不同国家和地区的BOT项目在具体运作过程中会有所不同，但从总体上讲，实施一个BOT项目的运作程序可分为：确定项目、项目招标与审定、合同谈判与签订、成立项目公司、项目融资、项目建设、项目经营和项目移交等八个阶段。
一、确定项目
一个项目是否采用BOT方式，不是政府某一领导来决定，而是由政府委托咨询公司进行可行性研究，确定项目的技术参数并进行实施方案的比较。是否采用BOT方式的决策依据是项目的经济效益，尤其是产品或服务的价格。
一经政府确定采用BOT方式后，政府需要成立项目委员会或全权委托一家机构代表政府运作项目，其具体工作任务就是做好项目的准备工作：第一，按有关程序制定建设计划；第二，选择项目发起人，通常是采用招标方式来选择项目发起人。
二、项目招标与审定
项目招标与审定是指项目提出并经政府同意后，政府有关部门（通常是招标委员会和招标办公室）对拟参与此项目的投标者进行深入对比，从中选择最合适的招标者的过程。这一过程一般可分为四个步骤：
第一步是投标意向登记。政府有关部门对拟采用BOT方式建设的项目，通过新闻媒体将项目的概要、建设资金和建设计划的安排设想、对意向登记者自身素质的要求、政府对意向登记者所提方案的评估程序及评估标准等向社会公布，邀请对项目有兴趣的投资者、经营者参与投标。意向登记的主要目的是考察和确定正式参加投标的候选者。
第二步是资格审查。政府有关部门依据意向登记者的资信、所提交的初步方案进行资格审核和评价。确定邀请参加正式投标的候选者，列入候选名单。为筛选出最优秀的合格者，列入候选名单的被邀请者可多一些，但为了尽可能减少招标、评标的工作量，通过资格预审的投标人一般不宜超过5家，个别情况下也可以多一些。例如，我国广西来宾电厂B厂在招标时，有31家公司参加投标资格预审，从中选出了12家公司正式参加投标。
第三步是邀请投标。投标资格预审后，政府有关部门邀请通过资格预审的投标者投标。在投标的标书中，必须包括以下内容：（1）项目类型和所提供产品及服务的性能和水平；（2）项目竣工日期；（3）项目产品的价格或服务费用；（4）履约标准（产品的数量和质量、资产寿命等）；（5）所建议的融资结构和投资回报预测；（6）价格调整公式；（7）不可抗力事件；（8）外汇安排（如有外资参与）；（9）维修计划；（10）风险分析与分配。
BOT项目的标书准备时间较长，通常在半年以上。为使招标工作按计划顺利进行，投资人必须在规定的日期前向招标人呈交投标书。
第四步是评标与决标。在邀请投标工作结束后，政府有关部门将按照标书规定的标准进行评标，以选择和确定最后的中标者。例如，在广西来宾电厂B厂招标中，在资格预审合格的12家公司中最终确定法国电力联合体为中标单位。
三、合同谈判与签订
政府有关部门在决标后应邀请被选定的中标者与政府有关机构进行合同谈判。在一系列合同谈判中，特许权协议（或合同）是BOT项目的核心，它规定政府和项目公司的权利和义务，决定双方的风险和回报，它具有法律效力并在特许期内有效。所以，特许权协议或合同谈判是BOT项目谈判中的关键。为使谈判富于成效，政府的谈判人员必须有足够的地位和权力代表政府或政府有关机构对特许权协议等有关条款及时作出承诺。参与谈判的人员应经过严格培训，熟悉BOT项目运作的全过程，并具有丰富的谈判经验。
BOT项目的合同谈判时间较长，而且比较复杂，因为项目涉及一系列合同及相关条件，谈判的理想结果是使中标者能为项目筹集资金，并使政府能把项目交给最合适的投资者。在有关协议签订之前，政府和中标者都必须花费大量的时间和精力起草合同和进行谈判。如果政府不能与第一中标者签成协议，政府可转向第二中标者与其谈判，以此类推。
四、成立项目公司
特许权协议或合同签订并得到政府批准后，中标人将组建项目公司。如前所述，成立项目公司的主要目的是有一个责任主体具体承担该项目的建设与经营。原来投标企业或称发起单位，通常是由多个私营机构组成的松散联合体，它不是一个独立的法人实体，不能独立承担相应的民事法律责任。因此，由项目发起人共同出资成立一个项目公司是十分必要的。项目公司成立后，BOT项目的融资、建设和经营则完全由该公司负责。例如，广西来宾电厂B厂的中标单位是法国电力联合体，它依据中国的法律成立了项目公司—广西来宾法资发电有限公司。
五、项目融资
融资是BOT项目实施的关键环节。BOT项目融资的主要的资金来源是商业银行、国际金融机构等提供的贷款。对发展中国家而言，外国政府机构的出口信贷也是BOT项目贷款的重要来源，一些出口信贷机构会直接为本国的成套设备出口安排融资。贷款人为减少贷款风险，有时会要求项目所在国政府提供一定的从属性贷款或贷款担保作为融资的附加条件；对项目公司，贷款人会要求将其特许权协议转让给贷款人作抵押，并且控制项目的现金流量；有时甚至贷款人还会要求公司股本所有者以其全部股票作为贷款人的依据。
六、项目建设
在项目建设阶段，项目公司根据特许权或合同规定的技术和时间要求，组织项目的设计、施工和采购等项工作。其具体的内容是：项目公司聘请设计单位进行详细的工程设计；委托建筑公司对项目建设总承包；建筑公司对项目进行施工等。
BOT项目的建设一般采用交钥匙固定价格总承包方式，工期提前可得到奖金，工程延误将被处以罚款。
七、项目经营
项目经营阶段极为重要，因为投资能否按期回收并归还贷款、回收成本、分得红利和上缴税款，都取决于项目经营状况的好坏。
项目经营由项目公司全权负责，项目公司的经营管理水平越高，经营费用会越低，项目的最终收益就越好，为此，项目公司会千方百计抓好经营管理。对项目的经营，既可以是项目公司本身，也可以是项目公司的股东。但在项目公司及其股东缺乏经营管理经验时，经营工作可分包给独立的运营维护商。为确保经营维护工作的质量，运营维护商必须具有丰富的经验和良好的业绩，有较强的商业和合同管理能力，还要有较强的专业技术力量。项目公司要与运营维护商签订《运营维护合同》。
应当指出，项目的维护保养对政府具有重要的意义，因为BOT项目的最终所有权要移交给政府，若平时维修保养不善，移交时可能是一个即将废弃的项目。为防止上述情况的发生，在项目公司与运营维护商签订《运营维护合同》及在该合同执行过程中，政府都要参与意见并加以监督。
八、项目移交
BOT项目的特许期满后，项目公司必须按特许权协议中规定的项目质量标准和资产完好程度等，将项目的资产、经营期预留的维护基金和经营管理权全部移交给政府。这正是采用BOT投资建设方式与其他投资建设方式的最显着区别。
BOT项目移交可以是无偿的，也可以是有偿的（我国BOT项目移交是无偿的）。究竟采用哪一种方式移交，均需依据原特许权协议书的有关规定或在项目的经营期通过谈判获得双方认可来确定。
项目移交的日期早在签订特许权协议时就已明确规定，但如果项目公司提前实现了其全部的股本收益，移交的日期也可提前；如果由于非股本投资者和非项目公司所能控制的因素作用，其预期的收益到期尚未达到，那么特许期也可适当延长，但这必须取得政府有关部门的批准。
项目移交政府后，项目公司还可继续经营，但这时的经营是作为受政府委托代为经营，项目公司本身已不再享有原特许权协议中授予的各项权利。
项目移交给政府标志着BOT项目运作过程的结束。
