在后世的历史评论家眼里，明朝军事制度，还有一个被人诟病极多的问题——文官带兵。
这个问题，通常出现在明朝中后期。而这也和明朝的军事制度有关。明朝出兵打仗，施行的是“专征”制度，特别是在卫所制度稳固的中前期，都是由各卫所出兵，组成军队，然后再由德高望重的大将挂帅出征。这样做的弊病，自然就是兵不识将，将不识兵，除非将领本人极其厉害，否则军队的凝聚力和战斗力必然受损。明朝开国早期，承担“专征”职责的，多那些功勋卓著的功臣，比如徐达，李文忠，蓝玉等人，这些人有实力有威望，三军自然服气，打起仗来更是捷报频传。但这套制度的漏洞，到了朱元璋死后不久的“靖难之役”里就暴露无遗，当燕王朱棣扯旗叛乱后，拥有全国军事力量的建文帝朱允炆，三次调动百万大军北上，围歼只有十数万人马的朱棣，他同样采取的是专征制度，但选择的人选，却是毫无军事经验的李景隆，结果明军大败亏输，近百万人被只有十多万人的朱棣打的全军覆没，最后连皇位都被朱棣夺了去。朱棣登基后改年号为永乐，作为一个马上皇帝，他登基后第一次对北方蒙古的征伐，就给了他当头一棒，当时他给予国公邱福专征大权，命他统兵十万征讨鞑靼，结果邱福轻敌冒进，反而全军覆没。后来的五次北征，吃了亏的永乐皇帝不敢再委以他人，全是自己亲力亲为，五次北征草原的壮举，成就了他“马上皇帝”的赫赫荣光，却也给他的儿孙“挖了坑”。他的重孙子明英宗也学他的模样亲自“专征”，结果没征赢不说，自己反而被敌人瓦剌给“蒸”了——土木堡五十万大军全军覆没，专征的明英宗本人也当了俘虏。
从上面的例子可以看出，“专征”这种模式，对于明朝来说是把双刃剑，本身专征军队的组建，就是以从各处调兵的方式完成，军队的团队凝聚力肯定会受影响，这就需要承担命令的将领拥有卓越的素质，可一旦给予将领的事权过大，就会造成专权，让中央政府难以控制。所以既要放权，也要节制权力，就成了这个模式最需要做的事情，终整个明朝，历代皇帝在军事指挥权方面动脑筋最多的，也是这个事情。早期朱棣的方式，就是既然信不过别人，那就皇上自己来，但有了土木堡之败的教训后，自己来显然是不可能了，要解决问题，还是需要从制度上想办法。
自从土木堡之变以后，明王朝在这个问题上想了很多办法，但从整个明朝中前期来看，除了皇帝御驾亲征的那几次外，通常承担“专征”任务的，都是具有公侯爵位身份的武将们，也就是说，如果你穿越到中前期的明朝，想成为统帅千军万马的大元帅，那么除了穿越成皇帝本人外，最好就穿越成有世袭爵位的公爵。可是，如果我们看看明朝中后期的历史的话，却发现又不一样，担任专政统帅的，越来越多是文臣，到了最后，几乎最高军事主官，都是清一色的文臣。以强悍武功开国的明王朝，怎么又回到宋朝“以文制武”的轨道了呢？
说这个转变，还是要从明朝军事制度的演变说起，明朝开国政治制度的特点就是分权，放在中央，就是统兵权和调兵权分开，放在地方上，就是地方兵权和行政权分开。可是随着历史的演进，这套分权制度的弊病也越来越多，特别是地方上，由于事权不统一，真出了事互相扯皮，结果事情办砸了，扯皮还没完。为了不扯皮，从明朝第三任皇帝明成祖开始，明王朝就着手统一事权，在省里设巡抚，管辖兵马，民事，司法大权，然后又设富有管辖多省权限的总督。这两个职务，主要就是统一兵权，而这两个职务，都是由中央文官兼职的临时性职务，巡抚是由中央副部级（侍郎）文官兼职，总督是由中央部级（尚书）级别官员兼职。也就是说，地方的军权，随着这两个职务的设置，开始由文官来执行。之所以会做出这个选择，原因是很多的，第一个原因，就是明朝各类政治力量的此消彼长，明初尤其是朱元璋时代，武将集团的话语权极高，开国六公爵，五个都是武将（李善长除外），可随着明朝政治稳定，国家转入和平建设时期，武将的作用日益下降，地位也就随之下降。更重要的因素是，文官随着科举制度的发展，力量迅速壮大。而从明朝中期开始，武将的选拔，也有了以武举为代表的科举途径，而武科举不止考武艺，真正决定中榜的是策论环节，也就是要考上，必须也要熟悉兵法战策，考评权主要由兵部文官来执行，这样一来，武科举出身的武将选拔权，其实也渐在文官手里。此外，明朝兵部的权限也逐渐扩大，明初的兵部，和五军都督府之间是相互牵制的，但随着卫所制度的破坏，构架在卫所制度上的五军都督府，也日益虚化了，而兵部的权力却日益强化，特别是随着募兵制的推行，军队的供给，由原先依托卫所制度自给，变成了文官政府财政拨款，如此一来，文官集团对军队的话语权，自然也无比强大。而那些拥有世袭公爵的武将们，随着老一代的故去，下一代的能力，大多很难和上一代相比。也就是说，明朝建立后，文官的力量一直是壮大的，传统公爵武将的力量，却是一直弱化的，到了明朝中期以后，随着卫所制度的破坏，明朝逐渐开始用大规模的募兵制度来取代卫所制，由于募兵的统辖带兵，主要由武将来负责，为了制衡武将，势必也要提升文官的权力，用文官来制约武将。于是以文制武的体制，就这样形成了。而最重要的一个原因，却还是帝王本人的抉择，对于帝王来说，文官固然讨厌，但是文官集团悠久的传统和其自身特点，决定了受儒家思想出身的文官，最多只是皇权的制衡者而不是挑战者，但武将则不然，骄兵悍将在历代都是皇权大忌，从国家稳定和皇权安全性来说，文官是执行兵权的最好选择。明朝的军事制度，在绕了一个大弯后，最终还是走上了以文制武的轨道。与其说是明朝的弊病，不如说是历史发展的必然。
然而即使对于文官本人带兵，明朝也并非完全放心，相反是有一套监督体制的，首先就是“总兵”这个职务，这是明朝中后期以后，大多数纯粹的职业武将在军事生涯里所能做到的最高官职。（五军都督府大都督，在明朝中后期成了虚职），而它的地位以及权限，在整个明朝也是经历了一番变化的。明朝最早的总兵，设于洪武二年（1369年），但在当时，这只是一个临时性官职，并没有品级，主要是给予担负“专征”任务的元帅的。它真正开始以正式官职的名义确立下来，是在明朝永乐年间，明成祖命何福佩将军印，充总兵官，从此，总兵一职，才以地方最高镇守长官的名义确立下来。总兵的特点是常驻地方，并且拥有地方军队的管辖权节制权，这样做的好处在于事权统一，可以提高边军的战斗力。但为了防止总兵权力过大，明朝在任命总兵的时候，又在总兵之上设立巡抚，用以节制总兵权力。而且随着宦官集团力量的上涨，明朝在各地又开始设立镇守太监，由宦官监军，将文官武将都监视。这样，明朝的地方兵权，就形成了宦官——文官——武将相互制约的模式，如果有重大军事行动的话，在三者之上，明朝才委派由更高级别文官出任的总督经略，用以统一事权。所以说明朝的军制，宦官当家或者武将当家，甚至文官当家都不恰当，这是一个三位一体的模式。
这个三位一体的模式，究竟效果怎么样。从事实上看，要想这个模式发挥最大效用，重要因素有两个，一是这个模式必须独立运转，在相互平衡中发挥最大效能，切忌外来因素干涉，而造成内部事权不一。即打仗的时候，这个体系既要权责明确，每一个人该干啥干啥，更要有军事自主权，不能听凭体系外的人瞎指挥。二是委任统帅这个三位一体模式的人，即总督（包括经略，督师），必须是富有权谋手段，善于调和矛盾，并具有卓越军事才能的干才。放在官场上，这种人显然是打着灯笼也难找。但真放在明朝实际的历史上，我们却不难看到，这样的人真不少。明朝文官中，第一个以文官身份，承担实际专征责任的，当属北京保卫战时的兵部尚书于谦，而这场战斗的结果，也是明朝赢得了战争的胜利，并以胜利迫使瓦剌放归了明英宗。于谦之所以会在明英宗复辟后被害，一个很重要的因素，就是他开罪于北京保卫战时的战友——忠国公石亨。俩人的交恶除了私人恩怨外，一个公事上的原因，就是于谦执着推行“以文制武”的理念，开始在边地大规模派遣文官巡抚治军。但于谦的死，却没有阻止这个潮流。到二十年后的成化年间，明朝发动对河套鞑靼部落的大规模进攻，然而最早担任专征任务的，都是诸如公爵朱永这样的职业军人，然而几次出征，却最终劳而无功，真正为明朝完成目标的，却是一位真正的文官——三边总制王越，他在成化年间两次发动战役，取得“咸宁海子大捷”，因功被封为咸宁伯。弘治年间，一样是他总制三边，取得击败蒙古达延可汗的贺兰山大捷。以至于蒙古骑兵看到他的战旗，竟会吓得望风而逃。虽然王越本人因为与宦官汪直交好，晚年又结好宦官李广，以至名声受损郁郁而终。但如他这样文官统兵的模式，之后却越来越多，王越之后接任三边总制的，是同样以军事才能著称的文臣杨一清，到了嘉靖早期，在北方战线上对蒙古作战战功最卓越的，也同样是总制三边的文臣曾宪。而在东南的抗倭战争中，虽然后人津津乐道戚继光，俞大猷等人的卓越战功，但成功驾驭他们，并赢得战争胜利的，却是先后担任浙直总督的胡宗宪与谭纶，尤其是谭纶，他不仅是戚继光的老上级，更是戚继光的亲密战友，在嘉靖，隆庆年间，世人说到戚继光的战功，总是以“谭戚”并称。到了“万历三大征”时期，为明朝平定播州的，是文官梁梦龙。为明朝最终鼎定抗倭元朝战争胜利的，是文官刑阶。而即使是被后人诟病颇多的明朝——后金战争里，给予后金重创的方面大将，同样也多文官。虽然有杨镐，袁应泰，王化贞这类败事文官，但是修筑宁锦防线的，是文官孙承宗，一度给予努尔哈赤重创，扭转辽东局势的，是文官熊廷弼，而在宁远之战中首挫努尔哈赤，宁锦大战再败皇太极的，是文官袁崇焕，而在同时开打的明朝镇压农民军战场上，给予李自成等农民军最惨重失败的，诸如洪承畴，孙传庭，卢象升等大将，同样都是文官。
从这些人的例子上我们可以看到，虽然同是文官带兵，但是明朝文官带兵的效用，以及带兵文官的整体素质，比起北宋来显然是高得多的，至少，要担当统兵大帅，在明朝并非是仅会写几篇文章就能办到的，事实正是如此，在文官带兵的模式确立后，对于带兵文官的选择，明朝不但有谨慎的抉择，更有一套完整的培养过程。如果你穿越到明朝成为一个文官，并且渴望建功沙场，也必然要经过一番力量。从几个明朝著名带兵文官的成长履历上我们可以看到，要成为一个最终横扫沙场的统帅，在文官生涯中，你至少要经过这样几个历练，首先是要有军事基础，特别是在进入文官体系之前，要经历军事素质上的培养。比如指挥了北京保卫战的于谦，在还是一个童生的时候，就格外喜欢读兵书，不但读更爱写读书笔记。文武双全的一代大儒王阳明，从小不但熟读兵法，更勤练武艺。他在后来平定宁王叛乱后，因为功劳在外，遭到了京军那群职业武将挑衅，非要拉他比射箭，结果王阳明二话不说，当场弯弓搭箭，连发三箭全中靶心。一举压服四众。然后富有军事素质的你，在进入官场体系之后，也要在相关的军事单位里，历经军事实战的历练。如果我们翻翻明朝知名文官统帅的履历，我们不难发现，在成为名将之前，他们实际上已久经考验。比如王越，做三边总制之前，他做过两个重要的职务，一是陕西御史，即在陕西边境督查军务工作，正是这段工作经历，使他对于战争的真相，有了切身的体会。后来他在回忆录《襄敏集》里说，在陕西做御史前，对于军务只是想象，在那里工作过之后，才知道怎样打胜仗。而在朱永受命专征时，他也以“襄赞军务”的身份从军，也就是给朱永做参谋长，亲身出谋划策，并亲历战阵，正是这常年的锤炼，最终使他走向成熟，拥有独挡一面的能力。他这样的经历，在明朝官场上绝非误打误撞。事实上，明朝的整个官僚体系，对于军事文官的培养，都有一套自然的培训体系，一个最终成为名将的人，背后其实有无数场刻意安排的考验。对比其他人看看就知道了，弘治年间统兵两广，平定叛乱的刘大夏，虽然做御史的时间短，但他之前却在明朝兵部职方司干了整整十年。所谓职方司，按照现在的话说就是“总参谋部”，负责全国军事的战略筹谋。他丰富的军事经验和对战争的认识，就是在这个看似清水的衙门里造就。而嘉靖年间和戚继光并称，建立平定倭寇伟业的谭纶，在中进士的第五年，就被任命为南京兵部郎中，在这个任上，由于他受命募兵，抗倭有功，因此才被调任台州知府，负责台州抗倭的募兵抗倭工作，与戚继光，俞大猷等人密切配合，多次重创倭寇，因此又升任为负责福建军务的福建巡抚，福建抗倭胜利后，又调任两广总督，负责清剿两广倭寇，倭寇彻底肃清后，又调任蓟辽总督，负责抗击北方土蛮部落入侵，可以说哪里有仗打，他就升官到哪里，每一步升官路，都是无数场刀光血影的实战打出来的。以至于《明史》统计说，谭纶不但是武功卓越的文官，更是战场上亲手杀人最多的，他本人武功高强，亲手手刃敌人的数目多达三十人。这样的文官统军，就算是戚继光这种级别的武将，也是绝对服气的。
明朝自从文官带兵以来，以他们这种成熟的培养体制，造就了大批战功卓越的文官。但是明朝最终的灭亡，也和这种培养体制被破坏大有关系。万历中后期开始，明朝党争越演越烈，这种争斗也涉及到文官带兵层面，党争的参与者都知道，哪个派系的人担负了军事大权，哪个派系话语权就越大。如此一来，许多军事才能卓越的文官，其实就成了党争的牺牲品，典型如万历晚期担任辽东经略的熊廷弼。在努尔哈赤崛起，辽东明军节节败退的危急局势下，熊廷弼临危受命，很快为明军稳住了战局，可就在局面刚有转机时，万历皇帝驾崩，朝中话语权最大的派系，就是大名鼎鼎的东林党，可偏巧战功卓越的熊廷弼是楚党，如此一来，熊廷弼备受攻击，黯然去职，接替他的，是以清廉著称，军事常识却堪称白痴的袁应泰，结果不到一年，辽东局面逆转，重镇沈阳沦陷，并成了后金的都城盛京。而后熊廷弼虽然再度复职，但是却依然受到东林党掣肘，名为辽东经略，其实毫无实权成了摆设。最终随着辽阳沦陷，他成了魏忠贤阉党争权的牺牲品，被魏忠贤罗织罪名杀害，并借机大肆捕杀东林党。正是这种已经严重扭曲的党争，才使得晚明大批毫无军事才能的文官，靠着派系的佑护执掌方面大权，并很快丢盔弃甲。
而明朝文官带兵体系，在晚明遭到了另一个重创，就是文官带兵本身这个“三位一体”模式的被破坏，这个相互制衡的体系，在打仗的时候，是一个自身独立的系统，必须保证独立的运转，才能发挥最大效用。这点上连三十年不上朝的明神宗都是明白人，明神宗一辈子干了很多荒唐事，但惟独没干过的，就是干涉前线军事主官的自主权。明神宗执政时期的几位名将，包括打抗倭援朝战争的李如松，平定扯立克叛乱的郑洛，甚至经略辽东的熊廷弼，在统兵打仗期间，遭受的非议都颇多，每一个作战计划甚至每一场战斗，都会招来外界扑天口水。而明神宗的作法却是力挺，不管外人怎么说，只要认定的将领，就给予百分百支持。比如对熊廷弼，外界骂熊廷弼的奏折，他都留中不发，而熊廷弼更被授予密折专奏权，他的每一分奏报，素来以懒惰著称的明神宗，都亲自批阅并回复。正是这种推心置腹的信任，才成就了这些将领的成功。万历之前，明朝历次战争虽然也多是文官带兵，各部门相互掣肘，但在相互制约中，通过给予专征文官统一的事权，还能保证权责统一。而到了晚明，这种指挥方式的权力分配本身，也遭受影响，经常在重大战争中，碰到自己军队到底谁说了算的问题，熊廷弼的悲剧就是其中之一，身为辽东经略，却毫无实权，听凭巡抚王化贞瞎搞，最终葬送战局，并一起陪绑。等到崇祯灭了魏忠贤后，这种局面不但没有改变，反而越演越烈，猜忌心极重的崇祯根本不相信任何人，放在具体战争中，就是他不会给任何人绝对统一的事权，反而乐得听凭下属臣子相互争斗争权。正是这种猜忌，令明朝军队在战场上付出了惨重代价。比如清朝修《明史》中公认的第一抗清名将孙承宗，《明史》中认为，如果明朝绝对信任孙承宗，也许他不能恢复辽东，但守住明朝现有国土，是绝对没有问题的，这是一个来自敌人的至高评价。可得到至高评价的孙承宗，并未得到至高的信任，他接替袁崇焕回任辽东经略后，立刻碰上了后金皇太极发动的大凌河之战，此战中后金军以重兵围困大凌河，危急局面下，孙承宗决心救援，然而当时他的精锐部队，都被崇祯调入了关内，而他的直接下属辽东巡抚邱禾嘉，更仗着崇祯的宠信不服调度，甚至在作战方略上和孙承宗顶牛，眼看后金已经把大凌河围的像铁桶般，救援的最佳时机早就错过，辽东的第一和第二号军事首脑，却还在为救还是不救扯皮，最终大凌河沦陷，孙承宗丢官，明朝，也因此失去了最富将略的辽东统帅。而这样的悲剧也不止一例。崇祯年间以重创农民军而著称的卢象升，在皇太极率清军围北京时受命救援，被任命统帅全国援军，可他又开罪于宦官高起潜。结果他名为统帅，却被高起潜暗中使坏，办事处处掣肘搞鬼，而打了败仗的黑锅却由他背，最后他名为统帅，却其实只能统帅了五千人驻守巨鹿，清军攻打巨鹿时，他率领五千孤军浴血奋战，最终壮烈殉国，而在他身边，数万明朝精锐部队在高起潜的指挥下按兵不动，眼睁睁的看着统帅殉难。他的死，不但让明朝失去了一位卓越的军事家，更让明朝的大对头李自成，少了最恐惧的克星。而按照明朝“三位一体”的指挥模式，身为统帅的他应该有绝对的实权，这种悲剧本不该发生。然而在崇祯年间，这种悲剧先发生在他身上，后来又发生在另一位名将孙传庭身上，最后又发生在宁锦之战的洪承畴身上，三位最卓越的文官统帅，两个殉难一个投降清朝，明朝最后挽救灭亡的机会就这样丧失，而直接制造了悲剧的崇祯，也最终随着北京城破，在煤山上了结了自己苦命而困惑的一生。
