原则是人们从实践过程中抽象和总结出来的、体现实践活动规律性的一般性行为规范，是指导人们实践活动的准绳，也是检验人们活动质量的标准和尺度。内部控制工程原则对内部控制工程起着指导作用，在内部控制框架中起着承上启下的作用，将目标和内容有机地连接起来。内部控制工程运行过程中主要应遵循以下几方面的原则：
（1）目的性原则。
目的性原则是指内部控制工程建设和使用过程中必须始终如一地以实现内部控制目标为目的。工程的目标有很多，如建设成本低、周期短、维护方便等，但这些目标的实现必须以实现内部控制的目标为前提，以使用者为核心，如果内控系统非常复杂，即使非常严密，成本很低，但给使用者造成障碍，不能达到内部控制的要求，也是不符合要求的。
（2）系统性原则。
系统性原则是指内部控制工程是一个复杂的系统工程，要综合考虑内部控制工程中人、制度、环境等多种元素的相互作用、相互影响的关系。
在工程的建设与使用过程中要统筹考虑，各岗位、部门应以整体和上级目标为导向。以制造业的计划系统为例，首先是经营计划，然后是销售计划，再是生产计划。每个部门或个人都不能以自己为中心，而是以实现企业的经营目标为导向，协调相关部门和个人的关系，在实现整体性、系统性目标的前提下，尽力实现局部、个体的目标。
（3）成本效益性原则。
成本效益原则是项目投资的重要原则，要求在内部控制工程建设和使用过程中综合考虑系统的投入与产出，从系统的整个生存期去考虑系统的成本与效益，从而在系统建设时选择适宜的内部控制工程方案。
内部控制系统作为一项工程，经济性原则也是必不可少的原则，这就要求我们在系统建设和使用时一方面选择高效的建设和控制方法、环节，一方面避免过度控制（包括对内控系统的建设和使用控制）。需要重点关注风险成本，内部控制的大多数控制表面看都增加了成本支出，但这并不能成为简化内部控制措施的理由。
（4）及时性和创新性原则。
及时性和创新性原则要求内部控制工程在设计时就有完备的方案和对策，对系统的调整和变化做出相应的准备和标准要求。
内部控制工程面临的是一个飞速变化的环境。既有来自经济、技术、内控的理论等宏观环境的变化，也有系统本身的人员、业务的调整，应对变化最有效的手段就是及时跟进，以变制变，这就要求内部控制系统及时根据环境的变化去变化，同时及时采纳新技术、新理论、新工具提高内部控制的效率和效果，强调创新，这样才能未雨绸缪，防范风险发生。比如要有完备的建设档案以应对可能的人员和业务的调整，完整的控制说明包括目的、手段、原理以应对未来控制环境的变化等等。
