不久以前，有一伙海盗掠夺财物后，装上海船扬帆而去。当局得到报告以后，嘴上虽说要派人追捕，实际上却按兵不动，这引起了民众强烈的不满情绪。
在6月11日的《新英格兰报》上，詹姆斯刊登了一则匿名者的报道：
我们从波士顿得知，马萨诸塞殖民地政府已经装备了一条船（“飞马”号）去追逐海盗，由彼得·帕皮永船长指挥。据推测，如果天气和风力允许的话，该船将在本月的某个时候起航。
这露骨的讽刺触怒了参事会，当局者下令逮捕了《新英格兰报》的办报人詹姆斯·富兰克林，罪名是抨击参事会。
詹姆斯受到了严厉的审讯，法庭要他供出写这条报道的人是谁，詹姆斯严守行业道德，始终不肯说出作者的名姓，因而被判了刑，锒铛入狱。
法庭还同时传讯了本杰明·富兰克林，希图从这个小孩子身上找到什么线索。在法庭上，本杰明不慌不忙地为自己开脱说：“我只是一个小学徒，只知道按照老板的吩咐工作，对老板的事无权过问，也不应该问。再说，即使我知道作者是谁，我也不能告诉你们，因为我的学徒合同上写着：学徒应该为他的师傅保守秘密。”
当局者对本杰明无可奈何，便胡乱地把他训诫了一顿，权当出气，最终只得放他回去。
本杰明回到报社，心情十分沉重，哥哥不在了，报社里显得冷冷清清的；工人们围坐在一起唉声叹气；没能及时处理的稿件摊在桌子上，新出版的报纸则堆在地上。一切都陷入了无序状态。难道刚刚起步又正在发展的《新英格兰报》就这么结束了吗？
到了晚上，詹姆斯的几个好友来报社探听消息，得知詹姆斯被投进了监狱，大家又是气愤又是难过，他们对本杰明说：“詹姆斯的事我们爱莫能助，不过，报社里的事我们还是可以帮忙的。如果你能暂时代替你哥哥管理报纸，我们很愿意助你一臂之力。”
就这样，在哥哥入狱的日子里，本杰明挑起了办报的全副担子，独立经营着《新英格兰报》。他继续以“多古德夫人”的笔名撰写文章，更加辛辣地挖苦当局；他还在文章中呼吁增加社会福利、倡导戒酒和提倡节约，要求言论自由。这涉及了许多社会及道德问题。他的文章活泼生动又言简意赅、见解独到，备受读者欢迎。这段时期，本杰明可是大出了风头，一下子名声大噪。
一个月后，詹姆斯因为健康原因获得了假释，他虽然恢复了人身自由，却失去了办报的自由，当局下令，未经有关当局严格审查，詹姆斯·富兰克林不准印刷和发行《新英格兰报》或其他类似的刊物。
回到报社，詹姆斯看到报社的一切都井井有条，工作运转正常，他心里很是欣慰。但他又看到弟弟，同时也是学徒的本杰明非常活跃，名声差不多快要超过自己了，心里又很不是滋味。
为了防止当局再来找麻烦，詹姆斯反复考虑，怀着复杂的心情，最后决定把《新英格兰报》转到了本杰明·富兰克林的名下。另外，詹姆斯又考虑到，如果本杰明仍然以学徒的身份接管报纸的话，以后一旦再出现什么问题，当局必定还要追究师傅的责任。于是，詹姆斯便把以前的学徒合同还给了本杰明，并对外宣称：鉴于本杰明已经熟练掌握了印刷技术，具有了独立工作能力，特此准予提前出师。
当本杰明接过合同的时候，他高兴的心情简直无法用言语表达。四年来一个任人摆布的小学徒的生涯就要结束了，他将成为一名享有自由的工人了。他的脸上布满了喜悦，他真想痛快淋漓地大笑一通。可是，还没等本杰明来得及笑出来，詹姆斯又对他说：“现在，我们得另外签订一个新合同。”
“什么新合同？”本杰明不解地问。
“一个适合你尚未完成的学徒期限的新合同。”詹姆斯咬文嚼字地说，听上去有些居心叵测，“实际上，你的学徒期还没有结束，我仍然是你的老板和监护人。只是，这个新合同是不必要公开的，你应该明白，为了对付当局，我们不得不这么做。”
本杰明感到有些透不过气来，刚才的满心欢喜，转瞬间结成了一个疙瘩，堵在心头。他开始明白詹姆在玩弄一个阴谋，不仅是针对当局。
本杰明委屈地跑回家去找父亲诉苦。每次他和詹姆斯之间发生争执、或者詹姆斯欺负他的时候，他都去找父亲评理、倾诉，父亲是爱他的，也是公正的，他总会从父亲那儿得到安慰。
听了本杰明愤愤不平的申诉，老富兰克林温和地看着小儿子，说：“本杰明，你一直干得很出色，如果你想继续干下去，就不必计较太多。”
父亲的话像和煦的风，吹散了本杰明心中的乌云，使他顿觉豁然开朗。
《新英格兰报》在本杰明的精心策划和全力经营下，获得了极大的成功，发行量稳步上升，价格也提高了。
看到《新英格兰报》以弟弟的名义遍布波士顿，弟弟也因此赢得了越来越多的赞誉，詹姆斯心里很不自在，他妒忌了。詹姆斯对本杰明的态度一天比一天粗暴，动辄大发雷霆，有时甚至拳脚相加。本杰明多次提出抗议，却只能加重哥哥的火气。兄弟俩的关系日益紧张，几乎到了水火不相容的地步。
一次，詹姆斯又找茬对本杰明大发脾气，本杰明实在忍无可忍，他据理力争道：“我们现在已经不是老板和学徒的关系了，我们双方都互相尊重一些好不好？”
“谁跟你说的，我们已经不是老板和学徒的关系了？你的学徒期限还没满呢！”詹姆斯盛气凌人地说。
“你说我们还是老板和学徒的关系，你有什么凭证吗？”本杰明毫不示弱地“将”了哥哥一军，他心里清楚，詹姆斯不敢把新合同拿出来。
“你……”詹姆斯顿时语塞，“你别太得意了，看你那副轻狂骄傲的样子！你应该想清楚，报社和印刷所的主人是谁？是我！这里是我的天下，我说了算，我想让谁滚蛋，谁就得给我滚蛋。”
本杰明气愤极了，他尽力控制着自己发抖的喉咙，大声说：“你看不惯我，我这就走。我凭着自己的技术，到哪儿都能找到一份工作，我可以自己养活自己。”
詹姆斯怪异地笑了笑，阴阳怪气地说：“噢，是吗？你以为你的翅膀已经够硬了，能飞了？我倒是很愿意知道，你的技术究竟有多高明。”
本杰明真的去找工作了，他渴望做一个名符其实的自由工人，不用受老板的欺侮，口袋里有自己的薪水。可是，当他向波士顿城里的几家印刷所的老板推荐自己之后，得到的差不多是一致的婉言拒绝。
当他又来到一家印刷所时，好心肠的老板告诉他：“孩子，你别再浪费时间了，你在这座城镇里是找不到工作的，没有人敢留用你。因为，你的哥哥詹姆斯·富兰克林先生刚刚和我们打过招呼，让我们一定拒绝你。孩子，别怨恨我们，詹姆斯和我们都干一行，我们不能不给他一个面子。回去吧，安心干活儿，詹姆斯很需要你。”
本杰明感到前所未有的伤心绝望，詹姆斯的行为太卑鄙了，他怎么可以这样待他呢，简直是欺人太甚，这太不公平了！他再也不愿回到詹姆斯那儿工作了。那么去哪儿呢？他真想跑回家去，扑进妈妈的怀里大哭一场。可是，眼泪是没有用的，即使得到爸爸的安慰也无济于事。本杰明的脑子里一片空白，茫然不知所措。
“叮当、叮当……”突然传来的一阵铃声，本杰明下意识地抬起头，才发现，自己不知不觉地来到了港口。著名的波士顿港永远都是热闹而繁忙的，大大小小的船只来来往往，各种各样的货物载进运出；一艘写着“波士顿——纽约”字样的双桅帆船正摇摇摆摆地驶离港岸，刚才听见的就是它起锚的铃声。本杰明心里豁然一亮，一个想法清晰地涌现在他的脑海里，他激动得深深地吸了两口气。
离家出走的准备是在暗中进行的，本杰明的心里十分清楚，他不能让家里的任何人知道，否则，他们必将千方百计阻拦他。在亲人们面前，本杰明尽量装得若无其事，不露出丝毫的破绽。他偷偷卖掉了一部分书籍，所得的一小笔款子就充作路费；自己又略备了几件简单的行李。一切准备妥当以后，4月里的一天，本杰明在好友柯林斯的帮助下，搭乘上一艘开往纽约的单桅小帆船，悄悄离家出走。此时，他只有17岁。
两个星期后，报纸上刊登了一则广告：
住在皇后街的印刷商詹姆斯·富兰克林，想要一名可靠的少年当学徒。
