陆若汉在对术语问题提出疑义的同时，也在1616年率先对耶稣会士容忍中国礼仪的行为提出谴责，只是他的意见未被重视。然而1633年来华的西班牙籍多明我会士黎玉范（Jean-Bapiste Morales）和方济各会士利安当（Antonio de Santa Maria/Antonio Caballero）对耶稣会士的挑战构成了礼仪之争的真正导火索。黎玉范、利安当对在华耶稣会士的整套做法都有意见并提出批评，但尤其关注术语问题和礼仪问题，对以中国术语指称上帝、灵魂、天使和其他基督宗教神学术语提出疑问，并指斥耶稣会士容忍教徒祭拜新近去世的家人、祭祀祖先和孔子、参拜灵牌等。1635年，利安当、黎玉范以及另外两位传教士编写了两份有关术语和礼仪问题之会谈、讨论和辩论的《通告》（Informaciones），第二份据说还代表着11位中国人的意见。这两份文件被送往马尼拉，从而将传教区内部的问题引向公共讨论，结果马尼拉总主教和宿务主教以此为依据正式谴责耶稣会士在中国的“惯例”，并给罗马去信指控。但不久他们就听到一个来自耶稣会士的解释，于是又给罗马写信撤回指控。但黎玉范并不罢休，他1639年致信耶稣会士视察员李玛诺（Emmanuel Diaz，Senior），以12个问题的形式提出自己对耶稣会士政策的反对意见。随后黎玉范就离开中国，经澳门和马尼拉前往罗马。1643年到达罗马后，黎玉范觐见教皇乌尔班八世（Urban VIII）时提出他对中国传教区的一些疑问，并向传信部递交一份正式报告，请求传信部就报告中所涉及内容正确与否做出裁断。报告由17个问题组成，有10个都围绕着中国天主徒参加各种传统祭拜礼仪之事。黎玉范描述中国人的这些行为有一个突出特点，即他是用各种宗教性用语来描述，如祭坛、灵魂、跪拜、祈祷、祭供偶像的供品，这无疑已经判定这些礼仪是偶像崇拜和迷信的，与耶稣会士力图将中国礼仪定位为世俗礼仪而极力避免用宗教性术语解释的举动大相径庭。在此基础上，他又提问，可否以耶稣会士所提倡的方式参加这样的礼仪。这显然已经表明，耶稣会士在容忍各种偶像崇拜行为。于是，当传信部将诉状转给圣职部（即宗教裁判所），圣职部召集神学家委员会专门讨论这些问题时，神学家们当然断定黎玉范描述的这些迷信礼仪不应被容忍，而耶稣会士的举措无疑该受谴责。接着，传信部根据圣职部的结论于1645年9月12日颁发一道经教皇英诺森十世（Innocent X）批准的部谕，谴责了黎玉范所描述的中国礼仪，并严令禁止这些行为发生，亦特别强调已在中国和将赴中国的耶稣会士必需遵守该决议。看起来耶稣会士在礼仪之争的第一回合中失利了。
然而1645年部谕因为种种原因在1648年之后才传到中国。拖延的结果是双方面的，一来中国的耶稣会士延长了不受干预地执行既定传教政策的时间，另一方面也耽误了他们去回应托钵修会的举动。卫匡国（Martino Martini）1651年受命去罗马为礼仪问题辩护，而这据说是耶稣会士获悉通谕内容后立刻采取的行动。其实1639年黎玉范向李玛诺提出12个问题后，中国副省会长傅汎济（Francesco Furtado）很快就写了两份关于耶稣会士立场的重要辩护词并在1640年之前先后被送往罗马，但似乎没有下文。当在华耶稣会士获悉1645年决议后大为震动，而且他们坚信，因为礼仪被错误表述才导致这种结果，所以决定派学识渊博的卫匡国去罗马，就耶稣会士的行为和中国礼仪的性质提供一个真实描述，澄清他们从未许可天主徒参加黎玉范所描述的那类礼仪，黎玉范完全是因为误解了那些祭祖祀孔礼仪的性质而凭空想象出一堆问题。显然，耶稣会士的策略是否定问题产生的前提。
卫匡国1654年抵达罗马，次年向圣职部提交了一份包含4个命题的报告。这4个问题都是黎玉范曾提出的有关中国礼仪和术语的问题，但耶稣会士以世俗化语言重新表述中国礼仪，否认中国人举行祭祖祀孔之礼的地方是庙宇，否认摆放贡品的桌子是祭坛，否认中国人所行的敬拜仪式包含宗教意味和祈祷意味。于是，在耶稣会士的描述中，中国人的礼仪大体只是世俗性的和政治性的、表达尊敬之情的礼仪。卫匡国同时也向传信部递交了一份描述中国人各种礼仪的报告，但在祀孔礼仪方面，他省略了每年春秋对孔子的两次大享而只涉及日常的祭拜，因为耶稣会士一向视那种大享之礼为迷信而加以禁止，所以它不在争议之列。总之，按照耶稣会士的解释，这些礼仪仅是出于文明的目的而被设计。但耶稣会士显然回避了一点，这些起初仅是文明性质的礼仪在当今现实中果然不带有宗教或迷信性质吗？而后者正是黎玉范等托钵会士所敏感到的。关于中国礼仪的原初性质与现实性质的争议，实际就成为未来百年中礼仪之争的一个焦点。
无论如何，这一次耶稣会士对中国礼仪的解释说服了圣职部的神学家，所以圣职部在1656年3月23日颁发一道经教皇亚历山大七世（Alexander VII）批准的部谕，允许中国天主徒参加卫匡国所描述的祀孔仪式和经利玛窦等人修改后的祭祖仪式，并宣布祭祖和祀孔礼仪可以认为是世俗性和政治性的敬拜。然而这道部谕同1645年那道传信部部谕并不矛盾，它所批准的仅是卫匡国所描述的行为，并着重指出如果礼仪是黎玉范所描述的，则它们不能被容忍。所以对1656年决议的解释将取决于它所许可的是否与1645年所禁止的相抵触，1669年11月圣职部颁发的一项决议更明确指出这两份指令并行不悖。不过，1656年部谕诞生之后的确在实际进程中为耶稣会士和其他在当地习俗方面持灵活态度的人带来不少好处，遇到有关传教区当地礼仪的难题时就一再被引用，甚至20世纪教廷裁断日本神道教礼仪时也引用了它。对17世纪的中国传教区来说，这道部谕的积极效果则可谓可立竿见影。
1664年爆发杨光先“历狱”事件，大多数在华传教士因此被监禁于广州并被拘押在同一所房屋中将近5年。这些传教士（包括19名耶稣会士、3名多明我会士和1名方济各会士）在1667年底至1668年初召开了一个长达40天的“广州会议”，讨论他们之间的分歧并试着为传教工作找出更为统一的方法。在最后达成的包括42项条款的议案中，第41条便依据1656年圣职部谕令而决定继续容忍祭祖祀孔礼仪。这42条议案表决时，唯一的方济各会士利安当在犹豫中签名同意，多明我会士代表闵明我则直到1669年9月29日才勉强递交表示同意的书面意见。耶稣会士殷铎泽（Prosper Intorcetta）1670年受派前往罗马向教廷汇报广州会议结果，并得到教皇认可。广州会议使传教士在明确的法律保障下继续实行利玛窦的宽容政策，这对于“历狱”之后中国传教区的维系与恢复有重要作用。而且广州会议之后，中国的全部奥古斯丁会士、大多方济各会士和一些多明我会士也都遵循耶稣会士的方法，使17世纪最后30年里中国传教区能够在大体统一的状况下平稳发展。
然而广州会议也埋下一个不安定因素，那就是闵明我。闵明我同意广州会议决议毕竟有违初衷，所以他在1669年12月逃狱离开广州，并经澳门返回欧洲，从此致力于驳斥广州会议的决议，最重要的举动便是出版《中华帝国历史、政治、伦理和宗教论集》。但闵明我似乎没能立刻促使教廷重新考虑整个问题，导致情势急转的关键人物是17世纪末的福建宗座代牧阎当（Charles Maigrot）。
阎当是巴黎外方传教会成员，1664年10月27日设立的巴黎外方传教会（Société des Missions Etrangères）是一个直属传信部管辖的新兴传教团体，成立它的意图就是为了帮助罗马教廷传信部实现对海外传教区的直接控制，而弱化各宗教修会及世俗政权在传教区的势力。因此，外方传教会从根本上讲同传教区的各个修会都存在难以弥合的利益冲突。阎当1687年开始担任福建宗座代牧，由于宗座代牧在理论上被规定为一个传教区的最高宗教领导，所以阎当在1693年3月26日颁发一项彻底否定耶稣会士之礼仪和术语政策的指令，并要求他辖区内所有传教士共同遵守。阎当还特意指明，当年卫匡国递交给教廷要求裁决的问题并没有被如实描述，所以1656年部谕是在错误的材料基础上做出的裁决，不能充当允许中国人崇拜孔子和祖先的依据。阎当还宣称，他出台这些规定的目的是，结束其辖区内的传教士因意见不合造成的长期分裂，在崇敬天主和杜绝偶像崇拜问题上达成共识，并且在罗马对礼仪问题做出明确决断之前提供暂时性指导。阎当一方面严令其辖区内的传教士在规定时间内实施他的准则，一方面将训令送往罗马以争取最高法律支持。但是这份训令并没有像阎当预期的那样使福建所有传教士和天主徒步入正轨和正统，反而在执行中遭遇巨大困难，耶稣会士不予听从，教徒则为此做出各种抵制。至于福建以外的传教区，主教和宗座代牧们对是否在自己辖区内接受阎当的指示意见分歧，耶稣会士自然更加抵制。
但是，阎当的训令传到欧洲后却使礼仪之争战火重燃。阎当在1693年底便派同会的肖莫（Nicolas Charmot）去罗马递交训令文本和他的一份报告，报告旨在详细解释1693年训令的内容和依据。阎当根据自己的调查和了解明确表示：（1）中国人的“天”是指物质性的天空而无论如何不是天主教的神；（2）中国人绝不是耶稣会士所坚称的那样崇拜唯一真神，中国儒士几乎都是无神论者，孔子则是“无神论之王与无神论博士”，中国皇帝则是当代的首席无神论者；（3）祭祖与祀孔礼仪确确实实是迷信行为，卫匡国当初有意用错误的描述来欺骗教皇和圣职部。但是圣职部的神学委员会得到阎当的材料后并未立即展开研究，直到1697年才在教皇英诺森十二（Innocent XII）的指示下开始调查，并且拖延到1704年11月20日才公布决议。在这期间，肖莫同时将材料交付巴黎主教，巴黎主教则按惯例将此交由索邦神学院（Sorbonne）审查。索邦神学院是耶稣会士的劲敌詹森派教徒（Jansenists）的据点，他们很乐意有机会谴责耶稣会士，他们选择了耶稣会士李明（Louis Daniel Le Comte）的《中国现势新志》和郭弼恩（Le Gobien）的《中国皇帝敕令史》为讨论目标，从中归纳出5条要审查的命题，涉及关于上帝的知识、天主徒被拯救的程度、神性的宣扬、“选民”的观念。1700年10月18日公布的审查结果是，将李明的书列为禁书并正式反对耶稣会士在中国的立场。
索邦神学院的判决对于罗马教廷的调查自然有影响，它引起罗马对阎当诉案的重视并加快了审查进程。这时调查委员又得到一份更加不利于耶稣会士的材料，即刚刚返回欧洲的湖广宗座代牧莱奥尼萨（Giovanni Francesco Nicolai de Leonissa）编辑的一份对于儒生行为的描述。莱奥尼萨虽然不是有意为难耶稣会士，但他在将一些术语翻译成拉丁文时就如当初黎玉范所为，用天主教世界里的宗教性词汇来转译儒家的整套丧葬、祭祖和祀孔礼仪，比如指孔子时所用的“圣”被译为“圣徒”（saint）而非“教师”（master），“庙”被译成“礼拜堂”（chapel）而非学校（school）或厅堂（hall），“叩头”被译成屈膝半跪。莱奥尼萨的材料中显示的儒家礼仪显然有崇拜神祇的性质，不过他本人又坚持认为儒家学者是无神论者，而莱奥尼萨成为调查委员会的重要顾问，因此他对儒家礼仪的理解成为罗马教廷做出不利于耶稣会士之判决的一个重要因素。
与此同时，中国的耶稣会士1700年11月30日获得一份极其特别的证据——康熙皇帝对于祭祀礼仪和“天”、“上帝”等术语的意见。实际上这是几位耶稣会士向康熙皇帝递交的一份请愿书，其中描述了耶稣会士对“天”、“上帝”等术语的含义和祭祖祀孔礼仪的理解，请求皇帝指示这些理解是对还是错，而康熙在请愿书上做了肯定的批复。耶稣会士认为这是最有利的策略，因为皇帝代表着中国最高权力当局，也是中国礼仪的首席执行者，他对于中国礼仪的性质应该有决定性发言权，如果皇帝也肯定祭祖祀孔礼仪是这个国家世俗性和政治性典礼而与宗教信仰无关，那么这个证据将是结束礼仪辩论的终极性和决定性证据。所以当他们得到批复后，立刻将之译为西文连同请愿书和其他一些表达同类意见的儒家学者作品一起寄往罗马。不幸的是，这些材料在1701年秋天抵达罗马后，并未取得耶稣会士预期的效果，却事与愿违，令教会上级们愈加恼怒。这一方面是因为教廷关于中国礼仪问题的讨论此时已在阎当、索邦神学院和莱奥尼萨的影响下大致成形，已经认定中国礼仪问题是宗教问题，因此当看到耶稣会士在这样一个有关宗教真理的问题上依赖一位异教徒君主的判断时，当然震惊非凡。另一方面，罗马教廷还嗅出康熙谕旨中的政治权力气息，如果它认同康熙的意见，就意味着它认可世俗政治权力干涉教会事务，而且还是一个从未表示拥戴和服从罗马教会的世俗政权，这对于致力于维护其至上地位的罗马教会来说也是严重的冒犯。1703年，卫方济（Fran？ois No？l）和庞嘉宾（Gaspar Castner）作为耶稣会士在礼仪之争这新一轮辩论中的首批代表抵达罗马，冀望于能对两年前寄到的那份康熙圣旨提供更好的解说，但为时太晚，教廷对他们不过是敷衍了事。紧接着，圣职部在1704年颁发了一道经新任教皇克莱芒十一（Clement XI）确认的部谕，是对阎当1693年训令中7条规定所涉问题的逐条答复，归根结底是全面并且几乎是无条件地禁止中国天主徒执行祭祖祀孔礼仪，彻底推翻耶稣会士的礼仪政策，唯一的许可是仅仅摆放一块写有祖先名字的牌位，在术语问题上严令取消“天”和“上帝”两词而只能用“天主”来指基督宗教的神。
