舅，何尝亲临阵前，马首相交，破胄裂甲，经一大战耶！昔哈达国孟格布禄、戴善，自相扰乱，故尔等得以掩袭之。何视我若彼之易也？况尔地岂尽设关隘，吾视蹈尔地如入无人境，昼即不来，夜亦可往，尔其奈我何？昔吾以先人之故，问罪于明，明归我丧，遗我敕书、马匹，寻又授我左都督敕书，已而又赍龙虎将军大敕，岁输金币。汝父见杀于明，曾未得收其骸骨。徒肆大言于我，何为也？（《清太祖高皇帝实录》第2卷）
会后，努尔哈赤写出回帖，遣官送交叶赫贝勒布斋和纳林布禄。
战争是政治的继续。纳林布禄对努尔哈赤，既不能用联姻手段笼络，又不能以政治讹诈压服，便只有诉诸武力。但是，狡猾的纳林布禄先放一把小火对建州进行试探。
万历二十一年（1593）六月，叶赫纠合哈达、乌拉、辉发四部兵马，劫建州户布察寨。努尔哈赤闻讯后率兵往追，直抵哈达部富尔佳齐寨。建州兵与哈达兵在富尔佳齐相遇。努尔哈赤令步骑前行，独身殿后，以诱敌入伏。这时追兵突至，前一人举刀猛扑，努尔哈赤回身扣弦，射中马腹，敌骑遁去；另三个联骑举刀冲来。当努尔哈赤坐骑惊跃几乎坠地之际，“三骑挥刀来犯，安费扬古截击，尽斩之”（《清史稿·安费扬古传》第225卷）！努尔哈赤赖右脚扳鞍得以复乘，并急发一矢，孟格布禄坐骑中箭倒地。他的仆从把自己的马让给主人，主仆骑从逃回。努尔哈赤化险为夷后。率马兵三人，步兵二十人迎敌，杀敌兵十二人，获甲六副、马十八匹，胜利而归。这场富尔佳齐战斗，吹响了古勒山大战的螺号。
九月，以叶赫贝勒布斋、纳林布禄为首，纠集哈达贝勒孟格布禄、乌拉贝勒满泰之弟布占泰、辉发贝勒拜音达里四部，长白山朱舍里、讷殷二部，蒙古科尔沁、锡伯、卦尔察三部，共九部，结成联盟，合兵三万，分作三路，向建州费阿拉，摇山震岳而来。叶赫贝勒没有从对建州政治失算和军事受挫中汲取教训，想以九部联军的强大兵力，制服建州，实现其称雄女真的目的。由叶赫贝勒统率的九部联军，自青龙山西麓三道关即扎喀关东进。入夜，到浑河北岸，举火煮饭，火密如星。建州探骑武理堪驰报：敌军饭罢起行，夜渡沙济岭，向古勒山而来，拂晓将要压境。
态势虽然极为严重，但时势对努尔哈赤颇为有利。因为明廷以朝鲜事忙于议和、班师，而叶赫、哈达又屡遭重创，元气未复。他充分利用时机和地形，做好迎敌准备。“夫地形者，兵之助也”（《孙子兵法·地形篇》），努尔哈赤根据地形险隘，进行了军事部署：在敌兵来路上，道旁埋伏精兵；在高阳崖岭上，安放滚木礌石；在沿河峡路上，设置横木障碍。布置就绪后，待天明率军出战。努尔哈赤就寝酣睡，他的妻子富察氏把他推醒，问道：“尔方寸乱耶，惧耶？九国兵来攻，岂酣寝时耶？”努尔哈赤答道：
人有所惧，虽寝，不成寐；我果惧，安能酣寝？前闻叶赫兵三路来侵，因无期，时以为念。既至，吾心安矣。吾若有负于叶赫，天必厌之，安得不惧？今我顺天命，安疆土，彼不我悦，纠九国之兵，以害无咎之人，知天必不祐也！（《清太祖高皇帝实录》第2卷）
努尔哈赤说完之后，安寝如故。不难看出，沉着是努尔哈赤身临险境的一项宝贵的修养。他说“天”不佑海西而佑建州，自然是个天命主义者。如果抛弃“天命”的外壳，那么沉着的内核却蕴含着对形势的观察、敌我的分析、军力的计算、胜负的判断。这使他深信：即将降临的古勒山恶战对建州可能是喜剧，而对海西必定是悲剧。
第二天拂晓，用完早饭，努尔哈赤率领诸王大臣祭堂子，拜祝曰：“皇天后土，上下神祇，努尔哈赤与叶赫，本无衅端，守境安居，彼来构怨，纠合兵众，侵凌无辜，天其鉴之。”又拜祝曰：“愿敌人垂首，我军奋扬，人不遗鞭，马无颠踬（zhì，被东西绊倒），惟祈默佑，助我戎行！”（《清太祖高皇帝实录》第2卷）他在借助天神的威灵，发布檄文，鼓舞士气，统率兵马出征。
建州派出的侦察武理堪，“擒叶赫一卒，讯之，言‘敌众三万’”（《清史列传》第4卷）！建州兵闻之色变。
兵法云：“合军聚众，务在激气；临境强敌，务在厉气。”（《孙膑兵法·延气》）就是说，在统兵迎敌，临战之前，要激励士气，鼓舞斗志。努尔哈赤是懂得这个道理的。他深知强敌逼境，将士怯畏，要激励士气，光靠祈祷神保佑是不够的。应当向将士们分析军事形势。以增强其必胜信心。他说道：
尔众无忧！我不使汝等至于苦战。吾立险要之处，诱彼来战——彼若来时。吾迎而敌之；诱而不来，吾等步行，四面分列，徐徐进攻。来兵部长甚多，杂乱不一。谅此乌合之众，退缩不前，领兵前进者，必头目也。吾等即接战之，但伤其一二头目，彼兵自走。我兵虽少，并力一战，可必胜矣！（《满洲实录》第2卷）
努尔哈赤正确地分析了己之所长——立险扼要，以逸待劳；彼之所短——贝勒甚多，乌合之众。他又制定了战术原则：据险诱敌，伤其头目，集中兵力，奋勇合击。这就安定了军心，激励了士气。建州兵将士，人衔枚，马勒口，准备迎接一场血战。
努尔哈赤统军向西急驰，行至扎喀以东郊野，得扎喀城的城守鼐护和山坦的军报：九部联军于辰时已至，先围攻扎喀城，不克；又退攻黑济格城，不利。是夕，九部军与建州军均在做翌日决战的准备。
翌晨，努尔哈赤率亲军上古勒山，对黑济格城，据险结阵。时九部联军又攻黑济格城。仍未下。叶赫贝勒布斋和纳林布禄求进图胜心切，但两城未克，大军受阻，急烦难耐。胸有成竹的努尔哈赤，派巴图鲁额亦都率精骑百人，径冲向九部军阵。叶赫兵见建州兵来，罢攻城之勇，转向额亦都。额亦都佯败，且战且退。联军乘机前进，但沿途受障碍所阻，兵士不能成列，首尾像长蛇似地缓进。叶赫贝勒布斋和纳林布禄、蒙古科尔沁贝勒明安、乌拉贝勒布占泰等统率九部联军，中努尔哈赤“派额亦都诱敌布斋至古勒山下”之计（《清太祖武皇帝实录》第1卷），追击额亦都于古勒山下隘口，叶赫贝勒布斋和纳林布禄等统率九部联军，“围古勒山，并力杀来，势如潮涌，其锐莫当”（《正白旗满洲叶赫纳喇氏宗谱》）。额亦都拨转马头，“以百骑挑战，敌悉众来犯，奋击斩九人”（《钮祜禄氏弘毅公传》，《清代碑传全集》第3卷），敌前锋稍却。叶赫贝勒布斋被额亦都挑战激怒，策马挥刀，直前冲入。努尔哈赤遥见布斋勇猛冲杀，正在仓皇之际，布斋驱骑过猛，战马触木墩踣（bó）倒。建州兵士武谈迅猛扑去，骑在布斋身上，将他杀死。纳林布禄贝勒见其兄被杀，惊呼一声，昏倒在地。叶赫见其一个贝勒被杀，另一个贝勒昏倒，皆恸哭失声。他们急忙救起纳林布禄，裹携布斋尸体，调转马头，夺路而逃。其他贝勒、台吉心胆俱丧，弃众奔溃。蒙古科尔沁贝勒明安“马被陷，弃鞍，赤身体，无片衣，骑骣（chǎn）马”（《满洲实录》第2卷），狼狈逃脱。
两军相逢，夺其魁，摧其坚，以解其体，这是瓦解敌军的重要手段。努尔哈赤见叶赫贝勒布斋被杀，九部联军四散溃乱，便督率古勒山上之精兵和古勒山谷之伏兵，惊山崩，似河决，一刹那间，横向卷击，骑涛呼啸，矢石如雨，杀得尸横马倒，山谷殷红。九部联军溃败的惨象是目不忍睹的：被屠戮，被蹂躏，兵马填江，积尸莽野。
古勒山之役的战果是，建州军斩杀叶赫贝勒布斋及其以下四千人，俘虏乌拉贝勒满泰之弟布占泰，缴获战马三千匹，铠甲一千副。古勒山之役，努尔哈赤据险诱敌，“先斩蛇头”，纵向强击，横向卷击，集中兵力，以少敌多，大败九部联军。就军事指挥艺术而论，古勒山之战的两个统帅布斋和努尔哈赤，一个是愚蠢，鲁莽，焦躁，骄傲，图侥悻，凭声势，暗己彼，无谋智，狎玩命运，乌合之众，不讲战术，兵败身死；另一个是机智，沉重，冷静，谨慎，务实际，靠劲旅，明彼己，有韬略，部署周密，据险诱敌，以逸待劳，获得胜利。古勒山之役表明，既然叶赫贝勒布斋不是建州左卫指挥使努尔哈赤的对手，那么，布斋之死不仅是其个人的悲剧，而且反映出海西女真扈伦四部各部首领的影子。
著名的古勒山之战，是明代女真各部统一战争史的转折点。它打破九部军事联盟，改变建州女真和海西女真的力量对比，表明女真的中心由海西而转为建州，成为扈伦四部灭亡的起点。努尔哈赤自此“军威大震，远迩慑服”（《清太祖高皇帝实录》第2卷）。他利用古勒山之战后的有利形势，对扈伦四部哈达、辉发、乌拉、叶赫展开攻势，远交近攻，先弱后强，精心策划，各个击破。
